清政府对外妥协、对内反动的性质决定着以慈禧太后为首的顽固派并不是要与帝国主义血战到底，看到义和团不断失利之后，即开始牺牲义和团，对义和团进行镇压，同时向西方列强示好，要求同列强进行谈判。正是在这一政策的指导下，早在北京陷落之前，李鸿章就被任命为全权议和大臣与各国谈判。8月24日，清廷发布上谕，允准李鸿章便宜行事，会同庆亲王奕劻共同办理“和局”。慈禧太后为谋求列强对她的“宽恕”，9月7日，发布“剿匪”上谕，正式宣布“痛剿”义和团。9月25日，慈禧太后又宣布惩处放任义和团的载漪、载勋、刚毅、赵舒翘等亲贵重臣，并加派亲英、日的刘坤一、张之洞参与谈判。
随着战局的结束，列强在华矛盾也马上显露出来。俄国出于要将中国东北占为己有的目的，故意摆出一副“友好”的姿态，承认李鸿章为清政府的议和全权代表，主张立即撤退各国在北京的占领军，开始议和。法国作为俄国的盟友，对俄国的提议在一定程度上表示接受。英国则反对俄国的主张，不承认李鸿章为议和代表，反对联军从北京撤兵。德国由于妄图进一步侵占烟台，控制山东，因此也反对立即撤兵及议和。日本因与俄国争夺中国东北有矛盾，支持英国的主张。美国乘机提出了《第二次门户开放宣言》，附和俄国的主张。结果，英、德、日向俄、美、法作了妥协，承认“皇太后（慈禧）为合例”，并接受李鸿章为议和代表，同意与清政府进行议和谈判。
1900年10月，议和谈判才正式开始。但与其他议和谈判所不同的是，这次谈判主要不是在帝国主义列强和清政府之间，而是在列强之间进行，在将近一年的谈判过程中，除了少数几次会议是各国代表与清政府全权大臣会见，听取他们对各国提出的要求和意见以外，绝大部分谈判都是在没有中国代表参加的情况下进行的。谈判各国都希望根据各自的利益加以协调，以为自己的进一步侵略创造条件。
侵入中国的各个帝国主义国家经过一番争吵之后，拿出了一个十二条的议和大纲。1900年12月24日，除了参加武装侵略中国的俄、英、美、日、德、法、意、奥八个国家以外，又加上比利时、西班牙和荷兰，向清政府共同提出“议和大纲十二条”，声称这些条件“无可更改”。这个“大纲”，基本上成为后来正式和约的主要内容。李鸿章等将议和大纲的主要内容电告逃到西安的慈禧，这个大纲寄到西安之后，慈禧太后一拿起来就紧张地查看“惩办祸首”这一条，发现里面没有她的名字，她心里这才一块石头落了地。如获大赦，大喜过望的慈禧太后立刻颁布了《各国和议十二条大纲也已照允通谕天下旨》的“上谕”，其中说：“今兹议约，不侵我之权，不割我土地，念列邦之见谅，疾愚暴之无知，事后迫思，惭奄交集。”诏报奕劻、李鸿章马上准约，为了感激洋大人的“宽宏大量”，她马上表示“所有十二条大纲，应即照允”，同时还要“量中华之物力，结与国之欢心”，指令李鸿章等照这个议和大纲去订立和约。
此后，列强又在“惩凶”和“赔款”问题上进行了激烈的争吵，直到基本满足各国要求后，才通过了最后议定书，清政府对此表示全部接受。1901年9月7日，奕劻、李鸿章代表清政府，与俄、英、美、日、德、法、意、奥、比、西、荷11个国家公使在中外和约上签字。1901年是农历辛丑年，因此习惯上将这个丧权辱国的条约称作《辛丑条约》。除正约外，还有19个附件，主要内容是：
（一）清政府向各国赔款白银4亿5千万两，分39年还清，加上年息四厘，实际共达9亿8千2百多万两。各省地方赔款还有2千多万两。这项赔款史称为“庚子赔款”，列强按照所谓“损失”多少分赃，其中沙俄得款最多，有1亿3千多万两。“庚子赔款”是自鸦片战争以来最大的一次赔款，以海关税、常关税、盐税作为担保，各通商口岸50里以内的常关，也由海关总税务司管辖，从此，中国的关税和盐税都由帝国主义控制。这样，清政府的所有财政收入，除田赋外，几乎所有税收都由签约各国所控制，中国的财政经济命脉进一步为帝国主义所操纵。尽管如此，这些仍旧不足以应付如此巨大的赔款数额，于是清政府强迫各省每年共摊派2千万两，作为赔款之数，而各省官吏不仅将这些沉重的负担统统转嫁到劳动人民和工商业者身上，而且还乘机加摊加派，肆无忌惮地盘剥、勒索以自肥，使中国人民更深地陷入被剥削被奴役的苦难深渊，中国社会经济遭到空前严重的破坏。
（二）《辛丑条约》第七款规定，在北京设立一个由各国自行管理的使馆区，各国有权在使馆区内驻扎军队，自行设防。同时规定，中国人一律不许在区内居住。整个使馆区占地约二百英亩（即东交民巷），地界内的所有公私住房均由各国使馆征用或强行拆毁。列强在使馆四周筑起高墙，设炮位、枪孔。墙内建了俄、美、法、德、英、日、意七国兵营，使馆内自设警察，中国军警一律不准穿越使馆区。在北京设立“使馆区”，中国人民不准在这个区域内居住，帝国主义各国则可以在这里驻兵，所谓“使馆区”实际上已经成为独立于中国司法及行政系统之外，不受中国政府管辖的“国中之国”，中国的主权遭到严重侵犯。
（三）大沽炮台以及从北京到大沽沿路的炮台“一律削平”，从北京到山海关铁路沿线山海关、秦皇岛、昌黎、滦州、唐山、塘沽、军粮城、天津、杨村、廊坊、黄村等十二个战略要地（列强在上述地区的驻兵权一直持续到抗日战争爆发）准许各国派兵驻守。《辛丑条约》的这些规定，使战略上十分重要的京津一带成为不设防地区，北京的大门向帝国主义国家彻底敞开。这些条款，不仅有损中国主权，而且极大地破坏了中国的国防力量。1902年7月，列强在交还天津时又与清政府约定，中国军队不准进入或驻扎天津周围20里以内，即使设在天津的直隶总督衙门的卫队人数也不得超过300名，这样，侵略者可以随时对清政府进行军事控制，直接镇压中国人民的反帝斗争。
（四）惩办在义和团运动中和帝国主义作对的“首祸诸臣”，最后被定罪96人，分别被判处死刑、终身监禁、革职抄家、永不叙用等刑罚；在外国人遇害受辱的城镇，停止文武各等官员考试五年；今后永远禁止中国人民成立或加入任何具有反帝性质的组织，“违者皆斩”。清朝地方管理所属境内如再有“违约行为”，必须立时弹压承办，否则“即行革职，永不叙用”。《辛丑条约》第一和第三款分别规定，清政府对德国公使克林德和日本使馆书记生松山彬被杀事件表示“惋惜”清政府专门委派醇亲王载沣和户部侍郎那桐赴德日两国“致歉”。条约第十款规定，永远禁止建立仇视和反对帝国主义的组织，“违者皆斩”，各省文武官员所属境内“如复滋伤害诸国人民之事，或者有违约之行，必须立时弹压惩办，否则该管之员，即行革职，永不叙用，亦不得开脱，别给奖叙”。从此清政府更唯列强之命是从，成为列强镇压中国人民反帝斗争的有力工具。
（五）改总理衙门为外务部，“班列六部之前”，指定由皇族亲贵担任大臣，办理今后对帝国主义的交涉。《辛丑条约》第十二款规定，将总理各国事务衙门，“按照诸国规定，改为外务部，班列六部之前”，专办外交。列强之所以如此“提高”外务部的地位，无非是将其变为迅速贯彻各国旨意之机构。
《辛丑条约》是帝国主义强加给中国人民的又一副极为沉重的枷锁。帝国主义列强通过这个条约，从政治、经济、军事等方面对中国进行严酷的控制和勒索，使中国的主权丧失殆尽。《辛丑条约》的订立，使帝国主义勒索到巨额赔款，加剧了中国人民的贫困和社会经济的衰败。这笔巨额赔款，按当时中国人口计算，平均每人摊一两银子，是中国历史上最大的一次赔款，也是帝国主义对中国空前大规模的勒索，中国社会经济陷于崩溃的边缘，外债永无还清之日。中国的海关税、常关税和盐税全部被帝国主义控制，清政府除了田赋以外，几乎别无财政来源，因此也加紧搜刮人民，使广大劳动人民陷入苦难的深渊。帝国主义侵略军长期驻扎在中国的战略要地，严重破坏了中国的主权完整和国防安全。设置特殊性质的使馆区、以武力为后盾的公使团，成了清政府的太上皇，改变了清政府外交机构的地位和性质，使之更适合帝国主义向中国勒索、发号施令的需要和要求。禁止中国人民的反帝斗争，企图摧毁中国人民要求独立自由的民族民主运动，以达到永远奴役中国人民的目的。
这一条约还不同于以往的不平等条约。一方面，条约没有规定割让领土、开放口岸的条款；另一面，却进一步设立军事据点和占领区。它表明，这一时期帝国主义列强侵华具有新特点，标志着中国半殖民地半封建的统治秩序已经完全确定下来。
《辛丑条约》的签订标志着中国完全沦为半殖民地半封建国家，帝国主义列强通过此条约在中国获得了更多的侵略权益，同时大大加强了列强在华的势力和影响，加强了其对中国社会政治、经济、军事的控制，使清政府彻底成为帝国主义侵华的便利工具。
《辛丑条约》签订后，慈禧太后以及其他逃亡人员看到西方列强的追究责任名单后，尤其是慈禧太后看到自己不在名单之列后，按列强旨意返京。1901年10月6日，她带着光绪帝及一班文武官员，由西安回銮，出潼关，越黄河，经洛阳，过开封，然后在正定改乘火车，于1902年1月7日回到了北京。而此时西方各国驻京公使一方面已经达成一致，逼迫清政府签订了《辛丑条约》，获得了巨大的侵略权益，各国的胃口已经基本得到满足，另一方面，经过义和团运动，西方各国已经改变对华政策，由原来的所谓“瓜分”政策转到《辛丑条约》后的“保全”政策，即保持清代满洲贵族的统治地位不变，在此基础上获得更大的侵略权益，并通过顺从的清王朝来达到实现其殖民统治的目的，因此，慈禧太后回到北京后，各国驻华公使马上表现出非比寻常的“友善”和“亲切”。西方列强的这一态度转变，更让西太后感激涕零，在召见各国公使时一再对义和团给各国使馆带来的“损害”表示歉意，并开始迎合西方列强的想法，在内政外交上积极加以改进，将“量中华之物力，结与国之欢心”发挥到了极致，这样，清廷成了洋人的朝廷。
在晚清随后的十年里，从中央到地方，统治集团的要员们无不将洋人奉若神明。一个帝国主义分子在描述《辛丑条约》签订后清政府与洋人的关系时写道：“多少年来，我们在北京或中国的地位，从未像今天这样高。我们与清朝官员的联系也从未像今天这样密切……袁世凯多年来比任何其他官员和我们的联系更密切。他跟我们商议之频繁、请教之谦恭，是暴动（指义和团运动）前不曾有的。”由此可见，清政府同外国侵略者之间的关系已经到了水乳交融的程度，甚至在列强争夺在华势力范围发生冲突时，清政府也能对发生在自己国土之上的帝国主义战争（如日俄战争）保持“中立”，充分表明《辛丑条约》签订后的清政府已经成为为了保全自身统治、宁可出卖国家与民族利益的列强的驯服工具。