由于历史的、经济制度的原因，中国的商业银行组织结构和经营机制具有明显的行政区划特征，不仅表现为外部组织机构的行政区划，而且内部经营机制也带有明显的行政色彩，有着自己独特的特征。
一、中国商业银行内部组织机构设置的机关模式特征
中国商业银行内部组织结构基本上是按业务种类和产品来划分的，除此之外其内部组织机构设置还带有鲜明的机关模式特征，而且无论是国有独资商业银行，还是股份制商业银行、城市商业银行，内部组织机构和经营管理机制几乎一样。具体来讲：
一是按贷款种类或产品设置部门，划分业务领域。这表现在：按照贷款资金的用途分为流动资金贷款、国定资产贷款、技术改造贷款和房地产贷款等大类；按照贷款企业的性质将贷款分为工业贷款和商业贷款；按贷款的币种分为本币贷款和外币贷款。通过对这三种分类方法的排列组合，各行都成立了工商信贷部、技术改造或项目信贷部、房地产信贷部、国际业务部。这种内部机构设置方法，与商业银行信贷资金经营的内在规律相违背，是内部各信贷部门互相扯皮的根源，既不利于加强信贷管理，也给客户造成麻烦。
二是内部组织机构设置行政化倾向明显。主要表现部门臃肿重叠，不计成本，行员实行官本位管理，机构中非经营性部门占比太重，如劳动工资部门、人事部门、教育部门、行政部门、离退休干部管理部门等，这些完全可以与其他机构合并的部门，却作为与其他业务管理部门并列的机构存在。
三是部门之间分工不明确。内部职能部门职能交叉重叠，有利的事情各部门抢着做，无利的事情大家互相推，内耗十分严重。排队论中的Earlang公式 证明了这样的道理：如果把工作分得过细，设置的部门过多，会影响银行效率的发挥。如电话局为某区用户接转电话，该区用户的平均话务量为 p，要求保证的服务质量为 Q，应当装配的中继线可由Earlang公式求出，假设把 N条中继线分成r个组来工作：N=N1 N2 ？ Nr，各组所能承担的话务量 P1，P2 ，？，Pr也分别可用 Earlang公式求出。结果是平均每条中继线所能承担的话务量比不分组时要小，而且是组分得越细，效率越低。这个结果说明，在一个组织结构中，不能把各部门的职能分得太细，部门和机构的设置不能过多。部门越多，整体所能承担的工作量反而越小，效率越低。中国国有商业银行的机构设置往往把一个部门能承担的事分成若干个部门来做，结果部门之间相互扯皮，内耗增多。
二、国有独资商业银行外部组织结构的行政区划特征
中国国有独资商业银行按照行政区划层层设置分支机构，有一级政府设置一个分支机构，导致分支机构体系庞大、层次过多，对地方政府的依附性较强，不符合市场经营原则，对整个系统难以实施有效的控制。这种组织体系，原本是为计划经济服务的、按行政系统分配资金的体系。随着中国经济体制的市场化转轨进程，但国有独资商业银行的组织体系仍保持着机关化管理模式，与市场化进程越来越不相适应。由于层次多，管理跨度大，加上分支行受自身利益驱动等多种因素影响，使得总行机关对分支机构控制失灵。此外，由于各地区的经营环境和管理水平差别很大，国有独资商业银行分支机构只能在当地的行政区域内选择贷款项目，其结果必然是项目质量参差不齐，降低整个社会经济效益。
管理机构多，成本高。国有独资商业银行组织体系中管理机构多，经营机构少，从总行到地区中心支行，都是管理机构，营业所、储蓄所才是吸收存款、发放贷款的经营机构。由于层次过多，机构的链条过长，整个银行体系缺乏效率，增大了费用成本，给管理控制带来很大难度。
银行机构、人员规模过大，不符合规模经济的原则。一家银行随着分支机构的增多，在刚开始时其收益呈上升趋势，并逐步达到最高点，当规模进一步增大时，收益则会下降。中国地域辽阔，交通、通讯尚欠发达，尤其在经济不发达地区，按省、地、县、乡层层设分支机构，一方面机构、人员很多，金融机构的聚集程度与经济发达地区极为类似，金融功能难以得到有效的发挥，金融机构显得严重过剩。另一方面，信息不灵，效益不佳，4家国有商业银行的人均利润及人均存款与国际大银行相比差距悬殊。
三、股份制商业银行外部组织结构的缺陷
设立股份制商业银行的初衷之一，是想通过引入股份制这种现代企业制度形式，在商业银行内部形成股东大会、董事会、监事会和经营者这种现代企业制度下的银行治理结构，对上可以挡住来自政府的干预，有利于政企分开，对下可以形成对银行经营者的产权约束，解决由于银行内部所有者缺位而引起的“内部人控制问题”，即经营者为了自己的利益而损害所有者利益的问题。从我国股份制商业银行的情况来看，离实现这一初衷目标还有相当的距离。一些股份制银行的股东除了关心每年的分红情况外并不了解银行的经营状况，作为股东利益代表的董事会、监事会对银行经营者缺乏约束手段，股东大会、董事会、监事会形同虚设的情况比较严重，因此产权约束实际上缺失。另一方面，作为股东利益代理人的经营班子在权力、收益和责任方面高度不对称。一些股份制商业银行经营班子的任免权在地方政府，使作为所有者的股东对银行经营者缺乏约束，也使银行经营者缺乏维护股东利益和银行利益的内在动力，并且使得银行的经营管理很容易受到地方政府的干预。
在这种存在缺陷的组织结构下，使我国股份制商业银行经过十多年的发展，仍然尚未真正建立起来自我发展机制与自我约束机制。具体表现在：（1）业务的发展仍然没有从根本上脱离粗放式经营的模式，仍然是主要依靠资产规模和机构的扩张来实现业务的发展，市场效益与成本控制原则、风险控制原则等现代商业银行业务经营的基本原则在业务经营中尚未得到有效体现。（2）内部管理和风险控制体系不健全，特别是信贷、资金、财务等业务运作的关键环节还没有形成规范化的管理程序和有效的相互制约机制。（3）市场经济国家商业银行所广为采用的资产负债管理方法、技术在银行的经营管理活动中尚未得到全面、深入的运用。（4）会计、统计制度基础薄弱以及信息系统的低标准使得银行经营业绩和风险评估缺乏科学性。（5）分配制度、劳动人事制度等制度的不合理使得银行未能建立有效的内部激励机制。