义律一行眼见铁桥三一言不发的离开，自思自己这边再也无人能是周炳坤的对手，也都跟着悻悻地离开了总督府。方东树眼见义律其人在总督大人面前，飞扬跋扈，态度倨傲，毫不执礼，不由得心中气愤，加上他先前与周炳坤就认定此人他日会成祸患。当下便建言邓廷桢借，趁今日之机以狂悖失礼的罪名强行将其扣下。想不到的是在安徽巡抚任上一直对他以礼相待的邓廷桢，竟然脸有愠色，当众说道：“方先生饱学之士，岂不闻‘宰相肚里能撑船’？他一个小小英夷，即便张狂，本官乃是堂堂大清朝的两广总督，封疆大吏，岂能与他计较？以后这种小人行径，龌龊之言，先生休要在本官面前提起。先生累了，先下去歇着吧。”
方东树听见这话，知道邓廷桢是对自己的提议不满。但是如此生硬的语气和陌生的措辞，当作府里众人说出，也不免让方东树神情尴尬。他朝邓廷桢拱了拱手，脸色阴沉的回自己房里去了。周炳坤自然看出了方东树脸色不对，天黑之后就去找他，想要开解几句。方东树见周炳坤来劝慰自己，摇了摇手中的纸扇说：“炳坤，你来得正好。老夫在邓大人幕中为宾多年，自然不会因为这一句话心生芥蒂。老夫百思不得其解的，是大人向来有决断，这英夷义律是个祸害，以大人之精明，不可能看不出来。只是不知为何，大人竟容他如此嚣张？”
周炳坤说：“义律身为英国商务监督，应该是享有外交豁免权。要知道国家羸弱，国库空虚。邓大人忍气吞声，想来也是不得已而为之啊。”
方东树恍然道：“炳坤，你说的有道理。这件事邓大人确实不好处理。你我身为幕僚，拿着他丰厚的幕酬，是不是应该为其分忧啊？只可惜老夫是手无缚鸡之力，此事少不得还要依仗你才行。”
周炳坤说：“方先生的意思，是要晚生出手除掉此人吗？”
方东树说：“英夷义律，身边保镖众多，还握有火器。炳坤，你可要小心行事。”
这两人正商议着，却想不到邓廷桢突然一脚踹开方东树的房门，进来怒气冲冲地对他们说道：“方先生、周先生，敢问何为圣贤之道？你二位都是饱读圣贤之书，为何竟在此商议这等有悖圣贤教诲之事？难不成你们是要将这朝廷的总督衙门，当作江湖上鼠窃狗偷之地了么？！”说完这一句，也不等方、周二人出声辩解，就拂袖而去。
原来邓廷桢夜坐书房，想起自己白天对方东树说话的时候语气太重，自觉有些许不妥，就想找他去解释一下。没想到走到方东树的门前，却听到方东树与周炳坤在里面私自商议暗杀义律之事，不由得火冒三丈。想来这方东树是因为自己多年信任，所以才变得肆无忌惮。于是第二天一大早，邓廷桢就派人给这两人分别送去半年的幕酬，外加纹银两百两。
没有片言只语，方东树和周炳坤明白，这表示他们和邓廷桢之间的宾主之谊已经结束了。二人相视苦笑，各自将自己的行李收拾好，打成一个包裹背在肩头，掩上房门，就离开了两广总督府，甚至都没有跟周小希他们打招呼。这二人出了总督府大门，抬头看了看阴云密布的天空，长叹一口气，就离开了广州。两人一路北上，历经半月有余，方才回到东乡。
方东树和周炳坤二人离开总督府北归的消息，让义律更是表现得有恃无恐，对总督府是百般挑衅。邓廷桢对此显得特别大度，只是督促水师提督关天培，要他密切监视和控制码头道口，组织水师加强海岸防线。他自己与关天培一起涉海登山，在虎门设计了三道防线。为了加强海防力量，他还将自己从东乡带出来的二十名亲兵，全数交给了关天培，帮助他训练水师。不仅如此，邓廷桢还通过明查暗访，封闭了数百个内地窑口，捕获走私和滞留在内河、内洋的鸦片船只。只是不敢对以义律为首的洋人，采取哪怕是限制自由的行动。
邓廷桢虽然百般忍让，终究还是没能避免战争爆发。这场因为鸦片的战争打响以后，东南各省官员纷纷避战退让，惟恐向英国人开一枪一炮，得罪了他们，大多是见到英国人的舰船旗帜就弃地弃城而逃。只有关天培不顾英军的最后通牒，坚持抗战到最后一息，与守卫炮台的将士们一起全部壮烈牺牲，这其中也包括了东乡二十名勇士。
鸦片战争爆发时，方东树蛰居在陆山庄，看到国家如此羸弱，不堪一击，痛心切齿之中忧愤成疾。他匍匐在病床上，一笔一字写下万言书《病榻罪言》，一条条批驳朝廷中投降派的谬论，然后又以慷慨激昂的语调，从战略方针到具体措施，事无巨细，直言无隐，提出自己的主张和办法。为保险起见，他特地派人请周炳坤与他一道斟酌修改，最后又亲自工工整整誊抄了一遍，委托周炳坤将该文转呈浙江军门卞士云，请卞士云代他上奏朝廷。道光皇帝哪里会将一个小民的话当一回事，他看都没看。只是在朝堂上稍稍翻了一下，就传谕嘉奖方东树的一腔爱国热情。方东树听到道光皇帝“爱国之心可嘉”的褒奖之后，紧紧握住周炳坤的双手，痛哭流涕，作诗曰:“敢将微贱忧天意，漫托虚空饷远思。老死端无陈事日，新书始见属辞时。”
不几日，周炳坤听到周小希等人全部在虎门为国捐躯，闭门痛哭了三天三夜，自此抱恙在准提庵，很少出门了。虎门失守，关天培全军覆没。议和中朝廷割地赔款，大清颜面尽失。道光皇帝龙颜大怒，一道圣旨，严词斥责邓廷桢在广东任职多年，懈惰因循，不加整顿，所设排练空费钱粮，全无实用。传谕对邓廷桢从严处理，罢官夺职，发配伊犁军前效力，以赎其罪。