华人民共和国成立初的一段时间，云居寺这座原本五进院落六重殿宇、大小数百间建筑的雄伟寺院一片瓦砾，山门的汉白石券孤零零地立在遗址上，见证着这座千年古刹的变迁，留给人们的只有伤痕累累的几座唐、辽佛塔，以及散仆在遗址上各个历史时期的石刻文物和石经山上藏经洞内的石经了。在这个曾经辉煌了一千多年的佛教圣地，除了田间偶尔劳作的乡民外，一片荒寂，僧人早已弃庙求生，朝山的信众和香客也久已绝迹，即使是寻幽探古的好游者，也绝少来此问津。附近的乡亲们目睹着这座千年古刹的沦没，除了叹惜，便是无奈。
一、一个新时代的开始
1956年的早春，在通往河北省房山县的公共汽车上，坐着两个文化人模样的人。这两个人一个是黄炳章，一个是金敏悟，他们的目的地是位于房山县西南30公里大石窝镇的云居寺。这一年是佛祖释迦牟尼诞辰2500周年，中国佛教协会为了纪念这个特殊的日子，经请示国务院批准，决定协同北京大学考古系打开1300多年前开始刊刻、封藏在云居寺石经山藏经洞和寺院遗址地穴内的石经，加以清点、拓印、中研究。黄炳章和金敏悟正是肩负着这项特殊的使命。这项重大工程的负责人是在国内佛教界久负盛名的周叔迦先生，黄炳章和金敏悟受命先期抵达云居寺的石经山。参与此项工作的还有北京大学考古系阎文儒教授、北京图书馆金石部的曾毅公等人。
公共汽车上一路颠簸50公里，好不容易到达房山县城，前面还有30公里不通车，黄炳章和金敏悟只能换乘马车进山，日暮时分，马车终于将他们拉到云居寺的石经山下，二人背起行李，在山脚下的下庄村住下。朴实的山里人见到北京来的客人一个个喜上眉梢，不久石经山上搭起了工棚。藏经洞石经的发掘开始了，山下的水头、下庄各村的村民支援考古队工作，除了接受派饭，负责工作人员的饮食外，还派工参加石经的搬运，空寂的山野顿时热闹起来，乡亲们哪里知道，石经的发掘给云居寺带来了重生的契机，由此古老的云居寺迎来了一个崭新的时代。
到1958年下半年，云居寺石经的发掘拓印工作全部完成。这一年，房山县与原良乡县合并成立周口店区，由河北省划归北京市。山下藏经地穴的石经完成发掘拓印后，没有放回地穴，北京市文化局决定在地穴遗址东面建造40间石经库房，当时叫经版库。这一年底，10082片辽金石经运至经版库保存。
一年以后，经版库配备了一名专职人员，由市文化局开支，周口店区政府文化科代管，这个单位就叫“经版库”。就这样，由于房山石经的发掘，云居寺有了最初的管理单位经版库，并具备了简易的办公场所。经版库的用电是从附近部队营房拉的电线。饮用水是从经版库东的小河里担水。经版库的四周都是庄稼地。从成立之初，经版库一直是一个工作人员，看经人的生活是十分寂寞的，一天到晚很少有人到这里来，又不能擅离职守到外边去，所以历任看经人都是全家住在这里或是有子女陪伴。看经人的责任是重大的，那就是确保石经不能丢失，云居寺遗址及山上石经洞不遭人为破坏。看经人除看守经版以外还要经常到山上和云居寺遗址巡视，发现问题及时报告。石经出土以来未遭人为破坏，也没有丢失，当有看经人的一份贡献。
周玉琨是经版库的第一个工作人员。他是1957年3月调来云居寺协助中国佛教协会工作，具体负责为出土的石经编号。经版库成立后，就留了下来。1960年1月7日经国务院批准，北京市撤销周口店区，恢复房山县。周玉琨调往县教育部门，张瑞云接任其经版库的工作，成为第二任看经人。这位抗美援朝功臣和爱人带着一儿一女全家住在云居寺。张瑞云在这里迎来了在经版库工作以来的第一件喜事，3月4日，国务院公布第一批全国重点文物保护单位名单，“云居寺塔及石经”被列入其中。
不久，经版库的张瑞云迎来了一个邻居——中国人民解放军防化兵一团。这支部队从广东来到云居寺附近驻扎。当时营房尚未建设，就住在当地百姓家里，一些分队觉得在百姓家不方便，准备在云居寺遗址安营。当团里了解到云居寺的历史由来和重要价值时，立即对部队进行了教育，明确规定：任何分队不得进驻寺内，不准动用寺内的一砖一瓦，不准损坏寺内的一草一木。团首长见到云居寺内只有一位看守经版的工作人员，主动派出岗哨，担负起保护云居寺遗址和石经的任务。
防化一团开始建造营房。那时，寺庙因毁于日本侵略军炮火，残垣断壁，一片瓦砾。方整的条石、断裂的碑碣、完好的石柱到处可见，这些都是营建地基的上好材料。为了解决建筑材料，官兵们把方圆几十里的石头都捡光了，也没有一人到寺内搬一块石头。每逢附近群众到寺内搜集砖石，哨兵便好言劝阻、耐心说服，使遗址文物得到有效保护。
在营区内有一座僧人的墓塔，是云居寺类似古塔中保存最为完整的一座。当初建设营地时，它正好坐落在房基上，为了保护这座古塔，防化一团宁可改变设计，挪动地基，让出古塔。现在防化一团灯光球场西侧营房，就是为了避开墓塔向北移位后建造的。
为了寻找云居寺散失的文物，全团官兵访遍了驻地周围十几个村庄。一旦发现，立即协助政府追回。防化一团官兵共追回文物300余件，其中明代太监买地券、云居寺南塔塔顶和石经残片等，都是极有价值的文物。防化一团官兵成了名副其实的云居寺文物卫士。
1964年10月中旬，张瑞云因孩子上学，告别了经版库和好邻居防化一团官兵，调往房山电影院工作。10月16日，段汝连暂时接替，时隔近50年，段汝连仍清楚地记得，在经版库工作时用餐要到防化一团的部队食堂。在经版库工作40余天，到了年底段汝连调回县文化科。
1965年1月，刘显斌由十渡山区奉调到经版库，和爱人一起坚守经版库10年之久。“文革”期间，云居寺成了“造反派”的进攻目标，他们扬言要砸佛像、毁经版，多次冲击云居寺，显然刘显斌一个看经人无法保证石经和文物的安全，当地驻军防化一团成了云居寺的守护卫士，官兵们一方面竭力劝阻，一方面迅速向上级反映情况。周恩来获悉此情，在百忙中责令总理办公室通过电话下达紧急指示：要求当地驻军保护好文物！接到指示，防化一团立即增设岗哨日夜守护，又派出部队及时封闭了石经山雷音洞等最容易受到冲击的重要目标，确保了文物的安全。一天，“造反派”在一个小头目的带领下，舞着锤子镐头，准备冲上石经山，捣毁雷音洞内隋代雕刻的千佛柱和静琬雕刻的经版。三营教导员宣绪盛闻讯后，带领全营官兵及时赶到，果断制止了“造反派”的鲁莽行为，保住了静琬大师的千年圣迹。为防止藏经洞再受冲击，宣绪盛率领全营官兵捡石头，扛水泥，挑水担沙，爬上400米高的石经山，牢固地封闭了雷音洞等9个藏经洞，使4000多块隋唐石经免遭劫难。对于子弟兵保护石经的功绩，刘显斌一直牢记在心，他把这段经历讲述给云居寺的后来人，使人们能知道这段不平凡的岁月。
1972年，田福月调经版库工作，经版库工作人员增至二人。同年，北京市拨专款进行北塔塔基加固，县文化科派李荣光到云居寺具体负责此项工程。1974年，房山县政府成立云居寺文物保管所，赵朴初亲自为云居寺文物保管所提写名牌，经版库就此结束了它的使命。保管所成立后，有计划地收集保护零散石刻文物。在塔院修建碑廊14间，以存放保护碑刻文物。先后将辽人的千人邑会碑、西白带元代碑刻、张坊村南唐代碑刻及云居本寺的元代碑刻、孤山口村元代白话碑、大次洛村辽代经幢入廊保护。又将附近村民蔡德武院里的平顶小唐塔运至塔院西廊。并进行了“辽代续秘藏石经塔”、石经山第一洞地埝加固处理，清理藏经地穴遗址、浆砌石经展室院内的排水沟等。
建于辽代的琬公塔，在水头村的荒地中，不利于保护，引起了中国佛教协会和部分文物专家、全国政协委员的重视。1975年4月27日，赵朴初为搬迁琬公塔来到云居寺，考虑将琬公塔迁至云居寺遗址原药师殿院内。一同前来的有国家文物局长王冶秋，中国佛教协会的黄炳章。1978年6月5日，赵朴初为搬迁琬公塔再次来到云居寺，王冶秋、北大历史系教授王力、故宫博物院副院长单士元以及萨空了、林林、魏传统等几位全国政协常委和文物专家一同前来，最终确定将琬公塔搬迁到遗址原药师殿院内。赵朴初心系石经，执意要攀上石经山，看看藏经洞内石经风化情况，考虑到他年事已高，为了保证他的安全，随行的人不同意他上山，于是他来到石经山下三岔村西侧的高地，用军事望远镜远望了藏经洞半个多小时，才算了却心愿。1978年11月6日，在赵朴初关注下，琬公塔顺利迁移，得到妥善保护。不久，云居寺文物保管所自己动手修缮塔院北侧清代的三分塔，没钱购买建筑材料，王锦华、田淑芬、田淑芝三人就近取石，沙灰勾缝，完成了三公塔加固工程。
说起云居寺的建设和发展，首先要提到一个人，这个人就是时任国务院副总理兼国家建委主任谷牧。1979年谷牧来云居寺视察，给云居寺的修复建设带来了契机。5月1日，谷牧副总理在北京市文物局长刘子章和着名石经研究专家吴梦麟的陪同下来房山考察云居寺石经保护情况，指示北京市建委拨专款15万元，建石经库房和“房山石经展室”，以妥善保护地穴出土的辽金石经。1980年7月开工，12月竣工，共建石经库房24间，展室9间，南北配房各3间。云居寺由单纯的保护石经和文物，开始接待内部参观。
谷牧的支持，引起房山县政府对云居寺的重视，房山县政府开始考虑云居寺修复，并着手为云居寺的全面修复建设做征地准备工作。
1982年8月2日，房山县政府在云居寺召开县长办公室，副县长高海量主持，房山县政府王建忠、段汝连、张忠、崔伯华、李荣光、田福月，南尚乐乡康煜、陈维增，水头村刘国权、刘凤明参加。会议决定，收回庙址49.57亩，其中耕地29.8亩、菜地10.3亩、荒坡地9.47亩。1983年春，北京市文物局拨款44780元，收回南尚乐乡水头村所占云居寺庙址用地。房山县建委根据实际测量制图，标明遗址界限，协同县政府文化科实地确立界桩。11月3日，建墙发现行宫遗址，征用原行宫遗址西北角水头村土地0.83亩。1985年8月12日，经市区两级政府审批征用三岔、水头、下庄土地9.53亩，补偿款30019元，其中三岔村2.73亩、水头村0.43亩、下庄村6.37亩。1987年8月12日，征用土地28.77亩，补偿款172620元。其中水头村地四段16.92亩、下庄村地两段9.28亩、三岔村地两段1.54亩。自1982年至1987年的六年间，先后征用土地88.7亩，投入补偿款24.87万元。由此拉开了修复云居寺的序幕。而真正开启云居寺全面修复契机的，是时任中共中央总书记胡耀邦的一次视察。
二、废墟上的重建
1．胡耀邦视察云居寺
1983年7月10日，房山县岳各庄乡的上中院火车站，一列火车慢慢停了下来。火车停稳后，车上走下一个人，在几个人的陪护下，坐上一辆黑色轿车，随即轿车驶出车站。这一切并没有引起车站工作人员的注意。顺着盘山的战备公路，黑色轿车向云居寺方向驶去。车上坐的不是别人，正是时任中共中央总书记的胡耀邦。胡耀邦刚刚结束在大西北的视察，归途中他要求工作人员在云居寺附近下车，顺便看看云居寺。沿途的三岔火车站，就在云居寺东面，距云居寺不足两公里，但是工作人员出于安全考虑，舍弃了在三岔火车站下车，而选择了较远的下一站中院火车站。专车很快驶出盘山公路，进入云居寺山谷西行，几分钟后便驶进云居寺遗址。
胡耀邦此次视察和一个人有关，这个人就是中国社会科学院宗教研究所的罗炤。罗炤，安徽省人，他是胡耀邦的长子胡德平的同学。1981年11月，在社科院宗教研究所攻读研究生的罗炤，为撰写毕业论文在云居寺遗址进行考察。在反复比对施茶亭的石碑和日本的相关考记载后，提出了一个大胆设想，石经山可能真的存在佛舍利。为此，他找到了当时房山县文物管理所所长沈书权。沈书权经过一番考虑，决定让当时云居寺文物保管所工作人员梅傲雪和罗炤一起进雷音洞考察。11月24日黄昏，罗炤、梅傲雪二人兴奋地回到营地，告诉沈书权，雷音洞内弥勒佛像背后的大方石下有秘密。雷音洞内不到40平方米，高不到3米，中间原有一座弥勒佛像，上世纪40年代初被挪走，只剩下一个基座，基座的四角各有一根千佛柱。整个洞内的地板大部分采用不规则的石块铺设，只在基座后有一块一米见方的大青石，十分规整。石缝边还采用了白石灰灌填。11月25日，沈书权亲自上山勘察，情况果然如罗炤二人叙述一样，多年文物工作经验告诉他，“下面应该有东西”。11月26日，众人准备了一天。11月27日11时15分，沈书权一行七人在雷音洞开始发掘。
铲掉白灰，翘起近一吨的大青石，地上露出一个半米见方的洞口，里面有一个半米见方的汉白玉石函。中午12时15分，五重封函全部取出。佛舍利藏于内函中，共两颗，小米粒般大小。房山发现佛舍利的消息不胫而走，很快北京市文物局就指示房山文管所妥善保管。随后，佛教、文物专家逐一打开封函，进行了反复研究。12月20日，佛舍利被送到了中南海怀仁堂。随后，中共中央总书记胡耀邦批示妥善保管。佛舍利被存放到中国人民银行北京分行的金库内，秘而不宣。罗炤没有想到，自己的一篇毕业论文导致了雷音洞佛舍利的出土，进而促成了胡耀邦视察大西北归途中来云居寺察看的机缘。
胡耀邦在工作人员的陪同下抵达云居寺遗址后，参观了云居寺遗址和石经库房。他边走边问石经保护情况，当走近嘉庆御碑时，他风趣地读起嘉庆皇帝《云居寺瞻礼二十韵》：“信马陟坡陀，回首林烟漠。”
这两句诗反映了清嘉庆年间云居寺林木茂密、如烟如织的景色。百年沧桑，林烟不再。此时，胡耀邦回望一下光秃秃的山野，不无感慨地说：