在中国古代，曾雕刻过一部石刻佛教大藏经——这就是房山石经；在赤县神州，有一处雕刻、珍藏石刻佛教大藏经的圣地——这就是云居寺。
北京西南75公里的白带山，白云如练，林麓如烟，清清的杖引溪曲曲回环，描绘出无限的静谧与神奇，这里有一座历经千载的佛教寺院——云居寺。自隋唐以来，这里便成为中国北方的佛教圣地。
一、发轫于北齐的千年古刹
云居寺寺门向东，规模宏大，中路有五大院落，六进殿宇，即天王殿（山门）、毗卢殿、大雄宝殿、药师殿、弥陀殿、大悲殿。每进院逐步升高，各正院之旁，又有配殿。中路以北为行宫院。寺之南北，原有二塔对峙，烘托出寺院的壮丽。寺内外唐碑、辽塔、文物荟萃。这座古老的寺院背倚青山，门临清溪，树木繁茂，掩映如画。
1．慧思北齐开基
云居寺创建的准确年代，由于缺乏文字记载不得而知。现存于美国克利夫兰美术馆的北魏僧欣造像，为人们提供了重要线索。造像发现于云居寺附近，这说明，早在1500多年前的北魏时期，云居寺附近已有佛教僧众居寺住持。云居寺的开山鼻祖是天台宗二祖慧思大师。
明代的《顺天府志》更明确地记载，北齐时期慧思大师曾居住在莎题山上，他发下宏愿，把能看到的佛经都要刻在石头上，收藏起来。莎题山是石经山早期名称，当年山上长着一种草，叫莎题草，所以称莎题山。近年来，云居寺在整理石经山顶的上寺遗址时，出土了一方柱础，四边各雕一尊坐佛，线条简单流畅，佛形瘦俊，与僧欣造像非常类似。应该是北朝时期的遗存。云居寺最早的建筑应该是上寺，或即慧思所居之处。由于种种原因，慧思离开北方南下，并没有实现刻经的初衷。
他的弟子静琬则继续留在山上的小寺居守，大隋定鼎，这时的寺院叫智泉寺，石经山下有条河，当年叫智泉，寺以河名。隋文帝仁寿元年（601年），曾于诸州高爽清净之地30处，建舍利塔，分置舍利其中。
其中在白带山智泉寺也奉安了舍利，建造了舍利塔。隋文帝孙、炀帝子内史令豫章王杨暕亲自来到智泉寺宣读了文帝于智泉寺奉安舍利、建造灵塔的圣旨，舍利塔落成后，他又为此塔撰写了《幽州智泉寺舍利塔下铭》，记载建塔的经过。后来，大隋文笔高手、着作佐郎王劭又奉旨写了《智泉寺舍利感应记》，智泉寺与大隋王室有如此密切的关系，足以表明早在隋代，云居寺就是一座比较有影响的寺院了。
2．静琬创建云居寺
隋炀帝大业年间，慧思的弟子幽州涿县智泉寺僧静琬秉承师训，在白带山开创了石经刊刻事业，至唐贞观初，为刻经的需要在白带山下大规模修建庙宇，并把寺院重新命名为云居寺。
静琬创建云居寺的年代在唐贞观五年（631年）。静琬早就有建寺的打算，但是考虑到建寺会花去一部分钱财，影响刻经，所以一直未下决心修建。事有凑巧，贞观五年六月，一夜大雨，引起山洪暴发，上游河岸崩塌，数千株巨大的松柏顺流漂至白带山下，静琬闻讯招来工匠，在当地百姓的帮助下，利用这些木材在白带山下建起庙宇，这就是云居寺。
云居寺最终形成了云居三院：即东峪云居寺（又称东域云居寺、东云居寺、东峪寺或东域寺），在石经山以东；西峪云居寺（又称西域云居寺、西云居寺、西峪寺或西域寺），在石经山以西，即今云居寺；中峪云居寺（又称中域云居寺、中云居寺、中峪寺或中域寺）。
此外，石经山上以华严堂为中心，形成了石经寺（又称云居上寺、雷音寺）。在距云居寺不远的岩上村，还有专供刻经的磨碑寺。
3．唐代云居寺
在静琬第三代弟子惠暹时期，云居寺进行了创建后的第一次大修。唐开元十八年（730年），唐玄宗第八妹金仙公主在奏请玄宗御赐云居寺经卷和田园山场的同时，还对云居寺进行了大规模修复。刘济《涿鹿山石经堂记》载：“既而玄宗开元圣文神武皇帝第八妹金仙公主特加崇饰，遐尔之人增之如蚁焉。有为之功，莫大于此。”
金仙公主奏请玄宗赐经修寺，云居寺由此进入盛期，它的石经刊造事业也随之进入了全盛期。
唐会昌三年（843年），武宗废佛，云居寺横遭劫难。当时，晚唐刻经主持人云居寺住持真性去世不久，他的七位弟子仲说、恒智、鉴直、惠增、志千、文展、宝定将真性遗体焚化，在寺外的杖引溪左岸起塔葬之，本打算为真性立碑，找来工匠，选好了石料，但是未及雕刻，法难促至，寺院毁废，僧遁林岩。直到咸通八年（867年），真性的神道碑才得以立于其墓塔前。这时他的七位弟子中的六位已先后去世，只有宝定一人尚存。
真性为晚唐时期云居寺的着名高僧，文献称赞他：“四远响应，一方瞻仰，高行苦节，时为美谈！”真性俗姓史，唐涿郡范阳县人（今河北涿州市人），祖辈以务农为业，他住持云居寺大约始于唐德宗时，当年云居寺禅、律两宗同处，真性在合寺僧众的再三请求下，担任寺院住持，他治寺有方，“奉精勤以敬，策堕慢以严”，僧众们“共乐推诚，咸称悦服”。由于他的声望，“施财者松门继踵，赉供者溪路相望”。云居寺“佛宇益崇，常住滋赡”。真性不仅承启前贤，主持晚唐时期的石刻刊刻，还在寺内另起道场，请高僧转藏经七遍。幽州地方官刘济、史再荣先后多次请他出山，他都婉辞拒绝了。
大和九年（835年）九月三日，真性示寂于云居寺本院。
会昌法难之后，云居寺虽得以一定程度的恢复，但衰落之势已是不可逆转。唐末至五代的战乱，对云居寺造成极大的破坏，石经刊刻也被迫停顿下来。
4．辽代云居寺
辽会同三年（940年），辽人入据幽州后，云居寺划入辽人版图。由于辽统治者的提倡和支持，云居寺再度兴盛起来。
在这样的背景下，寺院住持僧谦讽和尚于应历十四年（964年），对云居寺进行了大规模修复，共修建大小庙宇七十余间。其中包括转轮佛殿、讲堂、暖厅、碑楼、库堂、厨房、饭廊、梵网经廊房、东库、后屋等等。这次建设工程，不仅将由于兵火和自然损坏的殿宇修复，而且扩大了规模，是云居寺自唐末五代以来由衰而盛的一个重要转折。
同年，在谦讽和尚与辽官员朝议郎行右补缺王正合力倡导下，云居寺广联僧俗，结千人邑会。千人邑乃是中国古代为寺院募捐的社会宗教组织，据王正《重修范阳白带山云居寺碑》记载，当年云居寺的千人邑“春不妨耕，秋不废获。立其信，导其教，无贫富先后，无贵贱老少，施有定例，纳有常期，贮于库司，补兹寺缺”。千人邑的出现，反映了辽代云居寺的复兴有广泛的社会基础。
谦讽等人结千人邑的目的，是为了“寺不坏于平地，经不坠于东峰”，即修寺护经，但此时五代以来中断了的石经刻造事业，尚无力恢复。这是由于辽人入据幽州后，幽州地区的动乱局面并没有结束。
直到澶渊之盟以后，幽州地区趋于稳定，经济逐渐繁荣，云居寺才得以恢复石经刊刻。
辽人恢复云居寺刻经，是在澶渊之盟以后的第23个年头，即辽圣宗太平七年（1027年）这成为云居寺自唐代以来佛教事业达到又一个巅峰的标志。
有辽一代，云居寺一直呈盛势。道宗重熙年间，郡守侍中刘六符与寺僧可信、藏俊、智通、文密等又开始了大规模的云居寺建设，累年兴工，直至大安八年（1092年）。云居寺原有南、北二塔，即是辽重熙至大安年间所建。
据乾统十年（1110年）行鲜《大辽涿州云居寺供塔灯邑记》记载，北塔为寺僧文密化钱三万余缗而建。辽乾统年间有高文用等人发起成立的云居寺供塔灯邑，每年上元节邑众按定例捐资，在北塔上下广设灯烛，三夜不息。“从昔至今，殆无缺焉。”可见到乾统十年，供塔灯邑的上元节北塔燃灯已盛行多年。
云居寺南塔建于天庆七年（1117年）四月十五日，为寺僧绍坦所建，塔13层，高60余尺，内藏舍利300余粒。
距辽亡国前四年的保大元年（1121年），云居寺已刻完一部《虚空菩萨求闻持法》经，这反映了辽末云居寺的昌隆。辽代，云居寺的佛教由晚唐的禅、律共处，改为律宗。
5．金元时云居寺
金代，云居寺未因朝代的更替而衰落。早在金初的天会年间，金人便开始继辽人的经帙续刻石经，此后刻经事业从未间断，直至明昌年间。
金中叶的世宗大定年间，云居寺进入了又一个辉煌时期。
大定二十年（1180年）义谦法师继任云居寺住持，云居寺改律为禅，这是云居寺史上的一个重要事件。金世宗子、章宗伯父完颜永中施刻《增一阿含经》、《杂阿含经》就是在义谦住持云居寺之际。义谦对云居寺进行了修复建设，“重建廊宇，别建僧庵，西序东厨，焕然顶新”，辽应大年间结千人邑。这时的云居寺“经邑门徒，众仅数千。供给斋粮，未曾有缺，香厨饮膳丰余。”不亚于应历时。当时，长乡城（今房山区良乡城）、义井院、李河（今房山区琉璃河镇）灵岩寺以及岐阳（或即今房山区吉羊村）开化寺皆请云居寺主义谦为提控宗主，由此可见云居寺的影响之大。
元一统后，云居寺得到元统治者的重视。延佑二年（1315年），元仁宗降旨，在涿州举行盛大的佛教法会，朝廷官员明里董阿奉旨前往涿州代仁宗进香，听说房山白带山藏有石经，于是顺便到云居寺视察。明里董阿回京后，奏请仁宗赐《大藏经》一部，藏于云居寺内。
至正元年（1341年）四月，高丽（朝鲜封建王朝之一）僧人慧月，修葺了石经山华严堂，并补刻了堂内残损的五块经版。慧月作为外国僧侣参与云居寺修寺刻经，有史以来还是第一次，此举为本来较为平淡的元代云居寺史增添了生动的一笔。元末的文宗、宁宗之际，云居寺进行了一次较大规模的修复建设，这次工程到宁宗至顺元年（1332年）结束。
6．明代云居寺
明立国之初的洪武二十一年（1388年），明太祖朱元璋特派名僧道衍到云居寺视察。是年正月二十一日，道衍到达云居寺。巡礼之后，道衍为隋僧静琬开创的刻经事业所感动，题《石经山诗》并序，镌于华严堂石壁上。
道衍奉旨视察云居寺，反映明统治者对云居寺的重视。洪武二十六年，明人对云居寺进行了大规模修复，和道衍云居寺之行不无关系。正统九年（1444年），明人再次对云居寺进行了较大规模修复。
道衍是姚广孝的法号，他是燕王朱棣的心腹谋臣，劝燕王打着“靖难”的旗号起兵，夺取帝位。燕王即位后，复其姓，赐名广孝，授太子少师。死后葬在房山境内的长乐寺村东的圣岗上。今其墓塔尚存。
明永乐年间，云居寺发生了一个重要事件，中天竺（印度）僧人桑谒巴辣修复东峪云居寺（时称东峪观音寺），并成为该寺住持。当年，桑谒巴辣在钦差镇守涿州等处指挥同知骠骑将军石端等人的支持下，“修造正殿山门，庄严诸相，皆完之道场”。
明中叶以后，云居寺逐渐衰落，所谓“珠林鞠为草莽，金碧化为泥涂”。当时云居寺的香树庵以及静琬以下百余座历代高僧骨塔均被寺僧卖与巨室。
万历十五年（1587年），云居寺住持竟然掘开压经塔地穴，盗卖石经以渔利。事情发生后，很快被发现查办，明廷责成房山县典吏督工，将盗掘地穴即时用砖石封砌，并明文刻石禁示。有史以来，云居寺石经失盗极为罕见，住持僧人盗卖石经更是闻所未闻。盗卖石经事件，反映了当时云居寺的衰落。
万历二十年，达观真可法师至石经山雷音洞参礼，成为明末云居寺复兴的一个契机。这年的四月十五日，五台僧人达观真可法师自五台山送龙子归京西潭柘寺。慈圣太后闻讯，遣近臣陈儒、赵赟送斋供资。五月十二日，达观一行来到房山的云居寺，五月十九日前往石经山雷音洞参拜。达观真可见洞内像设瘫敝，石经薄蚀，乃命东云居寺住持明亮酌情整饬。动工翌日，僧人们启开雷音洞内的拜石，石下有穴，内藏石函，函内贮三粒佛肉舍利。慈圣太后获悉，于六月初一日，把佛舍利迎入其寝宫慈圣宫，供养三日。八月二十日，皇家遣专使将佛舍利放归石经山雷音洞原处安置，上覆以金身如来佛像一尊。
不久，在达观真可的主持下，修缮了云居寺上寺的雷音殿，并得到慈圣太后的供养金和法灯等人的资助，赎回了静琬以下百余座历代高僧的骨塔及香树庵，并为香树庵购置下庄庄产五百亩。
明代云居寺刻经较晚，始于万历末，历天启，至崇祯年间而止。
7．清代至民国前期云居寺
清代，云居寺改临济正宗，世代相传。康、雍、乾三世空前鼎盛，至嘉、道、咸以至于清末，亦未见衰落。
清房山知县母配坤所撰《小西天石经寺碑》称：云居寺“历明而清，兵燹之余，复见剥落，香灯杳然”。可见，明末清初的战火对云居寺造成一定破坏。是时，老僧如全适任住持，与弟子性广募化筹资，于顺治三年（1646年）重修接待庵三间，六年重修伽蓝祖师殿。
十三年左右，再修石经山上寺雷音殿等抱檐。如全本打算继续修禅堂等项，但力不从心，未能如愿。
康熙四年（1665年）正月二十四日，东峪寺住持性林目睹本寺日见摧颓，拿出自己多年的积蓄，又募化集资，重修东峪寺。康熙六年九月十七日竣工，殿宇、禅堂、山门、垣寮，色色改观。在东峪寺动工稍后，西峪寺北的香树庵也开始修复。
香树庵自明万历被达观真可赎回后，香火再燃。不料，传到庵僧石璧的手里，又遭厄运。此僧私自把香树庵下庄五百亩香火地盗卖，弃庵而逃。香树庵无主，遂寄与涿州城北的胡良村延寿寺托管，至清康熙初，香树庵已沦为瓦砾。康熙四年春，延寿寺主含公动工修复香树庵，不久建成北禅房五间。翌年春，工程再继。香树庵修复工程一直持续数年，佛殿、僧房、山门、墙垣，靡不具备。此庵修复后，由纯白大师住持。纯白，中州唐县（今河南唐县）人，俗姓李，披剃于少室山。纯白住持后，又开垦水田二十亩，种果树千余株。
清初顺治、康熙间如全、性林、含公等人对云居诸寺的修复工程，虽规模影响不大，也未能根本扭转云居寺衰颓局面，但却开了云居寺大规模修复建设的先河，而真正开启云居寺又一个辉煌时代的，则是溟波大师。
云居寺自顺治年间老僧如全稍稍修治之后，到康熙十一年所谓“颓者益颓，而残者日就剥落”。是年住持溟波大师开始对云居寺进行全面修复建设，西域寺、东域寺、梦堂庵、云居寺双塔、戒坛，以及石经山藏经洞、暴经台一应建筑，或翻新，或修补，或重建。据载在溟波的主持下，云居寺共修复建设殿宇、禅堂、寮房、厨库二百余间，这在云居寺历史上规模空前。又造八大菩萨、十二药叉大将、二十四诸天，并遵云居寺刻经故事，刻造经碑两方：一方刻《金刚经》，一方刻《药王经》。
溟波圆寂后，云居寺修复工程尚未完工，其弟子圆通继任云居寺住持，是为云居寺第二代，传临济正宗第三十四世。圆通继承乃师遗志，继续云居寺修复，康熙三十七年终于告竣。