1999年12月，三明市成立医疗保险制度改革工作领导小组。2000年12月25日，下发《三明市市级职工基本医疗保险实施细则》等9个规范性文件的通知。2001年1月1日，《三明市城镇职工基本医疗保险制度》正式启动运行。同年10月31日，市政府为解决基本医疗保险参保人员超基本医疗保险统筹基金最高支付限额以上的医疗费用负担问题，制定《三明市城镇职工商业补充医疗保险暂行办法的通知》，选定商业保险机构，原则上每三年进行一次招标。当年，全市参加商业补充医疗保险的保险94007人，人均保费31．6元，起付标准为3．2万元。2005年，三明市制定《三明市直单位公务员医疗补助办法》。2001～2005年底，市本级共为公务员提供医疗补助37256人次，补助金额达1336．67万元。2012年，全市职工基本医疗保险基金收入77296．86万元，较2011年同期净增10270．06万元，征缴率达99．996％。其中，统筹基金收入4015．91万元、个人账户收入33280．95万元。全年全市职工医疗保险基金结余5217．78万元。其中，统筹基金结余369．85万元、个人账户结余2847．93万元，加上省上政策补助和转移收入等，实际建账收入节余1．15亿元，统筹基金累计结余由3．71亿元增加到4．86亿元。
6．工伤保险
1994年，实行《福建省企业职工工伤保险试行规定》，全市参加工伤保险96248人。1995年1月1日，三明市开展工伤保险统筹工作。工伤保险基金的筹集，根据行业风险类别实行差别费率，以职工工资总额为基数征收，工伤保险费由企业缴纳，职工个人不缴纳。同年，全市参加工伤保险176923人。
004年7月，三明市下发《三明市人民政府关于工伤保险有关部门问题的通知》，工伤保险基金实行市及县（市、区）级统筹，逐步向全市统筹并轨；实行设区市、省级两级调剂金制度。2005年，全市参保企业职工172400人，基金征收570．93万元。2012年，全市工伤保险参保人数为26．16万人。
7．生育保险
1995年1月1日，将乐县政府在三明境内率先出台城镇企业女职工生育保险暂行规定。随后，明溪、梅列、大田、沙县、宁化等县政府也陆续出台城镇企业女职工生育保险暂行规定。1996年，全市参加生育保险33737人。1997年7月24日，三明市下发《关于印发〈三明市企业职工生育保险实施办法〉的通知》。从1997年7月1日起，生育保险基金按统筹企业职工工资总额的0．7％征收（工资总额构成以国家统计局规定为准）。参保女职工分娩时，其接生费、手术费和药费经审核符合国家规定公费报销范围的予以实报实销，但最多限额为三明、永安两市的顺产者1000元、难产者2500元，其他各县顺产者800元、难产者2000元。1999年1月1日起，女职工晚育并领取独生子女证的，顺产的产假为135天、难产的产假为150天。同年，全市参加生育保险151351人。2012年，全市生育保险参保人数为20．49万人。
四民族、宗教与民间信仰
1．民族乡
永安市青水畲族乡1987年设立。全乡辖21个行政村（其中，畲族村7个，为青水村、汀海村、际头村、百芑穈村、沧海村、罗溪村、三房村），63个自然村，总人口1．67万人。其中，畲族人口5600多人，占全乡总人口的33．1％，基本分布在7少数民族村中。畲族姓氏主要有钟姓和兰姓。
宁化县治平畲族乡2000年10月设立。全乡设12个行政村（其中，9个为民族村），100个自然村。全乡13152人。
其中，畲族4022人，占全乡总人口的30．58％，分别居住在9个行政村，35个村民小组中，都是最边远的边界山区。他们都是雷、兰两姓的后裔。
2．民族村
至2012年，全市共有42个民族村。其中，永安市有12个民族村，分别为青水畲族乡汀海畲族村、青水畲族乡青水畲族村、青水畲族乡沧海畲族村、青水畲族乡际头畲族村、青水畲族乡百芑穈畲族村、青水畲族乡三房畲族村、青水畲族乡罗溪畲族村、洪田镇林山畲族村、曹远镇蔡地畲族村、青水畲族乡黄景山畲族村、青水畲族乡柯山畲族村、洪田镇大科畲族村；宁化县有19个民族村，分别为治平畲族乡坪埔畲族村、水茜乡庙前畲族村、方田乡泗坑畲族村、城南乡茜坑畲族村、安远乡硝坊畲族村、治平畲族乡治平畲族村、治平畲族乡下坪畲族村、治平畲族乡社福畲族村、治平畲族乡光亮畲族村、治平畲族乡高峰畲族村、治平畲族乡湖背角畲族村、中沙乡下沙畲族村、泉上镇泉永畲族村、方田乡泗溪畲族村、治平畲族乡泥坑畲族村、治平畲族乡高地畲族村、石壁镇溪背畲族村、安远乡东桥畲族村、城郊乡旧墩畲族村；清流县有4个民族村，分别为嵩溪镇嵩溪畲族村、嵩溪镇青溪畲族村、龙津镇基头畲族村、余朋乡太山畲族村；大田县有2个民族村，分别为前坪乡山川回族村、桃源镇东坂畲族村；尤溪县有1个民族村---西滨镇后坪畲族村；沙县有1个民族村---大洛镇昌荣畲族村；梅列区有1个民族村---徐碧街道洋山畲族村；明溪县有个民族村---枫溪乡官坊回族村；建宁县有1个民族村---濉溪镇器村畲族村。
3．佛教
西晋太康二年（281），佛教传入福建。南北朝时，传入建宁，并修建有长吉寺、香林寺等。唐武德三年（620），佛教传入将乐县，“证觉寺”始建。唐武德年间（618～626），云游僧人来到清流曹溪（现称“灞涌岩”）结草为庵，后定光到此主持佛事，并重新扩建“金莲寺”。唐永隆年间（680～681），佛教传入泰宁县，先后建立“感化寺”、“皈仁寺”、“善缘寺”、“罗汉寺”等寺庙。唐开元前后，佛教传入明溪（当时属宁化辖区），并于开元九年（721）由僧人道均、道行在明溪的枫溪瓦子坪（原为“瓦翠坪”）建造“聚龙禅寺”。同时，永安、尤溪、沙县等地也有较多的佛教活动，并兴建“招化寺”、“保安寺”、“龙泉寺”等寺庙。明代，佛教传入大田县，明嘉靖年间（1522～1566）兴建“赤岩寺”。明清时期，将乐佛教信徒派生出一种新教，称罗清为始祖。新中国成立后，贯彻宗教信仰自由政策，各地成立各种佛教组织，民主管理寺庙事务。“文革”期间，寺庙、佛像被捣毁，僧尼被驱逐。中共十一届三中全会后，落实宗教信仰自由政策，佛教活动逐步恢复。
994年，开展宗教活动场所登记发证工作。三明市第一批登记发证的佛教活动场所有106处，占全市第一批登记发证的宗教活动场所总数的93．81％。至2005年，全市有僧侣达444人、尼姑463人、信徒10万多人，经市宗教事务部门批准正式登记的佛教寺庙的585座（处）。2012年，三明市召开首届慈航文化研讨会。
4．道教
东汉永建年间（126～132），南昌尉梅福入闽，隐居于泰宁境北长兴上青溪的“栖真岩”习道炼丹，为道教入闽之始。唐武德元年（618），道教传入宁化。南宋初，女真族人信奉的“正一教”、“全真教”传入泰宁；宋开禧三年（1207），传入将乐；宋开禧十一年（1215），传入沙县，各地相继修建一些宫观、道院。明正统十三年（1448）二月，邓茂七利用道教，起兵造反。据清乾隆《龙岩州志》载：“邓部逼岩境，民有为之向道。”新中国成立初期，宫观、道院大都被地方政府没收或移作他用。“文革”期间，道教活动被迫停止。中共十一届三中全会后，各地道教活动逐渐恢复。1997年，沙县道教协会、尤溪道教协会相继成立，填补三明市长期以来没有道教协会的空白。至2005年，全市有道教宫观127座，信徒达1．1万多人。2012年11月，省道教协会会长、省石竹慈善基金会理事长谢荣增代表福建省石竹慈善基金会向永安市民族中心小学捐赠100万元，赞助兴建教学楼。
5．基督教
清同治十年（1871），基督教由永春传入三明境内，分布在大田、建宁、泰宁、清流、将乐、宁化等地。美国传教士薛承恩、武林吉由永春至大田传教，并在城关设立“美以美教福音堂”。清光绪八年（1882），邵武基督教总堂牧师黄道真到建宁传教。牧师唐乐尔（美国人）在建宁下坊购民房一座作为“福音堂”。光绪十九年（1893），美国传教士和若瑟到泰宁传教，在城内租一民房作“福音堂”。清光绪二十一年（1895），邵武的范贤师在泰宁的朱口租一房宅作为教堂进行传教。光绪二十九年（1903），汀州基督教会派牧师周之德到清流传教。宣统三年（1911），邵武牧师俞鸣谦到将乐传教。民国初年，长汀县河田人官锡福和古田县人康信安到宁化县传教。民国2年（1913），汀州教会派牧师巫奎光、詹佳德（女，英国人）、修中成（美国人）、王用章、魏慕贞、伍子杰、王接恩、巫少堂等人到清流协助传教，并在清流县城关南山刘家巷口租一民房作为教堂。民国17年，美以美教会在大田发展教徒2700名，有30所教堂。1950年，将乐成立基督教三自爱国委员会。1954年，宁化县基督教三自革新运动委员会成立。“文革”期间，三明境域各地教会停止活动。至中共十一届三中全会后，各地教会逐步恢复活动。1994年，全市基督教首批通过登记发证的教堂、聚会点共有20处。至2005年底，全市经宗教事务部门批准正式登记的基督教堂（点）156座（处），教徒达1．8万多万人。2012年10月，召开三明市基督教两会第五次代表大会。
6．天主教
清康熙三十六年（1698），天主教西班牙司铎安民教士从福州到将乐传教，并在城关建造天主教堂。清时，建宁县也有天主教信徒，并建有天主教堂。民国元年（1912），法国人司铎冯孟熊在青州建立沙县的第一个天主教组织。同期，西班牙神甫薛炳笃到将乐传教，有教徒3400多人。民国23年，德国的司铎宁定邦、张仁沛和李树德到泰宁主持天主教会工作。民国33年春，捷克神甫博仕途、修女袁德贞（上杭人）和传道员李裕亭至宁化县城关设堂传教。1954～1956年，南平樟湖板及莆田平海两地天主教传入尤溪县。“文革”期间，教会停止活动。至中共十一届三中全会后，各县（市）天主教活动逐渐恢复。1994年，全市开展宗教活动场所登记管理工作。天主教首批登记教堂3处。1999年，三明市成立“三明市天主教工作领导小组”和“天主教专项工作组”，着手对三明市天主教现状进行调研。2000年1月12日，三明市天主教爱国会正式成立。至2012年，全市各县（市、区）天主教有教堂（点）14座（处），教徒3000多人。
7．民间信仰
民间信仰信仰基本上分为大自然崇拜、神灵崇拜、祖先崇拜和人物崇拜。在生产力极度低下，思想蒙昧的阶段，人们往往对于宇宙中的自然现象，包括对天象---风、雨、雷、电、火和自然物质---木、石、水、土、动物、植物等等的无知，而产生出对某种自然现象和物质的依赖和畏惧心理。大自然崇拜的偶像是玉皇大帝、土地公、山神、河神以及高山、石笋、石祖、石臼、风水树、风水林等等。对神灵的崇拜主要出自对神的敬畏和为了求得心灵上的慰藉。崇拜的神灵有五谷仙、真武大帝、灶公灶母、千里眼、顺风耳、和合二仙等。在客家人聚集的地方，都有祖先崇拜，或开山祖，或延续几代的老祖宗肖像，称之为“祖宗图”，把他们高束在正厅的堂上，供子孙朝拜，以示缅怀和乞求他们的保佑。古时候，人们对崇敬的历史人物，往往神化，把他当作神灵供祀。如三明境域各地都建有“孔庙”，祭祀孔子。三元、梅列、沙县、永安、明溪等地遍布“四贤祠”，祭祀杨龟山、罗从彦、李侗、朱熹。有的地区在对神化了的历史人物祭祀时还形成庙会，如关公、妈祖、张公、惠利夫人等庙会，形成一种习俗。