渐增的情况下，俄罗斯对北约及北约东扩的态度愈发宽容与灵活，对波罗的海三国加入北约的立场发生了明显变化，从过去的“坚决反对”转为“较为容忍”。普京认为，同西方对抗与俄罗斯国家的根本利益相违背，不利于俄罗斯实现强国梦想。俄罗斯还希望通过与北约的接近，使波罗的海三国加入北约失去实际意义。俄罗斯副总理兼国防部长伊万诺夫在同圣彼得堡大学学生见面时表示，尽管俄罗斯可以做出姿态，甚至声明反对某些国家加入北约，但这是不可行的，每个国家都有权选择自己的阵营。
这样，时有不谐音的“东扩序曲”并未影响北约前进的步伐。2002年11月21日，在布拉格举行的北约首脑会议决定邀请波罗的海三国以及斯洛伐克、保加利亚、罗马尼亚和斯洛文尼亚等七国加入北约，相关手续的进行将于2004年完成。这样，俄罗斯几番吓阻，仍无济于事。对此，有学者讥之为：俄罗斯对波罗的海国家加入北约的恐吓，是“在沙滩上划出的警戒线”。
了北约东扩的消息，题目也相当富有感染力和振奋人心——《从今天起，我们的天空是北约的！》。这决非虚言，此前一天，北约的军用运输机已“空降”至立陶宛的一个空军基地，随机飞抵的还有50名北约的军事专业技术人员，他们将具体负责北约在波罗的海三国的F16战斗机的技术保障。此前，北约已陆续在波罗的海三国部署了4架F16，三国正式加入北约后，战机将名正言顺地发挥“捍卫北约的天空”的重要作用。
几家欢乐几家愁，对俄罗斯而言，北约东扩岂止是一杯苦酒！波罗的海加入北约后，其军事力量距离俄罗斯的圣彼得堡仅有几十公里；而且，西方之所以如此“看得起”波罗的海三国的最主要原因之一，就是这三国在理论上可以充当北约下一轮扩大的“急先锋”。无疑，乌克兰、格鲁吉亚和摩尔多瓦等对俄罗斯安全攸关的原苏联国家都已被纳入北约“收编”的视野。
北约的扩大的确对俄的地缘安全提出了很大的挑战。在波罗的海三国加入北约后不久，俄罗斯武装部队第一副总参谋长尤里·巴鲁耶夫斯基对媒体表示，俄方无法排除北约在拉脱维亚、立陶宛以及爱沙尼亚三个波罗的海国家部署核武器的可能性，而这些问题不应该被视作波罗的海三国或是美国的内部事务。他说：“国际社会的舆论必须得到尊重。”“如果我们沿着组建新的军事同盟的道路走下去，导致我们重新回到苏联以及后来俄罗斯和北约之间的对立态势上去，这种两大阵营的激烈对峙将使得双方均耗费大量的人力物力。”他认为，任何一个组织，如果成员国数量超过六个，都会变得难以控制。而另一方面，对于俄罗斯的种种“非难”，这三国自然不会甘心领受。拉脱维亚外交部官员里哈尔特斯科茨纳什认为，莫斯科一直将波罗的海国家看做充满恶意的国家，认为波罗的海国家会破坏它与欧盟的友好关系。总之，加入北约后的波罗的海三国同俄罗斯的关系变得更加复杂和微妙。
三、俄罗斯与波罗的海三国关系中的“痛点”
苏联解体了，由其所造就的“新生国家”间原有的千丝万缕的联系在某种程度上演变为错综复杂的矛盾纠葛。也难怪，“同一个屋檐”不复存在了，即便是“亲兄弟也要明算账”，更何况那些曾经“不得不低头”的原苏“小”加盟共和国之于俄罗斯呢？事实上，波罗的海三国同俄罗斯的关系的演进中就具有这方面的明显特征，很多历史遗留问题严重阻碍着相互交往的正常发展。其中，俄罗斯驻军撤出、俄语居民地位和领土争端等问题可谓俄罗斯与波罗的海三国关系中的“痛点”所在。尤其是苏联解体之初的几年，这些问题的“热度”曾一度升温。
（一）驻军容易撤军难
俄罗斯驻军撤出的问题关乎波罗的海三国的国家安全，更是国家主权的原则性问题。它是影响俄罗斯与波罗的海三国军事关系的最主要方面之一，甚至曾是20世纪90年代制约国家间关系发展的最关键性因素。
截至1991年，苏联在波罗的海三国共有驻军约10万~15万人，其中包括三个坦克师、二个摩托化步兵师、二个炮兵师、450架飞机和120架直升机。另外，原苏联波罗的海军区和波罗的海舰队也驻扎于此。作为苏联的法定继承国，俄罗斯接管了波罗的海三国的驻军，这一问题也从一个国家的内部事务演变成国与国之间的主权问题。
具体而言，在俄军撤出波罗的海国家的谈判进程中所关注的焦点问题包括：（1）三国应当支持建造撤离部队所需的住宅；（2）应为俄军驻军所造成的土地及财产损失提供补偿；（3）必须保证在三国退役的俄军官兵及其亲属的社会保障及人权；（4）修订侵犯俄语居民的政治、经济权益的法律；（5）保证运往加里宁格勒的军事物资的过境权以及边界的不可侵犯性。围绕这些问题，俄罗斯同波罗的海三国展开了“拉锯式”的谈判。
1992年1月14日，科济列夫在里加与爱沙尼亚外长梅里进行了会谈。双方都承认原苏联军队驻扎在爱沙尼亚领土上引发的问题很复杂，希望在考虑双方安全利益和实际存在的社会问题的情况下，实行军队分阶段地撤出。1992年1月31日—2月2日，以沙赫赖为首的俄罗斯代表团与波罗的海三国政府代表团就撤军问题进行了第一轮谈判。1992年夏季，叶利钦在欧安会期间，曾就上述问题分别同波罗的海三国的总统进行了协商。叶利钦表示，关于俄军撤出波罗的海三国的立场和决定都没有改变，但不容忽视的是，撤军行动事关10万人的生活和命运，必须将这些人的社会保障置于首位。同年8月6日，科济列夫与波罗的海三国外长举行会晤时表示，俄方拟将撤军期限缩短到5年，即最后期限为1994年9月1日，但前提条件是必须就前述几方面问题达成一致。但是，波罗的海三国对俄提出的条件持有很大异议，并进一步要求俄罗斯在年内就将军队全部撤出。由此，撤军谈判时断时续，进行得十分艰难。
1992年9月，立陶宛总统兰茨贝吉斯访问莫斯科时，与俄罗斯方面就撤军计划拟定了协议，但在进一步的签署和执行中遇到了很多障碍，主要分歧在于立陶宛要求俄罗斯就驻军给所在国带来的损失进行赔偿，以及如何确定尚未撤出的俄军的地位等具体问题。1992年10月29日，叶利钦甚至还签署命令，暂停从波罗的海国家撤军。几经波折之后，为了促使俄罗斯军队早日撤出，立陶宛做出了让步，认同并保证俄罗斯运往其飞地加里宁格勒的军事物资拥有过境权，并承诺采取切实措施改善当地俄罗斯人的生活境遇。1993年7月10—11日，叶利钦与到访的德国总理科尔会晤，其间就俄罗斯从德国及波罗的海三国撤军的谈判取得了突破性进展。1993年8月，俄罗斯军队开始从立陶宛撤出。同年12月29日，俄国防部长格拉乔夫宣布：俄罗斯从捷克、匈牙利、波兰、蒙古、立陶宛和古巴的撤军工作已经完成。
以此为契机，俄罗斯与拉脱维亚和爱沙尼亚就撤军问题的谈判也取得了不同程度的进展。历经13轮的艰难谈判，俄罗斯与拉脱维亚做出了相互妥协的现实性选择，1994年4月30日，俄罗斯与拉脱维亚就撤军问题签署了最终协议。据此，俄罗斯方面放弃了在利那帕亚、斯克卢恩德、文茨皮尔斯等地保留军事基地的要求；而拉脱维亚则同意，凡1992年1月28日之前居住在该国的退伍军人及其家属均可获得长期居住权。根据该协议，截至1994年8月31日，俄罗斯军队从拉脱维亚全部撤出。
波罗的海三国中，爱沙尼亚在对待俄军撤出的某些具体问题上显得相当缺乏弹性，尤其是针对留在爱沙尼亚的俄罗斯退伍军人的法律地位问题，双方展开了迂回曲折的谈判。直至1994年7月26日，爱沙尼亚总统梅里访问莫斯科，两国总统签署了俄军撤离爱沙尼亚的条约。爱沙尼亚同意签署协定赋予居住在该国的俄罗斯退伍军人以本国公民的地位；俄罗斯方面承诺同年8月底将军队全部撤出爱沙尼亚。
（二）“每个人都有权拥有国籍”
俄语居民问题似乎已成了波罗的海三国，尤其是拉脱维亚和爱沙尼亚两国同俄罗斯相互交往中“永远的痛”，仿佛永不封口的伤痕，一再成为世人瞩目的关注点。
苏联解体前，波罗的海三国的俄语居民是相当有优越感的一群人，他们在人数上虽不能占据主体，但其拥有的各方面资源却令人仰慕。然而，江山易主，时局转换，目前，这部分俄语居民的生活光景大不如从前，甚至在国籍、公民权、选举权、干部任用、俄语地位等最基本的权利方面也面临威胁。这一问题也时常成为俄罗斯高举人权大旗回击波罗的海三国的武器。
事实上，因民族构成状况和比例的不同，立陶宛、拉脱维亚和爱沙尼亚等三国在俄语居民问题上所持的态度和采取的方式也是不能同一而论的。在立陶宛，一个世纪以来，立陶宛人在全部居民中的比例始终保持着绝对优势，是不折不扣的主体民族，苏联时期这一状况也没有发生改变。尽管俄罗斯人被认为是第二大民族，但人口规模远远落后于立陶宛人。因此，“立陶宛很少受那些两次世界大战期间住在苏联而在战后又随着苏联军队返回的，已经被俄罗斯化的立陶宛人的困扰”。所以，立陶宛在独立后与俄罗斯签署国家关系基础条约的时候，就采取比较和缓的“零方案”，即所有居民不分种族都可以成为本国公民的国籍法。因此，讲俄语的居民的地位问题对立陶宛和俄罗斯之间的关系并没有产生太大的影响。这也是同其他两个波罗的海国家相比，立陶宛与俄罗斯的关系较为平稳的主要原因之一。
相比之下，拉脱维亚和爱沙尼亚的民族构成状况却有所不同。截至1989年，俄罗斯人在拉脱维亚和爱沙尼亚两国的比例分别为34%和30.3%，在原苏加盟共和国中位居前列。据统计，目前居住在独联体国家和波罗的海三国的俄罗斯人约有1600万~2000万。由于波罗的海三国加入北约和历史上的欧洲传统，三国成为很多俄罗斯人向往的移民目的国，因此，拉脱维亚和爱沙尼亚总人口中俄语居民的比例不断提高，作为主体民族的拉脱维亚人和爱沙尼亚人的人口比重却持续下降。而这种人口比例趋势恰恰是这两国所不愿看到和心怀芥蒂的事情。因此，这两国独立后，在国籍问题上没有实行“零方案”，而是推行了相当苛严的措施，只有“二战”前的俄罗斯移民才可获得公民资格。因此，这一问题是两国同俄罗斯相互交往中的主要制约因素之一。1992年10月22日，俄罗斯外长科济列夫在议会工作会议上表示：“在保护俄语居民问题上，同拉脱维亚和爱沙尼亚打交道是很困难和复杂的。”1991年10月15日，拉脱维亚宣布：1920—1940年的俄语居民及其后裔将自动获得拉脱维亚的国籍。这意味着，只有28万俄语居民有资格获得拉脱维亚的国籍，而其余的几十万人则成了在选举、企业私有化和股份化、退休金领取和公用费用支付等方面没有相应权力的“非公民”，俄语也成了排在英语、德语之后的外语。面对这一切，俄罗斯强硬地表示：“俄罗斯要捍卫那些认为自己是俄罗斯人的居民的利益。”1994年6月，拉脱维亚正式出台了国籍法。
叶利钦随即对此发出了严厉抨击，并表示俄罗斯将重新调整对拉脱维亚的政策，并将采取切实措施。时任俄外长的科济列夫甚至宣称，俄罗斯可能使用武力来保卫境外俄罗斯族人的利益。如此愤懑的声音引起了国际社会的关注，拉脱维亚几乎是在一片“非议”声中不情愿地做出了“让步”。1995年，拉脱维亚议会通过的《无拉脱维亚或其他国籍的原苏联公民地位法》中规定，居住在拉脱维亚的所有原苏联公民均可获得与拉脱维亚公民同样的经济权利。在1994年国籍法的基础上，1998年，拉脱维亚议会对其作了进一步的“微调”，更多的俄语居民将因此获得拉脱维亚国籍。