另外，由于县乡两级的选举组织机构不是常设机构，选举过后立即撤销，因此有些选举的纠纷也没有办法进入法律诉讼程序，因为主持选举的机构乡镇选举委员会在选举之后已经撤销，没有了诉讼的行政主体。此外，由于县乡两级选举委员会都是临时成立的，选务工作人员也是临时拼凑，这些人在选举的程序上也不掌握多少，也不熟悉情况，选举委员会撤销以后，这些人又回到原单位工作，没有继续在选举事务上进行进一步的培训和研究。到下一次选举的时候，临时的选举委员会成立，又召集另外一批工作人员来工作。所以选举委员会的工作人员并不真正地掌握本地区选举的历史和现实情况，对选举程序和事务毫不熟悉，这种情况使得进行好一个制度化的选举程序对于县、乡镇两级来讲就很难办到。同样，真正负责选举事物的民政局在选举结束以后，又要忙于其他事务，也没有办法进一步做调查研究，真正地总结经验，将下一次的选举做好。那些了解选举情况和熟悉选举业务的民政局工作人员到下一届选举的时候可能又调换了工作，不在负责组织选举的位置上，这样就造成了民政部门的人员对选举程序的生疏，从而影响了选举程序的正确执行。
同样的情况也发生在城市社区的选举中，作为临时存在的选举委员会在选举之后不复存在，上述村委会选举中出现的问题也会在城市居委会的选举中出现。
2.无法建立一个统一的选举规则
中国的选举行政组织机构由于分成了两个系统，也由于在具体的选举中要由地方根据当地的具体情况制定有关的细则，加之对于选举程序的不熟悉和选举机构的临时性，因此在中国出现了同样的选举程序在各地有不同做法的情况，出现了很大的差异。具体来讲，这种差异出现在两个方面，一是地区的差异，一是不同选举类型上的差异。前一种差异实际上不仅在省和省之间客观存在，而且在一个省内部，市、县、乡镇也都有不同的差异。不同类型的差异表现在目前基层选举的三个主要方面，村委会、居委会和基层人大在执行中都按照不同的程序标准在做。这样做的一个自然结果就是中国很难出现一个标准的规范的适合于各种类型基层选举所需要的选举程序，这对于中国选举制度的改革会产生不好的影响。
中国选举制度的改革从全国各方面来看，现在非常需要一个统一的选举程序和一个规范的选举规则。
目前从总的方面来看，农村选举相对好一点，这是因为毕竟有一个民政部作为统一的选举指挥机构，并制定了许多比较规范的选举规则下发到各个省具体执行。每一个省每次换届选举的时候也都会下发省一级的文件，规范具体的选举行为。虽然每一个省在执行中出现了许多问题，存在许多差异，但是毕竟出现了一个按照规范选举规程进行选举的局面。相比较来看，目前城市社区方面则要差一些，到目前为止，民政部还没有对城市社区的选举进行规范，各个省市在换届选举的时候也没有一个规范的城市社区选举程序，因此城市社区的选举程序就依靠各地自己来摸索进行，有的地方好一些，有的地方则差一些。有的地方可以向农村选举的经验进行借鉴，因此也做得更好一些。但就城市社区选举总体情况而言，由于缺乏自上而下的程序规范，出现了各种不同的办法。
从实际情况来看，问题比较大的是在基层人大的选举上。由于人大的选举归人大系统领导，因此民政系统所主导的基层农村和城市的选举改革并没有影响到基层人大的选举，当基层城市和农村群众自治组织的选举在不断改革并不断发展的时候，基层人大的选举制度却丝毫没有改革，仍然维持着传统的做法，这些影响了中国基层民主的发展。2003年全国一些地方出现的基层人大选举的改革是由于基层选民的推动而出现的，并不是由人大系统所推动的。这样在中国就出现了两个不同的选举组织系统所导致的中国选举状况的差异，一个在推动改革，一个没有进行改革。
3.选举的主持机构问题
中国所出现的两套选举行政组织系统毫无疑问地阻碍了一个统一的规范的选举程序的出现，阻碍了中国基层民主的持续发展，这个原因主要是由于人大系统所主持的人大选举所引起的。
从世界各国的做法来看，选举的组织系统是归政府行政部门来领导的。从制度的性质来看，政府部门是行政机构，负责行政事务。人大是立法机关，承担立法和监督政府工作的职能。选举事务是行政工作，有大量的事务性工作要做。因此选举工作应该归口到政府的行政部门，并不是立法机关的职能。人大如果既是立法机构，同时又是决定选举自己的组织机构，会出现严重的行政不中立和选举不公平的现象。此外，人大也不是一级行政机构，它不应该负有从中央到地方的选举行政领导责任。从立法的角度来看，人大实际上应该是相对自治的，也就是省、市、县、乡和全国人大不是领导和被领导的关系，各级人大相对都是比较独立的，人大的主要责任是进行立法。
人大代表的选举工作是一项行政性质的工作，有大量的自上而下的行政组织工作要做，一般情况下，每次换届选举都要用上三四个月的时间，甚至更长。大量的行政组织工作是需要很大精力的，这些都属于政府行政的范围，而不属于人大范围。因此从建立一个统一的规范的能够适合于中国选举改革状况的选举制度来看，应该建立一个独立的行政机构——中央选举委员会统一规划和领导中国的选举行政事务，这个机构归属于国务院是理所当然的。
4.法律、法规的滞后
由于中国选举行政组织机构分割而治的状况以及各级选举组织机构的临时性安排，造成了另外一种对于中国选举改革不利的情况，就是对于涉及到与选举有关的法律法规的制定的落后。这一点从中国的实践当中是可以明显看出来的。从1987年以来的选举改革已经产生了很大的成就，但比较来看法律法规的制定仍然滞后于中国的现实，这不能不说是与中国缺少一个全国性的常设的选举组织机构有关。由于缺少了这样的机构，与选举有关的法律法规的制定缺少一个统一机构的协调。目前除了民政部有一个司还在从事这样的调查研究工作外，各地的民政部门也要三年一次才来开始考虑这样的问题。但是全国性的立法需要有中央的统一机构来协调和推动，由于缺少这样的机构，法律法规制定的协调工作就非常困难，远远落后于中国选举改革的需要。例如在中国农村选举中所出现的大量的问题就无法用法律诉讼的方式来加以解决，因而积累了大量的因为选举中的争执而导致的矛盾和冲突，影响了当地政治的稳定，也使得中国选举制度的改革进程缓慢。但要制定这样的法律，如果只靠民政部的有关部门来加以解决则需时很长，难度也很大，这是中国的现实。
三、中国选举组织机构的改革
中国选举组织机构要遵循统一、常设、行政中立的原则进行改革，在改革的过程当中要吸收中国多年来选举改革的经验，也要向国外的经验借鉴，以便推动中国选举改革的长期和持续的发展。
1.建立统一的常设的中央选举组织机构
中华人民共和国1953年的选举法有中央选举委员会的设置，但在后来修改选举法时取消了这一设置，选举组织机构中不再有中央选举委员会。在1953年的选举法中，中央选举委员会也是临时性的机构，选举结束后就撤销。
从世界各国的经验来看，凡是认真实行选举的国家一般都要成立中央选举委员会，有的叫联邦选举委员会，例如美国。这些选举委员会都是常设机构，在选举的过程中主持和安排选举的行政组织工作，在没有全国性选举的时候则主持和安排地方性选举或者处理临时性选举工作，例如国会议员和地方行政首长出缺时必要的补选工作、选举争议申诉等，更为重要的是在没有全国性选举的时候主持有关选举的研究、咨询和法律规划工作。这种中央选举委员会对于这个国家建立一个全国统一的规范的选举程序是非常必要的，这种规范的选举程序不仅涉及到全国性的议会选举、国家领导人的选举、补选、罢免、弹劾等方面，也涉及到地方性的或者非政治性的选举程序的制定，例如社区的选举、学校校长的选举等，同时也涉及到与选举有争议的法律诉讼和法律监督。
这种统一的中央选举委员会的制度结构值得中国参考。从目前中国选举改革的情况来看，由于缺少这样的中央选举委员会，因此出现了民政部门和人大系统各自管辖不同的选举的状况，也出现了中央的要求和地方所实现的选举改革间的差距，这是由于在中央缺少一个权威性的选举行政组织机构的原因。因此有必要考虑在国务院下面成立一个中央选举委员会来负责主持目前的选举改革和日常的与选举有关的工作，统一主持基层的选举和人大的选举。这种做法可以加速推动中国选举制度的改革，这是上策。
但从中国的实际情况来看，由于目前的选举制度改革基本上只存在于基层，因此有些人也认为没有必要建立从中央到基层的各级选举委员会，也就是说没有必要成立中央选举委员会。因为在目前的情况下，这样的选举委员会没有太多的工作可以做。但是即便从现实来看，中央选举委员会如果不能成立，也应该考虑至少在民政部内成立一个选举委员会来统筹基层选举的改革，将现在属于各级人大的基层人大代表选举的组织行政职能划归这个选举委员会。