在印度河文明消失之后的漫长历史岁月中，由中亚侵入印巴次大陆的雅利安人，一直都是印度河与恒河流域广大地区的当然主人，所以近代的英国学者最早提出，是雅利安人从西北山口入侵后，导致了印度河城市的逐一毁灭。
这种观点的一个典型例证，就是在摩亨佐·达罗城内的一个居址中，发现了13具男女老幼的尸骨，上面都有被刃器伤残过的痕迹，这种暴力事件的发生，很可能就是由于雅利安人攻打摩亨佐·达罗时留下的暴行记录。学者同时还引述雅利安人的古老诗篇《梨俱吠陀》，其中提到雷神因陀罗用水淹没城市，火神阿耆尼烧毁城市，来作为雅利安人是经过惨烈的攻城掠地才成为次大陆主人的旁证。
对此种观点提出异议的人则认为，虽然在公元前1500 年以前，就有中亚和西亚各地的移民陆续迁入印巴次大陆，但他们都溶入了印度河文明的整体而成为其中的一分子，当整个印度河流域的哈拉巴文化衰亡之后，雅利安游牧民族的大举入侵才成为事实。也就是说，雅利安白种人攻掠的城镇，不过是印度河衰败城市的残余。
有考古证据表明，印度河文明的大城镇，在湮灭之前，并未发生过普遍的武力冲突现象，虽然在一些遗址，如哈拉巴和摩亨佐·达罗发现过青铜斧、矛、弯刀等武器，但都为数极少，它们仅能说明当时是存在过一些为上层阶级服务的武士，这些卫队并不足以应付大规模的战争。
还有证据表明，印度河城市的衰败是渐变的过程。印度河流域传统的各种地方文化类型，大约从公元前2 600 年到公元前 190 0年，逐渐融合成了一个独特的文化系统，就是人们常称的“哈拉巴文化”，它在彩陶、装饰品和宗教物品以及文字符号系统等特征上，都具有以城市为中心的文化统一性，这标志着这一时期印度河城市文明已达到了它的全盛期。此后，印度河城市便进入了政治和经济衰落的时代，与哈拉巴等大城市衰败形成鲜明对比的是，从印度河传统的地区，并延伸到恒河的一些地区，兴起了一些新的城邦，在文化上后者也显现了一些新的地方色彩，而这些城邦的崛起，都是发生在雅利安人的大举入侵之前。
近年来，考古学家和体质人类学家又对印巴次大陆北部、以及中亚地区遗址、墓葬出土的先民遗骨作了研究分析，也认为在公元前1700年以前，上述地区并没有大量新移民入居的证据，而这些地区，也正是后来雅利安人席卷而入的必经之路。
印度河城市的衰亡既然是与白种雅利安人的攻掠无关，这就使人们又想到了一个有关洪水毁灭世界的传说。