1903年2月，也就是福特汽车公司正式成立之前四个月，位于旧金山的休森福特销售公司（Hughson Ford Sales）创办人威廉·休森签署了第一个福特汽车特许经销协议。三月份，在福特和马尔科姆森的赞助下，铁匠和自行车工厂主史蒂夫·坦伍德在明尼苏达的圣克劳德开办了第二家福特汽车经销店。
每个机械师都渴望有一个相对奢华的完整的生产部门能够实现他们的所有理念，但中间生产方式对设计者个人才能的依赖甚至更加严重。在像福特这样的汽车公司中，设计师们必须想清楚每一个能够使自己的汽车与众不同的规格细节，必须完美地画出每一个细节的图纸，监督其他公司对新设计部件的生产，保证自产和外来的部件能够协调相配，正常运作。就连文书工作本身也需要老练的机械工来完成。亨利·福特的性格倾向甚至使机械师们的工作更加艰苦了。和以前的习惯一样，福特认为只有手工方法才能创造事务，他从不绘图设计，所以通常都是建造好之后，他认为不好，工人们只好拆了再试。
在所有曾经服务于他的天才机械师当中，福特选择了哈罗德·威尔斯充任自己在福特汽车公司的助手。威尔斯曾经作为兼职雇员在短命的亨利·福特公司中帮助福特设计出了“999”和“箭”这两辆赛车。加入福特汽车公司任首席机械师和冶金专家之前，威尔斯提出要占有福特汽车公司的一些股份。但福特并没有权力直接给他股份。于是，除了诱人的薪水之外，福特提出了一个单独协议作为条件：福特将自己20股股份的收益给威尔斯。同以前一样，作为公司的头目之一，福特在汽车投产之前是没有薪水的。
威尔斯为公司立下了不少功劳，事实上，公司生命最长的促销工具——福特标识也是威尔斯的杰作。在世纪之交，广告业蓬勃发展，任何有志在全国市场占据一席之地的公司都必须拥有一个有特色的标识，对汽车公司来说，这种标识就是它们的汽车标牌。早期的许多最优秀汽车的标牌直到今天还是全世界众人皆知的：例如劳斯莱斯的矩形框内双“R”标识。对古典味道和永恒意义情有独钟的哈罗德·威尔斯设计出了草书体的“Ford”标识，其中的那个“F”最是迷人。在四个字母周围，他又画上一个椭圆，于是福特汽车公司直到今天还在使用的标识就诞生了。
当然，推出第一款福特汽车是更紧迫的事情。1903年，福特推出了A型车。它的长椅上能坐两个人，有结实的弹簧，轴距短，没有减震器，颜色为红色。最棒的是，它装有一个双汽缸、八马力引擎。A型车的操作相对简单，有两个前进挡，可以通过一个脚踏板控制。总的来说，A型车的动力和活力超出了一般水平，实际上已经算得上当时的大力士。A型车重达1250磅（约567千克，1磅≈0.5千克，下同），但强有力的引擎使它能够达到30英里的最高时速。它的价格是750美元，唯一可选的附加部件是价值100美元的一个可装拆的后座。
1903年初夏，A型车已经正式投产了。然而，只有10个装配工的福特汽车公司的生产进程太缓慢，在令人沮丧的第一阶段过后，由于销售还没有实现，工资和采购上的支出使公司的现金萎缩到了可怜的223.65美元。但艰苦时期并没有持续太久，7月15日，福特汽车公司拿到了第一张订单，来自芝加哥的牙医E。芬尼格花850美元购买一辆包括后座的A型车。后来，加上其他销售收入和艾伯特·施特雷劳另外5000美元的注资，七个星期之内福特汽车公司的银行存款增加到了23000美元。
到1903年夏末，福特的A型车在美国的每一个地区流行开来。个人和经销商们发来了越来越多的订单，对每一份订单考森斯都坚持要求预付款。在距离第一辆A型车出售九个半月后，考森斯作出营运报告，福特汽车共卖出658辆A型车，净利润为98851美元，投资回报率非常惊人，达到了350%。
福特汽车公司是幸运的，在1903年，除福特汽车之外美国还有88家汽车公司，其中有25家在底特律。然而到年底的时候，其中的27家已经失败。1904年，又有37家倒闭。而福特汽车公司在成立后的头两个月里，就有215辆福特汽车售出；在第一年里，1000辆汽车运出麦克大街；在头15个月里，福特汽车公司生产了1708辆汽车。到那时，公司已经富得流油，每一个投资者都已得到了超过100%的分红。
1904年年初，福特幸福地待在自己的公司里做着自己长久以来一直想做的事情：聚敛一帮天才，鼓励他们创造辉煌。成立后的头一年里，福特汽车公司雇用了125名员工，包括一支由福特和威尔斯领导的负责开发新车型的设计队伍。第一代新车AC型和C型车只是在A型车的基础上做了顺其自然的稍许改进，相比A型车，前者动力更强了，后者马力不变，但外形大了一些。
亨利·福特和亚历山大·马尔科姆森对A型车都不是很满意，只是原因各不相同。福特一直想要生产出价格适中的汽车，以与汽车销量第一的蓝塞姆·奥茨公司（Ransom Olds）的曲锐型奥尔兹汽车（curved-dash Olds）竞争，这个车型售价650美元，而马尔科姆森想的却是要把体积更大、功率更大的车投放到市场上。这也是两人分化的开始。他们二人清楚参与赛车对提升公司形象大有好处，所以，福特很不情愿地同意尝试打破一英里赛道的世界场地记录。这次的比赛在铺满煤渣的冰冻的圣克莱尔湖面上举行，福特对“箭”进行了改造，它只安装有一台发动机，与后来的B型车几乎完全相同。在机械师斯派德·赫夫的帮助下，亨利·福特和他的汽车打破了直行世界纪录，实现了36秒1英里的愿望，官方统计的正式速度是每小时91.37英里。
1904年9月，公司推出了第一款发生了重大变化的新福特车：B型车，这是一种大型、快速、豪华的四缸汽车。虽然赛车为B型车做了广告，但效果并不明显，高性能让位给了高价格——公司的定价是令人吃惊的2000美元，对董事们来说，出售价值2000美元的汽车显然是更快更多赚取利润的捷径。亨利·福特不同意这一点，但也没有坚决反对。
1904年年末，福特汽车公司开始搬出狭窄的麦克大道工厂，转入底特律皮科特大道的一幢大楼。这幢楼比麦克大街工厂大十倍，仅第一层就能容纳机械工厂、电力部门、装运设施和商务办公室。第二层不仅为福特和威尔斯以及他们那各种各样的研究室、绘图和设计室提供了充足的空间，还能容下第二个机械工厂。第三层可用于汽车的装配、抛光、喷漆，剩余空间还可以用于存货。在面向街道这一边，楼面顶部的一个巨大的白色招牌上是几个印刷体大字——“福特汽车之家”。
对福特汽车公司来说，迁入这样大的工厂是迫切所需：1905年，一支近300人的劳动队伍每天要生产25辆福特汽车。另外，上市的B型和C型车共同使公司的总年利润达到了200000美元——公司甚至有了进一步扩张的急切想法。然而，银行家格雷仍然对公司的前景持怀疑态度，他表示自己非常想把手中的福特股份卖掉。格雷坚信，汽车热是一种就要消退的风潮，普通公众将会对操作和维护一辆汽车所需的工作和所要费的心思感到厌倦。在他看来，大型工厂是奢侈浪费，福特想一口气吃个大胖子。亚历山大·马尔科姆森倒没有怀疑汽车业在美国的生命力，但他确实也对福特汽车公司的未来感到担心。
最主要的是，福特和马尔科姆森的分歧越来越大，他们的关系也越来越恶劣。二人关于公司未来发展方向的激烈争论仍在继续。公司到底应该生产什么样的车呢，大型车还是小型车？在马尔科姆森的坚持下，福特和威尔斯设计了一辆巨大的六缸旅行车——K型车，它时速60英里，售价2500美元。与此同时，福特和考森斯也在密谋把马尔科姆森赶出公司。
1905年，马尔科姆森通过出售股份和移交管理权将自己的煤炭公司重组成了股份有限公司，然后表示他准备取代考森斯掌管自己倾注了无数心血的福特汽车公司。夏天，马尔科姆森向福特汽车公司众董事发了正式提案，建议让詹姆斯·考森斯交出管理权。毕竟，在公司成立的时候考森斯就是这样承诺的。但事情已经发生了变化。两年前，作为世界上唯一一个既愿意也能够出钱或筹钱支持亨利·福特的人，马尔科姆森赢得了新公司恩公统治者的地位。但当福特、威尔斯和考森斯在公司的巨大成功中逐渐成长和成熟的时候，他一直是被孤立的。两年过后，当他的钱不再重要时，在福特和福特的新同事眼中，他也就不再重要。
在考森斯拒绝交权之后，马尔科姆森要求董事们投票炒掉食言的考森斯，这一自不量力的举动使他的处境大大变糟了。五位董事中有三位属于公司之外的人，而且与他相识已久，他以为可以指望他们。但连他自己的舅舅约翰·格雷也投了留下考森斯的票，约翰·道奇也是如此。只有两位起草律师之一约翰·W。安德森支持马尔科姆森。在2：2的僵局中，亨利·福特的一票成了决定性的一票。
不幸的是，福特也认为詹姆斯·考森斯是不可或缺的人物。汽车的成功或许是福特的功劳，但公司这台复杂得多的机器生产出的是收益和成本、销售和招募、规划和广告、系统、计划、策略、纪律以及上上下下所有艰苦、枯燥的工作，它的成功却是考森斯缔造的。福特投了考森斯一票，因为这是对福特汽车公司有益的合理选择。
亚历山大·马尔科姆森使福特汽车公司的成立成为可能，但却无力获得公司的真正管理权。伤心之余，他又犯了一个大错：宣布要成立自己的汽车制造企业，生产使用靠空气冷却的发动机的旅行车，与他作为大股东的福特汽车公司竞争。
1905年11月，福特和考森斯通过成立福特制造公司（Ford Manufacturing Company）躲开了马尔科姆森。这家公司的职责是为福特汽车公司生产部件。由于产量的迅速增大，福特汽车公司确实需要建立一个大工厂来生产自己的部件，实行垂直综合管理了。因为到1905年末的时候，即便是道奇兄弟公司也无法轻松满足福特汽车公司对引擎的需求了。然而，福特制造公司的成立尽管看起来是出于生产上的考虑，实际上却是福特和考森斯的一个花招。这家新公司的所有股东都是福特汽车公司的股东，除了马尔科姆森。同时，福特汽车公司的分红也被停止，这又堵住了马尔科姆森的资金源。福特和考森斯的这一计划旨在转移账目，让福特制造公司掌握福特汽车产销所获得的所有利润。这样，福特汽车公司将仅仅维持收支平衡。
对其他股东来说，一切都没有变化：原公司的股票价值和分红转移到了他们在福特制造公司的股权上。但对马尔科姆森来说却不是这样，他得不到分红，手中的福特汽车公司股票变成了价值难料的东西。另外，在1905年12月的董事会议上，他的老朋友们又要求他立刻辞去董事和财务主管的职位，因为他成立自己的汽车公司的计划已经造成了利益冲突。
忍无可忍的马尔科姆森威胁要起诉福特汽车公司，于是整个局势突然间缓和下来，最起码其他董事们不再要求马尔科姆森退位了。而且，对马尔科姆森的猛烈攻击已经让一些股东厌恶，贝内特就是其中之一。于是，贝内特卖掉了股权，结束了与福特汽车公司的合作关系。
马尔科姆森在1906年上半年考虑了自己的处境，然后在七月份卖掉了他在福特汽车公司的所有股份，他一共得到了175000美元。福特和考森斯设法得到了这些股份。此外，他们还购买了贝内特及其他三位股东的股份。不管这些股东出售股票是否出于自愿，股权结构的重新安排使福特掌握了公司58.5%的股份，大大高于最初的25.5%。考森斯的股权增长得更明显，从2.5%上升到了11%。除他俩之外，其他股东的地位都没有什么变化。
1906年7月6日，格雷因病去世，他的股份留给了家人。股东们把亨利·福特选为福特汽车公司的新总裁，他也是公司最大的股东，亨利·福特终于盼来了他最满意的结果：以他的名字命名的公司完全掌握在他自己手中，这种全权管理模式他一生都没有放弃。