而此时的满清政府国力日衰，危机四伏，各地的变乱不断发生，外国列强利用铁甲坚船又在沿海一带不时骚扰，大清的命运处于朝不保夕的危险境地。
左宗棠从小就爱读顾炎武的《天下郡国利病书》和顾祖禹的《方舆纪要》，增长了不少知识。由于他一贫如洗，无钱买书，便从辞职归乡的原云贵总督贺长龄家中借读许多藏书。读后常与贺长龄共同研究学问，得到贺长龄的赏识。后来经贺长龄推荐，他到长沙城南书院读书，并认识了胡林翼等不少有志学生。在21岁时应乡试，考中了第18名举人。此时经人介绍与湘潭周家少女结婚，长住周宅，为时七载有余。在此期间，他曾三赴京都参加会试，第一次未中返回家中继续苦读。两年后他已24岁再次赴京会试，考中第15名进士。担任国史馆謄抄工作，但他不愿屈居这一消磨时光的苦差使，仍然返回家中，开始研究地理学，绘就了一幅皇舆图和许多省市地图，并附有详细的说明和注解，为他日后征战沙场创造了识别地理位置的条件。27岁时他又赴京会考，名落孙山。从此打消了以中举求取功名的想法， 专心研读地理书籍，并订正绘制全国地图，做出准确详尽的标记。
此时中英鸦片战争爆发， 林则徐为禁毁毒害中国人民的鸦片而临畏不惧，与英国侵略者展开了殊死的战斗。而英国侵略军则以战船利炮威胁清政府罢黜了民族英雄林则徐。
对腐败无能的清政府，左宗棠很失望。对敢于抗击英国侵略者的林则徐，左宗棠十分崇敬。此时的左宗棠又对军事谋略和用兵定策进行深入细致的研读， 并分类写出许多具体战略方案和实施办法。他把自己精心写就的战书寄给自己的老师贺熙龄，得到充分的肯定，认为他是当今难得的军事奇才。
腐败的清政府罢黜诸如林则徐之类的人才使他感到压抑和愤慨。他在自己的家乡柳家冲购买了七十多亩田地，携家隐居耕读，自称湘上农夫，并种田植桑发展蚕生产，资助贫苦人家。在乡村耕地周围他有意建碉堡，修战壕，牧牲畜，摆阵势，布八卦，以军事布置做避乱自保的准备。为期八年的耕读与军事研究的生活为他日后的战争生涯打下了良好的基础。此时已在贵州从军的老同学胡林翼推荐他到云贵总督林则徐的手下做幕僚， 但他难舍隐居的生活而没有去。然而， 当林则徐辞职路过长沙的时候，他听到消息迎接林则徐，并在船中与林则徐畅谈了一夜天下大事，得到林则徐的赏识和器重。在船中谈及战争诸事，他的看法与林则徐不谋而合。林则徐想推荐他到湖北总督府做军事高参，但被他婉言拒绝了。拒绝的理由是执政者太腐败，而贤达之士无报国之门，一任昏庸者挡道误国。
林则徐听了他的一番议论深有感触，大有相见恨晚之感。按着林则徐的行程计划本应及早行船， 但由于他被左宗棠纵论天下大事的深刻见解所吸引，所以，林则徐停船一夜而与左宗棠饮酒畅谈，不愿离去。在天明辞别时，林则徐以十分关爱的心情问左宗棠今后的打算时，左宗棠微微一笑说他将效法诸葛孔明，避乱于湘阴东山，静观世事纷争。
林则徐听后深有感慨地说：“乱世出英雄。依贤弟之才，为兄断定，必不能久居东山，到时自有贤士三顾茅庐矣！ ”
左宗棠慨然大笑说：“林公过奖了！ 祝林公一帆风顺，后会有期，请！ ”说完，他站在岸上以十分崇敬的心情遥望林则徐的船缓缓远去。他一直招手致意，直到看不清林则徐的身影，方才怅然而归。
自此左宗棠自比诸葛亮的传言在亲朋好友中传开了。随着他日后的被迫出山以及在沙场上的赫赫战功， 自比孔明的传言广为流传，即使在尔虞我诈的官场上，有些崇敬他的人也发自内心地说：“左公乃当今之孔明也！ ”
林则徐的预言确实被事实所证明了。当太平天国的武装起义风起云涌， 潮水般攻向长沙时， 新任湖南巡抚张亮基坐立不安，急需富有谋略的军事人才助他一臂之力。张亮基在贵州任职时曾是左宗棠好友胡林翼的上司， 他从胡林翼口中得知左宗棠胸怀韬略，精通地图，善于布阵，是个难得的军事人才。胡翼林本人就是一个很不平凡的将帅之才，出于他的推荐，张亮基自然对左宗棠才干深信不疑， 到任湖南两次派人到东山恳请左宗棠出山，左宗棠并不依从。张亮基想亲自出面恳请，无奈军情紧急，无法脱身，只好写信请胡林翼致函左宗棠，催促左宗棠来长沙智解被困之危。
胡林翼在信中措词十分恳切，除了说明张亮基思贤若渴，十分看重左宗棠之外， 又备述张亮基是属于林则徐之类的杰出人物，值得信赖。
左宗棠看在老友再三恳求的情份上， 也为了长沙百姓不致遭受刀光之灾， 便在山中老友郭嵩焘和二哥宗植的劝说下走出隐居的东山，潜入长沙为张亮基出谋划策。
当时围攻长沙的洪秀全在正面攻城失利的情况下， 采取暗道引爆的办法攻城。所谓暗道引爆便是命令工兵从城外向城根深挖地道，然后在城根下的暗道引爆炸药，炸坏城墙，使攻城将士从缺口一拥而进。
左宗棠遇变不惊，临畏不惧，亲自指挥守城军一边阻截，一边堵缺口，同时抬土抱石填塞地道，日夜奋战，以死相拼，终于击退了敌军，保住了长沙。
坚守长沙的战功使慈禧太后大为振奋， 她立即擢升张亮基为湖南总督，而左宗棠督军有功也随之升迁。在此期间的所有军机要事均由左宗棠全权处理，深得人心。后在张亮基被调往山东平乱时，左宗棠便辞职归耕了。
左宗棠归隐之后，时局越来越不可收拾了，旧任湖广总督吴文镕竟然死于黄州激战。新任湖南巡抚骆秉章面对严峻的形势非常焦急，三次派人请左宗棠出山，他都婉言拒绝了。
无计可使的骆秉章急得抓耳挠腮，坐立不安。本想亲自入山诚请，然而军务缠身，又无法脱身。正当他一筹莫展的时候，他的幕僚熊新光给他出了一个好主意，他不禁愁容顿失。
骆秉章为了抗敌保城， 便请来了一个道士为在坐的文人墨客占卜，看谁能设法捐来大量的金银以资助将士们的粮饷。那道士施展了法术占卜了一番， 便将吉签指向在坐的一个文士的头上，说此人自有天相，可以设法捐出大量的饷银。
然而，被请来做客的这位年轻文士是个清贫的书生，他根本没有能力捐资饷银。当问及他时，他据实说自己无能为力，骂那道士信口雌黄，不怀好意。
道士说他贵有万金，不愿出资效力，应予拘押，否则于军不利。骆秉章借此机会，便把此人拘押在巡抚大衙之中。
此人不是别人，正是左宗棠的女婿，名叫陶桄。他被扣押在衙时，大喊冤枉，怒骂骆秉章误信道士的妖言。
然而骆秉章却笑嘻嘻地说：“道士之术千真万确。你虽然一贫如洗，却有万金买不到的身价。”
陶桄不解地说：“巡抚大人此话何意？ 请明示于我。”
骆秉章故意板起面孔说：“你是想死在牢里呢？ 还是想活着出去？ ”
陶桄委屈地说：“我又没犯法，为何要死在牢里呢？ 你快放我出去。”
“放你也容易。不过，你得写封信，讲明你因无捐之力而触犯军法被押入死牢，务必求一个人来救你。”
“求谁？ ”
“你的岳父大人左宗棠。”
“他若不来呢？ ”
“你将死路一条。”
陶桄此时有些明白了：这巡抚原来拿我做人质，要请岳父出山啊！我如果不写的话，这巡抚不会放我的。我不如写信给岳父，一来他可以救我出牢，二来他也可以出山帮助巡抚解除危机。于是，他对骆秉章诚恳地说：“我明白你的心意了。我愿给岳父大人写信，让他来救我。”
“看来你不失为聪明的俊杰啊！ ”
于是，骆秉章让差役拿来文房四宝，命陶桄在牢房里依骆秉章的意思写了一封求救于左宗棠的信。
骆秉章派人把陶桄的信送给左宗棠， 左宗棠看完后感到非常吃惊， 心想自己的女婿肯定是因为自己不去骆秉章的帐中任职才受此不白之冤。他把信递给山中的老朋友郭嵩焘和自己的仲兄宗植看过后，他们皆为陶桄而担忧。但他却坦然而言：“这只不过是骆秉章的一计而已。”
他们异口同声地说：“什么计？ ”
他说：“他以我婿做人质逼我出山为他效力罢了。”
“既然如此，你就该出山了。不然，将会连累你的女婿啊！ ”
“好吧！ 为了女婿，我也只好出山了。”
当他面见骆秉章问起女婿之事， 骆秉章却笑着说：“你女婿的事纯属误会。醉翁之意不在酒嘛！ ”