经反复论证，充分听取专家意见，文物部门完成了石经地宫的最终设计方案，并得到专家和政府的认可。1999年1月25日，北京市召开专题会议，研究部署云居寺石经回藏工作，北京市文物局做了专题汇报，会议研究通过了韩扬的云居寺石经回藏方案最终方案：石经地宫选址于1957年辽金石经出土的遗址上，属全封闭的地下窖藏式建筑，建筑面积400平方米，由主储藏室、附属储藏室、机房、参观廊等组织。藏经地宫直接建于自然岩层上，石砌墙体，梁、板、桩用混凝土浇铸而成。藏经地宫的顶部、底板及墙体等均作防水处理，将有利于阻止水流及细水渗入，主储藏室顶部及内侧墙面作气密处理，再加上特殊的门窗，储藏室空间可达绝对封闭状态。石经经版封存在主储藏室内，纵向排列，分成6层堆码，共计20列。室内将以空分制氮系统充填无色透明的氮气，通过气体浓度自动监测装置进行监测。这些措施保证了经版在基本恒定及安全的环境中保存，从根本上杜绝大气污染对石经造成的破坏，也使季节变化和昼夜温差变化对石经的影响降至最小，还有利于防盗。储藏室的参观廊设9个观察窗，人们可在这里观赏经石，了解保护状态。
方案确定后，市区政府立即启动地宫建设工程。北京市政府把做好云居寺石经回藏工作列入1999年工作报告。市政府决定，市财政再给予石经回藏相关工程200万元资金支持，以缓解资金紧张困难。
1999年1月28日，房山区委书记单霁翔在云居寺召开现场办公会决定，按照规划方案，就地宫建设工程明确要求：做好清理地穴，封闭施工现场，按施工图放线等施工前的各项准备工作，春节后开工建设。2月22日，石经地宫工程正式开工。
为筹集善款，4月1日，房山云居寺石经回藏活动首次善款捐赠仪式在北京钓鱼台国宾馆隆重举行。中国佛教界、文化界、北京市政府和海内外新闻媒体记者200多人出席捐赠仪式。首批捐款的有关单位和个人，将550万元善款支票，交给了中国佛教协会副会长净慧法师。此后，北京云居寺石经回归活动组织委员会协同佛教界先后到新加坡、香港宝莲寺募捐，累计获得捐款1000多万元。
在地宫建设工程施工中遇到了预想不到的困难，石经地宫属于地下窖藏式建筑，需要向下开凿，然而地基下的岩石坚硬无比，周围又分布着唐辽塔群等大量的珍贵文物建筑。为保护文物不允许爆破施工，工人们只能用胀裂剂，可是当时气温低，效果差。工人们每隔30厘米钻一个70厘米深的孔，往里灌胀裂剂和活碱，但只是在周围10多厘米范围内有效。为开凿地宫，工人们整整干了一个月，共花费了3000多个工时，仅胀裂剂就足足用了20吨，用坏的空压零件不计其数。7月30日，石经地宫落成。
藏经地宫落成后，辽金石经陆续回藏。这些石经版重75公斤，搬运时要格外小心，不能磕碰，还要严防经文摩擦受损，300多米长的距离，中途不许放下来歇一歇，要一口气背到地宫内。附近大石窝镇、张坊镇纷纷派出轻壮劳动力支援，经过一个多月的艰苦努力，10082块辽金石经终于奉安新落成的石经地宫。石经在地宫内的排列形式，大体反映了当年出土时的状态。各层之间均衬以砂垫，保证重力传递基本均匀，各块经版之间加垫宣纸隔离，防止经版码放中的摩擦。
在地宫中，石经与造成石经风化的大气污染环境隔离；由于氮气的作用，使有害菌类繁殖丧失了条件；在全封闭的环境中，石经长期处于相对恒温、恒湿的状态。这些有效的技术措施，会延长石经保存寿命；同时也进一步提高了保存的安全程度。
9月9日，云居寺内举行了盛大的石经回藏活动庆典，以隆重的礼仪共祝石经归安。全国人大常委会副委员长何鲁丽出席了庆典仪式。
出席庆典仪式的还有，国家民委常务副主任陈虹、中国佛教协会常务副会长刀述仁、中国佛教协会副会长净慧法师、中华慈善总会会长阎明复，北京市领导李志坚、段炳仁、岳福洪、沈仁道、朱相远、傅铁山，房山区委书记单霁翔、区长王凤江，以及专家和知名人士单昭祥、罗哲文、郑孝燮、张开济等。
庆典仪式开始后，何鲁丽为庆典剪彩，罗哲文、净慧、段炳仁、单霁翔为地宫揭幕。北京市副市长岳福洪代表北京市委市政府对这一文物保护工程表示祝贺，房山区区长王凤江介绍了云居寺修复情况。
本来，赵朴初答应亲自主持这一千载盛会。不料，忽然染病，终至未能亲予回藏盛典。他亲致贺信“衷心祝愿石经回藏活动圆满成功，祝愿三宝加被，静琬大师之奉献精神，薪火永传！”
上午9时9分9秒文物工作人员将“镌葬藏经总经题字号目录”碑抬入地宫，净慧法师奉安石匣，北京市文物局局长梅宁华将地宫大门缓缓关闭。与此同时，1999个气球腾空升起，万众仰目，众僧合掌，恭祝千年石经归安。
遵照佛教仪轨，在回藏盛典上，云居寺还举办了“99”石经回藏大法会。这一盛大的佛事活动在寺内的毗卢殿举行，云居寺住持净慧大师亲予主持，来自海内外的99位高僧大德盛会于毗卢殿内。法器齐鸣，僧俗共礼，诵贝盈空，香霭云起。
庆典场面非常热烈，参加回藏庆典的来宾及群众超过万人。海内外100余家媒体的200多名记者现场报道了辽金石经回藏的盛况。
这一功在当代，惠及子孙的石经保护盛举，必将成为房山石经史上的里程碑。
云居寺石经归藏活动，由政府、佛教界、文物界共举，得到民众的积极响应和参与，是世纪之交中华文物保护盛事，更是佛教界存经传宝的盛事。
在辽金石经回藏的千年盛典上，伴随着云居寺僧团的正行大法，应克中虔奉的紫檀金经覆盖着黄色锦缎，被隆重地迎入地宫，奉安在大理石雕制的基座上。它与10082片辽金石经共同接受盛世的礼赞。
这成为石经回藏中的一段佳话。
事情要从1998年说起。应克中偶然发现一批上等紫光檀木。
这批檀木质地细密莹润，滑似丝缎，触之宛若婴儿肌肤，击之铿锵作玉石之声。它那紫黑色的纹理闪耀着华贵光彩，把它放在放大镜下，眼前立即呈现出灿若星辰的金光。应克中不禁称奇叫绝，欣然将其全部购下。
应克中邀请北京故宫博物院的几位专家鉴定，专家们一致称赞这批紫檀木是稀世美材。紫檀木，又称旃檀木，与佛教在有深的渊源。
应克中第一个愿望就是用它来雕刻佛经。经过几番考量，选定《心经》（《般若波罗蜜多心经》的简称）为镌刻经目，以《心经》为内容，镌刻制作紫檀金经。所谓紫檀金经，就是先在紫檀木上镌刻经文，再于经文上镀金。应克中的想法得到了着名专家梁玉泉的支持，梁玉泉具有很高的文化和佛学素养，曾于1987年至1988年参与了国家重印清代大藏经《龙藏》的工作。在梁玉泉鼎力相助下，镌刻紫檀金经的计划开始付诸实施。这一善举还得到了蔡一后、刘鹏飞、崔泽林、黄夏年、黄春和等专家学者的支持和帮助，为了充分体现佛教文化的庄严神圣，在设计、选材、加工、装饰和奉置函套等细节上不惜工本，精益求精，力求尽善尽美。
应克中制作的紫檀金经选取长50厘米、宽30厘米、厚1.2厘米的紫光檀木板精工制作。经版正面阴刻《心经》，自右至左楷书，乃是临摹唐代着名法家欧阳询的真迹，经文采用姚秦三藏法师鸠摩罗什的上乘译本，全经260字。《心经》前后又分别刻画观世音菩萨和护法韦驮尊天菩萨像各一帧，均是临摹唐代大画家吴道子的真迹。《心经》经文和两帧菩萨画上都镀入成色极纯的黄金。
经版背面，自右至左依次为五台山、九华山、峨眉山、普陀山四大名山的四位长老赞叹刻经的题词，阴刻后嵌入白银。为确保经版清洁不受损坏，特制透明有机玻璃盒加以保护。经版以黄色锦缎包裹奉置在一个红檀木方盒内，盒外还有一个锦缎外套。经版和外套总重量约15公斤。《心经》素称“经中之王”，紫檀木为稀有珍木，有“木中之王”的美誉，双王合璧，加之佛教四大名山长老的赞词，把内容与形式的和谐统一推到了极致，从而形成一件完美凝重的佛宝极品。
发愿者用心之虔，策划者用智之神，以及工艺制作的巧夺天工，无不令人叹为观止。
经过一年的时间，应克中镌刻完成《心经》20套。
中国佛教协会副会长、云居寺住持净慧法师盛赞应克中用美材雕制佛经为功德无量之善举，时值佛教圣地云居寺辽金石经回藏在即，为承房山石经镌刻之先德，启弘法向善之仁风，净慧法师提议在辽金石经回藏之际将紫檀金经一同奉入，永世珍藏于地宫之中。于是成就了“应克中虔刻紫檀经”的一段佳话。
辽金石经归安后，紫檀金经又分别奉送到五台山、九华山、普陀山、峨眉山等佛教四大名山，以及上海玉佛寺、广东光孝寺、六榕寺、潮州开元寺、深圳弘法寺国内十多个名刹。
应克中所镌紫檀金经还作为珍贵的佛教礼品，奉送给日本临济宗相国寺有马奈底长老、台湾明来法师、澳门机修法师和江西云居山真如寺住持等海内外高僧大德，用祝人类幸福，世界和平。