张之万到了江宁，他很清楚，这个案子不管怎样审，怎样结，都是两头不落人。审不出主使人，马家不愿意，朝廷更不满意；审出主使人，这些人也可能把自己“做掉”，岂不更悲？于是他与将军魁玉和当时江苏的布政使梅启照密谋，最后他们彼此通过一番言谈，心照不宣地达成了一致，这就是往下拖。因为这个时候他们已经知道，曾国藩要重回两江，他是湘军首领，不管怎么审，都比他们审要好得多。
张之万采取拖延战术，在江宁连审数日，并没用刑。马新贻的亲信、参与会审的孙依言、袁保庆十分不满。袁保庆时任营务处总办，平日抓散兵游勇，颇为严厉，是马新贻的亲信之人。那孙依言与马新贻也处得不错，马新贻对其有知遇之恩。两人对马新贻之死耿耿于怀，不追出主使的人来，决不罢休，于是极力主张张之万对张汶祥严刑讯究。张之万不软不硬地说：“案情重大，不便徒事刑求。偿未正典刑而瘐死，谁负其咎”。就这样张之万一边慢慢地审理，一边耐心等待调补两江总督的曾国藩的到来。
对这样一种情况，朝廷也早有所顾及，所以早在张之万在路上的时候，朝廷就再次下旨给魁玉，明确告之魁玉，在这个案件的审理过程当中，一定要抓紧时间，绝不能够心存由大化小的心态，更不能够因为借口等待张之万而稍有迟缓。
到了十月月十二日，张之万才送出第一道奏章：“该犯张汶详自知身罹重解，凶狡异常，连讯连日，坚不吐实，刑讯则甘求速死，熬审则无一言。既其子女罗跪于前，受刑于侧，亦复闭目不视，且时复有矫强不逊之词，任意污蔑之语，尤堪令人发指。臣又添派道府大员，并遴选长于听断之牧令，昼夜熬审，务期究出真情，以成信谳。”同时与魁玉联衔报告，质讯中军副将喻吉三，以及武巡捕候补都司叶化龙等，追究防护失职之责。
由于张之万、魁玉拖延太久，朝廷震怒，下谕旨责问张之万和魁玉，怎么还没有结果？而且案子拖延不结，招致了更多的传闻物议。那么朝中的一些所谓的严官，如给事中等也都纷纷上折，认为朝廷指派的这两个人太不尽责了，张之万、魁玉一时成了众矢之的。
迫于压力，到了这一年的闰十月二十日，也就是距案发差不多有四个月之久，张之万和魁玉两个人联名上奏，向朝廷写了一道这个案件奏结的奏折。奏折中称：“凶犯张汶详曾参加了太平军，效力于侍王李世贤帐前。在离家从军期间，他的妻子被当地一个姓吴的人霸占为妻。战乱平息之后，张文祥回到家中看见妻子别嫁，到县衙投诉。县官将妻子判回给他，但是被一同占有的家财难再取回。当时，马新贻正在做浙江的巡抚，张文祥前去告状。马新贻并未受理此案，那位霸占他妻子的吴姓人借机讽刺挖苦，张文祥从此对马新贻怀恨在心。后又因为生意往来，张文祥认识了一些在浙江沿海抢劫财物的做海盗的朋友。而马新贻曾经数次出兵剿灭海盗，张文祥的朋友不免牵涉其中，这使得张文祥对马新贻又结新仇。因此张汶祥于‘本年七月二十六日，随从混进督署，突出行凶，再三质讯，矢口不移其供，无另有主使各情，尚属可信。’”张之万和魁玉认为，马新贻之所以行刺总督大人，完全是因为上述这种个人的冤仇所致。
张之万、魁玉的奏结看来还算顺理成章，但在最后却露出了破绽。人命关天的法律文书，行文时竟用“尚属可信”四字，不知是何用心。对这样四个字，朝廷看到之后，就更加的不满。说如此的一个行刺总督的重案，如此一个受到皇帝朝廷，几次三番关注的这样的一个所谓的诏命的钦定案件，怎么能够用“尚属可信”四个字就决定呢？朝廷一气之下，又发了一道谕旨：“令曾国藩于抵任后会同严讯，务得确情。着再派郑敦谨驰驿前往江宁，会通曾国藩将全案人证详细研鞠，究出实在情形，从严惩办，以伸国法”。从这里我们可以看出，此时慈禧太后应该已经得知了幕后有人捣鬼，但是她应该还没有疑心到曾国藩的身上，所以在上谕上虽然有所松动，但是还是比较严厉的。这回除了要曾国藩速回江宁外，又另委派了刑部尚书郑敦谨作为钦差大臣携随员赴江宁复审。不仅主审大员撤换，就连司员也全部更换，既显示出朝廷处理此案的决心，也反映出对前审案人员的不满和失望。
曾国藩、郑敦谨再审
八月朝廷曾下旨，要调任曾国藩重新出任两江总督，然而曾国藩却请辞。他在给朝廷回复的奏折里说了两点原因：一是，因为他百病缠身，他说自己年岁大了，而且眼疾很重，一只眼睛几乎什么都看不到了；二是，他这个时候在天津处理教案。慈禧哪里会放过他，一面给这个“中兴名臣”戴了顶高帽子，一面坚决不让他辞官。下懿旨道：“两江事务殷繁，职任綦重，曾国藩老成宿望，前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜，现虽目疾未痊，但得该督坐镇其间，诸事自可就理，该督所请另简贤能之处，著毋庸再议。”言外之意是让曾国藩必须去。
曾国藩请辞江督未能如愿，已经交出了直隶总督的关防，正预备入京请训，就在他出京之前，张之万和魁玉会衔的奏折到了，说张文祥挟仇“乘间刺害总督大员，并无主使之人”，同时定拟罪名，凌迟处死。消息一传，舆论大哗。不但舆论不满，两宫太后及朝中大臣，亦无不觉得封疆大吏死得不明不白，不但有伤国体，而且此风一开，中外大员心存顾忌，会不敢放手办事，否则就可能成为马新贻第二。于是两宫太后召见军机，仔细商量的结果，决定兼筹并顾。一方面尊重曾国藩的地位，一方面另派大员到江宁，重新开审。同时为昭大公起见，决定明发上谕，于是就有了上述的要郑敦谨会同曾国藩再审张汶祥的谕旨。
时任刑部尚书的郑敦谨，字小山，是湖南长沙人，道光十五年（1835年）进士。因他作中下级地方官的时间长，与百姓打交道的机会也多，凭着他清廉正直，勤政爱民的性子，得了一个“郑青天”的名声。同治六年（1867年），捻军渡河进入山西，山西巡抚赵长龄防剿不力，带兵的藩司陈湜，是曾国荃的姻亲，本人性喜渔色，部下纪律极坏，被捻军连连挫败。捻军在山西攻城夺镇，所向披靡。慈禧太后得报震怒，大年三十派郑敦谨出京查办。结果按查属实，赵长龄和陈湜得了革职充军的处分，而郑敦谨其铁面无私，雷厉风行的名声，立时传于朝野。
此次，上谕发抄，舆论都表示满意，期待着郑敦谨也像那次到山西查办事件一样，将这桩刺马疑案办得水落石出，河清见鱼。郑敦谨却是心情沉重，因为他是湖南人，而江宁是湘军的天下，但他又不愿借词规避。
再说这个曾国藩，他请辞两江总督未被获准，这之后他就采取拖的办法。他磨磨蹭蹭，就是不启程，似乎对回任两江毫无兴趣，其实他一直都在密切关注着江宁的事态发展。张之万与魁玉但求自保，对刺马案是一拖再拖，招致朝廷震怒。
清廷为了不激起兵变，稳固国本，一再催促曾国藩回莅湘军集团腹地坐镇，督审此案。一月二日曾国藩抵达江宁，十四日，接印视事。从清廷调他任两江总督，到他正式上任，历时三个多月。
曾国藩到江宁后，张之万急急忙忙交接完案件，就匆匆跑回清江浦去了。曾国藩很沉得住气，一直到郑敦谨抵江宁，这两个多月的时间里，从未主持过审理案件。只在郑敦谨来到的前一天，他才调阅案卷，记下有关案犯的名字。
郑敦谨到江宁的第二天，正是大年初一，也就是到了同治十年（1871年）。他此次赶赴江宁，随行带了两个得力助手，也就是刑部的两个郎中，满郎中伊勒通阿、汉郎中颜士璋。郑敦谨只歇了两天，在正月初二，他就招呼曾国藩这一应人等，开始会审张汶详一案。
等坐了堂把张汶祥带了上来，郑敦谨看他一脸既凶且狡的神色，心里便有警惕，所以问话极其谨慎，而张汶祥其滑无比，遇到紧要关头，总是闪避不答。那两名司员因为已经得到指示，也是采取敷衍的态度，一句来一句去，问是问得很热闹，却非问在要害上面。
按照郑敦谨当初的打算，他背负着“铁面无私”这样的一种社会上的清誉，他认为他一定要把这个结果审出来。可是据史料当中说，他连审了十四天，张汶祥一味狡赖，毫无确供。与郑敦谨并坐正堂的曾国藩，一直默默地听着很少发问，最后冷冷地对郑敦谨说了一句话：“将来只好仍照魁、张二公原奏之法奏结。”此时郑敦谨一切都明白了，原来他们早已设计好了。他心里凉了半截，原来这案子是不能深究的。
三月十九日，郑、曾联衔上奏，奏结比张之万、魁玉原来的定拟叙述更加详细，取供、采证、行文更加缜密，但基本内容不出前者。所不同的是：
第一，特别强调张汶详“听受海盗指使并挟私怨行刺”，“实无另有主使及知情同谋之人”；