南洋学会是世界著名的学术团体，是国际上公认的高水准的研究东南亚的学术机构。
在30年代末期，新加坡两大华文报纸《南洋商报》和《星洲日报》分别组织人力编纂出版《南洋年鉴》与《星洲十年》两部巨著，有类于研究南洋的地方志。《星洲日报》为编纂《星洲十年》，聘请姚楠为责任编辑，特聘许云樵、张礼千为专职编辑，并专门设置了编纂处，《星洲十年》出版后，报社将这三位专家留下来，准备出南洋研究副刊和出版南洋研究的丛书。姚、许、张三位学者皆对东南亚有精湛的研究，他们聚首磋商，萌发了创立学术机构的念头。后与《星洲日报》总编辑关楚璞、文艺副刊编辑郁达夫商议，又得到暨南大学南洋文化事业部刘士木、李长傅的支持，遂发起创设南洋学会。
1940年3月17日，姚南、许云樵、张礼千、关楚璞、郁达夫借座新加坡南天酒楼举行成立会仪式，定名为“中国南洋学会”，其宗旨为“研究与发扬南洋文化学术”。1958年新马独立后，易名为“新加坡南洋学会”。南洋学会创设之初，并无固定会所，借姚楠在新加坡的寓所为会址，租用新加坡邮政信箱七〇九号为学会通讯处，通讯处一直使用保留到现在。
太平洋战争爆发后，关楚璞去香港，姚楠和张礼千撤往重庆，郁达夫到了苏门答腊，许云樵在星洲以经商作掩护，学会诸友星散。姚、张在重庆继续拓展会务，在经费拮据，洛阳纸贵的困境中，得到商务印书馆的支持，出版了有关南洋的八部译著。
抗战胜利后，学会迁返星洲。在早期会员陈育崧、韩槐准、黄曼士等人推动下，以新的姿态活跃于南洋学坛，于是东南亚研究备受学人的关注。
南洋学会的会员分为从事学术研究的基本会员和热心会务的赞助会员，华人会员中除新马一大批学者外，国内有陈序经、朱杰勤、常任侠、方国瑜、罗香林、陈荆和以及剑桥大学郑德坤、英国皇家亚洲学会会长温斯泰德、法国远东学院院长科岱司、新加坡莱佛士博物院院长特威迪等名人加入这个以华人学者为主体的学术团体。历任理事长(有时称主席、会长)有姚楠、刘士木、黄曼士、连士升、黄笃修、魏维贤等。《南洋学报》是南洋学会主要出版物。从第一卷至十三卷由许云樵主编，在这十三卷二十六期中，栏目众多，异彩纷呈，其中史地考证最见功力。后由王赓武任主编，从版式上作了改变，栏目只分中文、英文、书评三部分。学报发表了许多极有价值的学术文章，1961年郑子瑜主编了《南洋学报》时出了第十七卷第二辑《黄遵宪研究》专号，史家罗香林提供了关于黄遵宪的论文，周作人提供了一些与黄遵宪有关的手稿。