在大规模生产方式下，企业组织结构形式一般是直线职能制（U型结构），而大规模定制生产方式的企业面临的是不断变化、难以预测的市场，其必须要保持其优势同时又要解决其面临的挑战。显然，基于金字塔式的层级组织结构已难以适应市场快速多变和不确定性需求产品的制造，企业就必须进行相应的组织变革，使其能对市场做出快速准确的反应，更好地满足顾客定制的要求。由于大规模定制生产具有以客户需求为导向、以现代信息技术和柔性制造技术为支持、以模块化设计及零部件标准化为基在市场竞争日益激烈的今天，企业之间的竞争已由基于价格、质量、服务的竞争转向基于客户需求、客户满意和时间的竞争，这样大规模定制生产所面临的最大挑战是成本和交货期。那么，大规模定制如何将定制生产和大规模生产两种生产方式的优势结合起来，以较低的成本和快速的交货满足客户的多样化需求和个性化需求。美国安德森研究与咨询公司管理咨询顾问大卫·M·安德森博士与B·约瑟夫·派恩二世合作出版了《21世纪企业竞争前沿———大规模定制模式下的敏捷产品开发》一书，对大规模定制下的敏捷产品开发问题进行了研究。国内也有学者对大规模定制产品敏捷开发的组织管理问题，进行了系统的研究（杨水利 2001）。
础、以敏捷为标志、以竞争合作的供应链为手段等特点（DA-VID。M。ANDERSON1997），故大规模定制产品敏捷开发对企业组织形式提出了以下新的要求。
9.2.1组织结构扁平化
组织结构扁平化是指企业的结构由按照梯阶层次构造逐级下达命令的金字塔模式转变为扁平的、多元化的结构。扁平化使企业的车间管理设置变得简单并侧重向两头发展，由“橄榄型＂变成“哑铃型＂，如矩阵结构、团队工作方式。
9.2.2组织规模小型化
自工业革命以来，通过扩大企业规模、增加产品数量来追求规模经济效益的观念长期为人们所推崇。M型组织结构（MUL-TIDIVISIONALFORM）的设计，其根本动机是为了发展“规模经济＂。然而，大规模定制生产使企业的各种生产批量规模越来越小。同时，在信息化进程中，计算机网络在企业内外的延伸与扩展，以及信息库被各层次管理人员的共享，使生产的社会化和经营的国际化不再强求企业单位的大型化和职能完整化，信息技术的功能在很大程度上抵消了单个企业规模经济的优势。在这种情况下，大规模定制生产企业只要加入社会信息网，或与其他企业结成联盟，也可以从企业外部获得足够的信息与技术支持。
9.2.3组织结构分权化
M型结构包含着很重要的赋权思想，但是这种赋权也是以集中控制为前提的。在传统的M型结构中，企业的信息处理是集中式的，企业管理的权力也是高度集中的。基层工作人员仅创造或经手信息，极少有行使管理权限的机会。但是大规模定制生产的要求，同时计算机被日趋普遍地用于企业的各个岗位，基层工作人员也开始有条件直接处理信息，通过电脑终端，各种初始信息可以直接快速而真实地传递出来，而无需全部通过上级集中处理后再加以传播。这种情形下，一线工人和接近市场的营销人员、开发与设计人员不仅承担了更大的责任，而且也应该拥有适当的决策权，以适应大规模定制生产的要求。这样，突破原有的权力格局，采用比M型结构分权程度更高的组织模式就变得很重要了。
9.2.4组织结构柔性化
金字塔式的层级组织结构刚性强，适合于外部环境稳定的情况。在今天新的环境下，面对需求多变、竞争激烈的市场，大规模定制生产模式要求企业的组织结构具有灵活性与适应性，要求组织具有变革与创新能力，能对多变的内外部环境变化做出应变反应。可以借助“工作团队”或“项目小组＂来实现组织的柔性化。通过团队合作可以发挥协同优势，缩短产品开发时间，迅速、准确地对客户的需求做出反应，从而实现产品的敏捷开发。
9.2.5组织形式网络化
在大规模定制生产时代，一个企业不可能完全具备市场竞争所必需的全部条件和资源，能自行开发和研制定制产品的企业也无法长期与市场保持同步。企业间只有竞争的时代正在结束，取而代之的是以共享信息资源为基础的、以合作协同为主导的企业战略联盟。企业战略联盟中的成员企业通过网络实现信息共享，每个企业是网络中的一个节点。成员企业内部也形成网络结构，组建由设计、生产、营销、财务、服务等多方面人员组成的团队，为顾客提供全方位定制化的产品与服务。
组织是生产和经营的主体，一定的组织形式是同制造方式相适应的。因此，生产方式由大规模生产走向大规模定制生产的过程中，必然伴随着组织形式的变革。组织形式包括企业内的组织形式和企业间组织形式两个方面。在新的生产方式下，企业只有通过对其内外组织形式进行持续的适应性调整和前瞻性创新，才能适应大规模定制生产模式的要求，保证大规模定制产品的敏捷开发。