研究会下设学术研究组，对研究会的工作计划、学术活动、人才培养、编辑出版等工作提出建议；协助研究会组织指导学术活动和人才培养；审核鉴定提交研究会的学术论文、报告或以研究会名义出版发行的资料、刊物、专着、论文集、电影、录像等。学术研究组分为历史、宗教、艺术、文献、石刻保护等组，由研究会成员组成。学术研究组的行政工作由研究会秘书组兼办。
房山云居寺石经研究会成立后，凝聚季羡林等众多顶级专家，投第一排右起：吴梦麟、杨仕、赵其昌、于杰、王永兴、季羡林、周绍良、李希泌、黄炳章、王绪成；第二排段汝连（右一）、徐平芳（右二）；第三排右起：田福月、罗炤、唐汝耦、苏双壁、徐自强、徐宝善等专家考察石经保护。
身云居寺和石经保护的研究，并呼吁保护石经，为政府部门的石经保护工作提供了重要的学术支撑和舆论基础。
5．世纪之交的石经回藏
多年来，北京市委市政府一直极为关注房山石经的保护。云居寺修复工程启动后，房山石经的保护，成了历次云居寺修复市长办公会的重要议题。
在1985年11月4日云居寺修复委员会第二次现场办公会上，北京副市长、云居寺修复委员会主任陈昊苏指出：“云居寺修复的目的主要用于石经的保护与研究，希望采取最先进的技术保护好所有石经。”北京市文物局副局长彭思齐说：“云居寺与石经不可分割，对石经山的开发利用应拿出计划，决不能做对石经保护不利的事情，市文物局决定与国家文物局联系，首先投资，尽快对石经进行保护。”
石经保护也牵动着国务院领导的心。1986年4月27日，国务院副总理田纪云到云居寺视察。中共北京市委书记李锡铭、北京市长陈希同，市主要领导王宪、陈俊生、柳德年、田一农、赵维臣、阎彤、邱晴、黄纪城等陪同视察，田纪云等此行的目的就是考察包括石经在内的云居寺文物保护情况。三天后，云居寺天王殿、毗卢殿落成。赵朴初、陈昊苏等来云居寺出席竣工典礼。陈昊苏在讲话中强调了云居寺的四项功能，其中包括石经研究、文物保护。
上世纪90年代末，北京市政府经多年的探索，终于迈出石经保护的重要一步——决定建造现代化的地宫，将云居寺内的辽金石经重新回藏保护。
石经回藏缘起于北京委、市政府在云居寺召开的一个研究石经保护的会议。那是1998年4月3日下午，中共北京市委副书记李志坚、市委常委宣传部长龙新民、北京市政府副市长刘敬民等来到云居寺，他们约请有关专家，在云居寺召开现场办公会，专门研究馆藏石经的保护问题。会议认为，把这些石经按照原来方式重新归藏于地下，是防止石经风化的最佳方案。石经回藏，既有利于石经的保护，又有利于石经的合理开发利用，是一个科学、合理、实用的保护措施。后经多次研究论证，最终决定把石经回藏地下，石经地宫设计由北京古建设计所所长韩扬负责。会议决定于5月6日召开云居寺石经回藏新闻发布会，有关新闻宣传方案提前上报市委宣传部。1999年9月9日举行辽金石经回藏庆典。此项工程由北京市副市长刘敬民主持。
中共北京市委书记贾庆林对石经回藏保护非常重视，1998年4月25日，至云居寺调研，实地考察云居寺和石经保护现状，肯定了辽金石经回藏的保护思路。贾庆林要求辽金石经回藏后，要把云居寺原来的展室利用好，把石经、纸经、木版经一同精心展示出来，云居寺尚未恢复的古建筑要抓紧恢复。市有关部门就石经回藏方案征求了国家文物局的意见。
石经风化问题，一直牵动着一个老人的心，这就是全国政协副主席、中国佛教协会主席赵朴初。当中共北京市副委书记李志坚就辽金石经回藏的设想和云居寺文物保护的相关事宜拜访他的时候，赵朴初非常高兴，他表示，十分感谢北京市委、政府对云居寺文物及石经保护所给予的重视，赞成“地宫式回藏”保护方案和庆典仪式具体时间安排，并同意举行石经回藏庆典时由佛协邀请名寺名僧组织法会。赵朴初亲题“石经地宫”，并即席赋《房山石经辽金刻碑回藏颂》诗，盛赞这一保护石经的善举：
辽金宝藏，应机出现。拓印流传，光腾赤县。
宏愿深心，永怀列祖。功德今圆，还归故土。
很快，文物部门拿出了石经地宫的初步设计方案。5月5日，刘敬民又来云居寺现场办公，检查4月3日办公会的落实情况。房山区委书记单霁翔、北京市文物局长梅宁华分别汇报了各项工作的进展情况，房山区文化文物局长郑树柏汇报了目前石经风化情况，北京市古建研究所所长韩扬汇报了石经地宫设计方案——整个地宫950立方米，净空间810立方米；石经分9层码放，留有通风道并作防水防潮处理；地宫设瞻经窗11个，设有参观走廊。工程投资约60万元。
与会人员围绕石经回藏进行研究，提出下一步工作的具体意见：
一是房山区政府、北京市文物局抓紧编制云居寺文物保护及石经回藏规划方案，尽快上报市政府及有关领导；二是北京市古建研究所尽快完成石经回藏详细和正式图纸，一并上报；三是有关此次石经保护开发利用的各项工程项目要开始动作起来，北京市财政和市文物局拨款100万元支持；四是房山区抓紧石经回藏新闻工作，拟出文字生动的宣传提纲，经由北京市委宣传部审定后报李志坚副书记，力争在房山区第四届旅游文化节期间召开新闻发布会。
初步方案出台后，北京市政府加紧方案的论证和完善。5月31日，北京市政府邀及专家学者、人大代表、政协委员就云居寺文物保护和石经回藏召开研讨会，进一步提出了地下藏经设施采取地宫式建筑，利用恒温、恒湿、充氮等现代科技手段提高石经保护质量，同时便于参观的保护方案。
回藏活动的组织工作紧锣密鼓。6月13日，刘敬民第三次在云居寺召开现场办公会，会议决定成立北京云居寺石经回归活动组织委员会。6月15日，北京市有关领导和房山区委区政府领导在云居寺召开石经回藏工作会议，研究决定成立宣传组、捐赠组、工程设计组、庆典组、服务保障组，落实回藏的各项工作积极推动回藏工作进展。
6月20日，北京云居寺石经回归活动组织委员会成立。总顾问：
中国佛协会长赵朴初；顾问：中华慈善总会会长阎明复，北京市委副书记、市委常委宣传部长龙新民；主任：北京市副市长刘敬民；秘书长：北京市文联党组副书记崔恩青。
同日，房山石经回归活动首次新闻发布会在房山区韩村河镇的韩村河山庄召开，北京市文物局长梅宁华代表石经回藏组委会做新闻发布，韩扬介绍了石经回藏工程的设计构想。各新闻媒体把石经回藏的消息发布到海内外。
为做到万无一失，8月25日北京市科委邀及有关专家学者就石经回藏保护问题，在云居寺座谈。罗炤、北京建筑设计院高级建筑师张开济、北京大学考古系教授马世长、中国社科院地质所研究员周昆叔、国家文物局古建专家组组长罗哲文等出席。与会专家经研究讨论达成共识：石经埋藏地下800年时间完好如初，出土40年来自然损坏程度远远超过历史，回藏保护是防止风化的可行之策，体现了保护为主，抢救第一的方针，是科学、合理、经济、实用的最佳方案。