不久，左都御史郭琇上奏弹劾，说：“皇上天未亮即起、很晚才进食，为政事焦虑操劳，励精图治，任用人，治理国事，未曾有丝毫借助于左右。却有原任少詹事高士奇、左都御史王鸿绪等人，他们表里为奸，结党营私。试略陈述他们的罪行。高士奇出身微贱，他开始徒步来到北京，寻觅教家馆的活计聊以为生。皇上因他对书法颇为擅长，不拘资格，提拔他补翰林，让他入南书房供奉，不过是让他考订文章，原来并没有给他参与政事的权利。而高士奇天天想着与人结交，谄媚依附大臣，兜揽政事自取权力，以此谋划分享利益。朝廷内外大小臣僚官吏，没有不知道高士奇的。高士奇的声望名气显赫，乃至于如此。这是可以诛伐他的罪行之一。高士奇入内廷时间长党羽已经很多，于是自立门户，又勾结王鸿绪为他的死党，给事中何楷是他的结义兄弟，翰林陈元龙和他是叔侄关系，王鸿绪的哥哥王顼龄和他是儿女姻亲，都被高士奇委以心腹，在外招揽权势。凡是总督、抚台、藩台、臬台、道台、府台、厅台、县令以及朝廷内的大小官员，都由王鸿绪、何楷等人为他们安排住宿，哄骗他们带来馈赠的财物，多达成千上万。或者不属于他们一伙保护的，也有一般的规矩，称之为平安钱。高士奇等人的贪贼枉法，全无顾忌，这是他可诛伐的罪行之二。光棍俞子易，在北京横行无忌多年，事情败露逃跑。他在虎坊桥有瓦房六十多间，价值八千两，馈送给高士奇。此外高士奇在顺成门外斜街以及各处房产，是让心腹出面置买的，这里寄留着受贿银两达四十余万。高士奇又在原籍平湖县置田产一千顷，大兴土木，在杭州西溪又广置园囿宅第，凭他这个寻家馆谋生的穷书生，忽然间变成为一个拥有数百万家私的富翁。试问钱是从哪儿来的？无非是从各官吏那里取得的。官吏的钱又从何而来？不侵吞国家的钱，就是括民脂民膏。这高士奇等人是真正的亡国蠹虫民之盗贼，这是他可诛伐的罪行之三。皇上洞察了解高士奇的罪行，因为各馆编纂诸书尚未完峻，下令解除高士奇的官职只管修书，爱惜保全他的恩德太大了！但高士奇不想改过自新，仍然坚持作恶，毫不悔改。当圣驾到南方巡察，皇上告谕臣僚严禁馈送，否则以军法治罪。只有高士奇和王鸿绪实在不怕死，王鸿绪在淮、扬等处收罗各官吏馈送的钱一万两，暗中送给高士奇。淮、扬如此，其他地方也可想而知。这高士奇等人欺君不法，背公行私，这是他可诛伐的罪行之四。王鸿绪、陈元龙是殿试一等出身，俨然是文士中的杰出人物，竟然不顾公正的舆论，曲意依附大臣，无所不至。这些人苟且贪图富贵，伤名声毁教化，难道不玷污朝廷而羞辱当代文士吗？总之高士奇、王鸿绪、陈之龙、何楷、王顼龄等人，有豺狼的本性，蛇蝎的心肠，鬼蜮的形骸。害怕权势的人已观望到情况但不敢说，趋向权势的人还拥戴他们而且不肯说。臣假若不说，就有负圣上的恩遇。所以不回避嫌疑怨恨，请求立刻把贬斥赐给他们，依法公开处置，这将是天下最值得庆幸的事。”上疏进呈，高士奇等人都以年老而去职回到原籍。副都御史许三礼又上疏弹劾卸任的尚书徐乾学与高士奇是姻亲，他们招摇接受贿赂，相互为表里。吏部议论因所弹劾的内容没有根据，结果搁置一旁。
康熙三十三年（1694年），高士奇被召到北京修书。高士奇到京以后，仍然当值南书房。康熙三十六年（1697年），因要赡养母亲请求还乡，朝廷下诏允许他还乡，特别授予詹事府詹事。不久提升为礼部侍郎，因母亲年老未前往赴任。康熙四十二年（1703年），圣祖南巡视察，高士奇在淮安迎接圣驾，扈驾到杭州。至圣祖回京，高士奇又随从到京师，多次入宫策对，赐予优厚。圣祖看着侍臣说：“朕开始读书，内监以《四子》本经教授，作应试之文；得到高士奇，开始懂得作学问的门径。起初见高士奇拿到古人诗文，一看就知道它的时代，心里感到奇怪，不久，朕也能这样做。高士奇没有战阵之功，而朕待他优厚，因他裨益我的学问，作用很大。”不久遣送高士奇回乡，这一年其在家里去世。
顾炎武
顾炎武字宁人，原名绛，江苏昆山人，是明朝的生员。出生时眼珠有两个瞳孔，中间白而四周黑。读书时一目十行。他看到明朝变故很多，所以讲求经世致用的学问。明朝在南京亡国后，侍奉继母王氏躲避兵祸到了常熟。昆山县令杨永言组织了义军，顾炎武和归庄便投向杨永言。南明的鲁王授他为兵部司务，事情没有成功，幸而得以脱身，他的母亲便绝食而死，死前告诫顾炎武不要到异姓的清朝做事。南明的唐王朱聿键征召他为兵部职方郎，因为母亲的丧事没有赴任，便离家不再回去。顾炎武认为自己怀有为世所用的策略，不得一展自己的志愿，因此在所到的地方就稍稍地试一下。他在山东的长白山下开垦农田，在山西的雁门北面、五台的东面放牧，积累了千两白银。顾炎武走遍了边关要塞，四次到明孝陵拜谒，六次拜谒明思陵，才在陕西的华阴去住下来。他认为“陕西人仰慕经学，尊重不在朝做官的读书人，支持公正的评论，这一些都是别的地方所缺少的；而华阴控扼潼关和渭河的路口，虽然足不出户，也能见到天下的人，听到天下的事。一旦有警报，就能进山把守险要的地方，不过只有十里路那样的距离；如果有志于东南西北四方，那么一出潼关的关门，也有居高临下其势不可阻挡的便利”。因此在这里定居。
顾炎武像顾炎武生平精力过人，从少年到老年，没有一时一刻离开书本。他所到的地方，常常用二头骡二匹马装载了书籍，经过边境要塞和驻兵的堡垒，就叫来老兵向他们询问当地事情的曲折经过，凡是有跟平时听到的不符的地方，就取出随身带的书籍查对；如果是在平原旷野，就在马鞍上默读各种经书的注疏。他曾经和朋友在谈论学问时说：“一百多年来做学问的人，往往说心说性，而使人茫然得不出它的正确解释。命和仁，是孔夫子很少提到的；性和天道，是子贡所没有听到的。性命的道理，在《易传》有所提到，而未曾屡屡告诉别人。他回答问学的士人，就说‘行己有耻’，做学问，就说‘好古敏求’。孔子告诉鲁哀公要取得聪明善良的成效，首先是博学。颜回几乎是圣人，还说‘博我以文’。从曾子以下，笃行诚实没有超过子夏的，谈到仁，就说‘博学而笃志，切问而近思’。现在的君子却不是这样，聚集起几十上百宾客学生，和他们说心说性，舍弃多学习而增长知识，却求得用一种道理贯穿於事物中的方法，把天下的困苦贫穷搁置一旁而不述及，却在讲什么危言微旨精粹纯一，这难道是他们的思想学说都比孔子高明，而他们的学生都比子贡贤良吗？《孟子》这本书里，说到心和性时都是教诲不倦，乃至于万章、公孙丑、陈代、陈臻、周霄、彭更等提出的问题，和孟子的回答，常常在于进退去留辞受取予之间。因此性、命、天这些道理，孔子很少谈到，而现在的君子却时常谈起。进退去留辞受取予的辨别，孔子、孟子常常谈到，而现在的君子却很少谈起。我认为圣人的主张怎么样？就是‘对礼乐制度的学识广博，凡自己认为可耻的事就不去做’这样的两句话。从自我一身以至于天下国家，都是要学习的事。从父子君臣兄弟朋友以至于进退去留辞受取予之间，都存在是否可耻的事。作为读书人而不首先说是否耻辱，就是没有根基的人；不是好古多闻，就是空洞的学问。没有根基的人去讲空洞的学问，我看他每天声称从事于圣人的言行，而离开圣人的言行更远了。”
顾炎武的学术，大抵主张抑制徒有浮华而注重实际。凡是国家的典章制度、郡邑掌故、天文仪象、河漕兵农之类，他无不深究事物的始末，考证得失，著有《天下郡国利病书》一百二十卷，另外有《肇域志》一编，是在考证求索之余，将文字和地理图合在一起所写成的。他精通音韵学，著有《音论》三卷。谈古韵的，从明朝的陈第起，虽然从荒芜中开创了道路，但是还不够深邃严密。顾炎武便从经传中推索寻求，追溯事物的根本。在他的《诗本音》十卷一书中，主张陈第的诗没有协韵的说法，不和吴棫的本音说争论，他不采用吴棫的例子，但就《诗经》本书中的韵律相互考证，并用其他书做证明，说明古音原来就是这种读法，不是由于迁就而改变的，所以称为本音。又如《易音》三卷，就是根据《周易》以求古音，考证精确。又《唐韵正》二十卷、《古音表》二卷、《韵补正》一卷，都能上溯恢复夏、商、周三代以来的音韵，分门别类而知道它的演变。又著有《金石文字记》、《求古录》，和经书历史相互证明。而他的《日知录》三十卷，尤其是造诣精深的书，是积累了三十多年的心得所写成的。书中论及治理时能综合事物的名称和实际加以考核，对礼仪教化尤其小心谨慎。认为风俗衰败，廉耻的堤防就会崩溃，从没有礼仪这一点来权衡，常常要用古代的制度作为天下的楷模。顾炎武又因为杜预的《左传集解》中常常出现错处，便写成《杜解补正》三卷。顾炎武其他的著作有《二十一史年表》、《历代帝王宅京记》、《营平二州地名记》、《昌平山水记》、《山东考古录》、《京东考古录》、《谲觚》、《菰中随笔》、《亭林文集》、《亭林诗集》等，对学术和社会风气都很有补益。清初号称学有根底的，以顾炎武为最著名，学者们称他为亭林先生。
顾炎武又广交贤良豪杰年老的人，虚心和他们商讨问题，对自己不满足宽容。写了《广师篇》说：“通晓有关天道人事方面的学问，根底牢固而不可动摇的，我不如王寅旭；读书为自己，探索深奥的道理洞察细微，我不如杨雪臣；独一精通《三礼》，特出的讲授经书的教师，我不如张稷若，超脱于世事之外，自得造化的奥秘，我不如傅青主；坚持到老努力学习，没有教师而自己有所成就，我不如李中孚；备尝辛苦困厄，和人世间的潮流一起沉浮，我不如路安卿；知识丰富记忆力强，饱学而有才能，我不如吴志伊；文章写得出众，为人忠心厚道，我不如朱锡鬯；好学不倦，对朋友真诚，我不如王山史；精心于六书，信而好古，我不如张力臣。至于显达而在官位、可以称赞叙述的，也有不少，然而不是我一个平民百姓所能够议论的。”
康熙十七年，朝廷下诏顾炎武举博学鸿词，又修纂《明史》，大臣们争相举荐他，他誓死不从。康熙二十七年（1688年）去世，享年七十岁。顾炎武没有儿子，吴江潘耒将他的遗书编列成序流行于世。宣统元年，顾炎武被送入文庙陪祀孔子。
经学大师汪中
汪中字容甫，江都人。7岁时丧父，家中贫穷不能到外面去读书。母亲邹氏，亲自教他《四子书》。汪中年纪稍大以后，帮助书商在市场上售书，因此读遍了经、史、百家，一看就能读出来，成了有学问而能融会贯通的人。二十岁时，被补为生员。乾隆四十二年（1777年），汪中由于才识优秀被选拔贡于京师，成为贡生，提学使者谢墉，每当贡生参加考试时另外设置一榜，把汪中的名字写在其他贡生的前面，曾经说：“我先于汪容甫的，是官爵而已，如果说学问，我应当尊他为老师。”谢墉对汪中竟如此尊崇。汪中因为母亲年老最终没有参加贡生的廷试。乾隆五十一年（1786年），侍郎朱珪主持江南的考试，对别人说：“我这次去江南主试，一定要把汪中选为第一名。”朱不知道汪中不参加考试。
汪中专意于经术之学，和高邮的王念孙、宝应的刘台拱是朋友，常常在一起讨论。他研究《尚书》，有《尚书考异》，研究《仪礼》，有《仪礼》校本、《大戴礼记》校本；研究《春秋》，有《春秋述义》；研究《小学》，有《尔雅》校本和《小学说文求端》。汪中曾经认为清朝研究古学的兴起，是从顾炎武开端的。《河图》、《洛书》假托名义进行诬陷，到胡渭时才有所减少。中国和西方的天文历算，到梅文鼎时而精深。努力专攻古文经籍中文字的，是阎若璩。专门研究汉代《易经》的，是惠栋。凡此种种都是千年以来没有流传而中断的学术，到戴震出现后才集大成。汪中本来要写《六儒颂》，没有写成。