《清史稿·河渠志·运河》载：“自京师历直沽、山东，下达扬子江口，南北二千余里，又自京口抵杭州，首尾八百余里，通谓之运河。”又说：“清自康熙中靳辅开中河，避黄流之险，粮艘经行黄河不过数里即入中河，于是百八十里之河漕遂废。若白漕之借资白河，卫漕之导引卫水，闸漕、湖漕之分受山东、江南诸湖水，与明代无异。”对于河道总督靳辅开中河，同书记载：“（康熙）二十五年（1686），（靳）辅以运道经黄河，风涛险恶，自骆马湖（在江苏邳县南、宿迁县北）凿渠，历宿迁、桃源至清河仲家庄出口，名曰中河。粮船北上，出清口后，行黄河数里，即入中河直达张庄运口，以避黄河百八十里之险。议者多谓（靳）辅此功不在明陈瑄凿清口下。”这段文字把靳辅开凿的中河流经之地及其意义表述得十分明白。这应该是清代运河河道变化的突出一例。
但是，清代有关运河的工程不止于此。例如，顺治八年（1651），“募民夫大挑运河”。康熙元年（1662），“定运河修筑工限：三年内冲决，参处修筑官；过三年，参处防守官，不行防护，致有冲决，一并参处。”康熙十六年（1677），按照河督靳辅的建议，“将本年应运漕粮，务于明年三月内尽数过淮。俟粮艘过完，即封闭通济闸坝，督集人夫，将运河大为挑浚，面宽十一丈，底宽三丈，深丈二尺，日役夫三万四千七百有奇，三百日竣工。并堵塞清水潭、大潭湾决口六，及翟家坝、至武家墩一带决口，需帑九十八万有奇。”十七年（1678），“是岁挑山（阳）、清（河）、高（邮）、宝（应）、江（都）五州县运河，塞决口三十二（处）。”同年，靳辅开凿永安河，筑永安堤。雍正元年（1723），河道总督与漕运总督联名上疏，说：“山东蓄水济运，有南旺、马踏、蜀山、安山、马场、昭阳、独山、微山、郗山等湖，水涨则引河水入湖，涸则引湖水入漕，随时收蓄，接应运河，古人名曰‘水柜’。历年既久，昭阳、安山、南旺多为居民占种私垦。现除已成田不追外，余俟水落丈量，树立封界，永禁侵占，设法收蓄。”这是保障山东境内会通河漕运畅通的重要措施。乾隆二年（1737），御史马起元说：“通州至天津河路多淤浅，粮艘不便。命（侍郎）赵殿最偕顾琮勘议。寻议天津溯流而上，设有兵弁，五官管辖。应增置漕运通判一（员），驻张家湾，专司疏浚；把总二（员），外委四（员），听通判调遣。”同年，“大挑淮（安）、扬（州）运河，自运口至瓜洲三百余里。”嘉庆十三年（1808），通州大水，康家沟坝（当在通州城东）冲决成河，张家湾河道遂淤。“自嘉庆之季，黄河屡决，致运河淤垫日甚。”于是有人建议海运。咸丰五年（1855）六月，黄河于兰阳（今河南兰考）铜瓦箱决口，向东北经长垣、东明、濮州等地，夺大清河道入海（大致即今黄河下游河道），从此东趋商丘、徐州的正溜断流。此后，京杭大运河运道特别是山东境内会通河运道中断，元、明、清持续数百年的大运河漕运从此结束，遂代之以海运。
清代漕运，起初都跟明代一样，用屯丁长运。为了长运，令瓜洲、淮安的兑运军船往各州县水次码头于民船交兑，只是根据远近不同另加多少不等的过江脚耗。而淮安、徐州、临清、德州四仓仍有民运就近交仓，然后兑与运军船。清代漕运有正兑、改兑、改征、折征。这四项是漕运本折之大纲。此外，还有截漕及拨运。
据《清史稿·食货志·漕运》记载：顺治二年（1645），户部奏定每年征收漕粮四百万石。其中，所谓“正兑”是指运往京仓的米，原额三百三十万石，内有江南一百五十万石，浙江六十万石，江西四十万石，湖广二十五万石，山东二十万石，河南二十七万石（按：各省正兑米合为三百二十二万石，比原额少八万石，疑原书记载有误）。而所谓“改兑”是指运入通州仓的米，原额七十万石，内有江南二十九万四千四百石，浙江三万石，江西十七万石，山东九万五千六百石，河南十一万石。至乾隆十八年（1753），实征正兑米二百七十五万余石，改兑米五十多万石，比原定每年征收漕粮四百万石少了约七十五万石。这其中的原因是因为有部分漕粮改征别的粮食，如从山东、河南改征小麦六万九千五百六十一石八斗四升有零，黑豆二十万八千一百九十九石三斗一升有奇。黑豆纯粹是粟米改征，无定额，用作牲畜饲料，这就是“改征”。当然，凡是改征必须有皇帝的特旨，不是随意可改征的。明清征收的漕粮都是实物，即实实在在的粮食。但后来也有将粮食按一定比例折算成银两征收，这就是“折征”。折征分为“永折”、“灰石米折”、“减征”、“民折官办”等不同的名目。其中的“灰石米折”是指江苏的二万九千四百二十四石，浙江的一万八千六百五十三石，遇闰月加四千零一十五万石的漕粮，每石折银一两六钱，共折银七万六千九百二十三两二钱，这就是“灰石米折”，折收后的银两供工部备置灰石之用。这是顺治十七年（1660）始实行的政策。乾隆十六年（1751），以京师的官兵向来爱饲养马和骆驼，这就需用大量的黑豆作饲料，河南、山东二省自雍正十年（1732）以来，每年就从漕粮粟米中改征黑豆二十万九千余石，但还不够，于是决定每省酌量再改征黑豆一两万石，不久定下山东三万石，河南两万石。结果京仓黑豆储存有六十多万石，足供支用三年。乾隆二十六年（1761），以江苏省的清河、桃源、宿迁、沭阳等县不产大米、小米，遂命以后先动用司库的银两，按照时价采购米粮，作为从这几个县所征的漕粮，而后让这几个县的百姓输银还款，这就是“民折官办”。之后，江苏之阜宁、泰兴，安徽之旌德、宁国、太平，湖北之英山诸县，也都仿照此法以完漕粮之政。至于截漕、拨运，因与本文所论关系不大，也就略而不述了。
漕粮之外，江苏的苏州、松江、常州三府和太仓州，浙江的嘉兴、湖州两府，每年要交纳糯米给内务府，以供皇上食用及百官廪禄之需。这部分糯米称为白粮。原额正米二十一万七千四百七十二石多。起初也如明制，白粮专由民运，后改为由漕船分带。
各省漕船，原数为一万零四百五十五号，至嘉庆十四年（1809），因为改折分带、坍荒裁减等，实际只有6242艘。这些漕船每年有十分之一要进行修理，谓之“岁造”。造船之费，十分之七出自民田，十分之三出自于军地。十年限满，由漕运总督亲自验明，某船确实不能再出运，方得停运修理；有的船稍加修理可再运者，由官府酌量给予修理银钱，修后仍令再运。修船厂主要在（淮安）清江关，后也在临清设厂成造。新船和修后船查验是否合格，主要看九个方面：一验木，二验板，三验底，四验梁，五验栈，六验钉，七验缝，八验舱，九验舱头艄。
各省从事漕运的军丁人数，多少不等。后议定：每船基本以十名军丁配运，按名额发给粮食和工钱。
凡漕船载米，一般不得过五百石。正耗米外，依例可带土特产品六十石。雍正七年（1729），准许增加四十石，共为百石，想以此为定例，不再增减。但是，不久准许各船头工、舵工每人可带土特产品三石，水手每船可带土特产品二十石。嘉庆四年（1799），定每船可多带土特产品二十四石。屯军领运漕粮，冬出冬归，极其劳苦，于是有夹带私货之弊。