2）候选人资格限定及其产生办法
对于候选人任职条件问题。《村民委员会组织法》第二十三条对村委会成员候选人任职条件作了规定，这只是从宏观上提出了要求，是粗线条的，但在基层反映比较强烈。主要是年龄、文化、政治三个条件。用“遵守宪法、法律、法规和国家的政策，办事公道，廉洁奉公，热心为村民服务”来限制，对于一个专门用于指导情况复杂农村工作的法规来讲是远远不够的。目前只有极为少数地区的组织法中对候选人资格进行的界定，如《河北省村民委员会选举办法》第十一条所规定的条件：候选人应当具备下列条件。
（1）遵守宪法、法律、法规和国家的政策，带头履行村民义务。
（2）办事公道，热心为村民服务。
（3）廉洁奉公，作风正派。
（4）身体健康，年富力强。
（5）有一定的科学文化知识和工作能力，能带领村民共同致富。又如《福建省村委会选举办法》规定，村委会换届选举时七种人不得成为候选人：
（1）选举前三年内本人或直系亲属违反计划生育正在处理期限内。
（2）村主要干部、计划生育专职干部在任期内没有完成计划生育任务的。
（3）选举前三年内有经济问题已结案的。
（4）因经济或其他问题正在立案审查的。
（5）部门确定的帮教对象或治安重点人员。
（6）长期外出不能回村担任工作的。
（7）选举前三年内受劳动教养以上处分的。
村委会选举本来就是一个优胜劣汰的过程，有了明确的资格限定，就能把一些违法乱纪的人排除在村委会班子之外，这对于执政党和国家的各项政策法规均有一定的示范作用。
关于候选人产生的办法各地区也采取了不同的方式：
（1）海选。海选的方式是乡镇政府、村党支部提名等行政干涉方式的进步，即由村民直接提名产生初步候选人，并在广泛提名的基础上，经全体村民无记名投票预选或由全体村民代表投票确定正式候选人。海选的特点是不内定名单，划框定调，由村民直接推荐选举领导小组成员，由村民直接酝酿、协商、推荐候选人，由村民按照法定程序直接进行投票选举，使每一个村民都享有了提名权。但是，海选容易造成选票分散。而且目前的“海选”提名中，候选人是由选民的提名票的多少来决定的。许多地方不管候选人本意如何，只要选民的提名票多就选其为候选人，这样就会出现村委会干部被动当选后工作积极性不高和工作不努力的情况，以至于被乡镇政府撤换而心甘情愿。这些人在被撤换以后也不去据理力争，造成乡镇政府可以随意撤换村委会成员的现实。
（2）两票制。整个选举过程分两阶段，投两次票：第一个阶段是确定正式候选人，由党支部、村民代表会议和村民提名候选人，组织提名和村民提名具有同等权利。然后由有选举权的村民进行预选，投票确定正式候选人。第二阶段是正式选举，召开选举大会，无记名投票，直接选举村委会成员。
（3）预选。确定村委会正式候选人是村委会选举中最关键的一环，它直接影响选举的质量。为保证正式候选人能够代表选民的意愿，从初步候选人到正式候选人的筛选过程，一般采用由村民代表会议组成人员和有关人员投票决定正式候选人，这就是预选。但是有相当多的村民并不了解预选和正式选举之间的区别，往往预选过后就再也没有心情去认真地正式选举。
具体实施中，上述对于候选人的产生过程各个村庄都有自己的方式和特点，无论是海选、两票制还是预选都有自身制度上亟须补充的地方，这是村民委员会选举制度发展的必经阶段。
3）选举过程中法律的不完善
第一，是否引入竞选制度问题。在选举方式的选择上，目前在村委会选举制度实践中并没有固定的模式可以借鉴。有的地方采用了竞选制度，也就是说当候选人产生之后，分别由候选人在正式选举前发表竞选演说，接受村民的质询，回答选民问题。竞选使得候选人享有了表达意见的权利和平等竞争的权利，同时，无疑也是村民更好地了解候选人的最直接的方式，更有利于村民选举出有施政能力的村庄精英。这一点法律尚且没有严格的规定，中办发14号通知中仅仅提到“有条件的地方，村民选举委员会应组织正式候选人与村民见面，介绍治村设想，回答村民提出的问题。”在实行的过程中，有的地方的选举出动了宣传车，竞选活动比较活跃。
第二，投票过程的黑箱操作。魏荣汉在其著作《风风雨雨选村官》一书中记述了一位农村老干部的谈话：“我的经验是：第一，公社（镇）党委的旗帜鲜明是根本，让选谁，意图必须明确；第二，陪选人的挑选是关键，他绝对不能对党委提名的候选人构成威胁；第三，监票人政治可靠是保证，如有特殊情况，他必须与党委在政治上保持一致；第四，流动票箱是手段，不来人最好，票箱拿下去，在麦草堆后面把活就做了。”无论这是特殊现象还是普遍形象，可见党组织的势力和力量影响到投票的每一个环节。仝志辉也在其对江西游村选举现场的调查分析中提到，在选举中对于划票符号存在着明显的争论，如果要求划圆圈，而选民画了勾，或者提出了另选他人，但是并没有在该候选者名字下画圈，只是写上了其名字。对于这样的选票如何处理呢？通常的处理方法是非常主观的，也就是按照选举委员会的意愿，哪种计算方法对他们预设的候选人有利，就采用哪种办法。
按照投票程序基本规范的要求是每一个选民在投票场所要凭自己的选民证一个一个地登记，然后领取选票，之后进行秘密划票和投票，选民证要加以注销或收回。但是目前很多地方没有这样的登记处，更是没有秘密划票的意识，甚至跟随流动投票箱的只有“正式候选人”一人。这样给乡镇组织和个人干涉选举制造了很多机会。
第三，对违法选举的认定。村委会选举中不规范的选举事件主要指贿选和拉票、指选和派选等非法手段。
贿选与拉票是村委会选举过程中既相似，也不同的两种行为。贿选是民主政治的副产品，与选举相伴相随，主要指用钱、物买通选举人来选举自己和自己同派系的人，以达到当选的目的。而拉票现象在选举中更为普遍，因为在差额选举的规则下候选人清楚地意识到，要当选就必须获得多数人的认同和好感。比如，在提名候选人时，有的村民愿意为大家服务，毛遂自荐当村委会的某一职务，并希望村民们都投他一票，这样的拉票应是合理的。拉票使得候选人能够在群众面前展示自己的才华，让选民更多地了解自己，但违法拉票不仅扰乱了正常的选举秩序，而且会造成选民对选举合法性的怀疑。违法拉票的行为主要是请客送礼、金钱收买等。从总的情况来看，目前违法拉票的行为在全国范围内还不是很严重，但是有发展的趋势，特别是用钱买票有发展的趋势。合理的拉票行为应当允许，不合理的拉票实际上就是一种贿选，必须制止（黄荣英，2003）。
所谓指选、派选是指乡镇政府沿袭旧的乡村管理方式，把村民自治组织看作自己的下属机构，直接任命、指定或委派村委会干部，这样就剥夺和侵犯了村民的民主选举权利（白钢，2001）。对于这个问题前文已经提过，这里不再赘述。
4）监察和申诉程序的缺失
选举监察申诉和法律救济都是选举制度运作中的重要环节，是整个选举活动合法化与制度化的重要保障。选举监察侧重于事前及事中的制止及纠正，以期阻止违法选举，是一种主动的审查。监察范围主要包括：其一，对选举行为的监察。候选人有无行贿选举人或引诱选举人的投票行为；有无以各种强有力手段威胁选举人；有无故意妨碍投票程序；有无伪造假票；有无公然违背法律法规。其二，对选民行为的监察。主要内容包括：选民有无收受贿赂，有无重复投票或冒名顶替投票，投票行为是否规范以及选民是否符合资格条件等。其三，对选举委员会工作人员行为的监察。选举工作人员担负着选举管理与选举执行的任务，他们的行为极易对选举活动产生直接影响，因此对选举工作人员的监察范围颇广，主要有选举工作人员有无诱导选民的投票意向，有无破坏秘密投票规则，有无在计票时作弊等。目前，各村的选举委员会有的由乡镇控制，有的由本村的选民控制，基本都不中立，很难完成上述职能，也尚且没有一个专门的机构来完成选举监察的任务。