居寺佛教源流可追溯北齐时期的慧思大师，以后的1400年间，云居寺高僧辈出：慧思门徒静琬，静琬弟子玄导、僧仪、惠暹、静流、玄法，后继者玄英、真性；辽代谦讽、留公、通理、善锐、善伏；金代义谦，元代高丽国比丘慧月；明代来自天竺的高僧桑谒巴辣，明万历达观真可，清初如泉，康熙时期的溟波超古，民国时期的末代住持纯山。云居寺珍藏着中国隋唐两代手写经卷，当今能看到的最早的一部大藏经是《大契丹藏》，而明代的《南藏》和《北藏》、清代的《龙藏》则是封建王朝晚期最有价值的官修大藏经。云居寺的石经山雷音洞是奉安隋代安置的佛舍利之地，号称小西天。
作为北京西南的三宝圣地，自古以来就是繁荣的佛教道场，早在隋唐时期，州郡府县的信徒，由于信仰的驱动，到云居寺或敬造佛塔，或施刻石经，不辞百里千里。在随后的一千多年间，云居寺一向是中国北方地区着名的传教首场。1947年，云居寺庙产被附近七村瓜分，几十名僧众无处托身，离开了云居寺。从此，云居寺法灯无传。
一、步入盛世的护国伽蓝
1985年起，云居寺虽然逐步修复，但是一直未住僧人，也未曾有佛事活动。1989年11月11日，云居寺天王殿、毗卢殿、释迦殿、弥陀殿相继落成。中国佛协曾邀请房山区政府协商能否进驻僧人，寺院能否部分交由佛协管理使用。房山区政府的答复是：一切听从北京市政府安排，房山区无权拿出意见。云居寺进驻僧团的事，从此再无提及。
1．十年功德成正果
世纪之交的石经回藏盛举，使云居寺恢复佛教道场提上了议事日程。1998年4月3日，北京市委市政府在云居寺召开现场办公会，研究石经回藏问题。会上黎先耀提出，石经回藏必然在佛教界引起强烈反响，建议恢复云居寺佛事活动。《北京晚报》记者苏文洋建高僧大德的法事活动议，在佛事活动中引进必要的民间佛教内容，渲染云居寺佛教圣地氛围。
5月5日，北京市副市长刘敬民在云居寺现场办公，明确要求市宗教局就云居寺恢复佛事活动、入驻僧人事宜尽快着手研究，条件成熟后，报市政府常务会，通过后对外展开宣传。会后，北京市宗教局经过周密调研，于1999年春向北京市政府递交了《京宗字［1999］010号（关于将云居寺恢复为宗教活动场所的请求）》。经研究，北京市政府同意云居寺恢复为宗教活动场所，并于1999年5月13日下发文件正式同意云居寺恢复宗教活动。6月6日，房山区政府下发了《房政字［1999］40号（北京市房山区人民政府转发关于同意云居寺恢复为宗教活动场所的批复的函）》，至此，云居寺恢复为宗教活动场所获市、区政府批准。中国佛协副会长河北赵县柏林寺住持净慧大师荣膺云居寺住持，8月29日，云居寺在毗卢殿举行隆重的典礼，庆祝净慧大师主寺。至此，中断52年后，云居寺法灯再续。三年任满，净慧离开云居寺，不久安徽九华山慧庆法师的传人果坚率弟子进驻云居寺，直至今日。
按照有关规定，宗教活动场所必须在政府宗教管理部登记，云居寺虽经市区两级政府批准恢复宗教活动，但是尚未履行登记手续。
2007年9月3日，云居寺管理处分别向区民政局、旅游局呈递了《关于云居寺申请宗教活动场所登记的报告》，2009年4月1日，北京市民政局副局长季文渊、程二雁在房山区民政局副局长曹志红的陪同下就云居寺宗教活动场所登记一事进行调研。云居寺开始积极做登记的准备工作，经与驻寺僧团协商，云居寺管理处将中轴线五座主殿和南路一座配殿交由僧团作为宗教活动场所开展佛事活动。祖师殿、唐僧殿、地藏殿下院为僧团佛堂、斋堂、起居所。管理处准备了16项、36页材料，于5月19日上报区民政局。
6月12日，召开云居寺宗教活动场所登记协调会。房山区民政局副局长曹志红主持，中共房山区委统战部常务副部长贾斌、房山区公安分局国保区支队李长青出席，云居寺管理处主任云桂荣，副主任岳宗文、王洪启、李曙平，驻寺僧团果坚、旦强、慧林参加。会议明确僧团与管理处之间的合作协议和双方责任，成立寺管会，就僧财管理、建设资金进行座谈协商，会议顺利圆满，达成共识。6月21日，云居寺正式获得民政局颁发的《佛教活动场所登记证书》。这天上午，云居寺举行了宗教活动场所颁证仪式。房山区民政局局长刘胜国将《宗教活动场所登记证书》颁发到僧团代表果坚手中。至此，自北京市政府批准云居寺恢复宗教活动场所，整整经历十年，云居寺终于完成登记手续。这一过程，成为云居寺佛教发展史上的重要事件。
2．蜚声海外的北方名刹
作为中国北方着名的佛教圣地，随着新中国成立后对外交往和国际影响的扩大，云居寺更是蜚声海外，成为有国际影响的国内着名佛教寺院之一。
早在上世纪80年代，云居寺修复工程正在进行中，就不少驻华使节和外国政要慕名前来，据不完全统计在以后的30年间，有40多个国家的政府首脑、驻华使节来云居寺参访。朝鲜驻华大使金明洙曾参访云居寺并题词。1992年，泰国恃莱特公主和泰驻华使馆人员一行50余人前来云居寺参访，从此拉开了90年代外国友人参访云居寺的序幕。2008年8月11日下午，匈牙利国防部长塞格莱什·依姆雷携夫人在驻华大使及夫人的陪同下，来到云居寺。云居寺管理处主任云桂荣在寺门迎接，塞格莱什·依姆雷一行在茶园品茶、观看了宣传片后，兴致勃勃地参观了云居寺珍藏的石刻佛教大藏经和明《南藏》、《北藏》，清《龙藏》，参观了唐辽塔群，又观瞻了佛舍利。他被云居寺悠久的历史文化深深吸引，为石经宝藏所震撼。参观结束后，塞格莱什·依姆雷分别用匈牙利文和英文写道：“云居寺是个有趣的、使人激动的地方，深深祝福云居寺！”2009年9月1日上午，印度政府旅游部长曹德瑞·瑞努卡夫人一行专程来云居寺参访，印度驻华大使馆参赞罗国栋先生、一等秘书高德先生和部长秘书陪同。曹德瑞·瑞努卡夫人一行仔细参观了云居寺，有感于印度佛教在中华的传播。当知道云居寺在申报世界文化遗产，曹德瑞·瑞努卡夫人非常赞同，她表示：石经是珍贵的文化遗产，应得到全人类的共同保护。参访结束，印度贵宾与云居寺互赠了资料、书籍。2010年5月22日，尼泊尔驻华大使坦卡·普拉萨德·卡尔基来云居寺参访，与寺监果坚亲切闲谈，并即席题词。
除官方外，国外一些宗教和学术团体，也纷纷来云居寺参访。仅2005年云居寺就接待了4个学术和宗教团体。4月25日，由国家图书馆和英国国家图书馆联合举办的国际敦煌项目第6次会议的44位代表，前来云居寺参访。参与人员除国家图书馆和北京石刻博物馆人员外，还有德国、法国、英国、丹麦、日本、香港等国家和地区的专家学者。
代表们参观了石经山及雷音洞、金仙公主塔、唐代大中年间的古井等云居寺古迹及珍藏。吴梦麟亲自讲解，各国专家学者无不感叹云居寺佛教文化的博大精深。6月20日，千年古刹云居寺迎来了韩国传教友好代表团的客人。韩国现鼎寺正道法师一行40人前来云居寺参访。在云居寺千载刻经中，韩国先贤——高丽僧慧月曾补刻5石，体现了云居大佛教与韩国佛教交流的源远流长。慧月一定没有想到，他的刻经之举，为后世的中韩两国的传教交流架起了友好的桥梁。韩国佛教代表团正是来云居寺寻访慧月刻经的遗迹。据了解，慧月是高丽着名的高僧，在韩国佛教史上享有崇高的地位，他的弟子在韩国薪火相传，至今已达300万之众。韩国僧人和信众特意到云居寺参拜先师慧月的圣迹。8月23日下午，云居寺迎来了来自日本爱媛大学、立正大学、武藏野大学、横滨美术馆、大谷大学、石刻研究所，美国哥伦比亚大学和中国山东石刻博物馆专家、学者一行45人。他们是参加第三次北朝石刻研讨会的。在房山石经拓片展馆、史料馆、石经地宫等处仔细参观，他们在石经山藏经洞花费近两个小时，认真研究，用手中的石经出版物与隋唐石经一一对照，结合各自的研究内容研究石经的文物保护、书法、美学等价值。虽然有的专家学者已多次来云居寺，但每次来都有新的发现，每次都被云居寺蕴涵的文化所折服。日本立正大学教授桐谷征一把一册《房山石经妙法莲华经》赠送给云居寺。
10月2日，云居寺和往常一样游人如织，所不同的是山门添了一条横幅，横幅上用英文写道：“热烈欢迎联合国教科文组织埃德尔博士莅临云居寺考察”。下午2时，联合国教科文组织埃德尔博士在原中国地质科学院院长、世界地质公园评委、国家地质公园评选委员会副主席赵讯陪同下来到云居寺。房山区副区长王忠海、旅游局长冀显江、云居寺管理处主任云桂荣热情接待。埃德尔博士在导游员的带领下参观了云居寺石经、纸经、木版经及寺内的其他文物，2009年7月28日，国民党荣誉主席连战参访云居寺。
对云居寺的文物价值给予高度评价。参访结束，云桂荣赠送《宝藏》画轴留念。
2009年7月云居寺迎来了一位特殊的客人——中国国民党荣誉主席连战。7月28日下午，连战一行二十余人，在中共房山区委书记刘伟、区委常委、组织部长张祝华的陪同下来云居寺参访。连战一行参观了云居寺石经地宫、佛舍利、北塔、《龙藏》等文物，并亲手拓印了龙藏木版经，参观结束，他乘兴挥毫，题写了“石藏佛经山有灵，窟纳舍利福无疆”，题罢，他意犹未尽，再题“菩提”二字。连战主席收笔，在场人员热烈鼓掌。云居寺管理处主任云桂荣将一幅《海会图》和舍利金卡赠送给连战。果坚监院送一把扇子，连战回赠果坚红包。连战一行在寺中短暂休息，于4时20分离寺。
3．护国佑民的吉祥之地
在北京的各大寺院中，云居寺可谓是接待党和国家领导人最多的寺院，即使是京城内的大寺院也无可企及。这座首都西南的千年古刹，在伟大祖国日益繁荣昌盛的今天，成为了护国佑民的吉祥之地。
自上世纪80年代以来，党和国家领导人多次来云居寺视察或参观。最近一次来云居寺视察的是中共中央政治局常委李长春。他于2006年4月26日，在文化部长孙家正、国家文物局长单霁祥，北京市委书记刘淇、市长王岐山、市委宣传部长蔡赴朝、房山区长祁红的陪同下来云居寺视察。李长春参观了钟楼、文物收藏馆、佛教文化馆、史料陈列馆，观瞻了舍利，参观了石经地宫和明代纸经，清代木版经。他边参观，边了解云居寺的文物保护情况，对云居寺石经等文物的保护现状十分关注，指示要加强“三经”保护。在石经地宫前，对“石经精神”大加赞赏，指出：“千年石经是我们民族悠久历史的见证，是优秀文化的传承，我们要充分展示弘扬中华民族灿烂文化。”
谷牧副总理前后两次到云居寺视察。第一次是1979年，视察石经，拨款改建石经库房，改善了石经的保护条件。第二次是在1986年6月8日，时任国务委员谷牧再次来房山云居寺，视察修复工程和房山的旅游事业。
谷牧参观了石经、经书和碑塔，视察了正在施工的云居寺修复工程，又听取了副市长、云居寺修复委员会主任陈昊苏关于修复云居寺的目的、意义、功能和修复规划以及施工的进展情况的汇报，表示赞赏，并就对石经和经书的保管、研究、整理等方面的工作提出了一些建议和意见。关于云居寺修复的建筑形式问题，谷牧说，修复工程2006年4月26日，中共中央政治局常委李长春（右一）前来云居寺参观。
在建筑形式和风格上要注意与寺庙的历史协调起来。
关于石经的保管与陈列问题，谷牧说，房山石经数量之多，刻经工程量之大，学术价值之高是世界上独一无二的，一定要保管好。
现在这种叠垒的保管方法既不利于观瞻，也容易磨损风化，如遇地震等灾害就更容易遭到破坏，市政府要请专家拿出保护和保管的理想方案。关于石经的保护问题要找赵朴老（指全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初）和专家研究一下，定个方案，国家出点钱没问题，标准要高一些，一年建不成可以分期建，建成以后，这里也就成了研时任国务院副总理谷牧（右四）第二次视察云居寺。
究佛经的中心和旅游点了。
在参观经书库房时，谷牧对保管条件表示担心，指出这些经书也是无价之宝，要请懂行的人进行整理并要妥善保管，一定要防止丢失和霉坏。
二、高僧大德的参礼圣地
云居寺作为北京西南的佛教圣地，1400年间，有不少的高僧大德前来参礼，其中明确记载的有六位。
第一位参礼的是唐玄宗时高僧智昇，经金仙公主奏请，唐开元十八年（730年），玄宗颁赐新旧译经4000余卷，作为刻经底本，命长安崇福寺高僧智昇负责运送。第二位是辽代的通理大师，通理是道宗时高僧，他到涿州讲经，前往云居寺参礼，主持辽代晚期刻经。第三位是明代高僧姚广孝，他于明洪武二十一年（1388年）正月二十一日，奉旨到云居寺参礼，题《石经山诗》并序，镌于华严堂石壁。第四位是明永乐年间中天竺僧人桑谒巴辣，他参礼云居寺，主持修复东峪观音寺。
第五位和第六位同为明万历高僧。一位是真可大师，一位是憨山大师，这两位高僧都是因为佛舍利机缘参礼云居寺的，万历二十年（1592年），达观一行来云居寺参礼，发现隋大业十二年（616年）奉安的佛舍利。海印寺高僧憨山作《涿州石经山雷音窟舍利记》，记载了舍利请入慈圣宫和奉归的经历。
新中国成立以后，不时有高僧大德来寺参礼，凸显出云居寺在首都佛教道场中的神圣地位。早在1956年，在中国佛教界德高望重的赵朴初居士就来到白带山下，后来身为全国政协副主席、中国佛协会长，又多次来云居寺，为云居寺寺院修复、石经保护不遗余力。
赵朴初仙逝后，一诚大师继任中国佛协主席，仍然有割舍不断的云居寺情结。2003年1月11日下午，一诚大师为中国佛学院勘址来到云居寺，不顾年事已高，兴致勃勃地参礼了云居寺钟楼、鼓楼、牌楼，及中路六进殿宇，又拜了石经、《南藏》、《北藏》和《龙藏》。一诚面对石刻佛教大藏经，双手合十，虔诚礼拜，感慨道：