民国二十四年（1935）二月前，陕北存在着地域隔绝的两个苏区、两个党组织和两支红军；陕甘边苏区设有陕甘边特委，归中共陕西省委领导，拥有红26军；陕北苏区设有陕北特委，归中共中央驻北方代表及河北省委领导，拥有红27军。二月五日，双方经过协商，在安定周家"（今子长）成立中共西北工作委员会（惠子俊任书记）和西北军事委员会（谢子长任主席），实现了两个苏区党组织和两支红军的统一领导。二月二十一日谢子长逝世后，在刘志丹指挥下，红军粉碎了国民党军对苏区的第二次“围剿”，解放了安定、延川、延长、安塞、保安、靖边六座县城，两个苏区连成一片，面积达3万平方公里，人口90万，建立了20多个县级苏维埃政权。
中国共产党六届四中全会召开以后，以王明为首的中央为了在各个苏区贯彻其左倾路线，在各苏区设立中央局、中央分局代表机构，并派中央代表进驻。这些机构和代表推行左倾教条主义，反对右倾机会主义，并被授予可否定苏区党委、解散党委的权力。
同年七月，中共中央驻北方代表及上海临时中央局先后派中共河北省委副书记朱理治、原中央组织秘书聂洪钧进入陕北革命根据地，组成中共中央北方局驻西北代表团（一说中央代表团），领导西北地区党政军工作，负责处理陕北党所谓“右倾”问题。
代表团认为陕北党内存在着严重的“右倾取消主义”和“右派”活动，认为陕北形势和全国一样，正处在“伟大阶级决斗的前夜”，革命力量已超过反革命力量，要求陕北红军“全线出击”“不让敌人蹂躏苏区一寸土地”。
九月十七日，代表团在延川永坪娘娘庙召开会议。会议撤销陕北省委，成立陕甘晋省委，改举陕甘特委，归省委领导，撤销西北工委。省委书记由朱理治担任，副书记由郭洪涛担任。改组西北军事委员会，免去刘志丹的军事主席职务，由聂洪钧担任，戴季英任参谋长兼保卫局局长。红25军、红26军、红27军组成红15军团，徐海东任军团长，程子华任政治委员，刘志丹任副军团长兼参谋长。
十月初，劳山战役刚结束，中共中央北方局驻西北代表团遂以指挥北线作战名义调刘志丹返回瓦窑堡。刘志丹行至安塞县真武洞时，路遇赴前线传达命令的通信员，他从陕甘晋省委给前线的批示信里看到逮捕红26军和陕甘边领导人名单，他亦名列其中。为保证陕北革命根据地的安全，刘志丹嘱咐通信员将信送往前线，自己星夜赶至瓦窑堡，以图说服省委制止肃反。六日临晨，刘志丹刚进入省委大院，即遭保卫局逮捕。后高岗、习仲勋、杨森、杨琪、刘景范、马文瑞等60余陕北革命根据地创始将领也被秘密逮捕押至瓦窑堡保卫局，关押于瓦窑堡汇通川客店。保卫人员给他们戴以重镣，用灌辣椒水、坐老虎凳等手段昼夜审讯，索取口供。红26军团以下干部就地审查。时任省委副书记的郭洪涛逐渐认识到事态发展的严重性，向朱理治、戴季英据理力争：“说刘志丹、高岗、张秀山……是反革命，杀了我的头也不相信。”在郭洪涛的坚持下，虽然瓦窑堡汇通川客店里已经挖掘好了活埋人的坑子，但未实施。因此，瓦窑堡的“肃反”过程中未杀害一人。
但整个苏区的大规模捕杀使陕北根据地陷入人人自危的恐慌之中，引发了群众和红军指战员对中央红军和陕北红军间关系的误解和不满，陕北革命根据地面临严重危机。
中央红军到达吴起镇后，毛泽东从赤安游击队队长张明科等人的反映获悉陕北正在肃反的情况后，立即派罗迈、贾拓夫带一个连队和无线电台作为先遣队找寻陕北红军和刘志丹。罗迈等在甘泉县下寺湾遇见前来迎接中央红军的郭洪涛、程子华，得知刘志丹等关押于瓦窑堡的消息后，随即通过电台向中央作了汇报。中共中央下令：停止逮捕、停止审查、停止杀人，一切听候中央来解决。并指示中央保卫局局长王首道、中央军委总政破坏部部长贾拓夫等人到达瓦窑堡接管西北保卫局工作，以防止事态发展恶化。十月三十日，王首道一行到达瓦窑堡，传达了中央命令，接管了西北保卫局。十一月七日，中共中央机关进驻瓦窑堡，并于当天下午首批释放刘志丹、习仲勋、杨森、杨琪、张秀山、刘景范、任浪花、孔令甫、高景纯、赵启明、胡彦英、黄罗斌、郭宝珊、高朗亭、高岗、朱奎、王居德、王家娃（刘志丹警卫员）共18人。
西北中央局立即组成党务委员会审查错误肃反，由董必武任主任，王首道、张云逸、罗迈、郭洪涛任委员。委员会审阅了西北保卫局局长戴季英提供的案卷，广泛进行调查，认为刘志丹等不是“右派”“反革命”，强加的罪状不能成立。十一月二十六日，中央组织部在瓦窑堡第二高小召开平反大会，会议由洛甫主持，博古、邓发、张浩、聂洪钧、戴季英及党务会成员和陕北部分干部参加。中央保卫局局长王首道列举大量调查事实肯定了刘志丹对革命的忠诚和面临危险时，以大局为重，不计较个人得失的宽大胸怀。他指出：这次肃反是错误的，同志们受了委屈，我们相信中央会弄清是非，正确处理的，也相信犯错误的同志会认识错误，改正错误，更希望受委屈的同志顾全大局，团结一致，共同对敌。接着王首道宣读了中央《关于戴季英、聂洪钧二同志在陕甘区域肃反工作中所犯错误的处分决议》。《决议》决定给刘志丹等受冤者平反，待后分配工作；释放仍关押同志；撤销戴季英西北保卫局局长职务、聂洪钧西北军后方办事处主任职务。董必武、博古、刘少奇相继发言，高度赞扬了刘志丹等建军创地的事迹，批评了戴季英、聂洪钧等在肃反中的严重错误。最后由戴季英反省错误，戴季英讲话时态度恶劣，坚持“口供”材料确凿，不承认错误。与会人员都很气愤，杨琪、杨森等声泪俱下地历数了戴季英等执行左倾路线，用体罚、拷打、给鼻子里灌辣子水、坐老虎凳等法西斯残酷手段迫害革命同志，尤其是在下寺湾活埋了不少好同志，当时会场一片唏嘘。面对同志们的委曲与愤怒，刘志丹深明大义，以革命利益为重做了表态发言，他说同志们应以大局为重，应该理解和体谅党中央的难处，今后多加强马列主义的学习。郭洪涛也反省了他在此次肃反中应承担的责任。最后，李维汉宣布了《西北中央局审查肃反工作的决定》。毛泽东、周恩来到达瓦窑堡后，听取了王首道关于处理肃反事件的汇报。十二月十六日，就这次肃反事件由周恩来主持召开了座谈会，董必武、王首道、贾拓夫、张云逸、刘志丹、高岗、习仲勋、马文瑞、张秀山、杨森、杨琪、郭洪涛、聂洪钧、戴季英等参加了会议。周恩来首先说明了召开会议的目的，然后由戴季英承认错误，但戴季英态度仍然不够诚恳，回避错误。对此，周恩来提出了严厉的批评，怒斥戴季英：“像刘志丹这样的‘假革命’是越多越好，像你这样的‘真革命’一个没有才好。”与会人员都先后发言，纷纷表示这是路线问题，而不是个人恩怨，更不能借机私愤。十二月中旬，关押人员被全部释放。