囚徒困境是博弈论的非零和博弈中具有代表性的例子，反映个人的最佳选择并非是团体的最佳选择。
1950年，就职于兰德公司的梅里尔·弗勒德和梅尔文·德雷希尔拟定出相关困境的理论，后来由顾问艾伯特·塔克以“囚徒”方式阐述，并命名为“囚徒困境”。那么，囚徒困境的案例究竟是怎样的呢？
警方破获了一起纵火案，抓住了两名嫌疑犯甲和乙，但是没有足够的直接证据来指控二人入罪。于是，警方分开囚禁两名嫌疑人，分别对他们进行了讯问。为了瓦解分化对方，警方分别对两名嫌疑人说：如果主动坦白，可以减轻处罚；如果顽抗到底，一旦同伙招供，就要受到严惩。
如果两人都拒不坦白，那最后警方会以扰乱社会治安、破坏公共安全的罪名将二人各判刑1年；如果其中一人认罪并作证检控对方，此人将作为证人而免于起诉，而保持沉默的另一人将被重判15年；如果两人都招供，则两人都会因纵火罪被各判10年。
面对这样的情况，甲乙两名嫌疑犯在各自的心里打起了小算盘。甲经过权衡后发现，只有自己招供是最佳的选择，可以获得自由；乙也发现，无论甲招不招供，自己的最佳选择都是招供。所以，最后的结果是，甲乙二人都分别向警方坦白了自己的罪行，甲乙两个自认为聪明的人分别被判刑10年。
如同博弈论的其他例证，囚徒困境假定每个参与者（“囚徒”）都是利己的，即都寻求最大自身利益，而不关心另一参与者的利益。参与者某一策略所得利益，如果在任何情况下都比其他策略要低，此策略称为“严格劣势”，理性的参与者绝不会选择。另外，没有任何其他力量干预个人决策，参与者可完全按照自己意愿选择策略。
从这个角度出发，上面故事中的两名嫌疑犯自然会选择刑期最短的策略。由于两名囚徒隔离监禁，并不知道对方的最终的决策；即使他们能交谈，也未必能够尽信对方不会反口。就个人的理性选择而言，检举背叛对方所得的刑期，总比自己沉默要来得低。二人面对的情况一样，所以二人的理性思考都会得出相同的结论——选择背叛，结果二人同样获刑10年。
因为双方都认为选择背叛自己最得利，所以根本不会去顾及团体利益。而以全体利益而言，如果两个人都保持沉默，两人都只会被判刑1年，总体利益更高，结果也比两人背叛对方、判刑10年的情况更好。但根据以上的假设，二人均为理性的个人，且只追求自己的个人利益。均衡状况会使两个囚徒都选择背叛，结果二人获刑均比合作要高，总体利益较合作为低。这就是“困境”所在。在日常生活中，有很多这样的“困境”存在。
有一则三个老鼠偷油的寓言故事：
三只老鼠一同去偷油喝。到了油缸边一看，油缸里的油只有那么一点点，并且缸身太高，谁也喝不到。
于是它们想出办法，一个咬着另一个的尾巴，吊下去喝。第一只喝饱了，上来，再吊第二只下去喝……并且发誓，谁也不许存半点私心。
第一只老鼠最先吊下去喝，它在下面想：“油只有这么一点点，今天总算我幸运，可以喝一个饱。”
第二只老鼠在中间想：“下面的油是有限的，假如让它喝完了，我还有什么可喝的呢？还是放了它，自己跳下去喝吧！”
第三只老鼠在上面缸边想：“油很少，等它俩喝饱，还有我的份吗？不如早点放了它们，自己跳下去喝吧！”
于是，第二只老鼠放了第一只老鼠的尾巴，第三只老鼠放了第二只老鼠的尾巴，都只管自己抢先跳下去。
结果它们都落在油缸里，永远逃不出来了。
还有“鹬蚌相争，渔翁得利”的故事，也说明了这一点。
一只河蚌张开蚌壳，在河滩上晒太阳。有只鹬鸟，从河蚌身边走过，就伸嘴去啄河蚌的肉。河蚌急忙把两片壳合上，把鹬鸟的嘴紧紧地钳祝鹬鸟用尽力气，怎么也拔不出嘴来。河蚌也因此脱不了身，不能回到河里去了。河蚌和鹬鸟就争吵了起来。鹬鸟瓮声瓮气地说：“一天、两天不下雨，没有了水，回不了河里，你总是要死的！”河蚌也瓮声瓮气地说：“假如我不放你，一天、两天之后，你的嘴拔不出去，你也别想活，总要饿死！”河蚌和鹬鸟吵个不停，谁也不让谁。这时，恰好有个打鱼的人从那里走过，就把它们两个一起捉去了。
从“囚徒困境”模式中，我们可以看到，理性的人最后的选择都是“背叛”，不愿通过合作的方式和其他人共同摆脱困境。而在现实中，背叛和合作是共同存在的，而且各方之间的信息也并非都是完全闭塞的。
在博弈中，当你做决策的时候，你身边的人也在做着某种决策，而且是会相互影响的。这个时候，互相之间的利益就可能发生冲突，当然其中也包含着一定的合作因素。因此，你的决策就必须要将这些冲突考虑在内，同时要注意发挥合作因素的作用。
事实上，在现实中，合作还是背叛，处于弱势者的选择并不是固定的，不过尽可能减少损失，让自己得利，这是不变的原则。
博弈智慧
你的选择和决定将会影响到别人的决策结果，同样，别人的选择和决定也直接影响着你的决策结果。人们只希望自己的行为对自己无害，并不想是否对他人有利，这种心理是典型的“背叛策略”。