哲宗赵煦在高太后的影子下生活了18年，他亲政后，努力摆脱高太后的阴影，施展自己的抱负。他对元佑大臣的憎恨之心也开始付诸于行动。然而他在复仇的同时，却使家族统治走向了歧途。
元佑八年九月，垂帘听政长达十年之久的高太后终于撒下手中的权力归天了。但是，她在临终之际还对赵煦说：“先帝后悔变法，为此甚至流出了眼泪，这件事情我是非常清楚的。老身死后，一定会有很多的人蛊惑皇帝，你一定不要听他们的。”同年十月，18岁的赵煦开始了亲政。
赵煦亲政之后，翰林学士范祖禹连上几道奏折，请求皇帝能够坚持元佑时期的政策。但是，赵煦连理都不理，并且不顾元佑大臣的阻止，提拔了原先伺候他的几个宦官。正当赵煦为朝廷缺少和他意志相投的大臣而苦恼时，吏部侍郎杨畏上书说：“神宗更法立制以垂万世，希望能研究新法来继承。”于是，赵煦召见杨畏，问他先朝旧臣谁可以起用，杨畏就举荐章悼、安焘、吕惠卿、邓润甫等人，并且讲了宋神宗建立新政的本意和王安石变法的益处。赵煦很是信服，当下就任命章悼为资政殿学士、吕惠卿为中大夫、李清臣为中书侍郎、邓润甫为上书右丞。
三月，考试进士策问，李清臣出题，大致问的是元佑更化之举为何产生了种种弊端。苏辙上疏攻击，认为已经推行了九年的政治不可轻易地更改，赵煦大怒，罢苏辙门下侍郎，出知汝州。进士由杨畏复考，结果，原先列为上等的支持元佑政治的考生全部降为下等，而主张熙宁、元丰变法的则擢居前列。从此，继述神宗新法的舆论传播开了。
不久，赵煦就将元佑九年改为绍圣元年，正式打出了继承宋神宗事业的旗号，从此国事大变。十几日间，变法派分子很快回到了朝廷。范祖禹由于反对用章惇，被罢免翰林学士职，右相范纯仁辞官出知颍昌。章悼为相，蔡卞、蔡京、林希、黄履、来之劭等都入朝任要职。吕惠卿知大名府，又转知延安府备西夏。变法派在哲宗赵煦的支持下，再度掌握政权，展开对保守派的反击。
公元1094年七月，御史中丞黄履、张商英、来之劭等上疏，论司马光擅自更改先朝之法，实属叛道逆理，罪名昭著。于是，赵煦就追夺司马光、吕公著死后所赠谥号，毁坏了为他们立的碑；而同属保守派的吕大防、刘挚、苏辙、梁焘等人也被贬官。随后，赵煦下诏：“大臣朋党司马光以下，各以轻重议罪，布告天下。”章惇列举了文彦博以下三十人，揭榜朝堂。次年八月，赵煦又下诏：吕大防等永远不得任用及恩赦。范纯仁上疏，请将吕大防等原放，赵煦非常生气，范纯仁因此落职，徙知随州。
1097年，赵煦再次追贬司马光、吕公著及王岩叟等已死诸官。吕大防、刘挚、苏辙、梁焘、范纯仁等流放到岭南；文彦博由太师贬为太子少保。
元佑时史官范祖禹、黄庭坚等修神宗实录，有意地篡改事实，随意地诋毁新法。赵煦命蔡卞（是王安石的女婿）重修神宗实录。蔡卞依据王安石的《日录》和有关纪录核对，查出篡改诬陷事迹。范祖禹、黄庭坚因此降官，遣外州安置。
以章惇为首的变法派再度执政后，在排挤保守派的同时，逐步恢复新法。公元1094年四月，依据神宗元丰八年条例，恢复了免役法，并改定免役法剩钱不得超过一分（元丰时限二分）。公元1095年，恢复青苗法，董遵等大臣建议，青苗禁止胡乱的摊派，只收一分息。公元1097年，恢复置市易务，用现钱交易，收息不过二分，不许赊欠；同时复行保甲法。公元1098年，章惇主持编定常平免役敕令成书，颁行全国。大抵在此几年间，新法只是恢复到王安石罢相后元丰时的状况。变法派虽然再起，但并没有能够朝着打击大地主、大商人的方向，再向前进。而且免役法恢复时，规定各地豪强地主大户出免役钱在一百贯以上者，每一百贯减三分。像这样的变动，便对大地主有利了。
就像保守派一样，当共同的政敌没有了的时候，变法派内部也出现了分裂。宰相章惇原先主张将文彦博以下三十人都流放到岭外，但中书侍郎李清臣对此却持异议，以为流放累朝元老，将使舆论震动，不利于朝廷和社会的安定。赵煦采纳了李清臣的建议，重罪数人，其余不再问罪。这样，章悖和李清臣就开始不和。
公元1097年，李清臣被弹劾，出知河南府。此外，张商英与来之劭也不和，开封府官说张商英曾派人谋害来之劭，张商英因此贬官外出。杨畏在元丰时是变法派，元佑时曾一度依附吕大防，高太后死，他最先主张复新法。右正言孙谔说杨畏是“杨三变”，杨畏因此落职。孙谔论免役法，主张兼采元丰、元佑时期的政策。蔡京说孙谔想要给元佑大臣申辩，孙谔又因此罢职。
曾布在王安石初次罢相时，即上疏攻击市易，与吕惠卿、章悖分裂。公元1094年六月，曾布被任为同知枢密院事后，向赵煦攻击吕惠卿，说吕惠卿不能在朝，吕惠卿因此始终任外官。曾布又攻击章惇引用小人，“专恣弄权，日甚一日”，并攻击章惇任用吕升卿、周秩、林希等变法派。
公元1099年，曾布更进而指责章惇、蔡京对元佑党人处理过分，是“报私怨”。曾布在哲宗朝虽属变法派，却反复无常，恶意攻讦朝廷众臣，所起的破坏作用，是极为严重的。变法派再起，势力本来就薄弱，内部一分裂，势力就更加削弱了。所以，这个时期的变法派并没有真正起到对宋朝有利的作用。
高太后听政时，一手包揽政务，赵煦备受冷落，形同影子。赵煦亲政后，努力摆脱高太后的阴影，施展自己的抱负，却在25岁时早逝，留下了许多遗憾。哲宗赵煦在位只有16年时间，但这短短的16年，却使北宋党争达到了最激烈最残酷的极点，无论是元佑更化，还是绍圣亲政，从神宗时起就支持变法和反对变法的大臣们互相攻击，甚至将普通的政见之争上升为意气之争，从而使北宋的政治走入了歧途，于国无益，于民无益，为后世所鉴。