俄方此时谈及北方领土问题：（1）想早日解决俄日领土争端。近年来，俄日关系并未出现实质性进展，日本在与俄罗斯发展经济关系时，时刻不忘与北方四岛问题挂钩。在能源开发问题上，日本的慷慨许诺大都停留在纸面上；在日本的对外援助中，俄罗斯所占份额很小；在大力发展民间交流的同时，两国政府间的交流不畅，使得俄联邦政府感受到了来自地方政府的压力。这些，都使俄罗斯想改变与日本的“非正常”关系。（2）想参照俄中解决两国边界问题的方式来解决俄日领土争端。（3）争取主动，为普京访日“造舆论”。原定2004年11月20日普京将与日本首相小泉在出席亚太经合组织领导人非正式会议期间单独会晤，并将为普京2005年春天访问日本定调。此时，俄方通过主动向日本抛出（在数量上）均分北方四岛的“探测气球”，静观东京方面对这一声明的反应，以刺探日方在该问题上究竟能做出多大程度的让步。
不料，归还两岛方案在俄罗斯国内激起民族主义情绪，遭到社会各界的批驳。被激怒的萨哈林岛一些年轻右翼爱国主义者甚至组成“北方四岛防卫中队”，声称随时准备拿起武器，以反对千岛群岛领土“被占领”。
俄罗斯远东地区萨哈林州及北方四岛约4000名居民也举行了声势浩大的集会示威活动。集会群众在联合签名中宣布，一旦普京总统签署或责成他人签署领土让步文件，将被视为叛国行为，集会群众将联合签名要求其辞职。
面对俄方伸出的“橄榄枝”，日本方面冷淡中带着愤怒。16日，日本外务大臣町村信孝表示，普京的话是苏联时代的东西，没什么新意，没有必要一一作出反应。这番话让不少人吓了一跳，因为日本外务大臣对他国元首使用类似措辞十分罕见。
同一天，日本首相小泉纯一郎在首相官邸对新闻界说，如果不明确北方四岛的归属问题，就不会与俄罗斯签署和平条约，日本的这一方针不会改变。
小泉还说，日本坚持根据日俄1993年签署的《东京宣言》与俄罗斯举行签署和平条约的谈判。日本内阁官房长官细田博之同一天在记者招待会上强调，正如日俄1993年签署的《东京宣言》所指出的那样，解决北方四岛的归属问题，然后签署和平条约，这是日俄两国的共同方针。
对于普京的提议，日本分析人士认为，这根本就不是什么“橄榄枝”，而是“苦果”。日本一旦吞下这颗“苦果”，择捉岛和国后岛就要不回来了，日本几十年的外交努力可能化为乌有。
2004年12月23日，普京总统在记者招待会上指出，1956年的《苏日共同宣言》中明确记载仅归还齿舞、色丹两岛的事宜，因此“难以理解日方提出的归还四岛一说”。第二天，小泉纯一郎对普京谈话明确表示不满，称根据1993年发表的以解决四岛归属问题后签订和平条约作为内容的《东京宣言》，“无法理解俄方为何迟迟不归还四岛”。
经过这一回合的交锋，俄日双方都向对方摊出了底牌。“俄罗斯的底牌就是最多交齿舞、色丹两岛，而日本的底牌是拿到全部四个岛”，双方立场难以协调。2005年10月，俄罗斯政府通过了发展北方四岛的10年规划。根据这个规划，俄罗斯政府将在10年内拨出150亿卢布（约合5.26亿美元）用于北方四岛的发展。2006年，俄罗斯政府准备为北方四岛的建设提供8800万美元，这比2005年的1400万美元高出6倍。俄罗斯准备对北方四岛进行大规模投资和长期建设，自然不是为了有朝一日把它交给日本人。
（四）“经济开花，政治无果”
不过，在领土僵局难以打破的情况下，俄罗斯和日本也尝试着改善关系。
日本过去一直把对俄罗斯的投资与领土问题挂钩（除了能源领域），以此作为解决领土问题的重要砝码。在领土问题迟迟未能解决的情况下，受经济利益的驱使，日本也开始慢慢调整政策，在不放松在领土问题上对俄罗斯施压的同时，也注重发展日俄经济关系。2004年，俄日贸易达到70多亿美元。2005年，两国经贸仍然表现出快速增长的势头。
2005年4月，俄日贸易和投资促进会正式开始活动；6月，日本丰田公司在圣彼得堡投资建造的汽车厂奠基，这被认为是迄今为止圣彼得堡最重大的外资项目（报道说，丰田公司的初期投资约在1.5亿美元左右）。俄日双方对此都十分重视，俄罗斯官方评价这是近年来俄日关系最重大的事件之一，对圣彼得堡的经济发展有重大意义。普京总统和日本前首相森喜郎亲自出席了奠基仪式。
2005年11月20日，俄罗斯总统普京开始了对日本为期三天的正式访问。
这一次普京访问时情况有了重大变化。其中最重要的是，日本不再坚持“政经不可分”原则。普京和小泉在会晤的时候，提出了一个有关北方四岛的新办法——“搁置争议，共同开发”。“共同开发”这个想法是叶利钦提出的，但当时日本在领土问题上很顽固，普京这次去东京访问重新引出了这个思路。
陪同普京三天东京之行的，是有100多人的俄罗斯经济界代表团。除了俄罗斯天然气出口总公司、俄罗斯石油公司、俄罗斯铁路公司等大企业的老板外，莫斯科市长卢日科夫和萨哈林州长马拉霍夫等地方的“龙头老大”也随同访问。他们去东京的目的只有一个——让日本企业投资。小泉同样也从普京那里得到了普京向日本供油的承诺。普京对500名俄日工商界人士发表讲话说：“西伯利亚东部通向太平洋的石油管道建设前景巨大。我们正计划让它通到太平洋沿岸，为亚太地区提供能源，包括日本。”
结果，普京一行携带着12项有关加强双边合作的协议或备忘录踏上归途。一个可能的信号是，日俄两国都有用“经热”来拉动“政热”的意图。
但经济上的“热”并未带来俄日政治关系的回暖，而因北方四岛引发的争端不时使俄日关系陷入紧张状态。2006年8月16日，在“北方四岛”附近水域，一艘日本渔船遭俄罗斯边防警备厅警艇枪击并扣留，其中一名渔民被打死。
这是俄罗斯（包括苏联时期）50年来首次击毙日本渔民。此举引起日本国内舆论哗然，批评、谴责之声不绝于耳。俄罗斯不甘示弱，指责日本渔民咎由自取。
（五）出路何在
领土问题纠缠俄日两国关系50多年，其中又涉及两国历史上的恩恩怨怨，相当复杂，不是哪位政治家异想天开可以一夜之间能够解决的。领土问题的解决是同俄日双边关系的整体改善、国家战略的定位、经济发展状况、军事安全性质、同其他大国间的互动关系联系在一起的。它的解决必然是这些因素综合运动的结果，是一种历史合力的结局。
从长远看，俄日领土纠纷问题的解决，结局无非是几种可能：
第一种可能：俄罗斯作出全面让步，全部归还北方四岛，以换取俄日和平友好合作条约的签订以及大规模的经济援助。但是这种前景经上述分析已可知，其可能性不大，以普京目前的实力地位和国际声望，俄罗斯没有必要作出这么大的牺牲。
第二种可能：俄罗斯拒不归还北方四岛，甚至连讨论的余地也没有，因为领土问题涉及敏感的国家主权和民族感情问题，俄朝野无法在领土问题上达成共识，但这样会冒俄日关系破裂的危险，并使俄罗斯开发西伯利亚和远东地区的经济战略落空，失去一个重要的资金、技术来源和一个很好的经济贸易合作伙伴，俄日关系将继续在21世纪处于停顿状态。
这与亚太地区大国的其他五对双边关系形成不对称对比。
第三种可能：日本作出妥协，同意俄方按照1956年《日苏宣言》的精神，先收回齿舞、色丹两岛，签订日俄和平条约，然后同俄在历史事实和正义基础上慢慢讨论国后岛、择捉岛的归属问题。这里也有难度：（1）日本要改变坚持了50多年、并且已经深入人心的国民共识，必须征得多数政党派别和大部分国民的意见，其难度不亚于一次修宪；（2）以前在日俄关系中对日本较为有利的国际环境发生了很大的变化，况且俄罗斯的国民经济状况逐步好转，国际石油市场变化对俄有利，欧美资金逐步流向俄罗斯，所以，普京对解决领土问题没有迫切感，除非他拿到了一个好价钱。
第四种可能：双方作出让步，主要是日本方面，即先搁置领土主权，俄日双方共同开发四岛经济，这是俄罗斯最愿意接受的模式，类似俄以前提出的“马尔维纳斯群岛方案”，或者说是“两国一制”，即对有争议的岛屿进行共同开发和管理。
第五种可能：采用“桥本提案”，或者用日本的话来说是“香港方案”，即俄罗斯继续管理有争议的岛屿直到规定的一个期限，随后再归还四岛。
2006年12月13日，日本外相麻生太郎针对日俄间北方领土问题提出了新解决方案。他提议可以考虑将北方四岛所有的面积一分为二，将等分线作为日俄两国的国境线。当日，麻生在众议院外交委员会上说：“若将北方四岛的领土面积一分为二，则择捉岛的四分之一及其余三岛（国后、齿舞、色丹）都归日本所有。那些不考虑领土面积而只会叫嚷返还几个岛屿的做法不能解决问题，我们必须在正视现实问题的基础上进行谈判。”麻生还表示：“俄罗斯的普京总统拥有强大的权力，而且有解决领土问题的意愿，因此，必须在其当政期间作出决断。”麻生此话暗示，日本应在2008年5月普京任期到期前使北方四岛问题有个决断。
但随后外务省针对麻生的发言表示，“政府立场没有变化，这是其个人考虑”。麻生提出与政府立场不同的新方案，其目的是“要为陷于停滞的日俄领土谈判投石问路，并借此打开僵局”。“俄罗斯和中国解决领土纠纷就使用了等分地域划分国境线的办法，外相是想效仿这个事例。可能他判断，如果新方案中的日本领土涉及所有四个岛，会比较容易得到国内民众的支持”。但即便是麻生的提案最终有可能被拿到谈判桌上，依旧大大超越了俄罗斯的底线。因此，“麻生提案”即使成为日本的政府立场，也很难获得俄方的赞同。
在原油价格攀升的背景下，俄罗斯经济持续增长，几年前曾试图通过改善与日本关系而寻求经济援助和合作的需求渐趋淡薄，导致领土谈判也陷于停滞。2006年11月在河内举行的日俄首脑会谈也没有就领土问题取得丝毫具体进展。可以预见，领土问题将长久成为横亘于俄日关系中的最大障碍。