俄美关系领域发生的这些变化如此之巨大，以至于被称之为普京总统在俄罗斯外交政策上进行了一次“革命”。这些变化在美国看来，表明俄美关系处于历史上的最好时期。然而，随着时间的推移，在俄罗斯，俄美相互接近的最初的欣慰感渐渐消退，代之而起的是越来越明显的失望之情。即便是倾向于西方的俄罗斯人也认为，俄罗斯对美国作出了早几年不可想象的让步：同意美军进驻中亚以及随后美国进入格鲁吉亚；默许北约东扩和反导条约被废止；为反恐战争尽心出力。然而，俄罗斯却一直没有从美国那里收到任何实质性的“交换品”。在俄罗斯国内，对普京的公开批评出现了，指责他的行为如同戈尔巴乔夫，付出的多，得到的少，甚至任何回报也没有。上述种种疑虑与责备也并非空穴来风，这一点连一些美国人也看不过去。曾担任戈尔顾问的利昂·弗尔斯评论道：“在反恐战争中，我们想得到俄罗斯的倾力合作而且我们也得到了，我们想以适合自己的方式削减核武器，我们再造了一个本来已存在的（北约俄罗斯理事会）新版本，我们对俄罗斯的钢材课收关税”，“牢固的伙伴关系不是建立在赢者通吃的规则之上，它有赖于寻求一种双赢的结果”。
伴随着这些不和谐之音，俄美关系到2002年下半年又开始出现龃龉。俄罗斯与伊拉克恢复了贸易谈判，9月，两国宣布达成一项为期5年、总额为400亿美元的经济合作计划；俄罗斯宣布将扩大与伊朗核合作的意向；普京决定推动连接西伯利亚和朝鲜的铁路工程；俄总理卡西亚诺夫访问北京，两国达成价值数十亿美元的军售协定，俄不仅向中国提供苏霍伊战斗机和基洛级潜艇，还协助中国建立一个直升机制造厂，并向中国提供了一系列核技术。美国舆论指责俄罗斯与伊拉克、伊朗、北朝鲜打造“自己的友好轴心”，俄罗斯人则反唇相讥，说俄罗斯只不过是像美国人一样追求自身的经济利益，因为他们从亲西方倾向中几乎一无所得。
如果说，俄美在上述问题上出现的龃龉还不足以使“9·11”后形成的俄美新型关系出现逆转的话，那么，2002年底到2003年上半年的伊拉克危机和伊拉克战争就足以使俄美关系面临危机。如果考虑到本文在上面所展现的普京对美政策调整的国内背景，2002年下半年到2003年初，俄美关系由龃龉不断到陷入危机这种变化的出现应该不是很突兀的。这些一直潜藏在俄美关系背后的消极因素，以伊拉克危机为契机，终于来了一次大的爆发。
2006年7月15日，G8峰会期间，普京与美国总统布什共同举行记者招待会的确，俄罗斯一直对美国对伊拉克的战争政策持反对立场，而且愈接近于战争爆发，俄罗斯反对动武的立场愈显强硬。然而，俄罗斯一开始对美国准备将反恐战争扩大到伊拉克并着手准备武力“改变萨达姆政权”的政策反应并不强烈。2002年2月11日，普京在接受《华尔街日报》采访时表示：“尽管俄美在一些特殊问题上仍有分歧和争论，但俄美不会因此而发生对抗。”俄外长伊万诺夫亦称，俄对来之不易的对美外交的新局面十分珍惜，“将进一步推动俄美关系发展的积极态势”。3月14日，伊万诺夫在接受《泰晤士报》采访时更是表示，尽管“俄不会支持美对伊动武的想法，但如果美国单独对伊拉克采取军事行动，俄也不会下大力气制止华盛顿，更不会退出以美国为首的反恐联盟”。
然而，俄罗斯大概所料未及的是美对伊战争所激起的全球性反战浪潮，尤其是美国的西方盟友法、德等国，更是站到了领头羊的位置。作为与伊拉克一直保持较为密切的联系，并且在伊拉克具有较重要经济利益的大国，俄罗斯如果继续保持这种模棱两可的态度于内于外都无法交待。于内，将招致俄杜马、媒体及大部分民众的批评；于外，将开罪法、德等欧洲大国以及几乎整个伊斯兰世界，进而影响俄融入欧洲的战略并招致国内乃至近邻周边庞大穆斯林群体的敌意。更何况，俄罗斯一直希望在国际事务中发挥一个大国的独特影响力，也一直是多极化的积极倡导者，只是实力不济，未能产生实质性的效果。而现在，反战浪潮则给俄罗斯提供了一个一试身手且颇具诱惑力的契机。
然而，国际政治的残酷现实是实力具有最终的发言权。在大多数国家和民众的反对并未能阻挡住美国发起对伊战争之后，俄罗斯的对美政策看来又回归到原来的轨道。甚至在伊拉克战事正酣之际，普京的一些言谈即已反映出这种回归。2003年4月2日，普京表示，俄罗斯“无意看到美国在伊拉克遭受失败”。他对媒体所做的进一步诠释是：首先，俄、美是世界上最大的核武器拥有者，对维护世界和平负有特殊责任。俄、美共同面临防止大规模杀伤性武器扩散、恐怖主义等21世纪的安全隐患，俄、美只有同心协力才能应对挑战。其次，美国经济和美元具有全球性的影响力，欧洲，包括俄罗斯的经济将在很大程度上取决于美国经济和美元的稳定。美国是俄罗斯最大的贸易伙伴之一，预计2003年的贸易额将达到100亿美元；俄罗斯现有的555亿美元外汇储备，其中67%是美元；此外，俄罗斯居民手中的储蓄基本上是美元，一旦美元暴跌，俄罗斯人将蒙受财产损失。因此，普京建议俄罗斯人民在对问题做出判断时，千万不要情绪化。及至伊拉克战争尘埃落定，在法、德降低调门，转而寻求修复对美关系的背景下，俄美关系回归的势头更趋明显。这表现为在对自己的切身利益加以力所能及的维护的情况下，避免站在美国的对立面。
俄美围绕伊拉克战争的争论表明，俄美双方大体上对各自与对方的力量对比关系有着极为清醒的认识。俄美对彼此的外交政策也因此显现出对应的特征，即美方恃强权推动有利于己的合作，而俄方则刻意在对美战略策略中推行一条边缘路线。所谓边缘路线的要点，在于总体上追随主流，但始终保持距离，对来自主流方面的任何不利于己的偏差进行牵制；同时随机应变，捕捉合适的时机，主动出击，在大国关系中进行“寻租”，以此来确立相对处于弱势前提下的特定地位。
之后，俄美关系重新趋于缓和的趋势是显而易见的。例如，尽管，俄与法、德在伊拉克战争前后都对美国进行了有力的抵制，但鉴于这三个国家的不同表现，美国相应采取了“惩罚法国、忽略德国、宽容俄罗斯”的政策进行分化。
特别是对俄罗斯最为关注的车臣问题，进一步给予了一定的支持，比如2003年8月关闭车臣头目在美国的银行账户。而普京则在伊拉克战后支持美英首议的关于伊拉克问题的联合国协议，同意不单独处理俄与伊拉克债务问题，冻结俄伊间关于开采伊拉克石油的协议，表示要与美在伊拉克问题上采取一定的合作态度。伊拉克战争之后的戴维营与圣彼得堡两次峰会，亦是俄美关系有所缓和的证明。
（五）“民主的倒退”
“9·11”事件、伊拉克战争这些突发事件，对进入新世纪后的俄美关系的发展演变所产生的影响是显而易见的。但从冷战后俄美对外政策制定的基本动力来看，一个明显的趋向是国际重大问题在美俄总体战略考虑中的“排序”下降（也许突发事件是个例外，但其影响是短暂的），而国内因素的影响却始终存在，因此，对美俄对外政策有着更为根本性影响的是各种国内因素的作用。一俟伊拉克战争尘埃落定，国内因素对美俄关系的影响又开始凸现出来。而在导致美俄关系发生变化的国内因素中，俄罗斯国内政治发展是其中一个最大的变数，甚至在可预见的将来都还将处于一种不稳定的状态。
随着普京走进俄罗斯政治舞台中心，转型时期俄罗斯国内政治发展进入一个新的重要时期，即从叶利钦时期的“多中心”政治结构向普京时期的“单一中心”政治结构过渡的时期。
如果说戈尔巴乔夫时期俄罗斯的国内政治发展的焦点是苏联传统的政治体制向西方式的政治模式过渡的问题，而叶利钦时期则体现为新政治模式下的权力分配，以及议会和总统在治政理念、政策主张上的分歧与对立所反映出来的不同政治势力在国家基本发展方向上的斗争，那么，普京时期，俄罗斯国内政治发展的焦点则在于俄罗斯的政治生活中是否在实质上体现并运用了“民主”的原则。