有报道显示，1949年1月中旬，在蒋介石下野前夕，曾以24架次的C-46军机（12架）在两日内运走96吨上海国库金银，在2月初也曾用军机运黄金。
原国民党空军作战处处长张光明回忆，他们在1949年1月中旬突然接到命令，C-46空运机12架，立即飞赴上海，接受紧急任务，秘密完成24架次飞行，但均不知空运为何物。现在想来，极有可能是秘密转移的黄金白银。
对于是否空运，吴兴镛教授持否定态度，认为以军舰运的可能性最高。其理由如次：
“至于1月里第二批的90余万两，目前没有其他记录显示是空运的。如是空运，由黄浦江边的国库到机场的漫长路上，安全与保密将是最大的考虑因素。用船舰运就方便多了，过了黄浦滩路就到了。当然，为了赶在蒋总统下野前夕赶紧用飞机把黄金运厦门，就只有冒险了，这也有可能；但可能性不大，因至今没有关于这方面的其他人的记录或报道，此处还是采用詹特芳之说（以海军军舰运厦门）。此外，先父在1月11日签订‘军费草约’的当天下午走访海军港口司令部，此点也与用军舰运军费黄金去厦门相合。2007年12月、2008年10月，笔者两次实地去厦门，并频赴鼓浪屿，查对詹特芳、李光烈的回忆，并与先父日记对照，断定以军舰运的可能性最高。”
关于第二批金银外汇运出总量，有资料显示，自1949年1月至4月20日（正值国共和谈期间），吴嵩庆自上海运走黄金90万两、银圆3000万元（共7500箱，每箱4000元）、纯银3000余吨及外汇7000万美金。另外还有一笔（中国银行所存）美金1000万元汇去美国纽约，由中国空军采购委员会主任毛邦初中将接收；毛以私人名义开户存入美国银行，供空军在美采购。
然而，黄金运走之后竟出现了一个小插曲，因为央行划拨到财务署保存的黄金最初是两者“共管”，查收清点时竟比“草约”规定的90万两多出9万两，为99万两！经手此事的吴嵩庆不由得感慨中央银行真是混乱至极，竟然为蒋介石多“预支”了9万两黄金的军费。那么，这是央行真糊涂，或假糊涂，还是当时官场的佣金陋习？“不通人情”的吴嵩庆将实情告之蒋介石，使原本就对央行心存猜忌的蒋介石大为光火，以致对这些金银外汇重新做出部署。同时这也导致吴嵩庆与整个财经界对立，尤其是孔宋系如俞鸿钧、徐柏园、严家淦、徐堪、刘攻芸等人；去台后亦遭致多方排挤，好事及升迁都靠边站了。此为后话。
据财务署吴嵩庆机要秘书詹特芳回忆：
“……黄金是90万两，美钞是8000万及银圆3000万。以上这些人民血汗钱，经由吴嵩庆以军费名义全部提走后，其中黄金及银圆用了一艘海军兵舰，由上海运到厦门，在厦门存放了一个时期，又移至台湾。当时具体负责这件工作的人，有财务署收支司副司长董德成、总务科科长李光烈等，但他们都是临时抽调的，有的人可能还不知道其中内幕。……”
“移至台湾”就是送进财务署在信义路边上的保管库里，这保管库是需要三把钥匙才能打开的金库。据财务署收支司副司长董德成回忆：“除保管库乃日本留下唯一一栋红砖平房，非常牢固，所余均应临时需要，简便克难建造。”……可惜现在都已被拆掉，原地建了台北地标之一：中正纪念堂。
此处詹特芳提及是用军舰由上海运到厦门，应是正确的。签完草约后，吴嵩庆原以为这笔金银外汇将转运台湾，结果竟出人预料地转至厦门，藏在厦门风光秀丽的鼓浪屿上的中国银行地下金库。直到1949年8月，解放军攻破福州以后，这笔黄金才被转移到台湾财务署在台北信义路边上的保管库里。厦门是当时蒋介石金银转运的重镇，鼓浪屿中国银行地下金库成为绝密战时金库。
据吴兴镛介绍，根据他多年的研究，第一批的260万两黄金，是作为金圆券储备金转移储藏地点，而不是军费。原来就在上海的中央银行，分三个地方储存。但第二批和第三批的黄金（160多万两），来源就颇不“光彩”了，而且事关蒋介石下野，最后还部分用作了军费，耗在了内战的最后一年。
来源不“光彩”，是因为这批黄金主要是由兑换金圆券所得。吴兴镛介绍，发行金圆券的本意，是为了挽救财政经济危机；但事与愿违，此方式之下，大量黄金被收归国有，人民得到的金圆券却继续贬值。根据他的测算，有档记录的大致为收兑147万两黄金（没记录的无从考证）。那么这批深染人民血泪的黄金最终用在了哪儿呢？吴兴镛经过多番查证，无比愕然地获悉，这笔钱早就被蒋介石当作军费预支，牢牢掌握在了自己手中，而且后来，有80万两真的用作了军费，剩余的最后一并运往台湾。
寒波澹澹，白鸟悠悠；涛涌浪岭，一漫天涯。在上海南方800公里，有一个宁静、秀丽的岛屿——厦门鼓浪屿。鼓浪屿位于厦门岛西南隅，与厦门市隔海相望，与厦门岛只隔一条宽600米的鹭江。岛上岩石峥嵘，挺拔雄秀，气候宜人，鸟语花香，素有“海上花园”之誉。
鼓浪屿是厦门最大的一个卫星岛，原名“圆沙洲”，别名“圆洲仔”，明朝改称“鼓浪屿”。因岛西南方海滩上有一块二米多高、中有洞穴的礁石，每当潮涨水涌，浪击礁石，声似擂鼓，人们称之为“鼓浪石”，鼓浪屿亦因此而得名。明朝末年，民族英雄郑成功曾屯兵于此，现今日光岩上尚存水操台、石寨门故址。1842年鸦片战争后，英、美、法、日、德、西班牙、葡萄牙等13个国家曾在岛上设立领事馆；同时，商人、传教士、人贩子纷纷踏上鼓浪屿，建公馆、设教堂、办洋行、建医院、办学校，炒地皮、贩劳工，成立“领事团”，设“工部局”和“会审公堂”，把鼓浪屿变成了“公共租界”。一些华侨富商也相继来兴建住宅、别墅，办电话、自来水事业。1942年12月，日本独占鼓浪屿；抗日战争胜利后，鼓浪屿才结束一百多年殖民统治的历史。
鼓浪屿也是蒋介石情有独钟的地方。他曾于1919年和1920年居住在鼓岛上，并于1919年6月11日在日记中写道：“渡鼓浪屿至厦门，及投寓于宫保第（林祖密家），往观贷屋。”鼓岛是他旧游之地，他非常熟悉岛上的情况；把军费黄金藏在鼓浪屿岛上，或许就是他的指示。
1949年蒋介石的秘密军费黄金，给美丽的鼓浪屿披上了一层神秘的外衣。宋子文、蒋介石及吴嵩庆都曾来过鼓浪屿，这个风景不殊的美丽小岛是内战史上一个很特殊的地方。早在1月初，关于蒋介石要入住鼓浪屿的新闻就被炒作得沸沸扬扬；随后当时厦门的警备司令、警察局局长都换成了原蒋介石的正副侍卫长石祖德、刘树梓，甚至连机场也交由军方接管。人们议论纷纷，但还不知有黄金要运来鼓浪屿；直到第一批第二船次的黄金银圆在厦门太古码头（今和平码头）跌破银圆箱子，关于黄金的传闻才一度在鹭岛发酵，但人们也只是猜测。
在1949年里，国民政府的金银约有半数是经由厦门及鼓浪屿转运台湾的，上海——厦门——鼓浪屿——台湾，成为蒋介石最重要的运金路线之一。在1949年8月前，蒋介石派有亲信将领石祖德为警备司令，及近侍卫戍部队（南京警察第三队）驻厦门来看守这批金银。这些金银外汇名义上都是军费，由吴嵩庆担任主管的财务署监管，由总务处的李光烈科长驻厦门提调。李光烈用密码电讯与吴嵩庆单线联系，而蒋介石则以召见、电话或密电指示，于幕后掌控此金银（还有外汇）的使用。
厦门成为当时蒋介石金银转运的重镇，而鼓浪屿中国银行地下金库则成为绝密战时金库。鼓浪屿这个小小的藏金宝地虽然一直不为人知，却调拨着国民党内战时期的大量军费开销。据吴兴镛介绍，在1949年1—8月份，在鼓浪屿的军费金银数量最高时是近100万两黄金（占运台黄金总量的四分之一）及数千万银圆。直到解放军进入福建后，存厦门的军费金银就以军舰（运银）、军机（运金）运抵台湾。1949年10月中旬，解放军进入厦门；15日夜国民党军队未放一枪，撤出鼓浪屿。鼓浪屿藏金历史宣告结束。
旧中国银行地下金库，原址是在岛上观光胜地日光岩下，现在是晃岩路30号。晃岩路是当年鼓浪屿上的“华尔街”，有好几家银行：30号是中国银行，32号是交通银行，34号是中央银行（《厦门大观》）。因为鼓浪屿是侨汇之乡，也是一些国内外富商、黑社会人士的逃难隐居或逃亡之所；有“万国租界”的庇护，也是“洗钱”之地，故而有可藏百万两黄金的地下金库。但这个金库面积并不大，因为鼓浪屿本身就不大。原中国银行地下金库已拆除，在原来仓库的位置，现在建了个钱币博物馆。
1949年1—2月间，国民政府使用军舰把金银运到厦门的海军码头，然后以小交通船接驳运到鼓浪屿背着厦门的一面海边，即今观海园码头（1949年是国民政府鼓浪屿海军码头）。岛上挑夫（鼓浪屿岛上有很普遍的人力板车，多年来，岛上的数百架钢琴、建筑材料等都是使用板车搬运，岛上禁用汽车，1949年有报告显示运黄金也曾用它）把黄金一箱箱地从海边经过日光岩入口处前上坡的偏僻小巷，经过福音堂前就到了晃岩路30号中国银行的地下金库。此条路线保密性高，可以避开鼓浪屿上民运码头的观光商业、住宅及人口密集区。
这批藏在鼓浪屿的秘密军费金银，由吴嵩庆指派财务署总务科科长李光烈坐镇厦门提调。他有一本密码本，专门接收吴嵩庆的密电，翻译出来以后即会同厦门警备司令部提出黄金或银圆运走，用来支撑内战后期国民党军队在东南沿海、西南地区、新疆与兰州的作战。
那么，蒋介石为什么要把作为秘密军费的金银放在厦门鼓浪屿，而不像第一批金银直接运到台湾呢？凭当时的军舰、飞机是完全有条件的。
这些事实也恰恰证明了蒋介石秘运金银外汇由厦转台，是肚中自有经纬，事先有一系列的“谋篇布局”！
据吴兴镛研究，蒋介石把这笔绝密军费运往厦门，至少有三个原因：
其一，可就近发饷给大陆东南与西南地区仍与共军交战的亲信部队。
因蒋介石对大陆并未完全死心，觉得解放军不可能那么快攻下厦门。当时的厦门是一个海岛，而解放军没有军舰、飞机，高射炮也不多。“厦门岛守得住！”这是国民党军内普遍的心理。在蒋介石看来，解放军没有海军，要拦截黄金也不容易。而当时还在持续中的战事，让蒋介石必须留一部分银圆，以发军饷。
其二，厦门距离台湾最近，因地利之便，必要时能随时转运台湾。
其三，蒋介石对新任命的台湾省主席陈诚并不完全信任。蒋介石历经民国政治舞台的奸诈与残酷，他无论什么决定都是使用多层监督与多线运作，不将鸡蛋放在一个篮子里面。而陈诚虽则是自己的亲信，当时在台湾却是一人独大，无人可制衡；蒋介石内心深处对日后大陆全面溃败之后的退路，也并没有十足的把握，于是隔着海留点现金现银在身边，直到他有百分之百掌握内部局面的信心。这一点在1949年的蒋介石日记里可见多处端倪。例如，8月13日日记：“10时约见墨三（顾祝同），吿以辞修（陈诚）言行病态令人忧愤，余受内外污辱。”8月17日日记：“今日甚感辞修之病态可痛……”这是一个危机四伏、瞬息万变、人心唯危的大动乱时代，蒋的顾虑也不是完全没有必要。
于是，在解放前的那段岁月中，厦门扮演起秘运部分黄金、银圆到台湾中转站的重要角色。
1949年1月21日，蒋介石总统宣布下野。吴嵩庆是第二天与陈诚在飞往南京途中才得知的，于是奉命转飞杭州，和从南京飞来的蒋介石在杭州笕桥机场见了面。吴嵩庆在日记里写下：“5时半，专机到，老先生（指蒋介石，作者注）甚安详。”蒋介石已下野还能气定神闲，“甚安详”，大概是因为台湾的情况和今后打仗的钱，都有了底数。或许，也是在嘲笑李宗仁：“你有什么本钱做代总统？中华民国的国库已经搬到台湾和厦门了。”
然而正所谓“火关得越紧，烧起来越猛烈”，蒋介石自以为是偷天换日之术，巧妙转移了央行国库的绝大部分金银外汇，却仍被无孔不入的媒体及时爆料，暴露了运金真相。1月22日的《华商报》《字林西报》及美国“合众社”都发布了类似的新闻。一时舆论大哗，怨声载道。
1月28日晚10时，美国国务卿艾奇逊（DeanAcheson）收到上海总领事恰伯特（JohnM.Cabot）的一份电报：
“……上海市长吴国桢于本日会谈中，明确透露，200万盎司黄金已转运到台湾。…… 上海尚存80万盎司，其中50万盎司以上正在运输中……”
其实吴国桢所透露的运金消息并不完全准确。虽然他是蒋介石倚重的上海名市长，但其并不在蒋的权力核心。今天从蒋的日记知道，吴只是国民政府给美国人看的一位亲美的“样板人物”；初到台湾，蒋介石让吴出任台湾省主席，其目的也不过是为了获取美国的军经援助。他并不知道那作为军费的近百万两黄金，已于1月21日蒋介石下野前后开始运出。此外，“尚存80万盎司”也是低估，据留在大陆的李立侠说，1949年1月后，“仍有从南京等地劫掠到上海的黄金、白银来不及转运台湾，陆续存入上海中央银行，待运台北和向广州等地疏散。”另外，中央银行以外的公私银行的黄金并没有包括在这余下80万盎司数目内。
值得注意的是，此时蒋介石的身份仍是“中华民国总统”，所以这笔军费的支出，应该说也算是合法的。虽然等到真正开始运输黄金时，他已不在台上。而准备和谈的李宗仁代总统，为稳固自己在国民政府中的地位，力保国库黄金不再流失，对国民政府财政部进行了改组和换人。原财政部部长王云五因金圆券改革失败早已辞职谢罪，由徐堪继任。俞鸿钧在蒋下野之前就已递上辞呈，辞去国民政府央行总裁职务，由副总裁刘攻芸接任。所谓“在位时人看脸，卸任后看人脸”，蒋老先生虽然可以一手遮天，但也遇到了阻碍，下野的他顿感人生之悲凉。那么，他又是如何转运“军费草约”剩余的一半金银外汇的呢？