山上的石经拓印完毕时，山下藏经地穴的发掘也接近尾声。此时，西山灵光寺正在筹备修建佛牙塔。1958年初，卢松安被中国佛教协会派往西山灵光寺，协助佛牙塔工程。
石经山石经拓印完成后，转入山下拓印。地穴北部瘗经的发掘出土与石经山洞藏经版的出洞不同，山上藏经洞是先从洞内抬出经版至工棚内，清洗干净，进行编号，注明洞号，再行拓印，拓完后放还原洞。地穴中的石经则在出土前按经版排列顺序就地编号，然后按序出穴拓印。为保护这些出土的经版，在地穴上面搭起席棚。地穴北部藏石经6295片，南部藏3787片，共计10082片。地穴北部经版编号时，由于两排之间的空隙处往往插入一些经版，因而漏编。发现以后，副号代之。这类经版共计21块。地穴中经版保存得很好，其中仅少数因重叠被压断。经版一般字迹都很清楚，漫漶不清的极少。
1958年地穴北部经版出土至最底一层的中间，发现一个长32厘米、宽32厘米、高24厘米的石函。正面刻有题记：
大辽燕京涿州范阳县白带山云居寺，此匣内有银净瓶一个，内有释迦佛舍利八粒如粟，白如雪瑜，石香一个，黄香八两，檀香四两，永为供养。愿益四生，俱登觉道。时天庆七年三月一日戌时葬。
石函内装藏的物品与题记记载不完全相符，实际装藏物品为：
鎏金坐像一尊，菩萨圆铜牌和观音像铜牌各一个，透花铜香炉一个，银净瓶一个，乾元重宝、庆历重宝、熙宁重宝、元丰通宝等铜钱数十枚。从这些钱币可以看出当时在辽代管辖的幽州范阳县，宋代的货币也有流通使用。
因为发现了文物，所以临时停工，立即通知乡长，派民兵到工地站岗看守，并通知房山县文物部门派人来现场处理。不久，文物部门来人将石函取走。这些重要文物现在陈列于北京法源寺中国佛教图书文物馆展室内。
发掘工作进入收尾阶段，发掘后的石经保管问题迫切需要研究解决。地穴石经如何保存，河北省文化局曾提出一个七万元建造库房的方案。3月27日房山县由河北省划归北京市管辖，北京市文化局接替河北省文化局介入房山石经发掘的善后工作。
6月13日，中国佛教协会副主席巨赞主持召开了房山石经保管问题座谈会，主持石经发掘的中国佛教协会副主席周叔迦、国家宗教事务局郭朋、北京市文化局赵学勤出席。参加座谈会的人员一致认为，原河北省文化局的方案欠妥。北京市文化局提出两个可供选择的方案：一是就原处修建窑洞保存；二是仍埋回原地穴。如何保存，须要佛协来考虑决定。佛协的意见是，目前的保管措施必须结合今后长期的文物保管，如仅让佛协提出方案恐从片面考虑问题，不见得合乎文物保管的要求。商谈结果，由北京市文化局与有关方面研究后近期提出保管要求，佛协根据要求考虑具体措施，共同协作。山上藏经洞洞门修复也由文化局一并提出意见。关于经费问题，郭朋表示，如果北京市文化局原来无此预算，可另行申请专款。
不久，北京市文化局决定在地穴遗址东面建造40间石经库房。经版库建筑资金由文化部拨款，于1958年10月落成，砖木结构，比较简陋，40间600平方米的库房围成一个四合院，南北屋各11间，东西屋各9间，南屋中央的3间，中间一间为大门，东西各一间门房供工作人员食宿办公之用。
历时一年半，到1958年底，全部拓印工作圆满完成。地穴出土的10082片辽金经版分二至三层立面朝上并排码放在新近落成的石经库房中，库房地面的泥土未经硬化，这导致了石经后来的潮湿和风化。
3．对石经的后续整理研究
这次对房山石经的发掘整理是空前的。历史上，只有辽太平七年（1027年）对石经山藏经洞的石经进行清点过，而在当时的条件下也极不彻底，云居寺压经塔地穴藏经则从未启开整理过。
石经拓片的整理工作十分艰难。首先把几万张拓片进行分类，按序编排，地穴出土的辽、金两代刻石，每石都有经题、卷次、编号、帙字，容易整理归类。而山上洞藏经版则不同，尤以静琬早期刻经，一部经只在第1石刻有经题，其他各石从头到尾都是经文，又无编号。此外，还有一些经版即使有经题，但已风化剥蚀不存，必须查出是什么经。1500多张残石拓片的整理工作更为困难艰巨。这些大小不同、形状各异的拓片要分别拼凑连接起来。有的可以凑齐拼成一块完整的经版，但也有缺石不足者。要求工作人员计算出所缺行数留出空白再来托裱。有时查一张拓片或拼凑一块经版要用几天时间来完成，需要耐心细致。这是一项基础工作，只有把每张拓片一一查清归卷，才能准确地编出反映房山石经实况的目录，然后在这个基础上进行编辑、影印、出版。
全部石经共拓印7套：中国佛协2套，北京市文物局1套，中国社科院1套，北京图书馆1套，上海复旦大学1套，吉林大学1套。
经专家研究发现，房山石经共有1122部3572卷14278石，有人粗略计算了一下，把所有石经首尾相连地接在一起，竟然有25里之长，被世人誉为“石刻长城”。
房山石经堪称人类文明史上的一大奇迹。其刊刻时间之长、工程之浩大、所刻石经数量之众、佛教经籍之完备，冠绝古今。不仅是一座巨大的佛教经籍宝库，更是一座巨大的中华文化宝库。日本佛教学者塚本善隆在《石经山云居寺与石刻大藏经》一文指出：“完整保存于幽燕奥地一处的石刻大藏经，是超过敦煌遗书和日本奈良写经的重要原典。”
房山石经不仅是研究中国佛教典籍和佛教历史的重要文物，也是研究中国古代文化、艺术以及政治经济的重要文物，其巨大的历史文化研究价值早已引起中外学术界重视。明清时期，一些学者已经开始从碑刻书法的角度研究房山石经，近代一些学者开始注意内容方面的研究。清代古籍《日下旧闻考》、民国王毓霖编纂的《房山游记汇编》等书籍，均有明清、民国时期文人学者研究、考证、介绍云居寺和房山石经的着述。溥儒所着《白带山志》则为云居寺保存下一部珍贵的历史文献。一些外国学者也早就注意到房山石经的重大价值，日本佛教学者塚本善隆于1934年组织房山石经调查团，来中国从事石经山的全面研究，回国后写出《石经山云居寺与石刻大藏经》一文，发表于京都大学出版的《东方学报》，较有系统地介绍了房山石经的历史和内容。这些研究往往依据古籍记载和为数不多的碑刻材料，而未能直接接触房山石经的实物资料，因此有很大的局限性。
房山石经的全面发掘整理，为相关研究创造了充分的现实基础，从而揭开了大规模房山石经研究的序幕。
1980年，中国佛教图书馆成立，馆内设房山石经研究小组，专门从事房山石经研究。首先将“不知名经”辨别出来，并把千余张残石拓片拼接起来，编出准确的目录。在此基础上，成立了房山石经编辑刊印小组、委员会。北京图书馆、编辑局等部门也积极参与房山石经的研究及成果的编辑出版。周绍良、吴梦麟、罗炤、徐自强、黄炳章、林元白、任杰等一大批佛教界、文物界、史学界专家学者，投入房山石经的研究。
以房山石经发掘整理为基础，房山石经研究取得了重大成果。
《房山云居寺石经》，中国佛教协会编辑，1978年4月文物出版社出版。以拓印整理的房山石经为主要蓝本的佛教经籍浩卷《中华大藏经》，编辑局编，中华书局出版，1984年1月至今已出版26册，全套将出版75册。《房山石经题记汇编》，北京图书馆金石组、中国佛教图书文物馆石经组编，1987年8月书目文献出版社出版，全书50万字。《房山石经之研究》，1987年9月由中国佛教协会编辑出版。
影印本《房山石经》，中国佛教协会编印，中国佛教图书文物馆出版，全套将出版33册：隋唐刻经10册，辽金刻经22册，明代刻经1册。现在辽金刻经22册及明代1册全部编辑完了，已出版流通。全套22册辽金刻经，共收佛经753部2244卷。
这些研究成果，初步揭开了房山石经的神秘面纱，是石经完成刊刻后，第一次让世人了解其真实概貌。
多年来海外学者也投身房山石经的研究，并取得不少成果，德国海德堡大学东亚艺术系教授雷德侯就是其中的一个。1986年雷德侯来云居寺考察，这位能讲一口流利北京话的教授考察以后说：“这份历史文化遗产很了不起，它是属于全人类的。”他潜心研究房山石经，着有《房山通理大师刻经“石类印版”与“契丹藏”的对比研究》，2007年2月7日，雷德侯在台北故宫博物院刊发表《与北宋争锋——（契丹藏）》专题演讲，其中对房山石经有专门的论述，他探讨北宋开宝初年雕刊的《开宝藏》与辽国刻的《契丹藏》两大藏经刊刻工程间的竞争关系时提到：“辽国将《契丹藏》翻刻成石经，使早在隋代就开始的刻经项目得以延续。”
此外，日本立正大学讲师桐谷征一、明治大学教授气贺泽保规、札幌大学副教授赖奈津子等也都是研究房山石经的学者。
在祖国宝岛台湾，研究石经者也不乏其人。陈燕珠居着有《房山石经——大随求陀罗尼之探讨》、《房山石经中辽末与金代刻经之研究》等，果滨则着有《（房山石经）古梵音版大佛顶首楞严神咒缘起》。
二、发掘后的石经保护工程
房山石经，始刻于隋大业年间，创始人为隋代智泉寺高僧静琬，历隋唐辽金元明六朝，绵延1000余年，共刻佛教典集1122部、3572卷、14278石，是与敦煌、万里长城并列的三大千年工程，中外文明史上的一大奇迹。
静琬刻经的初衷是因为石头坚硬，可以保存久远。但是历经千余年的漫长岁月，包括静琬所刻石经在内的历代雕刻的石经还是受到了自然风化，也遭到人为破坏。在上世纪50年代的发掘中发现，石经山藏经洞外发现散失的大小不同的残石经版，无疑是人为的破坏。这样的石经残石在石经山上先后收集到782块。一些经版或残石甚至流失到异地或国外。当年，石经山第1、第2洞中，凡靠近洞门的一些经版，既遭到人为的破坏，又受到自然风化的影响。有些经版由于受到山水渗浸，日久天长就黏合在一起，一旦移动即成粉末而脱落，有的部分表面凸起，略碰触即脱离，这些是长期受自然风化所致。
房山石经的保护一直受到党和政府的高度重视。1961年3月4日，云居寺塔及石经被国务院首批列为全国重点文物保护单位。长期以来，国宝石经再无人为破坏之虞，但是由来已久的石经风化问题一直困扰着人们。1958年结束发掘后，山下的10082块辽金石经，在新建的600平方米简易库房存放。石经山藏经洞4000余块石经归安原洞封存。到了上世纪70年代，山上山下石经均出现风化问题。山上雷音洞壁145块石经部分出现风化，因长年的雨水渗透，北侧墙壁风化严重，几十块石经已字迹漫漶。1979年雨季，第1洞石门突然塌陷，工作人员发现，只要两块石经之间没有缝隙，就风化脱落比较严重。其他各洞由于无法进入，风化状况不得而知。存在山下库房的辽金石经由于房屋简陋，窗子窄小，通风条件差，水泥地面潮湿，一些石质差的经版也出现自然风化。1974年9月26日，赵朴初和国家宗教局长肖先法来云居寺视察石经保护情况，关注到山下经版库房潮湿风化问题。谷牧副总理的视察，使石经保护提上日程。
1．谷牧视察云居寺石经
那是1979年5月1日，一前一后，两辆黑色轿车驶进云居寺遗址。
前面车上坐着两个人，车上的女士是着名文物专家、石刻专家吴梦麟，旁边的男士则是北京市文物局长刘子章。后面的轿车上坐的是国务院副总理兼国家建委主任谷牧。吴梦麟和刘子章是特意陪谷牧副总理来视察房山石经的。
说起谷牧副总理的这次视察，多亏吴梦麟。吴梦麟，1961年毕业于北京大学历史系考古专业，之后，一直在北京市文物系统从事文物考古保护与研究工作，她充分体认房山石经的价值，对云居寺和房山石经有很深的感情。1958年辽金石经出土后一直存放的简易库房内，保护条件很不理想，这成了吴梦麟多年来的心事。1979年五一前夕，北京市文物局长刘子章告知吴梦麟，五一期间，国务院副总理谷牧要到郊区走走，要她陪同一下，去哪里呢？刘子章征求吴梦麟的意见。吴梦麟立即想到了房山石经。
5月1日这一天，谷牧在刘子章、吴梦麟的陪同下一路从北京到达云居寺遗址，车门打开了，谷牧走下车来，吴梦麟一边陪同谷牧参观了寺院遗址，一边介绍云居寺历史和房山石经的发掘及其价值。谷牧目睹一万余块珍贵的石经放在简易库房内拥挤不堪，非常忧心，当即指出：“文物一定要保护好，不能损坏在我们这代人手里。如果损坏了上对不起祖宗，下对不起子孙。”他表示：“国家再困难，保护文物的钱还是有的！”谷牧还指示，要让更多的中国人了解文物，对外宾要实施开放政策，只有这样才有出路。
5月10日，北京市建委主任佟征和徐继林处长来到云居寺，房山县政府文化科干部段汝连负责接待。佟征说：“我受谷牧副总理的委托，和房山县政府谈石经保护的事，现在的库房不利于石经保护，应建新的库房，市建委给予资金支持。县政府要在年底前拿出方案和预算报市建委。”
佟征、徐继林走后，房山县政府文化科立即着手方案制定，原来石经直接码放在简易库房的地上，容易潮湿风化。鉴于这种情况，文化科决定制作铁架，把石经分屋码放在铁架上。他们根据一个铁经架能放经版的数量，计算出10082块经版需要铁经架数量；再计算一间房能放安置铁经架的数量，由此计算出存放万余块经版所需库房的间数。最后预算制作经架和建筑库房的费用总计14万余元。方案拿出后，立即上报北京市建委，佟征看后决定由市建委支持15万元，但此款没有列入市建委当年预算，所以要等到来年列入预算再予拨付。
得知谷牧关心石经保护，要拨专款建石经库房，房山区政府非常振奋，积极着手改善石经保护条件。7月14日，他们自己动手，硬化石经库房混凝土地面，开大库房窗户，改善库房隔潮通风条件，缓解石经潮湿问题。此后不久，石经山第1洞洞门突然倒塌，工作人员发现洞内的部分石经风化严重，有的出现严重脱落。这更引起房山县政府的高度重视，9月8日，县政府派出文物科干部王建忠、段汝连、马连山、田福月去西安取经，考察石刻文物保护。