庞统及诸位文臣武将，早起必到宫中问安，金旋每日疲于应付，召集庞统商议改革政治体制。将国务府更名为国事馆，庞统担任总理，蒋婉、法正、鲁肃为副总理。蒋婉分管各郡政务，管辖各郡太守；法正分管各部政务，管辖六部官吏；鲁肃分管诸郡防务及各路接应使军务。
法正辖下，分为兵部、礼部、刑部、吏部、工部、户部，鲁肃兼任兵部部长，辖管各地守备及马超、甘宁、严颜、诸葛谨等四路接应使，直接向庞统负责。简雍为礼部部长，管理学事、礼仪、祭天、国家婚丧喜事等事务。张宏为刑部部长，掌管全国刑事、治安、诉讼等事务。伊籍为吏部部长，掌管全国官吏进出、考核、升降等事务。王累为户部部长，掌管全国钱粮、税收、农务、粮库等事务。马良为工部部长，掌管科技、工具、兵器、运输等事务。未尽事宜，各处官员发现不妥，立刻上报庞统，由庞统依据事实合理调整。
金旋又派人在长安扩建学院，任命蒋济为院长，招募贤能文士，培训后担任学院文职教师，诸子皆在此校就学，学习各科学问。又让江苏文挑选武艺出众、德才兼备者为武学教师，传授诸子武艺。
诸臣之子大都在学院就读，大贤司马徽、管辂皆在学院**职。金旋依照“百年大计，教育为本”的原则，诏令天下诸郡，建立学舍，为学院基层，招收各地优秀子弟入学，优秀者参加全国考试，考录成绩优异者进入学院。
金旋闲暇时又整理孔子之书，去其糟粕，取其精华，名曰《孔学》；将原所撰四书加以天文、地理等内容，合诸书为一，名曰《圣书》。又在各郡实行年考，成绩优异者重奖，各郡好学之风渐长。后来诸葛亮撰书《诸葛亮杂学》，记载诸葛亮平生作战之过程、心得，及易学、阵法等，金旋因此在学院中设立兵科，将此书与孙吴兵法等作为教科书。中国在此后百年之中，科技日新月异，与金旋重视教育、撰写理论书籍、建造学院、学舍等大有关联。
学务等处理完毕后，金旋又让庞统改革税务，将税种由人头税改为财产税，即由原来由每人分摊改为按拥有土地数量、商铺规模来分摊，使富豪合理交税，取消各地摊派。又让户部设立福利院，收养无人赡养之老人、孤儿等。又让户部丈量出全国土地，将各郡闲置土地，收归国家，召集流民分地耕种，按照其地等次收取租金。又让各郡在农闲之时，召集壮丁修建水利，建筑道路。
金旋又下令扩建医馆，让华佗出任医馆馆长，负责全国医务，将各郡游医纳于其中，根据其专长让华佗分类教授。学成后分派各郡，以国家薪金奉养。又让张仲景选择才能之士研究化学药物，即为当今西药。张仲景究其一生精力，培训佳徒无数，天下人多受其恩泽，又研究出数种消炎药物，各种不治之症多有因此治愈者。后来百姓奉华佗为“医神”，张仲景为“药神”。
为了防止官员腐败，金旋命令各郡设立举报箱，举报箱由金旋派人每三个月收缴一次，各郡举报箱钥匙皆置于金旋密室，由金旋亲自打开举报箱。凡是被检举腐败官吏，经查实后均处以严刑。选择才能贤明之士出任各地官员，提高官吏薪金，名为“********”，官场风气大整。金旋又命令各郡选取年老德众者五人，每年赶赴京师议论诸事利弊，纠正执政之失。
此时百姓多有崇信道教者，江东于吉、洛阳左慈在百姓中皆有威信。金旋诏令于吉为护军真人，在会稽山建立道观，于吉在此地传道。诏令左慈为护民真人，在嵩山建立道观，左慈在此地传道。从此往后，会稽、嵩山两处成为天下道教圣地。
金旋又根据当代部队的思想政治教育一事，与庞统、鲁肃等人商议，决定按照以前的金旋论述，结合时代特点，整理出一套行之有效的精神崇拜理论，将军队打造成一支为了理想不怕牺性的无敌雄师。
庞统、鲁肃等殚精竭虑，终于创造出一套完整的理论体系，在军校中寻找精英人员进行培训，在将他们培养成军魂的同时，也将他们培养成传授这套军魂的传教士，这批学员在部队中职别较高，后来与政委职责合并，成为新的思想导师。新政委进入军队以后，逐步逐批对士兵进行培训，历经三年时间，为理想不怕牺性的军魂逐步建立起来。
诸葛亮等紧随其后，将战争中涌现的战斗英雄典型推出，编成一个个小故事，在士兵中传为流传。这些小故事像一个个火种，迅速将士兵的战斗激情点燃。
江苏文部原来多为江湖汉子，在江苏文等人多年的精心栽培下，这支部队因为能上能下，个个武艺超群，因此倍受金旋重视。江苏文部对军魂的理解更优于正规部队，金旋将江苏文部改编为安全部队，专门进行秘密工作，在其部下实行更严历的政治教育。江苏文精心打造之下，这支部队成为了金旋手下一支奇兵，在其后战争中屡建奇功，成绩斐然。
江苏文在金旋征服天下路程中立下许多汗马功劳，金旋因为江苏文年龄渐大，让他将手中的权力逐渐下放，让任鼎等接管，封其为魏县侯，江苏文开始浮出政坛。
江苏文这些年来一直从事秘密工作，对金旋所著的《间谍与战争》理解颇深，他逐步将手中权力交出去后，金旋让任鼎为秘密部队统领，代替江苏文的职务，任命王坤、武传风为副统领，协助任鼎工作。
军校成立后，一直由诸葛亮兼任校长职务，金旋因为江苏文文武全才，而诸葛亮军务繁重，任命江苏文担任军校校长，许子将为副校长。江苏文前半生漂泊江湖，后半生因为从事秘密工作，文武百官大多不知道他的出身来历，见金旋委任其如此重任，颇有微词。
金旋听闻这些传言，不加置否，对庞统道：“江苏文身份特殊，众位文武不了解他的能力和功劳，士元可以寻找一些借口，平复传言。”
庞统上朝时，当着文武百官之面，对金旋道：“臣才能平庸，今举荐江苏文代我职务，臣甘愿为其副手。”百官闻庞统举荐此人，方知道江苏文才能果然不凡，流言从此平息。