沙皇的将军卡尔连夜赶到亚伊克城下。他看见，一个中等身材、目光炯炯的中年人在城墙上巡视。当地人告诉将军：“这就是普加乔夫。”将军问：“你们了解起义情况吗？”一个少年说：“真轰轰烈烈！比政府军威风多了。”一位老人说：“年轻力壮的都自愿加入了。只剩下我们这些老弱病残。起义那天，我们大家都在场。我们非常崇拜普加乔夫，他膀宽腰圆、足智多谋、说话声音也很好听。他站在城墙上对大家说：‘我像我的姨母伊丽莎白女皇一样诚实而勤劳地为国家服务。我哪里没有去过？什么样的苦没有吃过？我忍饥挨冻，究竟无故坐过多少次牢，只有天知道。而像我一样被欺压的农民兄弟，又该有多少呢？也只有天知道。都说沙皇是老百姓的天，可是，现在的这个女人是个昏天黑地，是个狼心狗肺的天。她是谋害了我才取得皇位的。’”那位将军忙问：“你说什么？女皇何时谋害过他？”老人惊讶地问：“怎么，你还不知道？这普加乔夫是彼得三世的化名，他就是现在女皇的丈夫。”将军说：“彼得三世早已升天，你们不要听他胡说。”老人说：“你快闭嘴！不准你诬蔑沙皇，上帝不会饶你。我们这里都在说，彼得三世是我们农民的大救星，他之所以被推翻，是因为他要给农民自由，限制贵族的特权。贵族们反对他，他老婆趁火打劫，把他关进了监狱。他并没有死，他还活着，躲在老百姓中间，他很快就要带领穷苦的人们同那个恶婆娘及地主富农们作斗争，让我们农民过幸福自由的日子。”
在1762—1772年间，俄国国内矛盾尖锐，满腔怒火的农奴纷纷起来反抗，农民起义风起云涌、此起彼伏。1773年，贫苦的哥萨克们发动了大规模的农民起义。
领导起义的就是普加乔夫。他出身于贫苦的哥萨克家庭。他和一百年前农民起义领袖拉辛是同乡。当时，社会上传说沙皇彼得三世没有死，隐藏在哥萨克中间，说他能保护人民，同情哥萨克。普加乔夫在一次劳动中，有人说他很像彼得三世，又有人指着普加乔夫生病在胸前留下的疤痕，戏称这就是“皇帝的标志”。人们见普加乔夫办事果断，有才能，希望他成为哥萨克的保护者，恢复失去的自治权，就极力鼓动和说服普加乔夫：“尽管你是咱们顿河哥萨克，但没关系，我们已经承认你是皇帝了，就这样了？？”急切盼望出现“救世主”的人们纷纷表示要为“皇帝”效劳。普加乔夫的拥护者越来越多了。
1773年9月，他率领一支80名哥萨克组成的起义队伍，从托卡切夫村向亚伊克城进发，一场反对农奴制压迫的伟大农民战争开始了。
哥萨克是俄国15——17世纪逃到南方边疆的农奴、城市贫民组成的居民的名称。随着农奴制的加强，哥萨克人数不断增加。16世纪和17世纪上半叶，沙皇政府要利用哥萨克保卫南部边境，于是给哥萨克武器、弹药、粮食和一些土地，作为“服役”的薪饷，允许他们选举自己的军事首领，逐渐使哥萨克成了有自治权的军事阶层。1772年，亚伊克城的哥萨克因不堪忍受压迫，杀死了政府军官和哥萨克首领，遭到沙皇军队的镇压。结果，哥萨克自治权被废除，受到政府军的管制和迫害。失去自治权的亚伊克哥萨克对沙皇政府强烈不满，正在为改变自己的处境寻找出路。
普加乔夫原来计划攻占亚伊克城，后了解到城内守军人数大大超过起义军，就临时改变计划，去围困奥伦堡。起义军沿途向包括鞑靼族、巴什基尔族、卡尔梅克族、哈萨克族各族群众，以及沙皇政府正规军士兵等做了大量工作，一路上没有遇到什么大的反抗。1773年9月下旬，起义者连续顺利地攻占多处要塞；10月，他们占领了伊列茨克镇，4日到了奥伦堡城下。这时候，起义军已扩大到二三千人，拥有火炮20多门。
奥伦堡是沙皇在东南地区的重要军事据点。当时该要塞兵力不足，起义军完全有可能一举拿下。但遗憾的是，普加乔夫采取围困迫降的策略，给了沙皇调兵遣将增援的机会。叶卡捷琳娜急忙派卡尔将军率部队讨伐起义者。沙皇的军队在奥伦堡城下惨败。许多政府军士兵倒戈投降起义军。卡尔本人侥幸死里逃生。11月13日，在离奥伦堡约4俄里的马亚奇山附近，普加乔夫阻击了前来支援的辛比尔斯克驻防司令切尔内绍夫的正规军。经过激战，政府军被击溃。
普加乔夫作战机智勇敢，显示出杰出的指挥才能。战斗中，他都是身先士卒，冒着枪林弹雨英勇冲杀。人们劝他珍惜自己的生命，他却诙谐地说：“炮火是不打皇帝的，哪里见过炮火打死过皇帝呀？”他曾多次亲自同代表们一起去奥伦堡等要塞同当局交涉、谈判。他面临生死处之泰然。普加乔夫的机敏果敢始终鼓舞着广大起义群众。在围困奥伦堡期间，伏尔加河流域和乌拉尔地区的农民、工人和各族群众，从四面八方赶来投奔普加乔夫的起义队伍。到1773年底，起义军发展到3万多人，拥有100多门火炮。但因围困奥伦堡的时间持续了半年之久，使沙皇有充足的时间调动军事力量镇压农民起义军。
叶卡捷琳娜从各地调集了大量兵力围攻起义军。1774年3月22日是这次农民战争中最激烈的一场战斗。约8千名配备有36门火炮的起义军，在普加乔夫亲自率领下，顽强地同装备精良的政府军进行了你死我活的搏斗。起义军的装备很差，除少数人有毛瑟枪或手枪外，大多数人使用的是刀、矛等。他们勇猛拼杀，前赴后继，给予沙皇军队以沉重打击。经过6个多小时浴血奋战，终因力量相差悬殊，起义军失败了。
4月1日，在萨马拉河附近，起义队伍又一次遭到沙皇军队的打击。普加乔夫不得不带领剩余的几百人向乌拉尔地区转移。南乌拉尔和巴什基尔工厂成了起义者的据点。许多工人、农民和巴什基尔人加入起义者的行列，使起义军得到新的补充。但是，乌拉尔遭到沙皇军队的严重破坏，不宜久待。普加乔夫只好带领部队边走边战，转向喀山和伏尔加河流域。7月12日，起义军攻占喀山城后，遭到政府军的疯狂围剿，大量人员阵亡和被俘，重型武器也失掉了。普加乔夫率领残部渡过伏尔加河，到达西岸地区。他在这里重新发动和组织起成千上万的农民，还吸引了部分楚瓦什、乌德穆尔特等少数民族的人。起义又很快席卷了诺夫哥罗德和沃罗涅日省。贵族们都逃跑了。沙皇担心起义军进攻莫斯科，准备把皇宫撤到里加去。遗憾的是，普加乔夫又一次犯了策略上的错误，他一心想到顿河去，因为那里的哥萨克可以补充自己的队伍。他没有去攻打莫斯科，而是试图占领察里津，结果失去了战机。在察里津附近，普加乔夫当然不敌数倍于己的政府军，带领仅有的亚伊克哥萨克农民东渡伏尔加河退往草原地带。随后的情况不断地恶化。
沙皇政府一方面进行军事镇压，一方面采取离间和收买手段。沙皇悬赏3万（一说是28万）卢布捉拿普加乔夫。起义队伍中的异己分子、富裕的哥萨克人决定出卖普加乔夫，以求得沙皇政府对自己的宽恕。1774年9月14日，几个叛徒趁普加乔夫没有防备，将他捆绑起来，交给了沙皇政府当局。他的忠诚战友们全遭杀害。普加乔夫被关在囚笼里押往莫斯科，惨遭酷刑折磨。他宁死不屈，1775年1月10日在莫斯科的博洛特广场英勇就义。然而，普加乔夫点燃的伟大农民战争的火焰一直延续到1775年8月。普加乔夫领导的起义是俄国历史上最大的一次农民战争。尽管由于历史局限性它失败了，但影响深远，冲击了沙皇专制统治，唤起了广大农奴的觉醒，沉重打击了封建农奴制度。