在东京的同学胜利复课的时候，周树人已经回到了仙台。
令人不解的是，这位主张复课的学生，竟常常无端地旷课，甚至连每天做笔记的那份热情也渐渐淡薄了。可以肯定，有一样什么东西在暗中骚扰着他。
开始的第二学年，课程作了调整。一些副科没有了，增加了解剖学和组织学的实习课，还有细菌学等与医学密切相关的新科目。担任细菌学的中川教授，是个喜爱时髦的有产者。他买了一部十分珍贵的德国生产的幻灯器，进行视觉教育。当时，市内各处，有关日俄战争的幻灯纷纷上映，幻灯器和玻璃画已经广泛流行。学校放映时事幻灯是受到文部省奖励的，因此，在以幻灯授课，显示细菌形态的同时，也会放映一些风景或是战争的片子。
三号阶梯教室。遮光幕低垂着。
当有关细菌的显像告一段落，中川便放新到的战争片，而且亲自担任解说。燃烧的战地，城门，马匹，敢死队，纵横的尸体，一一从暗中摇过去。接着是这样一个镜头：一个中国人面对上着刺刀的枪口，据说他做了俄国的侦探，结果被日本军队捕获，要枪毙了。站在周围观赏的是一大群中国同胞，没有愤怒，也没有哀伤，一个个木然无所表示。
正在这时候，周树人的耳边轰然响起一阵掌声和欢呼：
“万岁！”……
静静的青叶山。
没有人迹，没有鸟喧，只有寒风不安的迫促的呼吸。积叶塞满道路。众多的树木惟留灰褐的颜色，向天空，纵横写着一月，写着季节的交替，那可能的结局或起始。
周树人满山乱闯，放声悲歌……
他从来没有这样歌唱过。胸口实在太难受了。除了歌声，还有什么可以消释，可以让自己遁失于一片混茫之中呢？最后，他终于靠着一棵杉树半躺了下来。当他把菱形制帽摘下，无意间看见镶嵌着一个“医”字的帽徽时，才仿佛顿然发现了自己，发现了深山密林中的一头受伤的野兽。
——中国人呵！你作为人类的价值何在？难道只是为了充当示众的材料和看客吗？一个小小的仙台，备受战争、贫困、饥饿、失业、税收和各种不幸的折磨，已经是千疮百孔、奄奄待毙，可是，只要从中国战场上传来了捷报，就会由于胜利的刺激而立刻变得亢奋、强健、充满生气！这里的报纸，甚至广告，都在嘲笑中国人，称作“愚昧之民”，甚至“动物”，认为“只有日本才能教育这些愚蠢的人，使其成为优良的人类”。有一回上街，就有日本人拦住自己问：“为什么不回去流血？还在这里读书做什么？”一年多以来，不可逃避地，遭遇过仙台市民多少回庆祝战争的活动，看过多少回彩旗和烟花，听过多少回鞭炮、钟鼓和狂热的喧嚣呵……
有一件特别令他愤懑的事情，创痛真太深了，至今想起来也要全身发抖。
那是去年秋天，第二学年刚刚开始的时候。一天，年级里的学生会干事来到他的公寓，说是借他的笔记看看。哪里知道，将笔记找了出来，这位干事只是翻检了一下就还给他了，并没有带走。他感到非常纳闷。
不久，邮差送来一封厚厚的匿名信，拆开一看，第一句话就是：“你改悔吧！”
这是《圣经？新约》里的句子。前些时，俄国作家托尔斯泰反对日俄战争，曾经在分别写给日本天皇和俄国沙皇的信中使用过的。匿名信的内容是说：上学年解剖学的试题，一定是藤野先生在讲义上做了记号，让他预先知道了，所以能有那样的成绩。中国是弱国，所以在他们看来，中国人永远只能是低能儿，分数在中等以上，当然不是自己的能力所能企及的了！……
读了这封信，他才想起发生在几天以前的另一件事情。因为要召开全年级学生会议，又是那个学生干事，在黑板上出示通知，最后一句是“请全数到会勿漏为要”，在“漏”字下面特地加了一个表示着重的圆圈。那时候看了只觉得好笑；现在才明白，原来是影射藤野先生给自己“漏”了试题的。
紧接着，流言也起来了。这流言自然要比衍太太当年散播的更难忍受。可是，而今还能逃走吗？到处是异国的土地。他隐忍着，没有任何异常的举动，还是那副沉静的样子。虽然有几个熟悉他的同学很不平，曾经一同诘责过干事借故检查的无礼，并且要求将检查结果公布出来。然而这一切，又有什么意义？浑浊与澄清都不只是一个人的事情。流言是慢慢地平复了，痂痕却不易脱落，每碰到轻微的摩擦都要暗暗地流血，更何况这般沉重的打击呢！……
正直的杉，虬屈的松，低低地悬浮着的天空……
——中国人！呵，怎样的中国人呢？为了对“国民性”有一个透彻的了解，他曾经追索过人的灵魂的有无。在实验室，亲自解剖了好几具尸体：矽肺的矿工、花柳病患者、痨妇、婴孩……那女人和孩子曾经使自己何等地惶栗不安呵！结果，灵魂的存在与否还是一个疑案。读达尔文、海克尔，探究人类发生学；读爱智之士的著作，设法进入其杳杳冥冥的抽象空间，结果还是疑案。可笑。灵魂是什么呢？就是那么一点精神吗？如果没有灵魂，只是一具活动的躯壳，还算什么人类的生命？去年翻译《造人术》，自己还颇为那寂寞的教授人工地制造出生命而感到鼓舞，其实那生命，不就是一具躯壳吗？当时，是那般地醉心于医学，仿佛携一把手术刀返国，就可以拯救同胞，拯救人类。多么可笑呵。国民是如此昏醉，不懂得反省，更不懂得反抗。一部史密斯的《支那人的气质》，就酷肖地画出了中国人的灵魂。刺刀。枪口。侦探。看客看客看客。噢，让茁壮的躯壳配一具孱弱的灵魂，这就是医学的用途！……
他长呼了一口气，抓过帽，把它按到一旁，然后略微欹侧着身子，背风划亮洋火，点燃一根百合牌香烟。烟缕被风吹得纷乱，火星一闪一闪，就像一个隐约的启示。
医学并非一件紧要的事情，他想，灵魂毕竟重于躯壳。这时候，父亲鼓胀的腹部，母亲的小脚，小妹，小弟，红蝙蝠与小姑母，蟋蟀，药店与当铺，担架，绷带与血……在眼前迅忽出现又迅忽消失；另外一队人群，开始进入他的视野：斯巴达人，芳娣，茶花女，撒克逊遗民，吁天黑奴……生活在文学世界中的人物的命运，那淌流的泪水和激溅的鲜血，再一次猛烈地袭击着他的心！
当文字以一种征服的力量重新召唤着他的时候，他突然在叠印的书报中间发现了自己的笔记本。笔记本。笔记本。笔记本。他梦一般凝视着那上面熟悉的殷红的笔迹，痛苦地慢慢闭上了眼睛……
一周，一周，时间在骚乱中过去了。
是深沉的夜。
客舍的人们都已经睡去，只有周树人和月亮在悄悄徘徊。池水幽幽地，不显一点波纹，庭院中的杉木和青冈栎发出细碎的萧飒的声响。
一个思想成熟了。到了告别解剖刀的时刻。既然改造国民性是整个民族事业的根本，为什么不可以有别种的解剖刀，痛切中国的社会和病态的灵魂呢？火与剑，能够荡涤所有的官邸、街道和乡村，但是能够延及看不见的荒野吗？而且，已经有那么多的志士仁人从事着流血的革命，就让自己进入国民精神深处，去进行一场不流血却也一样持久而艰难的抗争吧！……
当他停驻脚步，池塘中的月亮，也就沉静得如同一个等待了。
没有什么会比文学更富于魅力。但是，重要的还不只是找到了把握世界的新的方式。随着思考从政治革命到思想革命的位移，他的文学观也便相应地从梁启超的影响中剥离开来，而同时表现出对某种独特的审美理想的追求。从头选择的个人道路的起点，已经决定了他未来的文学事业是这样一场定向爆破：他主要是一个进攻型的作家。爱隐于憎，热藏于冷，他的文学的良心，搏跳于凌厉的枪刺背后；他必须正对叫啸的子弹、暗堡和熊熊的火光……
多么好的月光呵。没有国界的月光。总是喜欢做梦，抱着梦幻而来，而今又要抱着梦幻归去了。
仙台，一个由官厅、学校和军队构成的城镇，的确给过他许多创痛，遽然离去，却未免有点怅然。依恋不仅仅是月光的。由于藤野先生几次三番地劝阻，从佐藤屋搬来不觉又一年了。这中间，难得领受过主人宫川夫妇的温情，还有这池子，这树，这小井，甚至是平时难以下咽的芋梗汤。结束了。走了。怎样对藤野先生说呢？要是让他知道，该会多么失望呵！藤野成了他告别仙台的惟一的一个感情的死结。但是，先生的寄托，不是都可以包容在未来的事业里吗？方位虽然不同，目标还是一个：为了民族的独立、自由和进步，自己并没有背叛先生呵。当他终于为自己找到了这样一个解脱的理由，全身不禁顿时轻松多了。
第二天，他便去找藤野。
来到研究室的门前，他踌躇了好一会，到底敲响了堇色的小门。
“有什么事情么？”让进屋内，藤野发现他的学生并没有携带笔记本。
“先生，我不再学医了，”周树人低低地说，“我想离开仙台。”
“为什么？”
“不为什么。”
先生的脸色变得很有点悲哀，嘴唇蠕动了一下，似乎想说话，但什么也没有说。
周树人见了，心里非常难受。为了忠实于一种感情，必须学会说谎。他说：“我想去学生物学，先生教给我的学问，也还有用的。”
“为医学而教的解剖学之类，恐怕对于生物学也没有什么大帮助。”藤野叹息道。
还能说什么呢？
难堪的沉默。周树人赶紧告辞了。
周树人要离开仙台的信息，不知怎的，被经常同他接触的几位同学知道了。于是，铃木、杉村、山崎，再叫了青木，一同找到了他。当消息获得证实以后，四个人便邀同他一起，到米团店里吃了甜食，然后到照相馆里去。拍照的时候，同学们都把周树人推到前排，他却执意要站到后排的边上。他不想做中心人物。大家以为，反正他没有确定行期，总还有开送别会的时候；而且都知道他素性执拗，也就依了他。
过了几天，藤野把他叫到家里去，交给他一张照片，后面写着两个字：“惜别。”并且说，希望也能得到他的一张照片。
周树人很歉疚。除了东京那一回，平时并不喜欢单独上相馆，因此也就无法奉赠了。
“那么，将来照了再寄吧，”藤野叮嘱道，“只是不要忘了写信，我很想知道你以后的情况呢。”
就这样分别了。永恒的分别。
此后，周树人并没有承诺给藤野寄照片，也没有去过一封信。他想，在先生的千百学生中间，自己不过是因国籍不同而显得特别一点罢了。其实，就医学的功课来说，自己的成绩并不算怎么优异的。他认为，先生应该完全地忘掉他。由于照片和信件的提示，而得时时干扰先生，伤及先生的情绪，又何必呢？要说报答，在自己，默默地奋斗去，倒是实在的。
周树人就是这样一个怪人，历来重视文字，间又轻蔑若此。不过，感情这东西似乎也怪，形诸文字就是没有诉诸心灵那般长久而美丽。
3月底，同学们发觉周树人一连几天没有上课，这才明白，他已经走了。至于什么时候走了，谁也不知道。