贞元至元和间，为云居寺住持律僧真性主持刻经时期。这一时期，云居寺刻经事业得到了幽州地方势力，特别是幽州节度使刘济的施助。刘济刻了《法华经》1部。值得一提的是，刘济自贞元五年（789年）至元和四年（809年），用了20年左右的时间，续刻了《大般若经》300卷前后至412卷的100余卷（其中有一些别人捐助所刻）。刘济于元和四年亲撰《涿鹿山石经堂记》记其事。终唐之世这部《大般若经》续刻至第520卷左右。
唐武宗废佛，云居寺也一度遭到打击而衰落，但很快又复兴起来。自大和元年（827年）至咸通四年（863年）的三十余年间，在幽州地方官长杨志诚、史再荣、杨志荣、史元忠、史元宽、张允伸、张允皋等及其亲属的施助下，先后刻造石经百余卷。但是这些石经大部分为小部头佛经，而且许多是重复的，可见他们刻经并无计划，只是为了供养祈福而已。不过这些石经大部分都有年代题记，经碑上下还刻着佛像供养人，为研究唐代石刻艺术提供了丰富的资料。
唐末，房山刻经事业逐渐衰落下来，五代时期因战乱而中止。
3．辽代刻经
辽会同三年（940年），石敬瑭割让燕云十六州，云居寺所在的幽州地区归辽人统治。辽人入主幽州后，自五代以来幽州地区的战乱局面并未因此而改变。应历间，辽人在云居寺做了一些建寺护经的努力，但终究未能恢复自五代以来中断的房山刻经事业。直到澶渊之盟以后，辽人才有条件在云居寺恢复刻经，辽代刻经得到了圣宗、兴宗、道宗的支持。辽清宁四年（1058年）赵遵仁《涿州白带山云居寺续镌成四大部经记》、天庆八年（1118年）释志才《涿州涿鹿山云居寺续秘藏石经塔记》记载了辽代刻经的经过。
辽圣宗太平七年（1027年）涿州刺史韩绍芳于从政之暇前往白带山游览，他见到贮藏在石室中的石经，向云居寺内的僧人询问石经刊刻的历史，由于年代久远，已没人能讲得清了，韩绍芳命寺僧打开石室清点经目，又从古记中得知刻经始末，了解到自五代结束至今未能续造，乃奏请圣宗皇帝恢复刻经，同时云居寺住持留公法师也上奏圣宗，要求恢复石经刊刻。于是圣宗赐普度坛利钱作为刻经经费，又委派瑜伽大师可玄，提点镌修，勘讹刊谬，补缺续新，辽代大规模刻经开始了。
《大般若经》卷36、68、73、147、223、238、254、264、267、486诸卷之经末均刻有“大辽太平七年岁次丁卯重修此经”的题记，可见刻经伊始韩绍芳首先补刻了《大般若经》中上述残损的10卷经，接着又开始从卷521刻起，续刻最后80卷。
兴宗继位以后，再度给予刻经事业大力支持。兴宗考虑到刻经是一项长期的事业，费用巨大，单靠社会捐助难以维持，便于重熙七年（1038年）赐御府钱作为刻经基金，委派官吏储存起来，岁析轻利，供书经镌碑之用，并以涿州刺史刘湘提点镌修。刘湘承袭韩绍芳续刻《大般若经》，重熙十年九月刻至第600卷，连同韩绍芳所刻，计经碑240条，最终完成全部《大般若经》。之后便开始镌刻《大宝积经》，至清宁三年（1057年）刻完全部《大宝积经》120卷，计经碑360条。至此完成了所谓的四大部经数。
兴宗所设刻经基金，至道宗时似已耗尽。释志才《涿州涿鹿山云居寺续秘藏石经塔记》：“相国杨遵勖、梁颖，奏闻道宗皇帝，赐钱造经四十七帙。”据《辽史·杨遵勖传》，杨遵勖于大康初拜南府宰相，后改北府宰相，大安中暴卒。那么，道宗赐钱刻经当在大康年间。
自大安以后，刻经事业由通理大师和其门人继承下来。通理是道宗时高僧，他到涿州讲经，游白带山，宿于云居寺中，“慨石经未圆，有续造之念。”大安九年（1093年）正月，通理在云居寺开放戒坛，以筹集刻经经费，至暮春而止，共获施助钱万余镪，付门人通慧圆照大师善定，校刊刻经。通理师徒对刻经进行了改革，经石由大板改为小板，由大字改为小字，并借鉴了印版的优点，由单面刻经改为两面刻经，这样一块经石能刻两页纸经，从而提高了工效，节省了费用。大安十年，募得的钱用完了，通理师徒的刻经告一段落。通理师徒共刻佛经62部，431卷，经碑4080片。
通理时代所刻佛经与前代有所不同，以前所刻多为大乘的经，通理所刻多为律和大乘论。如《大智度论》100卷，《十地经论》12卷，《瑜伽师地论》100卷，《显扬圣教论》20卷，《大乘阿昆达磨集论》7卷，《成唯识论》10卷，《大乘起信论》1卷，《摩诃衍论》
10卷等。由是补前人所刻之缺，使大乘经、律、论三藏完备。这是通理对房山石经的一大贡献。
辽代早期刻经均藏于石经山藏经洞内，由于石经山各洞已满，通理师徒所刻4000余片经碑和道宗刻经碑180片，暂时放在山下。
通理大师故世后，其弟子善锐、善定“念先人遗风不能扇，经碑未藏或有残坏”，于天庆七年（1117年）在云居寺西南隅穿地为穴，将通理、道宗所刻经碑瘗藏于内，天庆八年在地穴上建石塔一座，这就是云居寺续秘藏石经塔，世称“压经塔”。
通理之后，辽代刻经事业并未停止。通理弟子善伏，从天祚帝乾统七年（1107年）开始续造，一直到保大元年（1121年），其间得到辽“故守太保令公陈国别胥”的施助，共刻佛经13帙100余卷。辽代所刻最后一部佛经为《虚空菩萨求闻持法》。
4．金元刻经
《契丹藏》又称《契丹大藏经》，为辽代官修大藏经，它与北宋官修《开宝藏》齐名，是中国历史上早期的两部大藏经之一。上述两部大藏经早已遗佚。经专家研究发现云居寺辽金时期的刻经是以《契丹大藏经》为底本的，是《契丹大藏经》的覆刻。
辽代开始以《契丹大藏经》为底本刊刻石经，但是终辽之世并未完成，金人继辽代之后续刻，把石刻本《契丹大藏经》传给世人。
在开国以前，金人受到邻邦高丽国信奉佛教的影响，部族内已有佛教流传。立国后，以武力灭辽，并继承了辽代崇奉佛教的风习。金太宗、熙宗时期，帝室崇信佛教并支持佛教事业，营建塔寺几遍于河北、山西等地。云居寺刻经并未因朝代的更替受到多大影响。两代刻经相隔时间甚短。金代的石经刊刻始于太宗天会年间，历熙宗、海陵、世宗，至章宗明昌以后而止。有金一代，未见皇帝赐钱刻经的记载，但是有奉诏刻经的题记，可以看出金统治者还是给予刻经一定支持。从刻经题记看，金代刻经有皇室、官员和信徒的广泛参与。
金代刻经始于天会十年（1132年），涿州知州张玄徵首刻《佛印三昧经》。山西奉圣州（今河北省涿鹿县）保宁寺沙门玄英和俗弟子史君庆所撰《镌葬藏经总经题字号目录》的27帙石经中，其中“覆”
字以下13帙，至“景”字的前一部分所刻石经，均为辽刻，“景”字的后一部分及自“行”至“八”后14帙，则为金天会十年至天眷三年（1140年）涿州知州张玄徵、刘庆余和保宁寺沙门玄英及其俗弟子史君庆等募刻。可见金代的刻经是继续辽代的经帙而进行的。
金天眷三年以后，自皇统元年（1141年）至九年间，刘庆余、玄英及史君庆等还继刻了自“刻”字至“多”字，共39帙。其中“刻”字至“说”字31帙，是当时宋朝新译佛经，计有《大乘庄严宝王经》等183部295卷。宋朝建立后曾派内官张从信至益州（今四川成都）雕刻大藏经，世称《开宝藏》。《开宝藏》刊成后的太平兴国初年，宋设立译经院，由着名佛经译家天息灾、法天、施护等逐年译出新经，所译多为密教典籍。金刘庆余、玄英及史君庆等于皇统年间所刻的便是宋朝新译的密教典籍，它和《高丽藏》入藏的自“杜”字至“毂”字30帙的经目完全相同。因此，是研究宋朝所译密教典籍，以及把宋朝新译经与《高丽藏》、《契丹藏》入藏内容进行比较的重要材料。
在天会至天眷间，燕京圆福寺沙门见嵩曾刻石经一部。天会十四年（1136年）见嵩游石经山，见山上各洞藏有隋、唐、辽历朝所刻石经，便发心造了《大瑜伽金刚性海曼殊室利千臂千钵大教王经》10卷，分别藏于石经山第1、2、3、4、7等五个藏经洞中。
皇统九年（1149年）以后，历正隆、大定至明昌之初，约50年间，刘承相夫人韩氏、张守仁、完颜永中等曾刻了自“履”至“息”、“取”、“定”共20帙。《增一阿含经》和《杂阿含经》
是这一时期所刻的主要两部经，计101卷。其中完颜永中施刻74卷，700余石，数量占这两部经总数的三分之二以上。可见金大定明昌之际的刻经，主要得到了完颜永中的大力支持和参与。完颜永中乃世宗庶长子、章宗伯父，大定十一年（1171年）进封赵王，大定二十九年五月进封汉王，明昌二年（1191年）进封并王，是金王朝的重要人物。
此外，辽代新撰《一切佛菩萨名号集》等也是金代所刻。
金代刻经，只有燕京圆福寺沙门见嵩所刻《大瑜伽金刚性海曼殊室利千臂千钵大教王经》藏于石经山藏经洞内，其他刻经则均藏于云居寺内的地穴里。
云居寺刻经还曾有外国僧侣参与。元代至正元年（1341年）四月，高丽僧慧月到五台山朝圣，归途中路过云居寺的小西天华严堂（即雷音洞），见华严堂石户摧毁，堂内所嵌石经残损，遂发愿补刻佛经，修葺华严堂。这时恰与前来云居寺的资政院使资德大夫高龙卜、匠作院使申党住相遇，慧月向此二人详陈补经修堂的心愿，二人“布施净财千余缗，命慧月施劳董工，修石户经本，不月余而俱修”。
慧月共补刻了雷音洞内的5块经版：雷音洞右壁《弥勒上生经》
4块经版中的2块、《胜鬘经》4块经版中的1块，前壁《维摩经》33块经版中的2块。慧月留下了“高丽国比丘等达牧书字，慧月修补经石五介”的题记。慧月刻经事迹，详载于元人贾志道撰《重修华堂经本记》中。
5．明代收官
明初洪武年间，明王朝曾对云居寺和石经进行考察、保护并曾修复云居寺，但未见续造石经。
明中期宣德三年（1428年），道教南北两派的代表人物，全真教的陈风便和正一教的王至玄等，仿效佛教刻造石经的意图，募刻了道教的《玉皇经》，包括《高上玉皇本行集经髓》、《太上洞玄灵宝高上玉皇本行集经》、《玉皇本行集经纂》、《无上玉皇心印经》等4部，共刻石8块，送至石经山，藏于第7洞中。
明代正式刻造石经，是在明末的万历末年至天启、崇祯年间。
当时，吴兴沙门真程劝说在北京的南方籍官僚、居士，如葛一龙、王思任、赵琦美、冯铨、李腾芳、董其昌、黄汝亨等刻造石经，他们先集资在北京石灯庵用小石版刻好佛经，然后再送往石经山贮藏。据现存的石经查考，这一时期所刻石经有《四十华严》、《法宝坛经》、《宝云经》、《佛遗教经》、《四十二章经》、《大方广总持宝光明经》、《梵网经》、《阿弥陀经》等十余部，明人于雷音洞左侧新开一洞，将这些石经藏入其中。此即石经山第6洞，俗称宝藏洞。
崇祯四年（1631年）三月四日，出资刻经人之一，明代着名书法家董其昌在洞额题“宝藏”二字，宣告了历时千载的房山云居寺石经刻造事业的结束。