溟波、圆通两代住持开辟了云居寺的一个崭新时代，是云居寺史上的又一个里程碑。他们对云居寺的全面修复，一改云居寺自明末清初以来衰颓败落的局面，再塑了云居寺作为佛教圣地的庄严，此时的云居寺，虽然不再有刻经盛事，但却成了参禅论道之所。溟波着有《溟波禅师语录》，圆通着有《圆通禅师语录》。在清康、雍年间，溟波和圆通成为闻名朝野的高僧，云居寺成为人心归往的所在。
圆通之后，了尘任云居寺住持，是为云居寺第三代，传临济正宗第三十五世。雍正七年（1729年）任云居寺住持，住持云居寺凡十六载，移大悲坛，修两壁僧寮，建藏经阁。比丘坛、客堂、回廊及后层殿刹，或修之，或建之，皆辉焕倍昔。在了尘住持云居寺期间，香树庵住持法智于乾隆二年（1737年）修复香树庵；东峪寺住持普兴曾修葺东峪寺，历时三载，于乾隆十年前竣工。
此后，云居寺未经大的修复。道光八年（1828年），云居寺第七代住持福渊的俗家弟子真善捐资重修大悲坛。次年，真善又捐资重修千佛殿。当时，云居寺第八代明文住持云居寺。道光十五年，真善再捐资赎回沦为俗产的香树庵，山西汾阳县冀村镇（寄居永清县南关镇）张隆太出资，按香树庵原制，重建香树庵。香树庵本归属云居寺，有清一代，香树庵一向自立山门，真善与张隆太再建香树庵后，将此庵作为云居寺的别院。至此，香树庵终于回归云居寺。时值第九代广泰住持云居寺。此后，云居寺未经大的修复。
清代，社会各阶层向云居寺捐赠田产、财物蔚然成风。清统治者时常向云居寺赏赠财物或田产。如：康熙皇帝曾赏赐重开山第一代溟波大师白金，嘉庆皇帝曾于嘉庆十四年（1809年）赐云居寺稻田，末代皇帝溥仪也曾资助云居寺。民间的捐助也极为广泛和普遍，文献记载了不少当年捐赠活动留下的碑刻。当年，结社联会，有组织的捐助活动极为普遍。乾隆年间有麦会，会众每年定期交出一定数量的小麦，捐集起来的小麦除供应云居寺僧众口粮外，每年还为云居寺购置若干地产；光绪九年（1883年），良乡县（今房山区）任家营会曾向云居寺施缸；宣统年间涿州东乡东小茔村有朝山会，该会曾于宣统三年（1911年）捐助云居寺地藏阁工程。广泛的社会捐助活动，从一个侧面反映了清代云居寺佛教事业的兴旺。
历千载香火，到民国初期，云居寺拥有宏伟的寺院建筑群落和丰富的人文景观，其壮观可从民国游记中窥见一斑。
云居寺山门前有一对石狮，门额上写着“西峪云居寺”。山门即天王殿，内塑四大天王，中有小法台，上塑弥勒佛，坐西面东。两侧配殿为禅房、居士室、客堂等等。
出天王殿入一进院，院落宏阔，前有木牌楼一座，左右为钟楼、鼓楼，院东北隅修竹耸翠，溪流环绕。
正殿为毗卢殿，殿前有二碑，龟趺负之，康熙二十七年（1688年）立，碑文记载了重修寺院经过。碑右稍远处尚有小碑三座，分别立于光绪三十三年（1907年）、宣统元年（1909年）、民国五年（1916年）。
毗卢殿门悬匾，题“慧海智珠”四个大字，门右有万历二十三年（1595年）所造铜鼓一口。殿中结彩悬灯，殿内奉毗卢佛，头戴毗卢冠；左右侍二弟子花神、香神。两旁悬对联：“林外钟声开宿月，阶前幡影漾清辉。”殿匾和对联都是乾隆御笔。毗卢佛前置香案，上列锡五供香火一尊、蜡台两件，香筒两件。殿内还设有讲经席。殿右有小法台数座，上供菩萨。桌上列全套法器，如磬、木鱼、铙、钹、九音锣、平鼓等。殿进门处左有大鼓一面，右有大钟一口。
毗卢殿后起砖墙一道，通过两道砖阶攀至第一平台，韦陀小殿一座，兀立其上。殿内供韦陀尊者木像，雕刻精绝。
过韦陀殿入第二院，院中有清道光年间香炉一尊，院左右配殿分立，正殿为释迦殿，殿檐下有明万历四年所铸古钟一口，门额悬匾：
“耆窟香林”，殿联：“石洞别开清净地，经函常护吉祥云。”为乾隆御笔。殿内供释迦牟尼，左右为二弟子阿难、伽叶。殿后身神台上列锡五供，右桌上置法器，再右为韦陀像，像旁陈鼓一面，神台前列香案。殿后身左供燃灯古佛，燃灯佛后左侧为二天王、千手观音、六尊十二天，此外还有其他几尊佛像；殿后身右侧左略同，有送子观音一尊。出释迦殿，院尽处墙壁上嵌乾隆二十八年（1763年）所刻石经一方。
转到释迦殿后，由旁梯升第二平台，入第三院，进门处有小殿一座，殿内供菩萨一尊，坐北朝南，菩萨后有一棵假树，上悬数尊菩萨像。院中立香炉一对，为光绪十二年（1886年）所造，上铸“药师殿”三字，又有康熙三十年（1691年）石碑两座，院两侧配殿为奉经处。
正殿为药师殿，内供药师佛，额悬乾隆御笔匾一方，匾上题“香云常住”。左右立日光普照、月光普照二侍者，二侍手中各持一镜，右书“日”字，左书“月”字。祭台前香案上陈锡五供，旁边陈磬、木鱼、金铛等法器。殿后列四大菩萨，两旁为十二夜叉。神像保存极为完整，形状之不同，服饰之华丽，面目表情之生动，令人赞叹！
药师殿后，有石阶连第三平台，攀阶而上进入第四院，这是寺院的中心所在，院落宽敞，花木扶疏，院右为本寺方丈居所，室内清洁，陈设名贵，跻于豪富之家。院左为文殊殿，外悬康熙御题“别有洞天”、乾隆御题“慧海慈航”二匾，殿内供文殊菩萨，悬匾“慈云普照”。院中有方亭一座，黄琉璃瓦顶，内竖嘉庆御制诗碑，碑高0.95米、宽1.84米。院内还立有康熙年造的经碑两方，分别为《金刚经》和《药王经》。
云居寺中供奉的四大天王之广目天王、多闻天王。
正殿为弥陀殿，悬乾隆御题“金轮正觉”匾。殿内塑阿弥陀佛像，左右二侍为观音菩萨和大势至菩萨。前设香案，上陈铜五供，为康熙年间造。后堂供观音坐像一尊，右侧为千手千眼观音，两壁悬十八罗汉画像。
第四院有南北跨院。南院有殿两座，一座为祖师殿，内供云居寺历代住持像，各像前立有牌位，设有香案。宝座三具平列殿内，均为整具树根雕成，做工精美，极艺术化。此殿旁立着一座嘉庆年间的石碑。另一座为地藏殿，内供地藏菩萨，还有观音等菩萨。立于此院下望，本寺各院、僧寮、禅室、库厨及左厢之院落历历在目。
北跨院有大殿两组，第一组佛殿的主殿为千佛殿，内供千佛。殿前有四座石碑，分别为嘉庆二十五年（1820年）立、道光九年（1829年）立、同治三年（1864年）立、光绪二十四年（1898年）立。第二组为行宫院，行宫院划为若干院落，赓续相连，梯层叠起，为清历代皇帝驻跸之所。
绕行弥陀殿后，拾级攀入第五院，这是云居寺最后一进院落，庭院甚阔，立碑4方，分别立于乾隆八年（1743年）、道光八年（1828年）、咸丰元年（1851年）、光绪十六年（1890年）。正殿为大悲殿，悬乾隆御匾“莲台净域”，内供大悲观世音菩萨，菩萨相貌慈悲，供于神龛之内，外遮深色薄纱，左厢为护法韦陀像，殿右为藏经殿，有小门与大悲殿通。藏经殿深且广，殿内巨柜排立，中存经卷。除经卷外，殿内还有小弥陀佛像一尊、精美小钟一口，17层小塔一座，小钟为道光年造。殿尽处左方为剃度殿，内有受戒坐椅一把，不过当年受戒礼并不在云居寺举行，而在北京城内平则门云居寺下院举行。
民国时期，云居寺尚保留着明末清初的宏大规模。寺貌清洁，建筑完整，各殿及平台之交通，多以石阶、走廊、小径相连，全寺由中轴线主建筑和中轴线两侧的附属建筑组成，如庖厨、仓库、花园、菜园等等。第一平台小院左厢有小屋一间，其侧为庖厨，藏有巨大的铜锅数口，当时已经废弃不用。
当年云居寺树木葱茏，依山面水，气势宏伟。千年古刹，万片石经，数不清的碑碣石刻，藏峰连麓的焚塔浮图，铭刻下云居寺历史的辉煌，闪耀着中华文化的璀璨。
一代代僧众，把自己的生命熔入云居寺、熔入石经；一辈辈信徒在施舍和祷告中献上自己的虔诚，甚至不惜炼顶代香、坠崖舍命；即使是至高无上的封建帝王，也一折万乘之躯，叩下高贵的头颅。而文人骚客则多以不朽的诗篇记录下白带山神奇的风光和云居寺历史的凝重。
8．烽火中的劫难
1937年7月7日，宛平县卢沟桥的隆隆炮声，揭开了中国现代史中华民族反抗外来侵略最惨烈而又辉煌的一幕。这一天是日本全面侵华的开始，也是中华全民族抗战的开始。房山县和良乡县地当日军南侵要途，卢沟桥事变不久，日本侵略军就向房山境内发动试探性进攻。8月中旬，退出宛平城的二十九军吉星文团和前来增援的二十六路军孙连仲部，分别在良乡地区的房山大石河一线英勇抵抗日军进攻，阻其南下。中国军队与日军血战一个月，被迫撤离。继良乡县城失陷后，9月16日，日本侵略军侵占房山县城，房、良境内的平原地区全部沦陷。
战端一开，云居寺僧众大多离散，只留下少数僧人和寺院所雇马夫留守。国民党军队败退后，大量枪支弹药散落民间，一些较有影响的人物召集民众，结团自保。一时间，地方武装蜂起。其中以陈东来、周文龙、胡振海、白秀亭等人组织的“华北抗日救国同盟军”势力最大，号称总兵力十万，有十路大军，其中的一、二、三路主要活动在房山。“华北抗日救国同盟军”以陈东来为总司令，司令部就设在云居寺。这支武装填补了国民党军队撤退后的空白，曾多次与日军激战，日军对其无可奈何。
后来，日本间谍扮成国民党特派员，携带着假委任状潜入云居寺，侦知了云居寺的详情，陈东来等均被蒙骗，从此云居寺横遭战祸。
随后，日军一面出兵进攻，一面派飞机轰炸。1939年9月的一天，远处突然传来隆隆的声音，人们抬头一看，从东边飞来九架日本飞机，这群飞机每三架排成一个品字阵，自东而西向云居寺扑来。飞至云居寺东侧上空，投下许多炸弹。一个云居寺留守的僧人和六个农民遇炸身亡，没来得及躲避的羊群被炸得血肉横飞，尸骨四散。云居寺山门前杖引溪两侧的树木被拦腰炸断，东倒西歪，惨不忍睹。
几天以后，又飞来六架日本飞机。在接近云居寺的时候放慢了速度，飞得很低，飞机掠过云居寺上空，云居寺内接连响起了巨大的爆炸声，三颗炸弹落在院内，一颗落在释迦殿南配殿顶上，整座殿被炸塌了；一颗落在毗卢殿顶，把殿顶炸得露了天；还有一颗落在天王殿前，把山门左边的院墙炸塌了一大半，山门前左侧的石狮左前腿被炸断。
随即驻房山、良乡及涿县、涞水、易县的日伪军分兵向云居寺、上方山一带进袭抗日同盟军主力一、二、三路。一路周文龙部损失惨重，仅长沟村西就有数百人牺牲。在日军重兵包抄和飞机的狂轰滥炸下，陈东来、周文龙部撤出云居寺，向新城、涿县一带转移。
1942年8月中旬，日军进行秋季大扫荡，侵入云居寺，寺院内已空无一人。日军野蛮地放火烧寺，大火烧了一天一夜，南北两侧跨院的禅堂、客舍、斋堂和千佛殿北跨院、僧房等三百多间殿宇，全部化为灰烬。令人不解的是中轴线上的六座殿宇竟奇迹般地保存下来，有人猜测，可能是因为这六座殿宇供奉着释迦牟尼、诸佛、菩萨，日本侵略军有所忌惮。但是，这残存的六座殿宇，经日军的历次轰炸，也已百孔千疮，残破不堪。后来，几经兵燹，终至倾废。
“一朝颓坏哀烽烟，空留碑碣对尘环。”这座创始于唐初，具有1300多年历史的云居寺，这座幽燕巨刹云居寺，就这样在日本帝国主义的野蛮侵略中化为一片瓦砾，遗址上只剩下孤零零的两只石狮、残破的山门石券和一座北塔。
云居寺的最后一任住持纯山，为云居寺重开山第十三代，传临济正宗第四十五世。他亲眼目睹了云居寺的衰亡，于1948年协助爱新觉罗·溥儒撰成《白带山志》，从而为云居寺保存下一部最为完整的历史文献。他在《白带山志·序》中，记录下千年古刹的毁灭，留下了一个末代住持的血泪慨叹：
逢中日事变，历遭兵匪之燹。全寺荡然，悉成灰烬……今剞劂既竣，抚卷感伤。
二、持续千载的白带山刻经
云居寺东北一公里处有石经山，又称小西天，海拔450米。石经山原名白带山，每逢阳春丽日或夏雨初晴，山腰常有白云缭绕，如纱如素、如练如带，白带山因此而得名。石经山顶群峰绵亘，千年古柏立于悬崖峭壁间，风景十分壮观。
从山脚下攀登，途中有座古寺，名施茶亭，创建于唐代。过施茶亭，石径迂回，援阶而上，直达山腰，山腰有九个藏经洞，珍藏着自隋至明雕刻的石经4000余石。在九个藏经洞中有一个是开放式洞穴，这是雷音洞，又叫华严堂，是石经山年代最早的一座藏经洞。
云居寺南塔，抗日战争时期毁于兵燹，塔基南侧有一座石经地宫，珍藏着辽金所刻《契丹大藏经》10082片。
白带山刻经，隋大业年间由智泉寺高僧静琬发起，历经唐辽金元，到明崇祯年间结束，长达1000余年，共刻佛教经籍1122部3572卷，镌刻石经版14278石，世称“中华石刻佛教大藏经”，又称“房山石经”，分别珍藏于石经山九个藏经洞和云居寺内的石经地宫中。
房山云居寺刻经是继万里长城与京杭大运河之后中华民族的又一壮举，是中外文明史上罕见的文化奇迹。赵朴初先生称房山石经为“国之重宝”，刊刻珍藏石经的云居寺被誉为“北京敦煌”。
1．静琬发愿白带山刻经
佛教自西汉末年传入中国，由于历代统治者的提倡，至南北朝时期空前兴盛起来，凿窟造像，建塔筑寺，僧侣急剧增多。佛教无限制的发展，也给社会造成某些不良后果，甚至影响到统治阶级的利益。
于是佛教便受到排斥打击，佛教徒称之为“法难”。一次是在北魏太武帝时期，一次在北周武帝时期。
北魏太武帝“诏诛长安沙门，焚破佛像，敕留台下四方，令一依长安行事”。结果，“长安沙门，一时歼灭”。这是在太平真君六年（445年）。翌年三月，太武帝又下诏“诸有佛图形象及胡经，尽皆击破焚烧，沙门无少长悉坑之”。“四方沙门多亡匿……土木宫塔，声教所及，莫不毕毁矣。”这场浩劫，佛史称“魏武之厄”。
北周时期法难又起，北周武帝建德年间，下令废佛，前后三年，关、陇地区佛法诛除殆尽。建德六年（577年），灭北齐后又在北齐境内毁佛像，焚经卷，没收寺院财产，4万以上的佛寺充作王公宅邸，300万僧徒全部还俗，即佛史上的“周武之厄”。
北朝时期发生过的两次法难，令佛教徒刻骨铭心。他们担心法难再起，开始考虑如何保护佛经，使其历法难而不毁，长存于世。而前朝将儒家经典刻在石头上的“熹平石经”和“正始石经”给佛教徒以启示。于是，在北齐时期就出现了石刻佛经，如山西太原风峪的《华严经》，山东泰山经石峪的《金刚经》、徂徕山的《般若经》，河北武安北响堂山的《维摩诘经》、《胜鬘经》等等。《鼓山唐邕石刻铭》道出刊刻石经的原因：
法宝是所归依，以为缣缃有坏，简册非久，金牒难求，皮纸易灭。于是发七处之印，开七宝之函，访莲华之书，命银钩之迹，一音所说，尽勒名山……