贵族阶级内部为各自的利益而暗地勾结争斗，就像一个不见硝烟的战场，最终酿成“朋党误国”的悲剧。
高太后垂帘听政时期，重用守旧派的官员，用来更改王安石变法的各项措施。经过元佑更化之后，变法派的力量在朝廷中可以说是销声匿迹了，守旧派的大臣也就掌握了朝廷的大权。这些反变法的大臣本来就有着不同的政治主张和政治利益，他们之所以能够在短时间里团结起来，只不过是因为有着一个共同的目的——反对王安石变法，将变法的各项施废除。当这个目的已经完成了的时候，原先隐藏在暗处的矛盾便逐渐地暴露出来，有着相同政治主张和政治利益的官员组成自己的小集团，也即“朋党”，为了自己的利益，而不惜扭曲事实，颠倒是非。这样，在宋哲宗早期，朝廷里便出现了著名的“蜀洛朔党争”。
司马光去世后，保守派内部失去了协调和震撼不同政见的领袖人物，保守派的成员就逐渐地以地域为主分化为蜀、洛、朔三党。其中，蜀党以蜀学派的创始人苏轼为首，主要成员有苏辙和侍御史吕陶等人；洛党以理学派的创始人程颐为首，主要成员有朱广庭、贾易等人；以御史台官员结为朔党的人数是最多的，主要有刘挚、梁焘、王岩叟、刘安世等人。
最先爆发冲突的是程颐和苏轼。程颐由于司马光、吕公著的推荐，进为崇政殿说书，为11岁的哲宗皇帝讲经学。程颐为人迂腐刻板，不懂得处理人际关系，对赵煦严加管教，甚至还进谏：要皇帝左右的宫人、内臣都选45岁以上厚重小心之人，伺候起居；皇帝动静都要让讲经的官员知道。程颐以老师自居，对赵煦正色训诫，又主张一切用古礼，中书舍人苏轼讥讽他不近人情。这样程颐和苏轼之间就结下了矛盾。
元佑元年九月，保守派首领司马光病逝，而此时，朝廷的大臣却在为皇上颁布大赦诏令而举行朝贺。很多官员准备在庆礼结束之后去司马光家吊唁。但是，程颐却又一次以道学自居，认为不可以去，并且引经据典地说：“经书中是这样说的，孔子在一天里哭了就不会再歌。”当场就有人反驳说：“孔子说是哭则不歌，但是没有说歌则不哭。”苏轼接过话头，冷笑地讽刺道：“这个大概是枉死在西市上叔孙通制订的礼，而不是孔夫子的礼。”众人听后，无不大笑，程颐很下不来台，从此，两人的嫌隙更深了。程颐的学生右司谏贾易、右正言朱广庭就极力地寻找机会来弹劾苏轼，为老师报仇。
元佑元年十月，苏轼在为考试官职者所出的策问中，提出：“古时，周公和太公治理齐国、鲁国，但是，后世还是难免衰亡，并且告诉子孙这些治理方式是不能原封不动的奉行。所以说，即使大圣大贤的治理之法，也是不免会有弊端的。”又说：“我朝六圣（指的是宋太祖、宋太宗、宋真宗、宋仁宗、宋英宗、宋神宗）以来，虽然治理的方式各自不同，但是都可以同归于一个仁字。”“如果现在还要效法仁祖的忠厚，则百官就有可能不再很好的履行他的职位，而至于敷衍了事；如果要是效法神考的励精，则百官就可能不能领会它的真实内涵，而使行政过于苛刻。”此话一出，立即被洛党人物抓住了。于是，朱广庭就攻击苏轼认为宋仁宗和宋神宗都不足以效法，是大不忠，随后又奏称苏轼曾经骂过司马光和程颐。但是在苏轼申辩之后，高太后没有治苏轼的罪。朔党的王岩叟等人，怕朱广庭因为此事被逐出朝廷，就上疏说苏轼虽然没有罪但是也不是没有过，一时间此事成为了朝廷的重要议题。尽管吕公著等人企图平息争端，但是王岩叟、朱广庭等人非要争出个是非。苏轼在元佑二年正月的一天，再次阐述自己的意见：“我经常的忧虑，非常害怕文武百官们会矫枉过正，而使神宗的励精图治，会逐渐地被破坏。担心数年之后，管理官吏的司法逐渐宽泛，理财的方法逐渐松弛，国防之事也会懈怠，当然还会有更多的忧虑，是无法表达的。”苏轼的这些的阐述，实际上表达了对当前政治的不满。
当洛党人士贾易、朱光庭劾奏苏轼考试策问出题是讥讽仁宗和神宗的时候，蜀党人士也是不甘示弱，吕陶反攻贾易、朱光庭身为台谏官，不应假借事权报私仇。洛党贾易又劾奏吕陶与苏轼兄弟结党，并涉及文彦博、吕公著。高太后大怒，罢贾易谏官，出知怀州。御史胡宗愈、谏官孔文仲等劾奏程颐“汗下险巧，素无乡行，经筵陈说，僭横忘分”。八月，程颐罢崇政殿说书，出管西京国子监。
公元1089年，因为贬蔡确之事，三党之间又起纷争。蔡确在安州赋诗十章，被保守派指为讥讽高太后。高太后大怒，重罪将其贬谪新州。左相范纯仁向高太后建言，“不可以语言文字之间，暧昧不明之过，窜诛大臣”。蔡确被贬后，吕大防以为蔡确党盛，不可不治。谏官刘安世、吴安诗等因奏范纯仁也是蔡确一党，罢相出知颍昌。公元1090年，文彦博年老告退，吕大防为左相，朔党刘挚为门下侍郎，次年进为右相，但是两人又不和。御史杨畏依附吕大防，劾奏刘挚，刘挚被罢相，知郑州。朱光庭为刘挚辩解，也罢给事中，出知亳州。
就这样，保守派官员结为朋党，相互攻击，陷入一片混斗之中，“朋党之争”非但没有什么政绩可言，反而使当时的政治变得极其复杂，政治的内耗削弱了北宋的实力，为北宋王朝走向没落敲响了警钟。