“八五”期间，市区工业固体废弃量为356．02万吨。全市工业固体废弃物处置量为36．2万吨，平均工业固体废弃物处置率为10．17％。工业固体废弃物综合利用总量为275．63万吨，平均综合利用率为77．47％。市区有2个垃圾消纳场，垃圾运送率为100％，无害化处理率为50．8％。市区工业废弃物综合利用量为176．92万吨。1999年5月，投资2964万元兴建的碧湖垃圾处理场投入运行，实现无害化处理。2001～2005年，全市工业固体废弃物产生量为1929．82万吨，排放总量为3．64万吨。全市固体废弃物综合利用量为1222．52万吨，处置量595．3万吨，处置利用率为94．2％。2012年，全市已完成福建安砂建福水泥有限公司、将乐金牛水泥有限公司等企业废水深度治理及回用工程，以及尤溪县锦祥畜牧等畜禽养殖全过程治理项目39个，完成淘汰落后产能及结构调整项目53个。当年，全市工业固体废弃物产生量为832．93万吨，排放量为0．12万吨；固体废弃物综合利用量为680．95万吨，综合利用率为81．75％。
5．城市饮用水源地保护
“八五”计划初期，列东水厂的水源水质明显变差，超标项目增多。1998年，市政府批转下发市环保局制定的《三明市东牙溪饮用水源保护区环境综合整治方案》。1998～2000年，市区各有关单位和三元区政府先后投入资金700多万元，保护东牙溪水源。2001年经省政府批准，划定东牙溪水源保护区和白沙水厂水源保护区。2003～2004年，市委、市政府连续两年将东牙溪水源保护区环境污染综合整治列入为民办实事项目，成立由环保等15个市直部门和三元、梅列两区政府负责人组成的东牙溪饮用水源保护区环境综合整治工作领导小组。2004年，重新修订并下发《三明市东牙溪饮用水源保护区环境综合整治方案》；加强对保护区内30多家工业企业的环境监督管理，采取一厂一策实施限期治理，关停7家企业，完成1个企业异地搬迁；建设完成省道秀里线东牙溪水库的公路危险路段防护栏771米。同年，市区饮用水源地水质年达标率为90．8％。2012年，建立市区饮用水安全工作联席会议制度，对运载危及水源安全的危化品运输车辆进入306省道禁行路段实行审批；投资634万元在居阳、杜水、米洋等7个村建设农村环境连片整治示范项目。三明市区集中式饮用水源地水质年达标率为100％。
6．自然保护区
至2012年底，三明市有4个国家级自然保护区，8个省级自然保护区。
永安天宝岩自然保护区位于永安市西洋、上坪、青水3个乡（镇）交界处的石罗山，总面积1975公顷。区内有高等植物184科669属1448种，列入国家保护的有南方红豆杉、香果树、钟萼木等14种，并已发现豹、黑熊、猕猴等多种国家重点保护动物。保护区内森林覆盖率达96．8％，为闽江上游的重要水源涵养林区。1988年，天宝岩被批准为省级自然保护区，2003年6月升格为国家级自然保护区。
将乐龙栖山自然保护区位于将乐县西南部，距县城56千米。保护区平均海拔800米。区内植物种类有204科758属611种，有金钱松、长叶榧、天竺桂、半枫荷、观光木等国家重点保护树种；有国内少见的巨大南方红豆杉群、柳杉群和古老的金缕梅科大枫香、阿丁枫、山毛榉群落；有黄山松、小叶黄杞、樟、楠等珍稀树木。珍稀动物有金钱豹、云豹、猕猴、黑熊、毛冠鹿、鬣羚、穿山甲、羚羊、水獭、娃娃鱼、虎纹蛙；林中还栖息着红腹锦鸡、白鹇、环颈雉、褐林鹗、白腹山雕等21科37种珍稀鸟类。1989年5月，龙栖山被列为省级自然保护区；2004年，晋升为国家级自然保护区。
建宁闽江源自然保护区位于建宁县境内的东南部，是武夷山脉中段生态系统保护区的重要组成部分，大面积的钟萼木和南方红豆杉原生种群、独特的生物群落类型和福建闽江正源头森林植被为主要保护对象，有国家重点保护植物36种、国家级保护动物17种。全区总面积13022公顷，占建宁县总面积的7．5％。区内的严峰山西南麓海拔950米，为闽江的正源头。2000年3月，以金铙山、闽江正源为主体，整合建立闽江源自然生态系统保护区；2001年10月8日，被列为闽江源省级自然保护区；2006年2月，被批准为国家级自然保护区。明溪君子峰自然保护区位于明溪县夏坊乡龙坑村与泰宁县龙安乡交界处，总面积18060．5公顷。保护区内主要保护对象为黄腹角雉、白鹇、猕猴、穿山甲、南方红豆杉、江南油杉、花榈木、闽楠及其栖息地森林生态系统。其中，黄腹角雉为国家一级重点保护动物，白鹇为国家二级重点保护动物。
003年初，君子峰被列为省级自然保护区；2008年1月，晋升为国家级自然保护区。
三明格氏栲自然保护区位于在三明市西南26千米的莘口乡楼源、曹源两村和永安市贡川乡境内。主要保护对象是以格氏栲为主的珍贵稀有树种及与之相伴生的动植物资源、生存环境，探索格氏栲生长、发、演变的自然规律，为科研、教育、生产服务。保护区总面积1125．6公顷，有格氏栲森林66．67公顷，储材量20余万立方米，是目前世界上最大的格氏栲天然林区之一。1980年，格氏栲被列为省级自然保护区；000年，被国家林业局评为国家森林公园；2002年，被国家旅游局授予4A级旅游区。
沙县萝卜岩自然保护区位于沙县富口乡堆积坑村与山氽村交接处，总面积333．33公顷。1983年，沙县萝卜岩被列为省级自然保护区。保护区内有木本和藤本植物184种。其中，乔木98种、灌木51种、藤本植物35种。以楠木占优势的林分有20～26公顷。其中，最大的楠木胸径达76厘米，树高27米。萝卜岩保护区植物资源丰富，种类繁多，珍稀树种所占比重较大，以楠木为主的林分是省内不可多得的珍贵树种林区。
宁化牙梳山自然保护区位于宁化县北部的安远乡境内，总面积为4733．3公顷，有珍稀濒危野生动植物69种。其中，国家一级保护的野生动物有华南虎、金钱豹、云豹、梅花鹿、白颈长尾雉等5种，国家一级保护的树种有香果树、种萼木、南方红豆杉等3种。1999年2月，牙梳山被定为省级自然保护区。
泰宁峨嵋峰自然保护区位于泰宁县北新桥乡境内，距县城24千米。峨嵋峰主峰海拔1714米，是福建省第七高峰。
001年，峨嵋峰被列为省级自然保护区，保护区面积达2700多公顷。
尤溪九阜山自然保护区位于尤溪县西南部。保护区植被区属于中亚热带常绿阔叶林地带，闽中、闽西戴云山-鹫峰山北部常绿槠类林小区，具有典型的地带性森林植被-中亚热带常绿阔叶林，森林覆盖率达96％。区内分布的野生植物有171科1113种，野生动物有58科171种。2001年10月，九阜山被列为省级自然保护区。
明溪均峰山自然保护区位于明溪县东部夏阳乡紫云台。
保护区总面积1710公顷。其中，核心区688公顷。区内主要保护植物有南方红豆杉、钟萼木等。2003年初，均峰山被列为省级自然保护区。
大田大仙峰自然保护区位于大田县屏山乡许山村境内，总面积6893公顷。其中，核心区1848公顷。该区主要保护对象为国家一、二级重点保护动植物。大仙峰有主、次两峰。主峰海拔1553．4米，为大田县最高峰。2003年初，大仙峰被列为省级自然保护区。
清流莲花山自然保护区地处清流县北部，位于安砂水库的上游，总保护面积1721．9公顷。保护区森林覆盖率达00％，主要保护对象为中亚热带常绿阔叶林生态系统、国家重点保护的野大豆种群、南方红豆杉古树群及黑锥林等珍稀濒危野生动植物物种、水源涵养林。2005年12月，莲花山被列为省级自然保护区。