“那时是回首林烟漠？回首竟石头！”他对身边的云居寺工作人员语重心长地说：“不能只看山不养山呀，要植树造林搞好绿化！”胡耀邦的视察，引起中央、北京市政府有关领导对云居寺绿化的重视，有计划、有组织的声势浩大的云居寺造林绿化工程全面展开，国家机关、中央市属单位、驻地部队三十多个单位赴云居寺植树。
胡耀邦视察云居寺后不到三个月，时任北京市长的陈希同落实胡总书记的指示，率先来到云居寺植树。一同前来植树的还有首都绿化委员会主任单昭祥、北京市文物局副局长彭思齐，房山县委书记李永芳、县长邢春华、县委副书记王俊起、宣传部长安法鲁以及北京市、房山县各机关的70多名干部。这是北京市政府第一次组织的云居寺植树活动，同时也是新中国成立以来云居寺第一次有组织的大规模植树活动。这次植树，北京市政府、房山县政府共同酝酿着一个问题——这就是全面修复云居寺。云居寺迎来了一个美好的春天。
2．市长现场办公，筹划绿化、重建
1984年4月，山桃花将白带山麓点染出片片芳云，19日这一天，天气格外晴朗，北京市政府主要负责人第二次来到云居寺植树。参加植树活动的除市直委办局领导外，还邀请了绿化专家和文物专家。植完树，在附近的防化团教导队会议室召开了市长办公会。
这次会议原本是因云居寺绿化而起，所以园林专家汪菊渊首先发言，而他开口道出的却是云居寺修复的话题。汪菊渊说：“听说市政府下决定修复云居寺，非常高兴，全世界大藏经存世的不多，云居寺珍藏着石经，堪称佛教圣地。”他建议先修复正殿，依据旧照片，由专家设计。
石刻专家吴梦麟发言：“房山石经是文化瑰宝，世界之最。建议在清理殿基的同时进行建筑设计，拿出工程预算。”
这次市长办公会作出云居寺必须修复的决定。强调：“全市的规划要包括云居寺，非把云居寺修好不成，而且要抓紧。1942年被日本人破坏，今天我们当权者，市政府、市文物局、县政府必须修复起来！”并要求：“市县两级政府成立云居寺修复委员会，负责云居寺修复工作的领导工作，积极推动云居寺修复工作进展。”
第二天，4月20日，房山县政府立即落实，着手寺庙遗址地基清理。分别于4月20日、28日，5月6日，与施工方签订了毗卢殿、大悲殿、弥陀殿、说法堂、藏经阁、药师殿、释迦殿等基址的清理协议书，即日开工清理。清理总面积1704平方米，投入资金2451元。其中毗卢殿基350平方米，工期10天；大悲殿100平方米、说法堂165平方米、藏经阁69平方米、台阶空隙534平方米，弥陀殿260平方米，工期20天；大悲殿周边174.5平方米，药师殿殿基15平方米、周边119.9平方米，释迦殿周边190平方米，毗卢殿后60平方米，工期10天。经过近一个月的清理，遗址中轴线殿遗址洁净平整地展现出来，砖、瓦、石块，放到指定地点。清理殿基的工程只用了20多天，5月中旬即全部结束，下一步就是设计修复了。这一年冬季，房山县政府在国家文物局和北京市文物局的支持下，着手进行了石经山和云居寺遗址文物保护的基础工作。国家文物局拨款7万元修复云居寺围墙，1985年春竣工。北京市文物局先后拨款3.4万元，支持房山县政府修复栏版21块，望柱20根。又将2.13万块蓝机砖运往石经山，率先启动山腰施茶亭的修复工程。
3．“修复委员会”成立，毗卢、天王殿开工
云居寺修复工程全面启动，是在1985年。这一年，市区两级政府加大了推进云居寺修复工程力度。并在云居寺召开云居寺修复第二次现场办公会，研究部署修复。根据办公会的要求，市文物局古建设计人员进驻云居寺进行工程设计；北京市政府成立云居寺修复委员会，并在云居寺召开修复委员会会议。
1985年元月18日，房山县副县长高海亮早早来到云居寺，要求抓紧天王殿、毗卢殿的设计工作，尽快开工建设。
这一年4月的第一天，市政府又一次现场办公推动云居寺修复。
会议决定云居寺修复资金多方筹资，由所在乡镇施工，逐渐为房山培养一支古建队伍，古建设计、质量、技术监督，由市文物部门负责。
市文物局积极落实现场办公会精神，于4月22日，派出文物专家杜宪州、吴梦麟协同北京古建设计所的设计人员沈阳、吴元真、王维在房山文化干部的陪同下来到云居寺，进行天王殿、毗卢殿的勘察设计。与此同时，石经山施茶亭的修复接近尾声。施茶亭在石经山半山腰，本来唐代曾人臧贲所建，原名义饭亭，因石经山雷音洞奉安有释迦佛舍利，隋唐以来，每逢浴佛节，僧俗四众都要登上石经山顶，到雷音洞举行盛大的浴佛节法会，义饭亭乃是为当年法会上舍食而建。
后来，浴佛节法会改在山下的云居寺，义饭亭也就成了僧人为朝山人香客施茶之所，明万历重修后，改义饭亭为施茶亭。施茶亭和云居寺的命运一样，毁于战火。在云居寺修复工程启动后，施茶亭得以率先启动。当年5月1日，天王殿、毗卢殿还在抓紧设计中，施茶亭经过半年的施工建设先期竣工。在原施茶亭的基址上共建正殿三间，耳房两间，门楼、围墙一应恢复，建筑面积110平方米。施茶亭的落成，成为天王殿、毗卢殿修复工程的前奏。
正当市文物局古建设计人员紧张设计的时候，6月20日，市政府云居寺修复委员会正式成立，修复委员会主任由北京市副市长陈昊苏（后为何鲁丽）担任，全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初荣任名誉主任。副主任单昭祥、凌水生、王俊起。这一天，修复委员会主任陈昊苏和各位副主任在北京市文物局副局长朱长龄、房山县委书记李永芳和县直机关委办局负责人的陪同下，来到云居寺，陈昊苏等首先视察了云居寺清理后的云居寺遗址，检查了寺院绿化、修复设计进展、备料等工作，然后在云居寺主持召开了云居寺修复委员会成立以来的第一次会议，听取了房山县副县长高海亮、文物专家吴梦麟云居寺修复工程筹备工作进展情况汇报，会议就云居寺修复一期工程及全面修复进行讨论。
会议决定，一期工程首先修复天王殿、毗卢殿，在近期开工，市文物局于6月底前提交全部设计图纸；房山县建委负责基础勘探，6月底提交地质报告；建筑工程由南尚乐乡承担，要聘请懂古建的技术力量，确保工程质量，北京市文物局负责工程指导和质量检查监督。天王殿、毗卢殿，要考虑寺院功能，殿内佛像也要恢复，为节约资金，由北京市文物局从保存的佛像文物中选取提供。修复资金，要多方筹集，争取社会各界和国内外人士支持。
按照会议要求，北京市文物局指示设计人员加紧工程设计，经过两个多月的紧张工作，按照云居寺修复委员会规定的时限，于6月30日完成施工图纸，主设人员沈阳和文物专家吴梦麟来到云居寺，在房山县副县长高海亮的主持下，将图纸递交施工方代表蔡连海、丁德志、宗立华。7月9日，房山县政府文化干部戴家斌、赵玉文等与施工方蔡连海、丁德志、宗立华进行工程交底。8月1日，房山县政府成立县修复委员会领导小组，副县长高海亮任现场总指挥，领导小组办公室主任由戴家斌担任，副主任赵玉文、田福月。北京市政府拨款40万元，房山县政府承担30万元。8月7日，天王殿、毗卢殿工程正式开工。为确保工程质量，市文物局协调市园林古建公司派出技术人员，进行技术指导和质量监督。
10月22日，天王殿、毗卢殿立架上梁。这是云居寺修复的第一项工程，房山县政府非常重视，在现场举行了隆重的仪式，县长王俊起，副县长、云居寺修复工程总指挥高海亮和房山县有关部门出席，场面十分热烈。北京副市长、云居寺修复委员会主任陈昊苏，全国政协副主席、中国协会主席、云居寺修复委员会名誉主任赵朴初为立架剪彩。
赵朴初（左四）与陈昊苏（左五）为天王殿、毗卢殿立架剪彩。
4．天王、毗卢、三门、大悲殿落成
天王殿、毗卢殿立架上梁不久的11月4日，北京副市长、云居寺修复委员会主任陈昊苏，全国政协副主席、中国协会主席、云居寺修复委员会名誉主任赵朴初，修复委员会副主任单昭祥，石经研究专家黄炳章，北京市文物局副局长彭思齐及修复委员会全体成员一行70人，再次来到云居寺，视察天王殿、毗卢殿工程进展，在云居寺召开第二次修复委员会现场办公会。
房山县副县长高海亮汇报说：“天王殿、毗卢殿工程进展顺利，目前已经动用水泥100吨、木材500立方米，县政府将全力推动工程进展，确保工程质量和进度。”
赵朴初指出：修复云居寺保护石经是大事，石经是“世界之最”、“国之重宝”，云居寺堪称“北京敦煌”，感谢各级政府对寺院修复做出的贡献。建议将存于智化寺的“龙藏木版经”，保藏在云居寺，这样有利于研究。设计人员沈阳建议，天王殿、毗卢殿完工后，全面修复云居寺。
陈昊苏作出两点指示：“一、同意沈阳的意见，最终全面修复云居寺，规划设计一旦确定，可以考虑修最后一座大悲殿。修复的目的是保护石经，维护宗教信仰，发展旅游业。二、同意将‘龙藏木版经’运来云居寺保护，云居寺即有石经、纸经可供共同研究之用。”
赵朴初应邀为天王殿、毗卢殿题写匾额，又兴致勃勃地题写了《修复云居寺颂》：
锲而不舍历千年，石经宝藏冠人间。
云居昔日何巍然，护持文物集群贤。
一朝颓坏哀烽烟，空留碑碣对尘环。
今逢盛世希有缘，愿观众力复庄严。
在市政府和云居寺修复委员会的推动下，天王殿、毗卢殿工程进展非常顺利。房山县政府方面对修复工程高度重视。1986年3月，房山县县长李庆余，副县长高海亮来云居寺与施工方洽谈工程进度和质量问题。李庆余强调：“质量要保证，时间要提前，争取五一左右竣工。不讲百年大计，应该是千年大计，干好了功德无量，各单位要积极配合，同心协力完成任务。”
为落实李庆余的指示，两座大殿的建设工作在紧锣密鼓地进行，4月20日，天王殿、毗卢殿主体落成，开始油漆彩绘。4月30日，云居寺天王殿、毗卢殿落成。天王殿三间91.76平方米、毗卢殿七间546.58平方米，工程造价62.2万元。落成当天，举行了隆重的竣工典礼。竣工典礼仪式由副市长、云居寺修复委员会主任陈昊苏主持。出席典礼仪式的有全国政协副主席、中国佛教协会会长、云居寺修复委员会名誉主任赵朴初。市政府、市文物局、规划局、园林局、交通局、水利局、林业局、农场局、绿化办、侨办等市有关部门负责人参加了大会。县委县政府及县有关部门的负责同志也参加了典礼仪式。会前，与会人员参加了群众性的植树活动。植树活动结束后，竣工典礼正式开始，会场鞭炮齐鸣，隆重热烈。首先由修复工程总指挥高海亮汇报大殿修复工程和环境绿化工作进行情况及下一步的修复计划。汇报发言后，赵朴初兴奋地发表了讲话，他说：房山石经从隋朝开始刻经，代代相传，直到明朝末年，相距一千多年，这虽然是历代僧人历尽千辛万苦组织的浩浩荡荡大工程，但充分体现了中华民族锲而不舍、坚忍不拔的民族精神，这是十分宝贵的，也是有着重要的现实意义的。云居寺修复从根本上改变了“国之重宝”的石经的保护环境和条件，这是功德无量的大事。房山石经内容极为丰富，需要认真整理，现在在整理中还不断发现惊人的内容，云居寺则是研究佛学的重要场所。云居寺的修复向全国乃至全世界展示和宣传了我们国家的宗教信仰自由的政策。
最后他勉励大家要再接再厉，把下一步修复工作做得更好。
市委、市政府指示，要做好云居寺修复和文物保护的总体规划，修复资金主要靠集资和捐助。陈昊苏强调了云居寺的四项功能，即石经研究、文物保护、佛事活动、开发旅游。
随着天王殿、毗卢殿的竣工，佛像问题列上议事日程，云居寺修复委员会第一次现场办公会曾决定“殿内佛像也要恢复，为节约资金，由北京市文物局从保存的佛像文物中选取提供”。于是北京市文物局决定将北京大钟寺内存放的明代铜佛像拨给云居寺奉安。当地驻军知道后，主动支援5辆“东风140”卡车和一台“黄河”牌吊车，由一名军官带队，云居寺派出所派出八名干警协助装卸，于6月11日上午抵达大钟寺东院库房，顺利将佛像装上卡车，当天下午三时半离开大钟寺，经北三环、西三环、南三环，取道京良路返回房山县，在房山宾馆停留一夜，次时运抵云居寺。共请来大钟寺的明代铜佛像5尊：阿弥陀佛，重7.8吨；千手千眼观音，重2.1吨；释迦牟尼佛，重5吨；药师佛，重4.8吨；毗卢佛，重4.5吨。1987年1月27日，由石窝村续士岐指挥、刘凤录技术操作，首先将毗卢殿佛神台和毗卢佛像在毗卢殿奉安就位。
此时，北京市政府正在酝酿着房山县行政设置的变化。2月，撤销原燕山区与房山县，合并成立房山区。房山区政府成立后，撤销云居寺文物保管所，成立云居寺文物管理处，原文管所长田福月就任管理处主任。田福月自1972年到经版库工作，历经上世纪70年代、80年代，至90年代初离任。他从普通工作人员到所长、主任，在云居寺工作二十余年，是云居寺基层工作的奠基者之一，他全程参与了云居寺一期修复工程，对云居寺的建设发展做出了积极贡献。
房山区政府按照北京市政府的既定方针，继续推动云居寺修复工程。不久，后续修复工程大悲殿和天王殿两侧三门殿完成设计，4月1日开工建设。4月16日上午，市政府主要领导再次来到云居寺后山植树，参观了新建成了天王殿、毗卢殿和正在施工建设的大殿，并在现场讲话要求，云居寺修复工作要强调总体规划与周边环境的和谐，周边绿化要加快，随着寺院建筑的修复，绿化也要跟上。下午2时，在房山宾馆六楼召开市长办公会，专题布置云居寺修复。房山区委副书记高海亮首先汇报了云居寺修复绿化情况，市文物局副局长彭思齐汇报了云居寺的规划、设计修复北塔、与联邦德国合作保护石经情况。
市交通局、中国佛协、市园林局、林业局、财政局、规划局就云居寺的相关事宜分别作了汇报。房山区委书记邵干坤代表房山区委区政府感谢北京市政府和相关部门的大力支持，向北京市政府表示决心，一定要将云居寺建设、开发利用好。
市领导还指出：新修的两座殿要利用起来，充实展品。要解决交通问题，包括云居寺前面的路和小西天的路。当年10月1日前解决吃饭等问题。