元佑更化在北宋后期政治上留下了严重的后遗症。这一期间的许多人事，新旧党之间的党同伐异，旧党内部洛蜀朔党的杯葛恩怨，高太后与宋哲宗祖孙之间的龃龉隔阂，搅成一股逆反的合力，以更大的势能喷发出来，影响到宋朝其后的政治局势与历史走向。
一贯反对变法的高太后刚一执政，就以恢复祖宗的法度为名，准备颠覆王安石变法的各项措施。元佑初年五月，她升迁反对变法最坚决的人物之一的司马光为门下侍郎，次年又升为尚书左仆射，即左宰相。原先的守旧派大臣吕公著也被召入朝为尚书左丞，次年为右仆射。保守派再度掌握政权，在高太后支持下立即对变法派展开攻击。一时间，朝野上下兴起了一股清算新法之风，史称“元佑更化”。宋·青瓷粉盒公元1085年三月，宋神宗逝世时，王珪、蔡确为相，章惇为门下侍郎，共同扶立宋哲宗。宋神宗病死后两月，左相王珪病死。蔡确顺延为左相，知枢密院事韩缜为右相，章悖改任枢密院事，这样，朝廷的军政权都还在变法派手里。司马光入为门下侍郎之后，即荐用刘挚、范纯仁、范祖禹、吕大防、李常、孙觉、梁焘、王岩叟、苏轼、苏辙、朱光庭等一批官员；又称文彦博、吕公著、冯京都是国家的重臣，可以倚信，也叫他们各举贤能。七月，吕公著为尚书左丞。司马光等人随即着手排挤变法派。蔡确当时受命为“山陵使”治理宋神宗丧葬事。章惇对司马光废除新法、重用守旧派人物多次争论，保守派借此机会弹劾蔡、章二人。十月间，御史刘挚上言，宋神宗皇帝灵驾进发前，蔡确没有入宿守灵，纯属“慢废典礼，有不恭之心”。朱光庭则弹劾蔡确“为臣不恭，莫大于此”，章悖“欺罔肆辩”，韩缜“挟邪冒宠”。王岩叟说，章惇争辩用人，应当罢免。十二月，刘挚进而指责蔡确与章惇固结朋党，说：“如果不把章惇罢黜了，朝廷的法度将无法确立。”朱光庭直接奏呈称：“蔡确、章惇、韩缜应该尽早的解除他们的职务，司马光、范纯仁应该进而辅佐。”这年没有下雪，天下大旱，王岩叟又以天旱为理由，直指大害莫如青苗、免役，大奸莫如蔡确、章惇。在保守派合力围攻中，蔡确于闰二月罢相，司马光以门下侍郎进为左相，章惇也被罢免，以范纯仁知枢密院事。四月，韩缜罢相。五月，吕公著进为右相。司马光又请召老臣文彦博还朝。文彦博年已81岁，由儿子扶着上殿，特授太师、平章军国重事。变法派的主要官员相继被排挤出朝，以司马光为首的保守派在高太后的支持下，掌握了全部的军政权。
司马光对变法派嫉恨如仇，甚至不顾国家的利益，凡是王安石实行的新法，都必求罢废而后快。司马光五月间入朝执政，即上书攻击变法派，请求革去其职。有的大臣认为神宗刚死，不宜急于改变。司马光反驳说：“王安石、吕惠卿所实施的变法，危害天下，并非先帝本意，改变就是救天下于危难。更何况太皇太后是先帝的母亲，以母改子合乎礼法。”高太后、司马光等，首先罢废保甲教练和保马；接着，罢市易，废青苗，停止助役钱；最后，罢免役法，恢复旧的差役法。在不过一年左右的时间里，王安石所实行的各项新法，几乎全部被罢废了。
元佑元年（1086年）正月，司马光在病中说：“四患未除，我死不瞑目！”（四患指青苗、免役、置将和对夏作战）青苗法罢后，司马光的好友范纯仁因国库空虚为由，建言再立散钱出息之法。司马光具奏说，先朝散青苗，本为利民，现在禁抑配，就没有什么害处。几天之后，又觉得不妥，认为不够坚决，于是，便带病入朝，对高太后说：“是什么奸邪劝陛下再行此事！”高太后只好下诏“青苗钱更不支表（散发）”。司马光欲废免雇役法，恢复差役旧法。变法派章悼争辩说：“保甲、保马一日不罢，有一日之害，至于役法，如以差代雇，需要详细的讨论。”苏轼也对司马光说：“差役、免役，各有利害。要骤罢免役而行差役，怕不容易。”范纯仁也劝说“差役一事，尤当熟讲而缓行”。司马光一概不听，1086年三月，最终恢复了差役旧法。
在对西夏政策上，司马光也完全改变了王安石的抵抗主张。西夏统治者在宋哲宗继位后，派使臣勒索兰州、米脂等五寨。司马光一口应允，并指责不赞成的大臣，是“见小忘大，守近遗远”，说是“惜无用之地”，会造成“兵连不解”的后患。司马光甚至主动提出，要把熙河一带也一并奉送给西夏，由于遭到反对，未能实行。
在学术方面，司马光刚一执政，就要任用程颢，但程颢恰在这时病死，于是，就破格启用程颐“河南府处士”程颐为西京国子监教授，又擢任为崇政殿说书，为赵煦讲授儒学。启用程颐的诏令说：“孔子说举逸民，所以启用你，为洛阳人作个样式。”吕公著在处理政务时，遇到疑难，也向程颐请问。程颐特别强调从思想上对王安石的“新学”进行清除，说“介甫之学”是于“浮屠之术”（佛教）的大患，并说：“今天新法之害事处，但只消一日除了便没事；其学化革了人心，为害最甚。”新法罢废后，司马光又改科举考试法，立九经，依照旧注讲说，不准用王安石的经义。元佑二年（1087年）正月，高太后又采吕公著议，下诏：科举考试只许用“古今诸儒之说，不准引用申（不害）韩（非）”。这样，从政治措施到文化思想等方面，守旧派完全消除了王安石变法的成果，一切又回到了旧有的体制。
更为关键的是，“元佑更化”虽然纠正了熙丰变法中的部分弊病，却在北宋后期政治上留下了严重的后遗症。影响到宋朝其后的政治局势与历史走向。