在历史发展过程中，蒙医学先后吸取了藏医学及部分中医学理论，逐步形成了既有独特理论又有丰富医疗经验的近代蒙医药学术体系。如元代蒙医学家沙图穆苏用汉文撰写了《瑞竹堂经验方》15卷，其中治疗风寒湿痹的方剂较多，所载方剂几百个，其中有些方剂实用而有效，至今仍被采用。公元14世纪，古印度的寿命吠陀医学的某些内容随着佛经传入内蒙，如蒙古族翻译家沙拉布僧格，将古代印度佛学巨著《金光明最胜王经》从维吾尔文和藏文译成蒙文，其中有古代印度医学---吠陀医学部分。在这部流传甚广的佛经中，）病症，也都有所涉及，与此同时，古印度的四大元素学说，即土、水、火、风也随之而来。这些与蒙古医学朴素的理论结合在一起，成为蒙医学中最基本的理论内容。在16世纪，随着西藏喇嘛教的传入，西藏《四部医典》和印度医学《寿命吠陀---八支心要集》等藏、印医学理论，开始在蒙古地区传播。于是蒙古医家在传统医疗经验的基础上，学习并掌握了印、藏医学之核心理论，并把它与中医学的阴阳五行学说相互渗透加以吸收。当时，许多蒙医药学家将汉、藏医学理论和印度医学理论灵活地、创造性地同本民族的生活、生产、疾病情况以及地区特点结合起来，编写了大量的医药学著作，为蒙医药学基础理论的发展奠定了基础。其中有代表性的是：17世纪著名蒙医药学家占布拉著《医法海鉴》一书，记述了蒙医治疗各科疾病的方药，是一部较完整的蒙药方集。18世纪蒙医药学家松巴·堪布一伊舍巴拉吉尔著《甘露滴珠》、《甘露医理》、《甘露诊疗》、《甘露临证鉴别诊疗集》、《识药晶鉴》等一整套蒙医药著作。还有蒙医药学家洛布桑·索勒日哈木著《脉诀概要》、《巴莎木制药法》、《药物识别》等著作。19世纪蒙医药学家占布拉道尔吉著《蒙药正典》一书，共收集了879种药物，并附有576幅插图。还有著名蒙医药学家罗布桑·全普乐，通过一生的临床实践，较全面地总结了前人的经验，著有《实用蒙医药学》一书。19世纪末至20世纪初，蒙医药学发展到了一个新的阶段，先后涌现出许多医学家和蒙医学专著：如著名蒙医药学家伦日格·丹达尔著有《诃黎勒·晶珠医药学鉴》、《增补医疗解释》等。库西卡编著了《蒙医验方集》，并附有蒙、藏、汉、满四体合璧的蒙药名录；伊希·丹森旺吉勒编著了《红珊瑚方剂》；吉格木德·丹森扎木莎编著了《普乐方》；敖斯尔编著了《医方与手法》；阿格旺隆日格·图布丹尼玛编著了《珊瑚珠方》等。这些著作的出版使蒙医药学日趋完善，逐步形成了具有鲜明北方民族医药特点和地域特点的近代蒙医药学。
在这一时期，蒙医学的实际医疗积累了十分丰富的经验。尽管萨满教巫师这时还掌握一定的医疗技术，作为他们谋生的手段，但广大民间以及专业人员还是在实践中与疾病进行斗争，使蒙医学的内容逐渐丰富起来了。这些医疗实践经验大致有如下这几方面：
（一）饮食疗法：
蒙古族的祖先过的是游牧生活，他们的食物自古以来就以动物性的食物为主，最主要的是肉食和乳食，肉食与乳食都具有很高的营养价值。更值得注意的是他们保存、制作乳食品的技术对于改善身体营养状态、增强体质的作用。据史书记载，蒙古族的祖先匈奴人早在汉代就已经知道酿制酸奶和制造奶酪，用奶酪救治急症。这种方法在民间也是流行的。蒙古族古代有“病之源，食不消；药之源，百煎水”的谚语。百煎水即经煮沸多遍的开水。这些都是简便的饮食疗法，与生活习俗密切相关，但最能反映蒙古族饮食疗法的精华的，当推元代饮膳太医忽思慧的《饮膳正要》。
（二）急救治疗及脏疗、皮疗等：
由于蒙古族过的是游牧生活，特别是在战乱期间，战争外伤、摔伤等等很常见，这就促成蒙古医学中的外伤急救治疗，包括骨折、脱臼等骨伤科，以及疼痛、失血、脑震荡等一类疾病在蒙医学中占有重要的地位。据有关文献的记载，就地挖掘坑穴，以急救失血或昏迷患者，从汉代匈奴开始即已应用，如苏武在匈奴地区自刎后用此法急救。武威汉代医简也有类似记载。
蒙医还有传统的瑟必素疗法、皮疗法及脏疗法。瑟必素指食草类反刍动物附胃中的食物，取出后，趁热把它敷在患处，以治疗寒冷症，皮疗法则是将动物杀死后，剥其皮并趁热将皮贴在患肢患处，也有驱寒散寒的作用，甚至妇女子宫寒证，也可蹲坐于动物附胃上以散寒。蒙医脏疗法与上述两种治疗的原理相似，只是把瑟必素中的反刍胃中的食物或动物皮疗改为用动物的五脏。把新宰的绵羊等动物内脏趁热敷在患处，如把新宰羊的双肾敷在患者双耳、肝脾敷在肝脾部位。也还有利用动物的内脏内服治病的，这实际上属于脏器疗法的内容。与此相类似的，还有一种急救术，即将病患者纳入动物腹内。这种疗法可能是前述的掘地为坑烧热后放入病人急救的发展。如成吉思汗时期其大将军布智儿“从征回回、斡罗斯等国，每临敌必力战，尝身中数矢，太祖亲视之，令拔其矢，流血闷仆几绝，太祖命取一牛，剖其腹，纳布智儿于牛腹，浸热血中移时遂苏。”（《新元史·布智儿传》第26卷，中华书局）。
（三）针灸、按摩、放血等疗法：
针刺术在蒙医学中也占有一定的位置，在内蒙多伦地区发现的石器时代的石针，伊克昭盟发现的匈奴时代的青铜针，都说明蒙医学早已有针术的应用。但由于文献的缺乏，难于断定当时针刺术的具体内容，不过用针刺放血治疗，则是蒙医治疗中常用的一种方法，藏医著作《大宇陀传记》中就写有“来源于蒙古地区的放血疗法”的内容，说明蒙医的放血疗法起源是很早的。火灸疗法起源较早，在广袤的草原上，尤其是严冬，牧民们十分需要火的温暖。蒙古族的祖先很早就学会用火，提高了身体的健康水平和保健，在实践中知道用火来温烤身体病痛的部位。后来，灸法就被称为“蒙古灸法”，如藏医的《四部医典》就有“蒙古灸法”的记载。据载，这种方法是将“小茴香拌油加热后用毛毡包扎”的一种热灸法，传统的蒙古火灸法用具是火镰、燧石、白山蓟绒三种，最早期用的并非艾蒿。
至于按摩术，蒙古族人民用得也很普遍。后来，用来按摩的还有黄油或其他油类。按摩时，有的用银碗，或直接把奶或油涂手掌上进行按摩。银碗是一种没有底座、近乎半球形的碗，用圆滑的底面按摩。
（四）药物治疗：
早期的蒙古族人民用来治疗的药物，是取自广阔草原和大森林中的现成的自然赐予。直至13世纪，还没有有关蒙药的专门著作，而只是在其他的一些著作中，提及一些有关蒙药的内容，如《饮膳正要》中提到的赤赤哈纳，就是沙棘，已经提到如何做成膏剂的方法。大黄也是常用的蒙药，如蒙哥可汗的胡图克皇后就曾接受大黄药浴的外治。再如蒙古地区的特产肉苁蓉应用也是极普遍的。《饮膳正要》、《瑞竹堂经验方》等书中均已提到。其他植物药还有八旦杏、人参、杏仁、甘草、山枣、百合等。
维医学的传播与战争
一、西辽时期的回鹘医药
我国北方少数民族契丹族于公元916年建大契丹国，938年改国号大辽，其西境直达叶塞尼河上游，与高昌回鹘、喀喇汗国接邻，互相贸易十分活跃，其上京汉城因之设有“回鹘营”。回鹘文化甚至景教（基督教聂斯脱利派）亦于此时传入辽地。这时期的回鹘医药文化有了更多成分和融合。塔里木盆地南缘还出现了一个出色的医学家艾拉·伊丁·穆罕默德·和田尼，他出生于和田伊里奇肩波孜热纳村，就学于和阗，后到喀什、布哈拉深造，并拜师访友，成了一个博学多才的医生。后来积多年亲身体会和经验，写出了《医学结晶》等许多医学著作，他还在当地开办的经学堂教授生徒，培养了许多医生和科学家。但至1211年，屈出律夺得岳父的西辽政权后，所有书籍被烧毁，医学典籍遭践踏。
二、元蒙时期畏吾儿医药
1217年，蒙古军队进击屈出律，回鹘成为成吉思汗西征欧亚大军的组成部分；元蒙帝国辖中亚、西亚，包括新疆西州，移民和驻扎的军队人数众多，阿拉伯医药更加快了传布。
这时期塔里木盆地基本倾向于稳定，医学也受到重视。
喀什、莎车等地的学堂教育日益兴旺，还建立起专门的医疗机构，并鼓励医生们著书立说及从事翻译工作。阿拉伯、波斯文中的《提比·玉素夫》、《考黑日·哈日考才夏》等书被译成察合台语；由撒马尔罕人著成的《鲁则提沙怕》（《察合台医生历史》）是用察合台语写成的。还有许多医书手抄本印有国王印玺。根据当时著名诗人阿不都热衣木·纳扎里的诗著记载，汗国后期在塔里木盆地成长起来的著名医生努肉孜阿訇，一生中培养了许多徒弟，他擅长利用当地草药为患者治病。后半生行医于麦盖提，那儿的人民对他的墓地十分崇敬，称作“努肉孜阿訇寝陵”。
当时非常出名的用察合台语写成的长诗《古里与努诺孜》及后来的《赛卡克诗集》等中也都赞美了畏吾儿的医师和药物。
傣医学的理论实践与佛教文化
元代，我国傣族聚居的大部分地区，已进入了封建领主经济的社会形态。元世祖忽必烈在云南开创土司制度后，傣族封建领主的世袭统治制度得到了中央政府的法定认可，从而使傣族社会内部在经济、政治、文化等方面，获得了相对的独立和稳定，这种社会状态一直保持到清代。这一较为封闭的社会环境，加之地处边远交通不便的地理因素，是傣医学作为一种独特的传统医学体系得以长期保存和发展的历史环境。
傣医学在经历了漫长经验医学积累的过程后，至元代已逐渐地向理论医学阶段过渡。出现了有文字记载于贝叶上的具有系统医学理论的典籍及临床医书，对元代以后傣医学理论的形成与这一时期中佛教文化在傣族社会内的传播有着十分密切的关系。
傣医学理论形成的另一重要因素是傣文的出现。傣族传统医学随着傣文的发明，已从对疾病的感性认识向理性认识的阶段过渡，其医学经典理论多混于经书之中，如《巴利藏经》中的“三比达嘎”，《经藏》中的“苏典打”，《律藏》中的“惟乃”，《论藏》中的“阿毗倘玛”等都是有关傣医学理论的记载。其中尤以“阿毗倘玛”记载最多。而有关系统论述傣医学基本理论的第一部专著，则是《嘎牙桑哈雅》。
《嘎牙桑哈雅》是傣医学的理论基础。该书阐述了傣医学对人体生理解剖学、胚胎学的认识，人与自然的相互关系，论述组成人体的要素以及与自然的关系，认为世界是由风、火、水、土（傣语为塔、都、档、西）组成的，人体也是由这四种基本元素所组成。人体的健康，即是体内四种元素自身的平衡并与外界四种元素平衡的结果，而一旦四种元素的平衡失调，就会发生疾病。如火盛则发烧，水盛则浮肿，风盛则四肢震颤，而土盛会出现冰冷，在对待人与自然、疾病与环境的关系上，傣医学根据傣族所生活的热带和亚热带气候特点，结合傣历一年三系、每系四个月的季节划分（傣历的三月相当于公历的一月），得出了当地冷季、热季、雨季三个不同季节的发病规律和疾病特点。
傣医学中另一部值得提及的临床经典专著为《档合雅龙》，该书产生于公元1323年，全书在总结傣医临床实践的基础上，结合《嘎牙桑哈雅》的理论基础，论述了傣医关于人体肤色与血色、药性与肤色、年龄与药力药味的关系，运用相生相克的辩证法来指导疾病的诊断与合理用药。该书为傣医学临床的经典专著。
傣族聚居地热带、亚热带的地理气候环境为傣医学提供了极为丰富的天然药物来源，更有当地特有的野生动植物药物。建立在理论基础上的傣医学，临床用药约有一千余种，可分为植物、动物及矿物三大类。按其药物的性质和作用可分为热性药（傣语称雅黄）、凉性药（傣语称嘎因）、平性药；按药性又可分为酸、甜、咸、苦、麻、辣、香等七味。在药物使用上按照傣医的理论，使用复方组成，一方少则二三种，多则三十余种药物不等，有专方治病的，也有一病数方的。
关于傣医学临床实践的记录则是大量散播于民间的医学手稿，这种手稿称为《旦哈雅》、《丙利雅》。医学手稿记录和总结了傣医们长期以来积累的对傣医学理论实践的经验和认识；有趣的是，傣族社会内（解放前）并没有专职的傣医，傣族青少年进入佛寺当和尚。在佛寺生活的数年间，在接受宗教教育的同时，不仅学习了傣文，而且获得了本民族的传统文化，这其中含有傣医学的基本理论知识。还俗后，一些对医学感兴趣的人，凭着从佛经中所获得的傣医理论，再运用流传于民间的医药手稿，而从事业余的医疗活动。这种医药手稿从而得到不断的相互传抄，在传抄中又不断地加以各自的补充、修订。随着时间的推移而丰富其手稿的内容，这种医药手稿从不署传抄者的姓名，这是因为在信奉佛教的傣族社会来看，傣族医药既然是佛祖所创造的，在手稿上署上自己的姓名，是对佛的极大亵渎，是不能允许的。
从上述关于傣医学简要历史，可见傣医学理论的出现约在元代，可以认为，傣医学是印度医学、汉族医学与傣族本民族医学三者有机融合在一起的独特民族医学体系。