阿古柏占领新疆之后， 利用浩罕人和本地民族上层人物中的投降派统治新疆各族人民。
阿古柏以宗教手段统治各族人民群众， 废除清朝政府的一切法规和制度，设立宗教法庭，随意处罚和鞭打人民群众。捣毁佛教寺庙，兴建大批清真寺，强迫异教徒改信伊斯兰教，反抗者一律格杀勿论。
为了聚敛大量的财富， 阿古柏以各种名目的税收来敲榨人民群众，并要各地的执政者不断向他进贡金钱和财物。如此层层剥削，使人民群众无法生活，处于水深火热之中。由于残酷的压榨，许多人被饿死和冻死，出现了买卖奴隶的现象。而他自己则过着穷奢极欲的糜烂生活，在许多城市都建有豪华的宫殿，抢来数不清的美女供他淫乐，稍不顺心不是鞭打，就是处死，害得各族妇女心惊胆战，不敢出门，生怕被他的爪牙抢去遭受非人的折磨。阿古柏的残酷统治，引起各族人民的愤怒。由于他有近10万名正规军和大量的警察和特务， 随时镇压敢于反抗的各族人民群众，所以，人民群众处于敢怒不敢言的黑暗之中。各族被压迫的人民群众都在心里诅咒他，盼望着关内的清兵早日进疆，消灭反动的阿古柏，使他们早日重见天日。
身为陕、甘总督的左宗棠在阿古柏的铁蹄踏入新疆攻城略地时， 虽然无暇顾及新疆的危机， 但他为维护祖国领土完整统一，不容浩罕久占新疆，为日后赶走浩罕侵略军而及早做了一些军事准备。他把一些陕、甘回民青年军士组织起来，严格训练，使他们成为武功高超、忠于自己的侦探，混入新疆，侦察有关阿古柏的各种情报，然后，以接力的形式，从新疆往陕、甘以600里快马传递的速度， 一站又一站地传入他的手中， 使他随时掌握军情，做好日后进剿阿古柏的军事准备。他又训练了一批专门绘制地图的武士，混入新疆各地，乔装打扮，把阿古柏所占城镇的地理位置和各城之间的准确距离详细绘制并记载下来， 也以同样的传递方式逐站传入他的手中。他还把一些因抵抗阿古柏失败，逃往陕、甘的维吾尔族军人和官员收留起来，经过抚慰感化，使这些人了解了他决心收复新疆的决心， 有了信心和希望并决心为他效力。他把这些爱国的维吾尔军人和官员组织起来学习汉语，并让他们充当教官，对回、汉、满族的军人教授维吾尔语和浩罕语。学会了维吾尔语和浩罕语的回、汉、满人都很年轻，而且刀法娴熟，枪法高明，让他们混入新疆，打入阿古柏的要害部门，作为内应，到时里应外合。
除此之外，左宗棠以追杀邢飞虎为名，派出数千人组成的追剿军，趁机潜入镇西和哈密，加强总兵贺健的军事力量，以防止阿古柏进犯。
通过这些有效的办法， 左宗棠基本上掌握了新疆的战略要地和有关阿古柏的军事情况， 为他日后消灭阿古柏创造了有利的条件。
正因为这样， 左宗棠及时掌握了俄国突然出兵侵占伊犁的消息，并以600里快马的速度，从兰州派出传送情报的人员，到清廷向皇上和两宫皇太后报告伊犁失守的不幸消息。
俄军侵占伊犁的消息在当时国内是无人知道的， 清朝政府也是耳目闭塞，毫不知情，惟有身居兰州行辕的左宗棠知道得最早最快。
然而兰州距离北京毕竟路远， 再快的马也跑不过电报的速度。当左宗棠的快报送达清廷时，清政府已经知道伊犁失守的消息。
这又是怎么一回事呢？
原来俄军占领伊犁后，他们用电报报告了沙俄政府。俄国的皇上亚历山大二世命令外交大臣电告俄国驻中国的大使布策，把电文送到清廷总理各国事务衙门的大臣手中， 然后由大臣呈送小皇上和慈安太后、慈禧太后。
俄国的电文说浩罕国的阿古柏欲要侵吞紧邻俄国的伊犁，俄国为了保护住在伊犁俄侨的利益， 在阿古柏入侵之前占据了伊犁。
电文中还有一条理由说由于中国的兵力有限， 无能力控制伊犁，也无力抵抗阿古柏的入侵，所以，俄国代替中国收复伊犁，暂时代为管理，等清廷收复新疆后再归还伊犁。
俄国发出这样的电文显然是为他们的侵略行径做狡辩，目的在于稳住清朝政府，达到合理合法侵占伊犁的目的。
两宫皇太后对俄国的做法虽然深恶痛绝，但也无可奈何，只能忍让与叹气。
惟一使她们得到安慰的是左宗棠的快报来得很快， 对新疆伊犁失守的情况了如指掌，这在全国来说是极为罕见的事。
对快报中所提应当立即通过外交渠道向俄国提出严正警告和抗议的建议，她们也感到很明智很正确，认为左宗棠不失为一代英才。
就在她们谈论左宗棠的时候，军机大臣文祥手拿一份奏折，急急忙忙来到慈安宫，对宫外守门的太监说，他有机密秉报，请太监火速转告两宫皇太后。两宫皇太后听后，不禁一怔，互相对望了一下，心想又出了什么麻烦，立即回话，请文祥进宫。
文祥神色不安地走进宫，跪在两宫皇太后的面前，双手捧起奏折，口中说道：“为臣呈送陕、甘总督左宗棠的紧急奏折，请两宫皇太后圣览。”
两宫皇太后让侍女接过奏折，请起文祥坐在一旁。慈安太后先看，看后不由皱起眉头，满脸是愁地又把奏折递给慈禧太后审阅。慈禧太后看完奏折气愤不已，大骂这些人都是贪生怕死的废物，应当严厉惩处。
两宫皇太后原是咸丰皇帝的东西两宫的娘娘， 东宫是慈安太后，西宫是慈禧太后。慈安太后年已35岁，长得相当美貌，为人比较宽容温和，性格优柔寡断，遇事缺乏决策能力。
而慈禧太后的性格与她相反，善于决策，遇变不惊，很有心机，心肠狠毒，野心勃勃，独断专横。慈禧太后年近40岁，长得不仅漂亮，而且非常风骚，在男人面前自有一种无法言喻的魅力。
慈禧太后年轻时深得咸丰皇帝的宠爱， 她是以美色和心术征服了好色的咸丰皇帝，而由美人到嫔妃再到西宫妃子，然后才成为娘娘的。她不像慈安太后一开始就正式成为东宫娘娘的，所以，在身份上慈安太后比慈禧太后高出一筹。
慈禧之所以能成为慈禧太后的主要原因是她为咸丰皇帝生下了一个男孩，就是在咸丰皇帝驾崩后成为同治皇上的那个人。
慈禧就是凭着母以子为贵而荣升为西宫娘娘的。咸丰驾崩前为挟治慈禧独揽大权，架空同治，安排了他的八名心腹大臣名为顾命大臣来限制慈禧的权力。
慈禧的儿子同治皇上年纪轻轻就因染上梅毒死了。慈禧和慈安两太后作为寡妇难能驾驭八大臣，处处受制于他们。她们不甘忍受摆布和欺凌，便联合恭亲王奕诉，也就是咸丰皇帝的六弟和掌握兵权的荣禄，设计诛杀了八大臣，从而执掌了至高无上的皇权。
慈禧出于达到垂帘听政的目的， 把她小叔子醇亲王奕说寰的儿子，也即她妹妹所生的孩子扶上皇位，称为光绪皇帝。
五岁的光绪皇帝自然什么都不懂，于是，慈禧和慈安便联合起来实施垂帘听政的权力。
每当上朝听政时，五岁的光绪被安置在皇位上做个样子，两宫皇太后端坐在皇上身后的帘后发号施令，执行皇上的权力。
由于慈安太后性格柔弱，反应迟缓，不善于权术，所以，重大事情的决策与处理都由慈禧来决定。由此而形成了以慈禧为主的垂帘听政。不过慈禧为了讨好慈安， 能够得到慈安的大力支持，尽量装出一副十分尊重慈安太后的样子，事事征求慈安的意见，处处以妹妹的身份来对待慈安太后，从而得到慈安太后的信任，凡事让他来决定。
两宫皇太后看完左宗棠的奏折为何要发怒呢？
原来事情是这样的：早在阿古柏侵占南疆八城时，左宗棠就预料阿古柏肯定会挥师侵占乌鲁木齐，为此他曾派人以600里加急快马将奏折送至清廷，建议速派直隶等地的将领进疆剿匪，歼灭阿古柏的军队。军机大臣们和两宫皇太后经研究调河北的于盛和山西的安泰率军进疆抵抗阿古柏的军队。但这两位总兵到达离酒泉尚有60里的卧马县驻扎下来， 慌称将士们不服水土而病倒了，以此为由长期按兵不动，并占据附近几个县称王称霸。
在沙俄侵占伊犁之前，左宗棠又派人给清廷送去奏折，建议派得力将士们入疆至伊犁，防止沙俄侵占伊犁。清廷催促驻扎在甘肃高台的乌鲁木齐都统成禄火速开往乌鲁木齐联合义勇军遏制阿古柏入侵乌鲁木齐。成禄不仅不去，而且在高台为非做歹，公开抢夺当地农民的粮食和草料，供自己的人马享用，激起民变后，他又大肆屠杀，给左宗棠的招抚工作造成极大的危害。
直隶提督刘铭传带兵至陕西委县便停止前进， 声称自己大病复发，无法进疆。
远在京城的两宫皇太后自然不清楚这些事， 一直被蒙在鼓里，而今得到由大学士、军机大臣文祥转来的左宗棠的奏折，感到十分震惊，想不到这些带兵的将官竟敢阳奉阴违而贻误军机，贪生怕死而不顾大片国土沦丧，实在令人痛心。于是，他们以600里加急谕旨传令让这些人火速赶往京城， 当这几位将官到达京城，立即被逮捕，就地正法。
然而，在处死这几个人的时候，他们的后台主子均都出来求情。特别是直隶总督李鸿章和军机大臣宝鋆，分别替刘铭传和成禄求情。
由于李鸿章权大势重，刘铭传又是他的爱将，他极力求情免杀。经研究，两宫皇太后认为身为北洋大臣的李鸿章出面说情，不能忽视， 再说刘铭传虽然称病未去， 但未做出伤害百姓的事情，何况身上确有两处刀伤时而复发，所以，决定免他一死。
其他几人，一来说情者身份不如李鸿章显赫，二来都有罪大恶极的表现，因此被当即处死了。
慈禧太后通过对上述事件的处理， 认为左宗棠是个秉公办事的好总督，敢于反对邪恶，敢于仗义执言，不怕得罪朝中大官，一心为了朝廷政事，是个值得重用的栋梁之材。
当她正在这样评价左宗棠的时候， 不料首辅军机大臣文祥又来面见她，并把一份捷报呈交给她。她从文祥那面呈喜色的神情中已经意识到将有喜事来临。她让文祥坐在旁边，自己翻开捷报一看，不由喜情飞扬，心想果然被自己猜中了。原来那捷报上写着陕、甘总督左宗棠已经完全平定了两省的回民起义，并且将两省的治安治理得安宁平静，百姓们过起了安居乐业的生活，一切都恢复了原有的秩序。
惟一遗憾的是： 左宗棠曾责令驻守在酒泉卧马县的统兵于盛和安泰阻截逃窜的邢飞虎， 以便他的前锋大将刘锦棠率兵追杀而至，一举歼灭。然而，这两位总兵却按兵不动，纵敌逃出酒泉，迂回到敦煌，潜入哈密，降附了阿古柏。
在捷报的末尾，左宗棠慷慨陈词，义愤填膺地说浩罕趁陕甘回乱之际侵占了新疆，现在时机已到，应该进兵新疆，消灭外寇，收复国土，拯救黎民百姓于水深火热之中。
看完左宗棠的捷报，慈禧不由精神振奋，在文祥面前夸奖左宗棠为大清立下汗马功劳， 应当隆重嘉奖， 并提升为东阁大学士。慈禧太后趁慈安太后患病而不能听政的机会，想在群臣面前显示自己的政治才能，更想借收复新疆来树立自己的威信，为独揽大权打下良好的基础。
左宗棠建议朝廷立即收复新疆的意见正中了慈禧的下怀，她认为左宗棠的看法与她不谋而合。她认为时下陕甘太平无事，左宗棠的六万湘军在镇压回民起义军中经受了磨炼， 变得更加坚韧，更加富有战斗力，何不让左宗棠利用大振的士气，乘胜而进，消灭浩罕外寇，收复西陲沃土呢？
她考虑以左宗棠的文韬武略和他训练有素、能征惯战的军队，肯定能够消灭外寇，收复新疆。一旦收复了新疆，不仅可以在外国人面前扬眉吐气，而且也可以借此树立她的威望，巩固她的权位，证明她这个大清女皇是不可欺辱的。她要借此机会，给时下这些傲慢无礼，动不动就恫吓她的外国列强点颜色瞧瞧，让他们明白她大清不是好欺负的，也不是好惹的。
她面带微笑地问文祥：“文大臣看过这捷报有何看法？ ”
文祥年过六旬，长得中等偏高的身材，脸上有一双聪慧而又敏锐的眼睛，不仅阅历丰厚，而且卓有远见，行事机敏果断，在两宫皇太后和各亲王以及军机大臣中都有很高的威望。他对左宗棠非常欣赏，也很相信左宗棠有能力收复新疆，所以满怀信心地说：“依臣之见， 左宗棠的意见非常正确， 应当进兵新疆收复失地，扬我大清的国威。”
慈禧太后不动声色地问他：“你看何人督办新疆军务最合适呢？ ”
“依臣的看法，收复新疆非左宗棠莫属。”
慈禧平静地点点头，表示赞同地说：“你我的看法不谋而合。那就任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，你看如何？ ”
“为臣同意太后的决定。”
“那就命你起草文稿，等我审定后，速派人下旨于左宗棠，命他火速筹备收复新疆的军务。”
“为臣遵命！ ”
左宗棠生于湖南湘阴县东乡， 其父观澜公是一个清贫的教书先生。他有两个哥哥，大哥名宗棫，是湘阴县的廪生，从小体弱多病，青年时因病而死。他的二哥名宗植，和他一样颇有才华，曾考中第一名举人，后在桂东担任教谕之职，诗词文章颇有名气，然而却清贫一世，虽有抱负但没有施展的机会。
左宗棠排行第三，所以，以季高为号。他们兄弟三人从小在其父所设立的书馆里读书，非常用功。
他们的父亲以教书来养家糊口， 穷得常常以糠麸当做主食来充饥，生活十分艰苦，但他们仍然在忍饥挨饿中接受父亲的教诲，勤奋学习，发愤图强。在他16岁时，母亲不幸逝世。三年后他们又失去了父亲。家境十分困苦，左宗棠与他的二哥无法继续求学，只好步入社会自食其力，过着困苦的生活。