在俄语居民地位方面，爱沙尼亚和拉脱维亚的做法可谓“异曲同工”。1992年2月，爱沙尼亚恢复使用1938年的国籍法，只有12万俄语居民可自动获得爱沙尼亚的公民资格。这意味着，大部分战后到该国定居的俄语居民都被排除在了这一范围之外，有近30万俄语居民需等到2年之后（从1990年3月算起）才可通过递交加入爱沙尼亚国籍的申请，有机会获得该国国籍。1993年6月，爱沙尼亚正式公布了明显排斥俄罗斯族人的新公民法。据此，凡在苏联时期通过户口登记居住在爱沙尼亚的一切“非公民”均属外国人，两年之内，他们可以获得居住证和工作许可证，但要每五年更换一次。对此，俄罗斯一方面强烈要求欧洲安全与合作组织派专家到爱沙尼亚考察该国的人权状况；另一方面，俄罗斯羞愤难抑之中向爱沙尼亚发出“最后通牒”，爱沙尼亚如若一意孤行，继续实行“种族清洗”政策，俄罗斯将切断向该国的油气供应。为了表示这决非戏言，俄罗斯随即切断了对爱沙尼亚的天然气供应，这意味着停止石油供应决非“恫吓”。俄罗斯动了“真格”，爱沙尼亚也不得不回到现实生活中，“没有俄罗斯”的日子并不好过，这迫使该国调整有关法规。1998年底，爱沙尼亚议会通过了修改公民法的决议，规定1992年2月26日以后，在爱沙尼亚出生的非公民的子女可以获得该国的国籍，但前提是必须学会爱沙尼亚语。
然而，这种不得已的让步远非长久之计，在一定条件下这种矛盾马上会重新“点亮”。2006年11月30日，爱沙尼亚政府通过了一项法律草案，规定禁止展示和传播，甚至包括民众日常穿戴苏联和各加盟共和国的官方标志，如违反规定，将视具体情况被处以罚款或者三年监禁，法人代表有可能将被处以至少五万克朗的罚款（约为3200欧元）。尽管在禁止项目中连带加入希特勒法西斯标志作为掩饰，但其真实用意世人皆知。这一规定将使很多俄罗斯主流媒体无法进入爱沙尼亚，因为报头上的苏联标志图案也在禁止之列。此举再次引起俄罗斯的强烈不满，12月1日，俄罗斯外长拉夫罗夫称这是十分不友好的行为，在当前应努力解决包括俄语居民地位在内的诸多问题的情况下，这一决定无疑是在人为地设置障碍。
看来，俄语居民地位问题的解决决非朝夕之间。但国际社会对此的看法还是基本相同的，那就是敦促这两国改善人权状况。2006年4月11日，新上任的欧洲委员会人权事务高级专员托马斯·海姆伯格在接受俄新社记者采访时表示，不排除将以单独报告形式提出关于波罗的海国家俄语居民的人权状况……俄语居民问题不仅在拉脱维亚存在，在爱沙尼亚也存在。”他强调，“每个人都有权拥有国籍。”从这一意义上看，尽管这个问题至今仍然没有彻底解决，但是最“糟糕”的时候已经过去了。
（三）“一寸领土也不会分给别人”
由于种种复杂的历史原因，俄罗斯与波罗的海三国之间存在着不同程度的领土和边界争端。当事双方对这一敏感问题的看法大相径庭，毫不相让。
在这场难有结局的较量中，较弱的一方注定不得不以权宜姿态求得暂时的“妥协”。
被俄罗斯称之为“飞地”的加里宁格勒州是俄罗斯同立陶宛领土争端的焦点。此地位于立陶宛与波兰之间，濒临波罗的海，面积1.51万平方公里，人口90万，首府为加里宁格勒（柯尼斯堡）。由于其具有重要的政治与地缘上的战略意义，尤其是苏联解体以及北约东扩使得加里宁格勒州成为俄罗斯无论如何也不能撒手的“宝地”。事实上，这块“宝地”并非“祖传”之地，而是“二战”结束时，苏联从前东普鲁士割取的。苏联解体后，这一地区成了独立于俄罗斯本土之外的“孤岛”，立陶宛则成了俄本土与“飞地”之间的“过境走廊”。
目前，从波罗的海三国和东欧撤出的俄军大部分驻扎在加里宁格勒州，这令北约各国心事重重。但这种效果却恰恰是俄罗斯想要达到的，也是反制北约“大军压境”的少数可供选择的出路之一。因此，俄罗斯人奉若珍宝的“战略要地”却是令波罗的海国家心怀忐忑的“不安之地”。因此，对该地的争夺远远超出领土的自身意义。尽管两国1991年就在协议中规定：
“俄罗斯联邦和立陶宛共和国之间现有的边界不受侵犯。”但问题是双方对“现有边界”的认定和理解尚未达成一致。1992年3月2日，立陶宛驻美大使拉扎赖宣称：“加里宁格勒州会成为立陶宛的一部分。”俄罗斯外交部马上回击说：“加里宁格勒州是俄罗斯的一部分，这受到国际法的可靠保障。”
同时，立陶宛还认为加里宁格勒州的的维什季季斯湖地区、库尔什沙嘴和索韦茨克是立陶宛的领土。对立陶宛的“领土要求”，俄罗斯不仅坚决地予以否认，而且忙不迭地在加里宁格勒与立陶宛接壤的边界上建立起了国境制度。
同样，在俄罗斯同另两个波罗的海国家之间也存在着“剪不断理还乱”
的领土纠葛。相对而言，俄罗斯与爱沙尼亚之间的领土争议最大，涉及列宁格勒州纳尔瓦区和普斯科夫州伯朝拉区共2300平方公里的领土。事实上，根据1920年爱沙尼亚与苏维埃俄国在塔尔图所签和约之规定，这些领土应当归爱沙尼亚。独立后不久，爱沙尼亚就于1992年9月正式宣布，苏联最高苏维埃把列宁格勒州和普斯科夫州的许多领土划给俄联邦的决定是无效的。1994年3月，爱沙尼亚政府宣布，将根据塔尔图和约确定自己的边界。
但俄罗斯则根据波罗的海三国并入苏联之后的行政区划，认为爱沙尼亚是“觊觎俄罗斯领土”，坚决拒绝“企图随意改变已定边界的要求”。1994年6月21日，叶利钦下令有关部门单方面划定俄罗斯同爱沙尼亚的边界线。事后，叶利钦还声称：“俄罗斯的一寸领土也不会分给别人。”对此，爱沙尼亚一方面发表抗议，要求俄罗斯停止这种单方面行动，请欧安会和芬兰充当它与俄冲突的调解人；另一方面，开始向争议地区的居民发放爱沙尼亚的护照。此后，爱沙尼亚表示愿意以1920年在塔尔图签订的和约为基础通过谈判解决领土争端，但俄罗斯坚称决不接受对俄罗斯领土的任何要求。直到1994年末爱沙尼亚右翼政府下台，这一僵局才有所松动，继而双方就边界问题进行了几次会谈。1995年11月，俄罗斯与爱沙尼亚在塔林就两国边界问题基本达成了协议。1996年末，开始启动边界测绘工作。
俄罗斯与拉脱维亚之间的领土争议焦点地区是普斯科夫州河布列涅市的阿布列涅县六个乡以及佩达洛区。1920—1940年，这一地区曾归属拉脱维亚。据此，1992年1月22日，拉脱维亚议会通过《关于不承认俄罗斯对阿布列涅市和阿布列涅县六个乡兼并的决定》，并在4月出版的地图上将普斯科夫州佩达洛区标在了拉脱维亚境内。对此，俄罗斯方面态度决绝，坚称无论从历史还是从文化角度而言，这一地区都是俄罗斯的领土，拉脱维亚的要求是毫无根据的，是破坏俄领土完整以及双边关系的做法。叶利钦总统一再重申，在领土问题上俄罗斯不会向爱沙尼亚和拉脱维亚做出半点让步。1996年6月30日，在接受国际文传社记者采访时，叶利钦总统声明：“俄罗斯对别国领土没有任何主权要求，同时我们也不接受别国对俄罗斯领土提出的主权要求。”
面对如此强硬的俄罗斯，拉脱维亚只好委曲求全，于1996年下半年在勘界问题上向俄罗斯做出了让步，不再坚持“恢复”过去的边界，而是针对“现有国界”
进行协商。
（四）经贸：“润滑剂”抑或“冷却剂”
国际实践表明，国与国之间的经济交往常常能够“超越”双边政治关系的束缚，因为经济关系中多了一只“看不见的手”——市场经济的驱动力。在俄罗斯同波罗的海国家的经济交往中主要包括能源供应、进出口贸易和过境运输等方面。这些领域的发展有时是国家关系的“润滑剂”，但有时却是“冷却剂”。
由于苏联计划经济时期的分工特点和自然资源分布状况，多数原苏联加盟共和国在独立后，尤其是最初一段时期，石油、天然气，甚至电力等能源供应几乎完全仰赖于俄罗斯。以立陶宛为例，到1994年，90%以上的原油和重油、100%的天然气和液化煤气要依赖从俄罗斯进口。
不足为奇的是，在同波罗的海三国发展对外关系的过程中，俄罗斯动辄亮出“能源大牌”，对三国晓以颜色。1992—1993年间，因爱沙尼亚和拉脱维亚在有关俄语居民地位的规定“惹恼”俄罗斯，导致其大量削减对波罗的海国家的能源供应。一时间，爱沙尼亚举国闹“能源荒”，全国有近34%城市的企业和机关无法正常工作。1992年初，爱沙尼亚一度宣布实行为期三个月的全国紧急状态。而立陶宛只有30%企业的设备能够维持50%左右的开工率，萨维萨尔政府因“没能缓和食品和能源严重短缺的经济危机”而宣布辞职。俄罗斯的这一举动使得这两国不得不“顺从”俄罗斯，做出一定让步。就1993年俄罗斯切断向爱沙尼亚的天然气供应这一事件，乌克兰议会国际事务委员会主席帕夫利奇科发表评论说：“俄罗斯向爱沙尼亚、立陶宛和拉脱维亚提供石油，因此，这些国家就必须乖乖地留在俄罗斯的势力范围内。”此外，能源价格也是可资利用的“大牌”之一。三国对俄罗斯能源价格大幅度上调也极为不满。从1992年起，立陶宛向俄罗斯购买石油、天然气和煤等燃料的价格比上年贵出100倍，同国际市场价格相比，无任何优惠可言。同样，1993年，拉脱维亚从俄罗斯购进天然气的价格猛增了130倍，煤价增加了80倍。1994年，爱沙尼亚所需工业用石油70万吨，俄以每吨72美元向其出售，加上运输费和灌油费各另加15美元，总价达到102美元，要比原先从俄进口石油每吨贵50美元，仅此一项爱就需多花3500万美元。总之，俄罗斯的能源“战略”导致了波罗的海三国国内能源动力价格猛涨和急速通货膨胀等一系列“多米诺骨牌”效应。
如此受挟制的境地使得波罗的海三国开始考虑应对之策。2005年5月末，波罗的海三国的总理在里加举行会晤期间商定，在能源领域进行密切合作，并考虑建设新的核电站。拉脱维亚总理卡尔维季斯会晤后对媒体表示，能源政策是波罗的海三国的重要问题，三国总理同意成立一个专家小组并会同各国的能源部门，共同制订未来5~15年的地区能源发展战略。爱沙尼亚总理安西普认为，波罗的海国家不希望依赖廉价的俄罗斯电力，因此，三国将继续进行全面合作，建立统一的电网。他说，2010年，波罗的海国家将出现电力短缺的现象，因此将“面向未来”，考虑建设新的电站。立陶宛总理布拉藻斯卡斯说，波罗的海国家在能源领域的合作应当与整个欧洲的合作结合起来，在铁路、天然气和电力方面进行基础设施建设时，应当与西欧国家共同实施。
因此，随着波罗的海三国经济的逐渐恢复、同欧盟其他成员国的经济融合度提高，以及同波罗的海三国的关系实现正常化等，能源在俄罗斯与波罗的海国家关系中的“润滑剂”作用会有所提高，而“冷却剂”的作用也会相应降低。
在贸易方面，三国独立时其外贸的绝大部分依靠俄罗斯。1994年，立陶宛对俄罗斯进口、出口分别占其外贸进出口的39.3%和28.2%，俄罗斯是其头号贸易伙伴。在信贷方面，三国独立以来，俄罗斯一直是最主要的投资者。如1994年爱沙尼亚新建的1415个合资企业中，俄罗斯占28%，比居第二、第三位的芬兰、瑞典的总和还要多。
随着经济的复苏，波罗的海三国与欧洲的经济联系也取得很大的发展。
芬兰已经取代俄罗斯成为爱沙尼亚的最大贸易伙伴，拉脱维亚的对欧贸易已经达到整个外贸总额的60%，德国、瑞典、波兰、丹麦和芬兰逐渐成为波罗的海吸收外国投资的主要来源。尤其当波罗的海三国成为欧盟国家之后，它们的经济活动空间和选择逐渐多了起来。
波罗的海与西方国家日益密切的经济联系在一定程度上削弱了它们与俄罗斯的经济联系。以1999年为例，在爱沙尼亚进出口贸易中，欧盟所占的比例分别为58.0%和63.0%，俄罗斯所占的比例分别为13.5%和9.2%；在拉脱维亚进出口贸易中，欧盟所占的比例分别为54.5%和62.5%，俄罗斯所占的比例分别为10.5%和6.6%；在立陶宛进出口贸易中，欧盟所占的比例分别为46.3%和49.5%，俄罗斯所占的比例分别为26.2%和4.9%。立陶宛的情况更糟，失去俄罗斯市场使它的出口损失惨重，1998—1999年，在它的整个出口额中，对俄罗斯的出口比重从22%下降到6%。如果说以前俄罗斯是立陶宛最重要的贸易伙伴，那么，现在俄罗斯已退居第三位，不及德国和拉脱维亚。2000年1月24日，立陶宛工业委员会主席在一次会议上指出：我们的政治方针过快地把脸转向了西方，而背离了东方。
尽管如此，在投资贸易中，直到今天俄罗斯仍是对波罗的海三国投资最多的国家。但值得注意的是，西方国家在波罗的海国家的投资会越来越多，与此相适应的就是俄罗斯投资所占的比重将不断下降。这种发展趋势与波罗的海国家返回欧洲的进程是成正比的。