义和团运动虽然在帝国主义和封建势力的双重剿杀下最终以惨烈的失败而谢幕，但它有着不可磨灭的历史功绩。义和团团众用生命和热血铸就的反帝爱国壮举，在中国近代反侵略历史上写下了不可磨灭的篇章，沉重打击了帝国主义侵华势力，显示了中国人民抵抗侵略、不怕牺牲的英雄气概和不可战胜的巨大力量，正是义和团对帝国主义的痛击，粉碎了帝国主义瓜分中国的迷梦，使得帝国主义对华政策由瓜分走向保全。
从根本上讲，19世纪末20世纪初，帝国主义出兵中国的目的是瓜分中国，在中国势力范围最大的英国和俄国尤其是这样。如前所述，英国企图通过“东南互保”独占长江流域，后来又阴谋策划张之洞两湖“独立”、李鸿章两广“独立”；俄国在参加八国联军，联合剿杀义和团运动的同时，还直接出兵中国东北，并试图将中国的新疆和蒙古囊括在自己的殖民统治之下；德、日、法也在积极谋取更多的侵略权益，其最终目标就是准备瓜分中国，而在义和团运动之前，帝国主义分子吹嘘只要有一万名现代化的军队就能够横行全中国。但是，义和团在同八国联军作战过程中的英勇无畏表现，使他们深刻认识到，中国无论怎样积贫积弱，毕竟有着五千年的文明历史，在这个漫长的历史时期，中华民族已经形成了牢不可破的民族凝聚力，尽管眼前的中国好似一盘散沙，但毕竟与小国不同，列强没有能力直接对这个国度彻底瓜分，直接进行殖民统治，这只会大大激起中国人民反抗的决心和意志，义和团运动十分清楚地证明了这一点。列强也深切知道，中国目前似沉睡的雄狮，要想让其继续酣睡，最好的办法就是不要过度加以刺激，而只能采取更为缓和的侵略措施，如同瓦德西在给德国皇帝的上书中，分析在中国实行保全主义政策的原因时指出的那样，“无论欧美日本各国，皆无此脑力与兵力可以统治此天下生灵四分之一也”，“故瓜分一事，实为下策”。总税务司赫德当时写了一篇《中国实测论》，说中国人已经“大梦探觉，渐有‘中国者中国人之中国也’之思想……自今以往，此种精神必更深入人心，弥漫全国”。鉴于这种分析，赫德也提出不宜瓜分，只能先维持现状，以免激起中国人更大的反抗，他认为“中国地土广阔，民气坚劲……吾故谓瓜分之说，不啻梦呓也”。美国基于其一贯的设想，更不同意马上瓜分中国，因此在1900年7月，当联军已经在天津作战时，就向各国发出关于“门户开放”的第二次照会，要求列强在华机会均等，反对一国独占。对此孙中山亦指出，“庚子、辛丑以后，中国人的脾气，被帝国主义者认识清楚了些。知道一味的强硬手段，还不济事；必须用些柔和方法，才能将爱和平讲礼貌的中国人压伏得住”。列宁也在1900年底写就《中国的战争》一文，明确肯定义和团是“中国的起义者”，并有力驳斥了八国联军侵略中国是什么“黄种人敌视白种人”“中国人仇视欧洲文化和文明引起的”无耻谎言，明确指出：“是的，中国人的确憎恶欧洲人，然而他们究竟憎恶哪一种欧洲人呢？并且为什么憎恶呢？中国人并不是憎恶欧洲人民，因为他们之间并无冲突，他们是憎恶欧洲资本家和唯资本家之命是从的欧洲各国政府。那些到中国来只是为了大发横财的人，那些利用自己的所谓文明来进行欺骗、掠夺和镇压的人，那些为了取得贩卖毒害人民的鸦片的权利而同中国作战，1856年英法对华的战争的人，那些用传教的鬼话来掩盖掠夺政策的人，中国人难道能不痛恨他们吗？”孰是孰非，泾渭分明，人们还有什么理由一味指责义和团的“盲目性与落后性”，甚至将其斥之为“历史的倒退和反动”呢？
尽管义和团运动本身对帝国主义的反抗是正确的，但同时需要指出的是，限于阶级的局限性，义和团在反抗斗争过程中采取的一些方式、手段是落后的，比如讹言的传播往往成为联系会众、揭露西方侵略罪行的有力武器，这是不应该的。这一时期，讹言十分盛行。在义和团兴盛之初，为了使民众相信西方传教士的歹毒，一些荒诞的讹言不断出现并广为流传，如在人家门上洒血，可使得“逾七日阖家癫狂”；“剪黄纸人夜间放闾巷”，可使“亿兆华人悉被其戕”；以“黑风口（以布皮为兽形咬人）”宵纵街市，可使“男妇长幼被咬溃烂渐至殒身”等等，而传扬的有效破法，对洒血可以“用石灰、人溺以涤之”；对“黄纸人”可以“于屋扉窗棂置水盂以破之（纸人见水即坠于内）”；对“黑风口”可以“示人各执皮鞭以御之”，或是将皮鞭“悬挂房院，伊亦畏避”。此外还有传言说洋人洋教方面惯用妇女经血、阴物和裸体施以“邪术”，如“教士以女血涂其屋瓦，并取女血盛以盎，埋之地，作镇物，故（义和团）咒不能灵”。当时还广泛流传的洋人为了制照相机、配药炼银，为了牟利，甚至不惜害人，挖人眼睛：“一是可配置一种妙药，用以点铅成银，一百斤铅可出银八斤，其余九十二斤仍可卖回原价；二是可以用以制镜，将他和草药、胎丸配在一起捣成糊状，涂在玻璃上，便成了照人‘眉目丝毫尽肖真’的绝好镜子。借此可获得重利；三是应用于制作电线；四是用于照相。”对此鲁迅在其文中亦有记载：“我曾旁听过一位念佛的老太太说明理由：他们挖了去，熬了油，点了灯，向地下各处照去，人心总是贪财的，所以，照到埋着宝贝的地方，火头便弯下去了。他们当即掘开来，取了宝贝去，所以洋鬼子都这样的有钱。”我们现在觉得这是无稽之谈，但在当时反洋教论调中却十分盛行。
此外，义和团的反抗运动中还存在着极其浓重的迷信色彩。当时义和团的斗争中不可缺少的环节就是念咒降神，宗教迷信色彩极为浓厚。他们用画符、念咒、请神等落后的迷信方式使作为斗争手段的武术拳棒披上了迷信的色彩，在神秘的宗教仪式掩盖下，向世人展示自己的“神术”，并广为流传，不仅民众大都信服，而且清朝的决策阶层也深信不疑。自称能练成“神拳”“刀枪不入”，以此增强对敌斗争的信念，巩固组织，利用宗教团结和组织群众，在旧式农民斗争中虽也屡见不鲜，但义和团又有所不同，义和团讲求“神术”，有关传闻特别盛行。如庚子年间居于北京的“仲芳氏”（其人字仲芳，姓名不详），在一篇文字中记载下“哄传”义和团的诸多“神术”：其“善用遁法，山岭城垣不能阻挡”“无论相离千数百里，此处焚表呼唤，彼处立时便知，人亦顷刻而至，比电报尤速”“有砂锅会，煮一锅之饭数十人食之不尽”，“能避敌人枪炮，团民用手一指，对阵枪炮即不过火，不能发声”，“刀枪炮弹不能伤身，枪炮子至身即落，皮肤毫无痕迹”，有“焚烧之法”，可指点火起，而且只烧欲烧之处，“四面指画，火即不能延烧四邻”，又有“御邪”之法，“令各家用红布缝作小口袋，内装朱砂、绿豆、茶叶等物，或钉门头上，或带身上”。有人仅对当年“联军进攻天津时”，直隶易州一地盛传的异事就列举了下述多项：“独流镇一小儿，年十二岁，能跃丈余高。刘永福之妹是大仙姑，董福祥之妹是二仙姑，能用红头绳或红绒线拴上两个石碌碡，挑在一根谷草上飞跑。董福祥大帅会分身法，能同时出现于三处阵前，大破洋兵。官府验证豹泉社义和团时，河南来的和尚师父有法术，用油锅炸他，被他用隐身法走脱，官府却错炸了自己两个长随。裕总督蔡村自尽后显圣。”
此外，义和团众所请的“神”“仙”，五花八门，并没有统一的“神”“仙”。关于这一点，在义和团运动的揭帖、咒语中可见一斑，如“天灵灵地灵灵，奉请祖师来显灵。一请唐僧猪八戒，二请沙僧孙悟空，三请二郎来显圣，四请马超黄汉升，五请济颠我佛祖，六请江湖柳树精，七请飞镖黄三太，八请前朝冷于冰……”这些“神”“仙”，大都是封建统治者可承认的，又或是封建统治者所推崇的历史人物以及神话小说中的角色。例如洪钧老祖、骊山老母、关公、张飞、孙悟空、猪八戒等等，这一方面充分表明其组织上的分散性，因为没有统一的组织，也就不会有统一的神；另一方面也反映了他们的斗争目标主要是帝国主义侵略者，是民族敌人，因而可以利用为统治者所承认的“正统”的“神”，“而不被视为“异端”。义和团的这种做法便于建立和扩大组织，使之得到迅速发展，不可否认的是，同时也为封建势力的混入提供了便利，结果造成了组织的不纯，不能有效防止地主阶级从内部进行破坏。
需要指出的是，虽然义和团在斗争中暴露上述弱点和局限，比如在思想上的混乱，信奉民间传说中的各种神灵，不加选择，不计种类，迷信神灵附体便可“刀枪不入”；在组织上松散，缺乏严密的统一指挥；行动中也曾在“灭洋”口号的鼓动下，出现烧教堂、拆铁路、毁电线等盲目举动，甚至接受清朝政府的“抚而用之”，充当封建顽固派“盲目排外”的工具，但义和团运动在反帝过程中激情洋溢、不怕牺牲，不惧危险，表现出他们强烈的爱国激情和英雄气概。虽然也正是这种狂热性使他们在行动上往往丧失理智，肆意进行暴力破坏，这些是有待商榷的，但有一点我们必须认识到，今天的我们不能苛求当时的义和团民众在反抗过程中有先进的理论指导，有先进的反抗手段和措施，在长期闭关自守、自给自足的中国大地上，朴实无华的中国农民用自己的爱国热情谱写了一曲反抗之歌，是鸦片战争以来民族觉醒的重要步骤之一，虽然在当时的历史条件下并没有也不可能找到正确的救国道路，但却显示了中国人民的力量和尊严，中国人民也从抗争失败中，进一步认识到帝国主义和清政府凶残、腐朽的本质，从而开始寻找并投身另一场新的革命运动中去，从这个意义上讲，义和团运动也是康梁领导的戊戌维新运动和孙中山领导的民主革命运动之间不可忽视的中间环节，诚如志在“排满”的革命党人章太炎指出的那样，“自亡清义和团之变，而革命党始兴”，义和团运动为辛亥革命的发生乃至共产主义在中国的传播奠定了广泛的民众基础。
总之，义和团运动的爆发是帝国主义以武力为后盾对中国政治、经济、文化实行残酷侵略的背景下，在中国面临瓜分豆剖、民族危机严重的情势下，中国社会最底层的普通民众出于民族大义，不怕牺牲，率先进行的一场反侵略的伟大爱国之举，他们在斗争过程中所表现的爱国主义、英勇反抗的精神是中华民族宝贵的精神财富，他们进行的斗争归根结底是正义的。