“石经是一宗宝贵的世界文化遗产！”参礼后，一诚大师欣然命嵩山少林寺住持释永信到云居寺参礼舍利观瞻。
笔，为云居寺题写了“佛法城”三字。
北京传印长老于2009年6月23日上午，参礼了佛祖舍利和云居宝刹。身为北京市佛协会长的他表示：佛祖肉身舍利请回云居寺观瞻，对北京构建和谐社会、提倡道德文明是非常有益的。不久，传印长老荣任中国佛协会长。2011年4月21日上午，房山石经发掘拓印55周年暨房山石经研讨会在良乡隆重举行。85岁高龄的传印长老为大会特意发来贺信。传印在贺信中说：“房山石经不仅是佛门的正法宝藏，也是中国民族的瑰宝，人类文化历史的珍贵遗产，以其学术、文化、历史等方面的不可估量的价值，堪称国之重宝、比肩敦煌。将石经保护好，使其完整的、一代一代的传下去，学习、继承、发扬光大房山石经精神，是我们的时代使命。念先祖、聿修厥德；启后人，长发其祥。东方敦煌，弥足珍贵，时值国运昌盛，中华崛起，正好光前裕后，继往开来。”
佛教界高僧大德参礼者，也不乏其人。1987年4月11日，中国佛教协会副会长、成都分会会长蕯莲法师前来云居寺参礼。感怀之余，题绝句一首：
安车送我出城阛，百里京畿春色阑。
惆怅当年隋静琬，不来今日看房山。
1996年1月20日，中国佛教协会副会长、青海塔尔寺主持阿嘉洛桑图旦不远万里，从青藏高原来云居寺参礼，并亲手撞响云居寺古钟。
2004年7月7日下午，九华山慧庆法师来云居寺参礼，九华山为地藏菩萨道场，是佛教四大名山之一。云居寺在毗卢殿举行隆重的欢迎仪式，两百多名佛教信众慕名而来，云居寺管理处主任云桂荣致欢迎词。慧庆礼拜了石经，云居寺特聘慧庆法师为佛学研究顾问，房山区副区长王忠海将聘书递到慧庆手中。
2008年8月9日，河南嵩山少林寺方丈释永信到云居寺参礼。2009年6月27日，释永信再次来到云居寺参礼了归寺奉安的佛祖肉身舍利，盛赞“此次佛祖肉身舍利观瞻活动充分体现了房山人文和政治的和谐”。
多年来，云居寺成为内陆高僧大德参礼圣地。
三、僧徒信众的焚修宝刹
1999年5月，恢复宗教活动场所后，云居寺入驻僧团，恢复了传统的宗教活动，成为首都西南最有影响的佛教首场。
驻寺僧团以佛教的“和合”教义为依托，倡导和平、和谐、慈悲的佛教精神和以和为贵、和而不同、和实生物的中华传统道德观，成为建设和谐社会的推动力量。从生活起居，到上殿参修、佛事活动，僧团作风严谨，井然有序。僧团以爱国爱教为宗旨，受法持戒，虔诚焚修。早课、晚课，是僧团的每日必修。僧团主动将早课、晚课安排在游人比较集中的时段，以彰显佛教圣地的氛围。开光、普佛、超度、洒净也是云居寺常有的佛事，规格最高的应数佛、菩萨成道或圣诞、万佛忏、慈悲地藏宝忏、盂兰盆会、浴佛法会等大型法会。
佛教是悲天悯人、热爱和平的。万佛宝忏法会礼忏万名佛祖祈祷国泰民安、家庭平安、福慧双增，消灾免难、延生，超度遇难和过世的亡灵，使其消业往生。地藏宝忏法会是为抗日战争中献身的英烈和遇难者超度亡灵；为云居堂上历代祖师和刻经先贤圣众荐拔莲升；为四众弟子怨亲债主和无祀孤魂超度；为祈求世界和平，政法久住而举办的。盂兰盆会，原本是根据《佛说盂兰盆经》而举行的一种超度历代祖先的佛事，放焰火施饿鬼食、在河中放莲花灯，以拜祭先祖，超度亡灵，送走灾祸疾病，祈求吉祥平安。
在佛事活动中，最为盛大的是浴佛节大法会。每年农历四月初八，是云居寺最庄严神圣的日子，在这一天的前后一段时间，云居寺都要举行盛大的佛事法会。云居寺浴佛节庙会至少可以追溯到隋代，到了辽代到达巅峰。辽王正《重修范阳白带山云居寺碑》记述辽应历年间云居寺佛诞法会的盛况：
风俗以四月八日共庆佛生，凡水之滨，山之下，不远百里，仅有万宗，预馈供粮，号为义食。是时也，香车宝马，藻野缛川……从平地至于绝顶，杂沓驾肩；自天子达于庶人，归依福田……醵施者不以食会而由法会，巡礼者不以食而来而由法来，观其感于心，外于身，所燃指续灯者，所炼顶代香者，所堕岩舍命者，所积火焚躯者，道俗之间岁有数辈。
这一风俗一直延续到民国时期。民国依然承袭，1947年中断。
早在云居寺恢复宗教活动场所的1988年，云居寺就恢复了中断40年的浴佛节。当年房山区委书记王作生、副书记高海亮，房山区副区长张中兴、孙振刚亲临云居寺，做出指示。区文化局长段汝连坐镇指挥。浴佛节为期五天，于5月22日开始到27日结束。其间，云居寺展示了精品文物和舍得石函，邀请涿州、涞水梆子剧团演出传统剧目，南尚乐乡塔照村的高跷也自发前来表演。浴佛节期间，摆出国营、集体、个体商摊186个。接待前来进香的信众7万余人，其中内商、港商580人，外宾34人。从此以后，浴佛节年年举办。时间3日、5日、7日不等。恢复宗教活动场所后，云居寺在浴佛节期间都要举办盛大的浴佛大法会。届时，寺内将张灯结彩，法乐悠扬，各地信众齐聚云居古刹，隆重举行盛大的浴佛前行法会。法会将由云居寺监院果坚法师主法，在钟鼓齐鸣之时，梵音缭绕之际，安置松香莲花盆，注入云居雪溪水，迎请鎏金太子像，共唱佛歌、共浴佛像、共沐佛水、共传佛灯、共品佛糕……其庄严殊胜，令人法喜充满，天地吉祥。
主殿大香案左右燃着长明灯，香案上供着鲜花和水果，香案后正中摆放着松香莲花盆，盆内盛满云居圣水，圣水中漂浮着七彩花瓣，盆中央立着一手指天、一手指地的千年太子像。在沐浴开始前，由本寺住持率领全寺僧众上殿，善男信女跟随其后，僧徒信众持香跪拜，唱浴佛偈，边唱边行浴佛礼。浴佛之后，再用香汤点浴自己，表示洗涤罪恶、灌入智慧、积累功德，善男信女则是带福回家。除此之外，云居寺还邀请江心如大居士来本寺为信从讲经说法，推广佛教博爱、修持、精进的理念，亲自感受佛教文化的魅力，使大众觉悟人生，奉献人生。
2003年“非典”疫情暴发，浴佛节法会无法如期举办。为满足广大信众要求，云居寺于农历六月十九日（7月18日）举办了观音成道日法会。这一天上午10时，云居寺张灯结彩，法乐悠扬，千余名各地信众齐聚宝刹，共襄观音成道日吉祥佛典，祈福迎祥，共祝美好明天。法会伊始，钟鼓齐鸣，梵声缭绕。在悠扬的梵唱声中，信众们依次“沐观音圣水，带甘露回家”。以观音赶来，摸石鱼祝福，撞吉祥钟，投吉祥喜包。在云居寺的苍松翠柏上悬一条黄丝带，为“非典”
中失去生命的人寄托一份哀思，胸前佩上一条绿丝带，祈祷远离“非典”，祥和安康。
2008年1月28日，云居寺举行世界华人迎奥运，敲响世界和平钟大型祈福活动。海内外政要、华人代表、杰出企业家、着名书画家、艺术家及各界知名人士齐聚云居寺，敲响世界和平钟。在此次活动中，云居寺被世界华人联合总会授予“理事会员单位”称号，并成为世界华人联合总会的首选推荐佛教基地。世界和平钟于1月中旬铸造完成运抵云居寺并将永久留存云居寺，供海外华人及国内人士敲钟祈福。
四、空前盛大的舍利观瞻
云居寺佛舍利为两颗佛祖肉身舍利，与陕西法门寺佛指舍利、北京八大处佛牙舍利并称“海内三宝”。
云居寺的石经山，又称小西天，这是因为山腰有个开敞式佛教洞窟——雷音洞，在石经山9个藏经洞中雷音洞的年代最早。隋大业年间，静琬首先在此洞刻经。雷音洞四壁共嵌经石145块，左右壁各30块，后壁41块，门首及左右30块，其他处嵌14块。这些石经被称为静琬刻经初迹。雷音洞中还竖有千佛柱，由青石雕制，石柱上共雕佛像1056尊，形象各异，各有名号，这些也是隋代的作品，为中国石雕艺术中的珍品。
隋大业十二年（616年）四月初八日，隋炀帝赐佛舍利给在此刻经的静琬法师，在雷音洞举行盛大的瘗藏佛舍利的盛典。此后，佛舍利就奉安在雷音洞内。明万历二十年（1592年），佛舍利一度被掘，奉入明廷大内慈圣宫供养，不久又奉归宝山。
佛舍利的再次发现是在1981年，自明万历二十年至此时，历时389年之久。石经山雷音洞佛舍利几为世人淡忘。1981年11月27日，在云居寺撰写毕业论文的罗炤，在雷音洞再次发现佛舍利。北京市文物局当即指示房山文管所妥善保管。随后，佛教、文物专家逐一打开封函，进行了反复的研究。12月20日，佛舍利被送到中南海怀仁堂。
随后，佛舍利被秘而不宣。
时隔五年零五个月，1987年4月28日上午，北京市政府举行中外记者新闻发布会，首次发布了这一消息。会上，北京市副市长陈昊苏宣布，公元616年安置在北京房山云居寺的佛舍利现已发现。中国佛教协会会长赵朴初言称，在北京石经山雷音洞内发现的两粒舍利，经反复考证是佛教创始人释迦牟尼的遗骨。中国佛教协会秘书长周绍良说，佛舍利的发现，无论是在宗教，还是在文化、文物等方面，都具有世界意义。次日，《北京日报》、《光明日报》等各大报刊，纷纷报道新闻发布会的情况及佛舍利发现的经过。5月5日，北京佛教界人士隆重举行浴佛节法会，并召开云居寺舍利新闻发布会，将两粒佛舍利迎奉至广济寺安奉，观礼三日，时任全国人大副委员长班禅大师专程前去参礼。这是舍利出土后的第一次公开供僧俗公众观瞻。
1999年4月1日至15日，为支持云居寺石经回藏，佛舍利在雍和宫戒台楼再次供僧俗公众观瞻。全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初前往参礼，并为观瞻活动题字。这是第二次公开的观瞻活动。
佛祖肉身舍利奉安于毗卢殿内供信众瞻礼。
2005年底，首都博物馆新馆落成，经北京市政府批准，北京市文物局牵头，将佛舍利运至首都博物馆新馆地库内妥善保管。
自1981年佛舍利被发现后，一直无缘奉归云居寺。经有关方面批准，2009年6月23日，北京市宗教局、北京市文物局、房山区政府在云居寺联合主办“和谐呈盛世，国宝耀房山”——云居寺佛祖肉身舍利观瞻大典。这一天一早，来自北京武警总队和北京市公安局房山分局的警察就提前来到了首都博物馆。
上午8时30分前，在6名佩枪武警和特警的护卫下，佛祖肉身舍利被从首都博物馆的文物地库中小心翼翼地取出。舍利被装在一个保险箱内，箱子上还贴着密封的封条，封条完好无损从未开启。8时30分整，押运舍利的车队从首都博物馆准时出发。一路途经西长安街、西三环、京石高速，从京石高速琉璃河出口一直行驶至云居寺景区路口。5位高僧大德，108名僧众，480名居士，早早迎候在云居寺。
随着震耳欲聋的礼炮声和五彩烟花腾空而起，上午10时18分，佛祖释迦牟尼肉身舍利准时被护送至云居寺。尽管下午2时舍利才开始接受游客的观瞻，但是山门外已经聚集了从全国各地赶来的民众。而云居寺办公室的电话，则从一大早就响个不停，基本都是想来观瞻舍利的咨询电话。
北京市文物局副局长崔国民手捧放置舍利的锦盒，缓缓走过云居寺门前的石桥，随后将舍利交由北京市文物局局长孔繁峙。
接着，北京市副市长蔡赴朝从北京市文物局局长孔繁峙手中接过佛祖肉身舍利，转身交给北京市佛教协会会长传印大和尚。多位高僧礼拜之后，佛祖舍利在众多僧众簇拥下，由两名持枪防暴警开道，被安放在云居寺毗卢殿的舍利塔内。舍利途经之处，高僧大德和佛教信众千余人列队恭迎。在云居寺最大的殿堂毗卢殿内，传印大和尚主持了佛祖肉身舍利观瞻法会。法会结束之后佛祖肉身舍利开始正式接受观瞻，等候已久的信徒民众纷纷有序进入殿内。
在毗卢殿内看到，由一寸多厚的透明防弹玻璃制成的金顶舍利塔早已经准备妥当，两名武警站在舍利塔周围拉起的隔离带内，距离舍利不足一米。除了舍利塔旁守卫的两名武警外，毗卢殿的正门口还安排了两名武警站岗，而门外则有六名武警分列两侧。
两粒红色状如粟米大小的佛祖肉身舍利则被安放在舍利塔内的透明莲花座上，供游客观瞻。佛舍利是指释迦牟尼火葬后遗存的固体物质。公元前485年，80岁高龄的佛祖释迦牟尼在拘尸那罗城的两棵菩提树下涅盘，佛祖的身躯化成了多彩舍利。骨舍利为白色，主要是骨火化后形成的舍利；发舍利为黑色，是头发火化后形成的舍利；而肉舍利则为红色，是血肉火化后凝结而成的舍利。其中，骨舍利相比之下较为常见，而肉舍利全世界仅存云居寺出土的这两粒。为解决以往只能远观、不能近看舍利真容的难题，这次观瞻采用了现代科技手段，通过安装在舍利塔内的500万像素摄像头，游客可以从舍利塔两侧的两个46寸液晶显示屏上清晰地观瞻佛祖肉身舍利，此举受到广大游客的称赞。
为了确保国宝在观瞻期间的绝对安全，所有游客都将通过安检后方可进入，并禁止带包进殿；上香在毗卢殿外完成，毗卢殿内观瞻区域严禁香火，未经许可不得拍照摄像，不得长时间滞留观瞻；观瞻区域要求游客仪态庄严，衣冠整齐；禁止穿拖鞋、背心入寺，寺内禁止大声喧哗。一旦人流量超过了既定规模，寺内便进行客流限制。
7月2日中午12时，云居寺停止销售入寺门票，下午2时，云居寺毗卢殿正式封闭，千年古刹云居寺沉浸在一片祥和的氛围之中，佛祖肉身舍利圆满结束在云居寺为期十天的观瞻。这是继1999年在雍和宫接受观瞻之后，佛祖肉身舍利十年来第一次亮相。据统计，观瞻期间，云居寺接待国内外游客、信众超过5万人。佛祖肉身舍利迎请观瞻活动受到了新华社、《人民日报》、中央人民广播电台、中央电视台、北京电视台、搜狐网等60多家新闻媒体的极大关注，期间共刊播有关新闻200多篇。
3时57分，在公安、武警等多部门的严密监护下，运送佛祖肉身舍利的车辆由首都博物馆的北大门直接进入首博大厅。此时距离首博闭馆还有一个小时的时间，还没有离馆的观众立刻都凑了上来，现场的警戒级别也一度提高，经过专用通道，佛舍利被短暂安放在牌楼下，幸运的观众得以近距离观瞻了这珍贵的文物。5时后，经点校验收，佛祖肉身舍利回归首博地下文物库。