这年大悲殿和天王殿两侧三门殿竣工。共建三门殿10间302平方米，工程造价23万元。大悲建筑群总面积897.9平方米，工程造价92万元。其中大悲殿主殿19间768.12平方米，南廊8间38.6平方米，北廊8间38.2平方米，门楼1间12.6平方米，西南角门2间28.12平方米，南山1间11.16平方米，西北角门3间39.28平方米。1987年秋，完成石经展馆改造和小西天修路，投资83万元。至此，云居寺共完成了天王殿及两侧三门、毗卢殿、大悲殿院落群的修复。
5．弥陀、药师殿落成，再现“回首林烟漠”景观
1988年4月19日，北京市委主要负责人及有关部门领导再次来到云居寺，和干部群众一起植树并召开现场办公会，研究推动云居寺修复、绿化等工作。中国佛协黄炳章，北京市有关部门白泰春、逯庆先、陈向选、凌水生、彭思齐、平永泉、卢兵、蔡义忠、于志民、刘汉桂、柯焕章、从士杰、袁和盛、姜凤岐、赵宝文等以及房山区区长李庆余、区委副书记高海亮参加。
会议听取了高海亮云居寺修复、绿化工作进行情况汇报。会议认为，在市有关部门的支持下，房山区委、区政府做了大量工作，云居寺修复和绿化都有新进展，旅游开放条件日趋成熟。
会议决定，为了给云居寺开放旅游创造一个良好的环境，必须认真抓好云居寺的大环境绿化美化工作，有关部门要通力协作，力争1990年前实现9000亩绿化任务。继续修复释迦殿等建筑，整修石经山步道资金由房山区政府负责。修筑长沟至云居寺公路，全长12.1公里，一期工程修9米宽路面，1989年7月1日通车，第二期再修9米宽复线。征地拆迁由房山区政府负责。庙宇修复后，不应全安放佛像，要多展出一些石经，宣传祖国历史文化。同时还要根据云居寺的特点，实现旅游、商品、服务、销售系列化。云居寺修复、绿化，概括起来就是栽树、修复、交通、服务、研究、展出十二字。大家要共同努力，保护利用好“国之重宝”。
会后，各相关单位积极落实会议精神。
房山区政府于1988年7月19日开工兴建释迦殿群30间1127.27平方米，先期修复主殿，工程造价76万元，由北京市财政拨款。1989年4月10日，由北京市财政拨款，南尚乐建筑队承建，弥陀殿、药师殿开工建设。6月，投资30万元修缮云居寺北塔。云居寺北塔又称罗汉塔，当建于重熙年间，为寺僧文密化钱三万余缗而建。造型极为特殊，可以说是楼阁式、覆钵式两种形式相结合的塔。塔的下部为八角形须弥座，上建楼阁式砖塔两层，其上置覆钵和“十三天”塔刹，完全是一个早期的喇嘛塔。覆钵部位像一面鼓，“十三天”又像一口倒扣的巨钟。像这样楼阁式与覆钵式相结合的辽塔，现仅存此塔和天津观音寺白塔等几处，因此弥足珍贵。由于年久失修，塔基塔刹都有破损。1989年修缮北塔施工中，塔基上所镶200余块有“诸法因缘生，我说是因缘。因缘尽故灭，我作如是说”字样的铭文佛偈砖朽坏，需要去旧换新，施工人员苦于没有替代品，工程无法继续，这时北塔东南十米处施工用的淋灰坑里的灰水，一夜之间向正北流渗而尽。水渗方向出现洼陷，长达十米，距北塔塔基不足两米。翌日，请来北京市文物局专家勘测，专家推测塔基下可能有藏有宝物的洞穴，当即决定停工挖宝。奇迹出现了，挖宝第一天，就挖出了辽代建塔时埋下的佛偈砖221块，拆旧易新，恰巧用去220块，只余下一块。可想，当年建塔时便备下了未来修塔时所需砖偈，足见古人虑事缜密久远。
在北塔修复工程还在进行过程中，释迦殿、弥陀殿、药师殿相继竣工。9月15日，租用石窝村吊车一台，卡车一台，将释迦牟尼铜佛像在落成的释迦殿中奉安入位。9月24日，租用石窝村吊车两台，卡车一台，将阿弥陀佛铜佛像在落成的弥陀殿中奉安入位。11月3日，当地驻军防化团支援一台吊车，将药师佛铜像奉安落成的药师殿中就位。月底，云居寺北塔修复工程竣工。不久，部分龙藏木版经由智化寺运抵云居寺，其余部分用于大兴县印厂印刷大藏经。
与此同时，北京市公路局投资1200万元，房山区人民政府集资60万元，于1988年8月17日，开工兴建长沟镇至云居寺12.1公里的公路专线。经过14个月的紧张施工，1989年10月20日顺利竣工通车，一改往日云居寺交通闭塞的状况。
北京市水利局拨款40万元，于1990年3月23日开工治理云居寺前杖引溪500余米长的河道。该工程于7月10日竣工，包括疏浚河道；护砌西岸574米，东岸548米；河道两岸植树绿化等。后续又进行杖引溪清淤，并修建拦水坝两座。
随后，房山区政府开始兴建释迦殿南北配殿，年内竣工落成。
同时规划设计云居寺南路僧房复建工程1599平方米，其中龙藏木版经库房970平方米，陈列、研究、管理用房629平方米及北路行宫工程。
1993年竣工落成。7.7万块龙藏木版经，于1989年11月、1991年1月17日先后从智化寺和大兴印刷厂运抵云居寺，一直存放在当地驻军的库房内，至此归安云居寺南路僧房。
自1985年开工建设以来，云居寺累计投入修复资金800万元，竣工面积6160平方米，完成修复总面积的三分之二，除个别附属殿宇外，主体建筑基本重建恢复。自胡耀邦总书记视察以来的十多年间，造林绿化从未间断，在云居寺山场和专线公路两侧共植树万余亩、150万株，累计造林投入1000多万元。云居寺初步恢复了“回首林烟漠”的景观。
6．二期修复告竣，千年古刹重光
由于种种原因，云居寺修复工程曾中断八年时间。房山石经回藏，再一次给云居寺修复带来契机。石经在云居寺出土后，出现了风化。为了解决风化问题，1998年4月3日，北京市委市政府在云居寺召开现场办公会，决定将辽金石经回藏地宫式建筑中，由此启动了辽金石经的回藏工程。在这次现场办公会上，与会领导和专家建议石经回藏系列保护工程应包括云居寺的环境改善和佛教建筑恢复。4月25日，北京市委书记贾庆林来到云居寺，考察云居寺及石经现状。明确指示：“目前尚未修复的古建筑要抓紧恢复。”至此云居寺修复二期工程正式纳入议事日程。
此时，原张坊镇旅游公司经理杨海峰担任云居寺管理处主任，这位有文物保护经验的年轻干部，在落实石经回藏的同时，积极推动云居寺修复工程，为完成云居寺的全面修复做出了积极贡献。
7月26日，云居寺二期修复工程开工建设。1999年，房山区委书记单霁翔在云居寺现场办公，推动石经回藏工程，就云居寺环境建设和修复工程明确提出要求：搞好环境绿化和地面硬化，达到黄土不露天的标准，路面一律用大青砖。抓紧停车场及国际标准公共卫生间建设和配殿的油漆彩绘工程，琬公塔搬迁，照门、御碑亭、钟鼓楼、山门前石桥修复工程，杖引溪治理工程。1999年7月二期工程全面竣工，恢复了弥陀殿和药师殿的南北配殿、梅坛殿及弥陀殿的照门、嘉庆御碑亭、天王殿前石桥、钟鼓楼、牌楼、杜母殿、地藏殿19项。总建筑面积3100平方米，投资总额999.7万元。二期工程竣工后，云居寺的修复面积达到9260平方米，完成修复面积的90%以上。古建主体完工后，相继进行了油漆彩绘，先期修复的五重主殿也漆饰一新。古老的云居寺寺院建筑鳞次栉比，流光溢彩。
在进行二期修复工程的同时，在寺内外除旧布新，绿化美化。云居寺中轴线按照黄土不露天的标准，方砖墁地，植树种草。寺内外地面铺墁7600平方米，植树9930株，种植草坪及绿篱10160平方米。进行给水及排水管道铺设、停车场硬化等工程。安装景观灯、草坪灯、照明灯，增设甲级卫生间3处，增设清洁箱等小件设备100余件。在毗卢殿院南侧的竹林开设静琬茶苑，为游客提供了一处清新雅致的休憩场所。
云居寺经过大规模的修复建设，自1987年10月1日向游人开放，十几年来接待了30多个国家的政府首脑、驻华使节以及宗教、历史、考古界人士。这一年，云居寺恢复了具有1300多年历史的浴佛节庙会，以后一年一度。每年阴历四月初八前后，云居寺万众同归，法会如云，绵延数里的商贸摊点，民间花会表演，歌舞、戏曲、杂技演出活动，如潮如涌的游客，盛况空前。
1999年5月13日，北京市人民政府正式批准在云居寺恢复宗教活动。如今，云居寺不仅恢复了佛教圣地的庄严，而且已成为重要的文物保护基地，佛教、石刻艺术、历史文化研究基地，独具特色的佛教文化旅游景区。便捷的交通、通信，秀丽古朴的自然风光，使古老的云居寺充满现代风采和勃勃生机。
7．海外众善襄助，宝刹再续香灯
在云居寺修复过程中，得到了海外华人居士的大力襄赞。美国华侨总商会会长应行久是第一个为云居寺重建捐助的海外华人。1985年，云居寺修复工程刚刚启动，6月8日，应行久携夫人应金玉堂，家人应立人、应大中，在净慧、韩伯平、单昭祥、李永芳、王俊起、王建忠、颜景河、戴家斌等中国佛协和北京市、房山区领导的陪同下，来云居寺参礼，为云居寺重建当场捐赠4万美金。应氏家族的捐赠，得益于赵朴初的宣导，云居寺修复工程启动后，赵朴初积极向海外华人宣传，在他在感召下海外华人纷纷解囊为重建云居寺施助。1986年1月10日，赵朴初给新加坡何蕙忠居士写信说道：“蕙忠先生惠鉴：
云居寺修复之举，实为今日佛教文化之大事。仁者大心宏愿，布施净财，助成此殊胜功德，无任欢喜赞叹。”最后“祝愿福德日隆，吉祥如意”。仅仅两个月后的3月10日，何蕙忠居士由新加坡远道而来，向云居寺捐助港币100万元。北京绿化委主任、云居寺修复委员会副主任单昭祥、中国佛教协会的代表，以及房山区高海亮、杜义、王建忠、颜景河、戴家斌出席了捐赠仪式。
香港金利来有限公司董事长曾宪梓先生捐助8万元人民币。香港九龙西北区扶轮社肯衍发社长一行十人，于1987年11月2日参礼云居寺，为寺院修复捐赠3万元人民币。
在众多海外功德主中，不能不提到一位华人女居士，她就是世界佛教协会副会长、台湾佛教协会会长刘世纶，她襄赞云居寺的善举至虔至诚。
那是上世纪80年代末。在美国的洛杉矶、东方之珠香港和祖国的宝岛台湾，人们在不同的时间迎来同一位华人女士，她以70多岁的高龄为一件慈善事业奔波，在一次次募捐会上，她以一个海外赤子的热诚和对祖国佛教事业、文化遗产的关爱，向人们演讲着一个主题——让我们重建云居寺！她向人们讲述着她三谒小西天和云居寺遗址的经历，讲述着云居寺的古老，讲述着1000多年前一个虔诚的佛教徒在白带山开创的石经刊刻事业，讲述着在中华文明史上历隋唐辽金元明六代，持续千载，镌刻中华云居寺石刻佛教大藏经的伟大工程。听着她那质朴无华，而又充满真情的话语，在场的人无不为之动容，不少人禁不住热泪湿颊。于是人们的思绪随着刘世纶的演讲回到了祖国，回到凝结着千古沧桑的白带山……
1989年5月1日，和煦的清风摇曳着白带山谷间公路边的柳丝，千年古刹云居寺、封经藏宝的小西天，沐浴在晨光下，呈现出佛教圣地的庄严。这一天，云居寺迎来了一批特殊的游客，他们分别来自大洋彼岸的洛杉矶和祖国的宝岛台湾，一行30余人组织“美国洛杉矶——台湾朝山团”，他们远渡重洋，风尘万里，来云居寺朝拜，为首的就是刘世纶。这是一些虔诚的信徒，听着导游小姐的解说，他们的心灵被云居寺1300多年的圣迹所震撼，整个的朝山过程，完全依照佛教仪轨虔敬有序地进行。在云居寺内，他们隆重地礼拜了云居寺的创建和房山刻经的肇兴者静琬大师的灵塔、奉安着静琬大师灵骨的石函，又礼拜了镌刻着佛祖释迦牟尼和金刚力士的唐代石浮屠，礼拜了曾奉安辽金石经的藏经地穴，礼拜了辽金两代镌刻的圣典——石刻《契丹大藏经》。接着，朝山团又礼拜了朝思暮想的圣地——小西天雷音洞。
初朝云居寺，刘世纶的心再也不能平静，她被云居寺珍藏的历时千载、累代镌刻的石藏巨典和小西天浓郁的佛教文化氛围所震撼。面对当年被日本侵略军炸毁的古刹遗址，她落泪。看到明代铸造的药师铜佛残断的手指，她痛惜。她发愿到海外募捐，为云居寺的修复尽一份心力。
适逢台湾行云大师应中国佛教协会会长赵朴初之邀来北京参访，宴请会上，赵朴初谈及云居寺修复一事，行云大师命随行弟子朝拜云居寺。于是在初朝云居寺后第三日，刘世纶又率领行云大师弟子一行50余人再朝云居寺。这次朝山，使台湾佛教徒大开眼界，同时也更坚定了刘世纶为修复云居寺募捐的初衷。
此后的三年里，刘世纶不辞劳苦，往来奔波于美国、香港和台湾之间，广泛联络华人，为重建云居寺募捐。这位谦谦女士，有生以来从没有和人要过钱，也不知道如何开口向别人要钱，但是重建云居寺的神圣使命感召着她，使她不能自已，她就以历次朝山为题，讲自己在祖国的佛教圣地云居寺的神圣感受和灵魂震撼。对善友，讲敬佛祖，积功德；遇同胞，讲饮水思源，为抢救文化遗产出力。刘世纶的爱国情怀和对祖国佛教事业、文物保护事业的拳拳之心，打动了每一位听过她演讲的善友和同胞，在洛杉矶、在香港、在台湾，一时发出同一个心声：让我们重建云居寺！心诚则灵，刘世纶所到之处，华侨华人纷纷捐出善款，积水成渊，三年的时间，刘世纶整整募捐到30万美金。
又是一个初夏的5月，刘世纶再次踏上充满祥和与希望的祖国大陆，一路杨柳和风送她重返魂萦梦绕的云居寺，她带来了寄托着港台同胞和海外华人心愿与祝福的30万美金。刘世纶抑制不住内心的兴奋重拜云居寺山门，北京市政府何鲁丽副市长、房山区政府李庆余区长一行11人，到云居寺欢迎致礼。北京市佛教协会会长、广化寺住持修明法师，五台山的知明法师、承德的哈德尔活佛，同列山门，以佛礼恭迎。
刘世纶在政府和佛教界人士的陪同下，重参石经山，拜谒了修复一新的殿宇，拜谒了尚待修复的殿址和南塔塔基。何鲁丽副市长介绍了修复云居寺的计划和保护石经的有效措施，刘世纶听后非常欣喜。