1980年4月20日，在拨款没有到位的情况下，房山县政府先期开始石经库房改扩建工程。从南尚乐乡购红机砖，又从本县大石河购进楼板，房山县县长吕镒亲自联系当地驻军支援吊车，经过七天的紧张工作，完成吊装。县政府指派文物科段汝连为现场指挥，田福月为副指挥，4月26日，租用河南铲车开始平整地基，历时五天完成。5月6日，木料、砖灰、沙等建筑材料全部到位。5月10日，北京市建委佟征主任、徐继林处长，来云居寺了解石经库房建设情况，于当月拨款15万元。7月5日，吕镒县长到云居寺，查看石经库房建设进度。10月20日，10082块辽金石经按照出土的编号，在改扩建后的石经库房和展室内上架入库。全部石经分三层放在156个钢架上，极大地改善了辽金石经的保护条件。到12月，石经库房改扩建工程全面竣工。共建石经库房24间526平方米，石经展室9间420平方米，南北配房各3间。从此，石经由封闭在库房保护，变为开放式存放，配合展室布展，可供参观。
谷牧的视察，同时引起北京市政府对保护石经的高度重视，石经保护提上议事日程。1981年8月27日，中共北京市委书记段君毅、北京市市长焦若愚、市人大副主任王宪来云居寺考察石经保护。10月8日，北京市副市长白介夫，北京市文物局长刘子章、文物专家吴梦麟到云居寺，研究石经保护问题。
2．与联邦德国合作的前前后后
1985年10月，云居寺管理处来了一个黄发碧眼的外国人，他来自联邦德国，名叫W.克劳斯。W.克劳斯出身于德国的汉学世家，他的父辈和子女都从事汉学研究，他本人虽从事自然科学研究，但对汉学有浓厚兴趣。在联邦德国，他是权威核科学家，在科学界有着显赫的地位，他主持联邦德国卡尔斯鲁厄核研究中心的科研，这是一所世界最大的和平利用核能机构之一，与中国的核工作部、中科院、北京大学均有联系和合作，W.克劳斯任该中心主席。他此次中国之行，原本是受世界银行的派遣来中国考察该行对中国大学第一批贷款的使用情况。当W.克劳斯考察北京大学的时候，北京大学得知他对汉学的兴趣，邀请他到云居寺参观。由谁去陪同这位尊贵的德国客人呢？北京大学想起了中国社会科学院的着名专家罗炤。这位专门从事佛教研究的专家，从1981年就和云居寺结下了不解之缘。这年3月，在中国社会科学院攻读博士学位的罗炤，从北京城里骑自行车长驱80公里来到云居寺，在文保所一间小屋里，解下简单的行李，一住就是一年。他此行的目的是撰写毕业论文。他了解房山石经的价值所在，对云居寺产生了浑厚的兴趣。撰写论文之余，罗炤研究云居寺碑刻文献，隋大业年间安置于石经山雷音洞拜石下的佛舍利被他发现。完成毕业论文后，罗炤惦记的还是石经的保护，他了解到因环境污染、渍水浸蚀，石经出现风化剥蚀，感觉到事态的严重。所以当受北京大学之邀陪同W.克劳斯去云居寺参访，他欣然接受了。
在云居寺和石经山，W.克劳斯为房山石经这一人类文化奇迹所震惊，同时对石经的保护状况感到担忧。回京的路上，W.克劳斯对身边的罗炤说：“罗博士，联邦德国政府有一笔保护东方文化遗产的基金，以往用于印度，回国后，我准备向政府建议用来资助房山石经的保护。”W.克劳斯看了一眼罗炤问道：“中国政府是否接受这种帮助呢？”罗炤听到这个建议非常兴奋，当即表示：“我将向有关部门反映。”
W.克劳斯果然言而有信，回国后，他立即找到联邦德国政府决定东方文化遗产保护基金投向的科技部部长，通报了他的云居寺之行，向这位部长说明了房山石经的重要的文化价值，建议部长将东方文化遗产保护基金用于云居寺和石经的保护，部长听后深感兴趣，并为此专门征询了联邦德国汉学家们的意见。在获得了一致认可后，欣然采纳了W.克劳斯的建议，并为此做了部署。他要求科技部向中国政府发出一份《备忘录》，通过外交途径正式与中国政府磋商，形成政府间的正式协议。
后因德方提出要把石经版送到德国处理，文物部门考虑到有悖于中国现行的文物法规，故最终未能达成协议。在终止合作之后，国家文物局、北京市文物局积极推进石经保护，1989年9月6日，北京市文物局长王金鲁带队，协同文物专家高念祖、荣大为、赵讯、傅公钺、胡延长来云居寺进行石经风化情况调查。调查结束后，专家们交换石经保护意见，荣大为感觉到石经保护的急迫性，他说：“石经的风化不止山下库房部分，石经山藏经洞内经版更为严重，应尽快拿出预防措施。”高念祖提出可用有机硅进行保护，有人提出不同意见，一是涂完有机硅不能再拓印；二是可能在若干年后，石经表面会整体脱落。王金鲁局长做三点指示：一是石经风化情况立即向市政府报告；二是对于风化严重的石经采取补救措施；三是在近期补救的同时，进行长远规划。
一直关心关石经保护的罗炤于1987年一度赴国外讲学，这年9月，他结束了一年的国外讲学生涯，回国不久，便往云居寺查看石经，愈感到保护的急切。11月，罗炤积极向国家文物局和北京市文物局反映石经风化情况，建议采取紧急措施抢救，引起国家文物局和北京市文物局的重视。国家文物局长张德勤、北京市文物局长王金鲁分别做出批示，并亲自给罗炤回信答复，派出专家到云居寺实地考察，随即安排了石经病害调查。
1990年春，北京市文物局协同房山县政府，邀请国家文化部文物保护科学技术研究所，对石经的主要病害及其治理进行专门调查。3月，国家文物局长张德勤、副局长张柏及王方东、王瑞，分别察看了石经山藏经洞和山下石经库房石经风化情况。重点研究三个问题：一是石经山藏经洞石经今后如何保护；二是石经库房的辽金石经是否可建石经博物馆；三是资金如何解决。
文物保护科学技术研究所很快完成了石经病害调查，并于4月26日形成调查报告。报告指出：
石经山第3洞与第4洞之间有大裂缝，危石有脱落危险，第4洞与第5洞之间有渗水，打开的第5洞，洞内西壁面石经已完全风化，字刻脱落或模糊。从西壁面风化的情况看，崖壁面有渗水造成洞窟石经风化。第5洞上方崖层上部曝经台有洞穴，走向与渗水走向相同，怀疑此洞积水造成第5洞渗水和4、5洞之间渗水。其他藏经洞石经是否在风化，从整个雷音洞内情况来看，应有渗水造成石经风化。从1956开洞发掘，已有34年，自然环境条件在恶化，究竟风化如何，尚需发掘进一步调查。辽金石经现存放库房内，相互挤压存放，不利石经保护，应该互相隔开，但与藏经洞石经相比，相对安全。报告提出四点建议：一是请地质队对九个藏经洞崖壁周围进行水文地质勘察。查明裂隙走向、稳定性、渗水情况、雨季出水量和渗水源；二是对九洞周围进行立体近景摄影。实地测绘1∶500地形图、立面图和剖面，备今后工作加固设计使用；三是对曝经台洞穴进行物探测量，测出洞穴内延伸情况和与周边一裂隙的关系；四是在上述基础上召开专家会议，论证确定工程维修加固和风化石经保护方案。
4月27日，文物保护科学技术研究所向北京市文物局进一步提出了以治水为主的七点建议：一是云居寺管理处应抽出两人与文物保护研究所技术人员配合，负责全面治理工作；二是立即展开石经山藏经洞区域地形图、洞窟平面位置图、剖面图及立体近景立面图的测绘工作；三是对石经山进行水文地质调查，提供地层、构造、岩性、裂隙、水位、水源，干湿季节涌水量及主要流水通道等一系列地质资料；四是雷音洞上曝经台附近有一洞穴，可能与现在渗水有关，要探明洞窟位置、形状、走向及延伸，同时探明岩体内部裂隙的具体展布方向，裂隙宽度、是否有岩溶洞穴；五是以上述图纸资料为基础，展开以治水为主、加固为辅的设计工作，拿出1-2套设计方案供专家论证，完善后实施；六是对洞窟内部进行表面风化处理，与此同时对部分风化严重的石经做必要的渗透加固工作；七是建议石经山藏经洞内四千余块石经从洞窟内搬出，存入库房，洞窟潮湿、污染严重，长期放置，可能造成石经风化加速。文物保护科学技术研究所附带建议在勘测洞窟的同时，进行洞窟调查和考古研究工作。
为解决石经保护的燃眉之急，11月，国家文物局拨款七万元，用于石经的抢救性保护。
3．李瑞环批示保护石经
1992年5月16日，中共中央政治局常委、中央书记处书记李瑞环和往常一样来到自己的办公室，他发现一封写给他的来信，是由中共中央办公厅、国务院办公厅信访局两天前转来的，写信的是中国社会科学院宗教所有突出贡献的专家罗炤。
罗炤在信中写道：李瑞环同志：您好！今天看到您在全国文物工作会议的讲话，感奋万分！作为一个炎黄子孙和文物学术工作者，我完全赞成您提出的“先救命，后治病”的原则，和“保护为主，把保护放在首位”的方针。然而，房山石经由于管理不善、环境污染、渍水浸蚀严重风化剥蚀的情况。“特别是近四五年碑石蚀损程度超过以往1300年的自然风化。”罗炤在信中建议：尽快在云居寺建一座房山石经博物馆，将石经连同云居寺收藏的大量佛教珍贵集中保管、陈列，馆内保持干燥，形成良好的人工小环境，有利于石经保护。李瑞环看过来信，沉思片刻，立即批示给中共中央宣传思想工作领导小组秘书组的李昌鉴：“请昌鉴同志了解提出意见。”李瑞环的批示很快下达到李昌鉴手中。
6月26日上午8时，云居寺管理处主任田福月在云居寺迎来了三位客人，为首的便是李昌鉴，陪同前来的是国家文物局副局长张柏和北京市文物局副局长彭思齐。鉴于李瑞环对罗炤来信反映石经保护问题的重视，李昌鉴早早地来到云居寺了解石经损坏情况。此后，在云居寺会议室，与房山区委、区政府负责人及房山区文化文物局局长郑树柏、云居寺文物管理处干部座谈研究石经的保护问题。
6月29日，李昌鉴以中共中央宣传思想工作领导小组秘书组的名义，向李瑞环做了书面汇报，大意如下：（1）房山石经与万里长城、敦煌并列为中国三大千年工程，规模宏伟，确系世界罕见的文物宝藏。1961年被国务院列为全国重点文物保护单位。由于保管不善，环境污染，渗水浸蚀，石经剥蚀严重，特别是近几年，剥蚀速度更为加快。因此，亟须采取措施抢救保护。（2）文物界对如何保护石经存在争议，因而至今没有拿出可行的保护方案。大致有两种主张：一是用化学树脂等原料涂抹；二是建一个人工调温度、温度、空气的石经博物馆。（3）鉴于以上情况，建议北京市文物局、房山区政府和云居寺文物管理处，约请专家论证，尽快提出房山石经保护方案，报北京市人民政府和国家文物局，列入文物抢救规划。在保护方案未确定实施之前，根据“先救命，后治病”的原则，宜应从速采取紧急措施，解决山顶藏经洞的渗水问题。
向李瑞环汇报后，李昌鉴又于9月3日，将罗炤给李瑞环的信转北京市文物局，并随件致便函：“北京市文物局：此信已经李瑞环同志批阅，现转给你们，希望尽快商定保护石经的方案，进展情况希告知我们，以便向瑞环同志报告。”落款：“中共中央宣传思想工作领导小组秘书组”。
北京市文物局长王金鲁看到罗炤的信及来函，立即指示荣大为带一个班子赴房山区，尽快拿出一个保护抢救方案，一周内报中共中央宣传思想工作领导小组秘书组。9月8日，荣大为带领文物专家来云居寺，与房山区文化文物局副局长苏宝敦，文物科沈书权、李旺等讨论石经抢救方案。9月14日，国家文物局副局长张柏、北京市文物局荣大为再来到云居寺，进一步落实李瑞环指示，与房山区文化文物局局长郑树柏等研究石经保护问题。北京市文物局很快拿出抢救方案，并按照来函要求上报。
李瑞环的批示，极大地促进了石经保护的进展，后来的一系列保护工作，都是以落实李瑞环批示为基础进行的。
4．季羡林领衔石经研究会
就在北京市、房山区落实李瑞环批示，研究石经抢救措施之际，学术界专家纷纷行动起来，旨在研究保护房山石经的房山云居寺石经研究会在房山区成立。
说到石经研究会的成立，不能不提到吴梦麟和徐自强伉俪。在当代云居寺史，出现最多的专家的名字就是吴梦麟，吴梦麟上世纪70年代就为云居寺修复和石经保护奔波，身为吴梦麟丈夫的徐自强，对房山云居寺和石经的研究和保护极为关注。徐自强是北京图书馆专家，1987年他邀及季羡林来云居寺参访。其间，看到云居寺历时一千余年刊刻的石经和寺内外数不清的珍贵文物，季羡林被房山石经巨大的历史文化价值所震撼。徐自强提议成立一个研究会，建议由季羡林任会长，季羡林竟然没有推辞，后来他说明了没有推辞的原因，是因为“这个工作非常重要，非常光荣”。
经过历时五年的筹备，1992年9月21日，房山云居寺石经研究会终于在房山区成立。季羡林兴致勃勃地在成立大会讲话，对房山石经给了极高的评价。他说：“房山在北京市，在全中国，甚至全世界有它独特的地方，这就是有云居寺的石经。敦煌洞窟很多，藏经也很多，世界上独一无二，是了不起的，敦煌学在世界上称为显学。那么云居寺呢？房山石经也是世界上独一无二的，没有哪个国家，哪个地方有那么多刻在石头上的佛经。因此说，云居寺是‘北京的敦煌’。”季羡林表示，“这句话只成立一半，敦煌也可以是甘肃的云居寺。云居寺的地位是无以伦比的”。
大会通过了《房山云居寺研究会章程》，《章程》规定：研究会全称“中国敦煌吐鲁番学会北京房山云居寺石经研究会”，简称“房山石经研究会”。研究会是中国敦煌吐鲁番学会的一个下属专业委员会，是学术研究与学术咨询组织，在顾问、会长、副会长指导下进行工作，会址和秘书处设在房山云居寺管理处。
研究会设顾问若干人，会长一人，副会长若干人，秘书长一人，副秘书长若干人。正副会长、秘书长由会员大会选举产生，顾问由理事会提名，会员大会通过。正副会长、秘书长组成理事会，下设秘书处负责处理日常事务。