第三，人才奇缺和人才流失的问题。我国是人口资源大国，但不是人才资源大国。根据统计，到1999年，我国就业人口七亿多人，文化程度在大专以上的仅占3.8％，而初中以下的占80％以上。与美国相比，它的中学教育普及率几近100％，就业人员的平均教育时间超过13年，受过高等教育的人数占55％。我国人才紧缺，尤其是高素质人才的严重匮乏，已成为发展我国经济的最大制约因素。2000年，我国二十九个专业技术系列中具有副高以上职称的人员共一百五十七万，仅占技术人员总数的5.5％。每万名劳动者中有研发科学家和工程师十一人，而在发达国家这一数字接近或超过了一百人。在2000年国际竞争力排行榜上，我国“企业获得合格工程师的难易程度”的指标排名在四十七个国家中为倒数第一。近两年，我国将有42％的正、副教授和50％的研究员、高级工程师及农艺师退休。更令人担忧的是，我国一方面人才奇缺，另一方面人才流失现象极为严重。改革开放以来，我国平均出国留学二万人，累计达四十多万人，学成归国者十万人，在校学习者十万人，回归率仅为33％。这些枯燥的数字警示我们，站在国家兴衰存亡的高度赶快建构新世纪人才战略。第四，基础研究的问题。基础研究是科技进步和创新的先导与源泉，在科教兴国战略中起着基础和动力作用。基础研究的每一个重大突破，往往都会对人们认识世界和改造世界能力的提高，对科学技术的创新、高技术产业的形成和经济文化的进步，产生巨大的不可估量的推动作用。但是，我国目前的基础研究工作在整个科学技术工作中处于薄弱环节。国家对基础研究重视不够，经费支持不多；为数不少的科研人员重视应用研究和开发技术，而对短期内难以取得收益的基础研究缺少兴趣和研究动力；基础研究和应用研究及技术开发配置不够合理，过分强调科技与产业、经济等现实利益联系的“短、平、快”的做法，使得科学技术发展缺少后劲；基础研究向市场延伸不够，基础研究的转化率较低。我国的基础研究搞不上去，不仅难以满足经济、社会发展的需要，使我国科学技术发展缺少强大的生命力，而且也与我国在世界上的政治和经济地位很不相称。
第五，科学技术负效应的问题。科学技术是一面双刃剑，在给人类带来巨大的物质财富的同时，也产生了很大的负面效应。人类利用科学技术对自然界的过度索取，使自然资源日趋短缺直至枯竭，气候异常，生态平衡受到严重破坏；高度发达的军事技术使得世界的不安定因素增多，地球和平安宁受到挑战，人民生命安全得不到保障；克隆等生物技术使人们的生命伦理、生活伦理更加复杂等等。这些都需要我们正确认识科学技术的负面效应，采取主动积极的态度预防和减弱科学技术的负面效应。
在教育领域，我们亟须研究和解决的问题包括：教育产业和教育产业化的问题。1978年以来，在关于教育本质的讨论的基础上，伴随经济改革的不断深入，教育是否是生产性部门，是不是一种产业，能否市场化的争论从未停止过。1992年，中共中央有关文件指出：“教育事业是对国民经济发展具有全局性、先导性的行业，属于第三产业”。此后，人们开始关注教育能否产业化、市场化的问题。大凡谈到发展民办教育和私立学校、扩大招生规模、学校收费制度改革等，都涉及到这个话题。到目前为止，对这个问题的争论还没有明确的答案，在实践中也产生了很多歧义，一定程度上造成了教育领域的思想混乱，是一个在理论上实践上都必须引起足够重视的课题。
教育的质量和效益问题。新中国成立以来特别是改革开放以来，我国的教育事业取得了翻天覆地的变化，为社会经济发展作出了巨大的贡献。但是不容否认，我国教育存在着严重的质量和效益问题，突出表现在学生的培养质量上。在有些地方有些学校，中小学生的课业负担过重，已成为一个长期困扰我国基础教育的顽症，消极影响很大，引发出不少问题。部分学校存在“考试分数一手硬、思想教育一手软”的现象。一些地区和学校领导片面追求升学率，仍然片面地把学习成绩好、升学率高作为衡量学校办学质量高低的唯一标准。还有一些地方和学校，对学生的知识教育和学校的设施建设抓得比较紧，而对学生的思想政治教育和校外活动抓得比较松，致使社会上的一些不良风气乘虚而入，侵蚀了不少学生健康的肌体，少数学生甚至走上了违法犯罪的道路。对高等教育而言，一些学校专业过细过窄，学生学习不巩固、缺乏实际训练、自学能力差、创新能力较弱，理工科学生的人文科学、社会科学基础薄弱。江泽民曾经深刻地指出，国运兴衰，系于教育；教育振兴，全民有责。我们不能讳疾忌医，要正视我国教育中存在的问题，从改革中寻找出路。
高等教育大众化和教育机会均等的问题。近年来，伴随世界经济和现代科学技术的飞速发展，人们接受更高水平、更高质量教育的要求日益强烈，实现教育民主化、教育平等、教育机会均等成为世界性的热门话题，一个高等教育大众化的时代已经向我们走来。我国的国情决定了我们不能走西方发达国家教育大众化的道路，应该体现出自己的特色和规律。那么，我国的高等教育大众化怎么走？在这一过程中，如何解决教育对象的扩大与可能导致的质量下降的矛盾？如何解决好高等教育快速发展和全民整体素质亟待提高的矛盾？高等教育大众化会不会造成与社会经济失衡，产生“教育性失业”？高等教育大众化是否真正意味着教育机会均等？等等这些问题，需要我们进行科学分析和妥善解决。
教育和科技协调发展的问题。在现代化建设中，科技是关键，教育是基础，二者如“鸟之双翼”、“车之两轮”，在相互支持、互为补充中共同提高。江泽民高度重视教育和科技的关系问题，在党的十五大报告中明确提出要努力解决好科技和教育体制上存在的条块分割、力量分散等问题。要使科技和教育协调发展，在科教兴国中发挥重大作用，我们面临的问题很多，比如，人才的培养如何适应和满足科技发展的需要？教育内容如何能够反映最新的科技成果？教育的手段如何紧跟科学技术发展的节拍？科学技术如何实现对教育的有力支撑，提高教育的效率和效益？科学技术如何促进教育改革的深入，使教育更能适应经济、社会发展的需要？这些问题解决好了，才能充分体现科技和教育在现代化建设中的首要战略地位，才能更加深刻地理解和全面实施科教兴国战略，大力推进社会主义建设事业的进程。
“三个代表”思想是我国实施科教兴国战略要求的全面、集中的体现。它从根本上回答了在世界走向政治多极化、经济全球化和科学技术日新月异的时代背景下，我们国家如何实施科教兴国战略，实现中华民族伟大复兴的问题，是我们解决科教兴国战略中出现问题的根本原则和方法。
“三个代表”思想作为当代中国的马克思主义，正是在对现实社会重大问题的深邃思考中产生的。马克思主义的发展史告诉我们，马克思主义发展的每一个阶段，都与研究和解决那一时代的重大问题密不可分。马克思根据对资本主义社会基本矛盾的分析，阐明了社会发展的一般规律，产生了马克思主义，成为无产阶级认识社会、改造社会，进行革命和建设的强大思想武器和理论基础。列宁科学地分析了帝国主义时代的特征，发展了马克思主义的理论，突破了“共同胜利论”，使社会主义成为现实，产生了列宁主义。随着十月革命一声炮响，马克思主义在华夏大地迅速传播开来。中国的马克思主义者在实践中逐步意识到，解决中国革命和建设中的一系列重大理论和实践问题，必须把马克思主义基本原理与中国具体实际相结合，实现马克思主义的中国化。毛泽东思想和邓小平理论就是中国共产党历史上研究和解决重大理论和实践问题所形成的两大理论成果。在新世纪的今天，旧的问题不断解决，新的矛盾不断出现。面对新形势，江泽民反复强调战略问题、长远问题、大局问题，要求各级领导站在历史的高度看问题。他自己更是身先示范，不断研究和解决前进道路上的种种理论和实践课题，提出了“三个代表”的重要思想。“三个代表”思想是在回答时代所提出的重大理论和实践课题的过程中孕育的，它的现实价值，也正是体现在能够指导人们正确认识和解决现实社会中遇到的重大问题和突出矛盾。
“三个代表”思想是检验科教兴国战略各项举措的根本标准。“三个代表”思想明确了新时期党的各项工作的指导方针，这就是：“要求全党同志在贯彻党的理论、路线和方针政策时，在从事的各项事业中，都要牢记落实‘三个代表’的要求，看看我们所采取的措施、所做的工作，是不是符合‘三个代表’的要求，符合的就毫不动摇地坚持，不完全符合需要调整补充的积极调整补充，不符合的就勇于实事求是地纠正，以利我们的改革和建设不断向前迈进，充分体现共产党人的先进性和时代精神。”用“三个代表”思想检验科教兴国战略的实施情况，就是要看我们的各项政策、措施，是否代表我国先进生产力的发展要求，是否代表我国先进文化的前进方向，是否代表中国最广大人民的根本利益。当前，在教育领域中，有一种较为流行的观点，即教育要面向市场，走产业化、市场化的道路，其实质是将市场经济运行机制和规则完全移植到教育中来，让市场机制在教育资源配置中发挥基础性作用，政府的作用在于对教育进行宏观调控。这一观点不符合教育发展的规律，与我国社会主义的教育目的也格格不入，从根本上违背了“三个代表”思想的要求。如果教育市场化了，学校就是企业，企业就要以追求利润最大化为目标。这样，义务教育就无从谈起，教育机会就不可能实现均等，政府对教育的投入就会减少，育人就会变为手段而不是目的。这不仅不符合而且也是有损广大人民的根本利益的，科教兴国缺少了作为基础的教育也会成为无源之水、无本之木。
“三个代表”思想是解决科教兴国进程中困难与矛盾的根本方法。坚持“三个代表”是我们党永葆生机和活力的源泉，同时也是我们克服一切困难的理论武器。发展先进生产力，就是依靠科学技术发展生产力。它解决了科技进步与经济发展的辩证关系，指出了一条依靠科技进步加速发展生产力的正确道路，这就是把经济建设转移到依靠科技进步和提高劳动者素质的轨道上来。否则，我们就不可能在有限的耕地上生产足够高质量的农产品，也不可能改变工业部门技术老化、设备陈旧、工艺粗糙、管理落后而造成的产品质量差、消耗高、效益低的状况，也就不可能使我国经济登上新台阶。发展先进文化，为我们提供了如何对待落后文化、如何对待一切优秀文化的正确答案。我们开展文化建设，就要全面、正确地理解和把握建设有中国特色社会主义的经济、政治和文化之间的关系，就要坚持以马克思主义为指导、反对指导思想上的多元化，就要努力在全社会形成共同理想和精神支柱，就要努力继承和弘扬中华民族一切优秀文化传统，就要博采各国文化之长，大胆吸收外来文化的精华。我们发展先进生产力和先进文化，最终是为了最广大人民的根本利益，满足人民群众日益增长的物质和文化生活。我们实施科教兴国战略，首先是基于它对社会经济和人民群众的物质文化生活水平的提高具有直接的推动作用。随着时代的发展和进步，我们要维护好、实现好人民群众的根本利益，在经济建设中就必须更加重视科技进步和教育，把科技和教育摆在重要的战略位置。我们在实践中真正做到了“三个代表”，就一定能发展社会主义的生产力，建设社会主义的新文化，提高人民群众的生活水平。
用“三个代表”思想解决科教兴国战略中遇到的诸多问题，关键是要做到创新。二十多年来，我们进行改革开放和现代化建设所克服的一切困难和取得的伟大成就，都是与我们不断地创新分不开的。创新程度的高低直接影响着科教兴国战略的实施，从而影响经济的发展和社会的进步。科教兴国的根本使命是把我国建设成为富强、民主、文明的社会主义现代化国家，它的首要的着眼点是推动经济持续快速健康的发展，坚持用发展的办法解决前进中的一切问题和矛盾。当前，以建立社会主义市场经济体制为目标的改革已进入攻坚阶段，科教兴国战略也进入关键时期，在前进过程中暴露出一些长期积累的深层矛盾和问题，经济发展更是面临着阶段性变化所带来的影响和世界范围新科技革命的挑战。改革的困难只能依靠继续深化改革来克服，发展中的问题只能依靠进一步发展来解决。改革和发展的真谛是创新。我们要按照“三个代表”的要求，紧紧抓住创新这个关键环节，进一步深化改革，不断为经济社会发展注入新的活力。要真正使科学技术和教育成为经济发展强有力的支撑点，使经济发展建立在科技水平和劳动者素质不断提高的基础之上，做到速度和效益、数量和质量、规模和结构的有机统一，极大地提高经济增长的质量和效益。当今的时代是创新的时代，科教兴国的战略是创新的战略。我们只有敢于创新、善于创新，才能有效地解决前进道路上遇到的新问题，保证我国科教兴国战略的顺利实施，推动我国改革开放和现代化建设事业不断向前发展。