赫鲁晓夫协助逮捕并消灭了他自己的同事与朋友。在莫斯科市委和省委党组织的38名高级官员中，只有三人得以幸免。在莫斯科地区的其他城市与地区的总共146名党委书记中，有136人，用后斯大林时代的委婉词来说，“被镇压”了。在1937年5月选举进入莫斯科市委员会的63人中，大概有45人被消灭。在莫斯科省委员会的64名成员中，有46人消失了。
赫鲁晓夫的两名个人助手，拉比诺维奇（Labinovich）与芬克尔（Finkel），遭到逮捕。S.科日特尼（Seryon Korytny）也被逮捕，他第一次与赫鲁晓夫一起共事是在基辅。一个名叫马尔哥林（Margolin）的人在基辅时曾帮助过赫鲁晓夫，与他一起在工业学院学习，后来代替他成为鲍曼区党委书记，并在莫斯科市委机构里担任他的助手。“总而言之，”赫鲁晓夫在他的回忆录中说：“几乎所有和我一起工作的人都遭到了逮捕。”
按照程序，清洗行动必须得到赫鲁晓夫签发的逮捕令。每个地区的党委书记必须对其下属的抓捕与审判进行授权，此外党委书记与当地的内务人民委员部头目及当地的检察机关一起被并称为所谓的“三驾马车”，他们拥有在不经过任何上诉的情况下执行死刑的权力。起初，内务人民委员部需要得到事先的同意才能逮捕党员，并对他们作出裁决。后来，警察头目在裁决作出前就草签命令，然后再征求他的同事们的意见。[23]
在某些案件里，赫鲁晓夫起着更为直接的作用。1937年6月27日，政治局确定了在莫斯科市与莫斯科省抓捕3.5万名“敌人”的定额，其中要执行枪决的大约有5000人。赫鲁晓夫要求将现在生活在莫斯科的大约2000名前富农消灭，以部分完成规定的定额。1937年7月10日，他向斯大林报告说莫斯科省市已经逮捕了大约41304名“罪犯与富农分子”。在同一份文件中，他自己圈定了8500名应该执行死刑的“第一类”敌人。
一位采访过当时幸存者的历史学家说，赫鲁晓夫在帮助他的朋友与同事方面做得很少，或者根本什么都没有做。[24]不过，他的确帮助过李可夫21岁的女儿纳塔利娅（Natolia）找到了一份教师的工作，尽管后来在赫鲁晓夫1938年离开莫斯科，前往乌克兰后，她被逮捕并在牢狱中度过了18年的时光。此外，虽然他在欧内斯特·科尔曼（Ernst Kolman）的姐夫被捕后要求科尔曼辞职，但他还是为科尔曼找到了新的工作。但是赫鲁晓夫不能也不会阻止甚至是他最亲密、最信任的同事被逮捕和枪决。[25]
在斯大林的授意下，莫洛托夫、卡冈诺维奇与伏罗希洛夫（Voroshilov）签署了数以百计的长长的死刑名单，为了在他们的主子面前摇尾乞怜，他们对受到镇压的人大多是胡乱编造罪名。我们可以认为，在缺乏真凭实据的情况下，赫鲁晓夫签署的死刑名单与编造的罪名相比较而言要少些。[26]秘密警察头目叶佐夫和贝利亚知道莫斯科所有的杀人场所：最高军事法庭委员会的死刑地下室；克拉斯诺普雷斯纳斯基区的瓦甘科夫斯科公墓，在那里泪流满面的囚犯为他们自己挖掘了坟墓，然后满身酒气的卫兵将他们赶了下去；内务人民委员部的科穆纳尔卡国营农场，农场位于城市以南，后来狗在地下用嘴巴拱开了泥土，寻找被害者的尸体；顿斯科伊修道院的市立火葬场，那里有数以千计的尸体被化为灰烬后埋到了一个大坑里，上面铺上了沥青。我们还可以想象一下，虽然赫鲁晓夫需要负责监督莫斯科的囚犯，但这些杀人场所并不属于他权力所及的范围。但是不管怎么说，即使他在回忆录中极力掩饰这一点，赫鲁晓夫在大清洗的记录中还是难以逃脱被谴责的。
赫鲁晓夫承认他曾经“偶然间窥见到了”大恐怖的核心运作内幕。在1937年5月莫斯科党代会期间，他提名一位颇受尊重的军队政委加入市委委员会。这位候选人刚受到了雷鸣般的掌声，突然“我接到了来自内务人民委员部的通知：‘不惜一切手段将此人拉下来。他不可信。他与人民的敌人有联系，即将被逮捕。’我们服从了这一指示，搞垮了这位候选人，但是这引起了所有代表的不安。就在第二天晚上，那位政委被捕了。”
还有一次，内务人民委员部的一道类似的命令来得太晚了，尽管赫鲁晓夫尽力操纵，然而还是没有能阻止雅麦利安·亚罗斯拉夫斯基（Yemelyan Yaroslavsky）这位老布尔什维克的当选。“这道命令对我来说太难了。”赫鲁晓夫坚持这么认为，但是更为严厉的是一位他尊敬的人给他来了一封信，指责他处理亚罗斯拉夫斯基的方式。“我不能向她解释我只是在服从命令。”
当“应被驱逐出莫斯科人的名单汇总到一起时”，赫鲁晓夫后来说，他不“知道这些人要被送到什么地方。我从来也没有问过。如果没有被告知，你只要服从命令就可以，这就是说这件事与你无关。这是国家的事情，你知道得越少越好”。
在另一次党的会议上，赫鲁晓夫宣读一份决议草案，代表们都拼命想通过相互指责异端与叛变来挽救自己的性命。“情况真是太糟了，”他后来评论说：“决议草案中充满了对人民的敌人的谴责。决议要求我们始终紧握锋利的大刀，随时准备砍向敌人，我们现在知道了这些敌人都是他们编造出来的。我不喜欢这份决议，但是我的处境也很为难。我还能做什么呢？”赫鲁晓夫在他的回忆录中说，当时“我们不知道那些被捕的人被处决了，我们认为他们只是被关进监狱，只要服满他们的刑期就可以出来了”。[27]
作为政治局的候补委员，赫鲁晓夫有权收到所有送交政治局的文件。但是他坚持说，事实并非如此，“我只能得到那些斯大林指示我需要注意的材料。大多数情况下都是与人民的敌人相关的材料：他们的证词，一大堆所谓的交代材料”。赫鲁晓夫声称他对这些材料的真实性没有任何怀疑。毕竟，“这些材料都是斯大林亲自交给我的。”
在这些材料中，赫鲁晓夫记得最清楚的是有关他最亲密的朋友被捕的事。相信与季诺维耶夫和加米涅夫没有什么关系的人是叛徒是一回事，但事涉伊奥那·雅基尔（Iona Yakir）与塞米扬·科日特尼（Semyon Korytny）则又是另外一回事。雅基尔将军曾经是他在基辅时的朋友。他们在赫鲁晓夫到莫斯科后一直保持着联系，因为雅基尔的妹妹嫁给了赫鲁晓夫的同事科日特尼。“雅基尔不管什么时候来莫斯科，他总要去他妹妹那里。”赫鲁晓夫回忆说：“我们会一起到科日特尼的乡间别墅去。”
在内战期间，雅基尔亲自处决了几位白军指挥官。他在乌克兰的农业集体化与大饥荒中没有什么过失，但是在警察开始抓捕他亲密的同事时，雅基尔坚持去狱中看望他们，他甚至在伏罗希洛夫与斯大林面前质问他们犯了什么罪。这样他就使自己的名字被列入了清算的花名册中。
到了1937年5月，随着他周围军官中间的气氛越来越紧张，图哈切夫斯基元帅本人也已供认了自己的叛国罪行，雅基尔肯定因为担忧而几近疯狂了。可以想象，当他与亲密的朋友在莫斯科的乡间别墅边散步时也没有向赫鲁晓夫透露自己的担忧，在那种人人自危的可怕时期，甚至是亲密的朋友也不能相互信任。赫鲁晓夫说，后来过了一两天，突然间“雅基尔成了叛徒，变成了人民的敌人。以前斯大林很尊重雅基尔，但是突然之间雅基尔和他的整个集团怎么就成了人民的敌人呢？”不过，赫鲁晓夫说：“当时我们还没有想到他们是造谣诽谤的牺牲品。……当时所有的指控都不会引起我们任何的怀疑。”
第二天，赫鲁晓夫在斯大林的授意下草签了自己的意见，要求中央委员会委员批准将雅基尔驱逐出党，并将他的案件移交内务人民委员部：“我，尼基塔·赫鲁晓夫，对政治局的提案投了赞成票。”即使他最终能向自己证明雅基尔是有罪的，他当时这么做也是为了保住自己的性命。“我感到很为难，”他后来说：“首先，我同情他。但其次，他们可以把我也牵扯进去，他们会说雅基尔在被捕的几个小时前还在赫鲁晓夫家里，他在那里过的夜，他们在一起散过步，肯定说了些什么事情。”[28]
至于科日特尼，他在压力之下崩溃了，心脏病发作，被同意送医院治疗。在警察将他带走的当天晚上，赫鲁晓夫去看望过他。至于他的案件也一样，赫鲁晓夫坚持说：“我也设法找到了答案。虽然我认为科日特尼是最诚实与无可指责的人，但毕竟雅基尔已经证明是‘一个变节者、叛徒与法西斯的帮凶’，而科日特尼是雅基尔最亲密的朋友。……因此很可能是我错了，他辜负了我对他的信任。”
赫鲁晓夫的女儿尤莉娅说科日特尼是赫鲁晓夫知道的很多无辜者中的一个。赫鲁晓夫自己在他的助手拉比诺维奇（Rabinovich）与芬克尔（Finkel）的案件上也差不多有同样的看法：“我甚至不能想象这两个我如此熟悉的人会真的是‘人民的敌人’。但是有‘确凿的材料’（大概是他们签字的供状）证明他们所犯的所有罪行，我没有义务反驳这些材料。”在马尔哥林的案件中，他将他的卫兵们召集在一起，对他们发表了简短的讲话：“我简直不敢想象马尔哥林是人民的敌人。”
赫鲁晓夫在他的回忆录中还有一处提到了他称为叛徒的那些人：“现在说这话也许有事后诸葛亮的味道，‘在我的内心深处，我是同情他们的’。但是当时的情况正好相反，我不仅没有在内心里对他们表示同情，反而对他们感到愤怒，因为我们当时都抱有这样一种信念，即斯大林是不会有错的。”
但是要说当时他对宣称的叛国者表示同情是不会有任何好处的。因为有如此想法就意味着他是在知道实情的情况下惩罚那些无辜的人。合理的解释应该是他不仅坚持认为他们有罪，而且还尽量找理由来证明他的做法的正确性。赫鲁晓夫在回忆录中提到的事情存在着很大的差异，因此以前一位传记作家认为“对于所有的事情，如果没有确凿的证据支持，都难以置信”。实际上，要想理解赫鲁晓夫身上存在的令人吃惊的欺人与自欺混合并非一件很困难的事情。
到了1937年，遭到指责与逮捕的党员已经波及了所有的级别，党员们痛苦地相互指责自己的同事。由于他的很多下属已经被内务人民委员部的审讯者扳倒，赫鲁晓夫肯定会推测下一个可能会轮到他自己。在一次高级领导人都得“重新选举”的党员大会期间，马林科夫的内战历史突然引起了代表们的怀疑。赫鲁晓夫费了很大的力气才挽救了他，但是就在会议前夕，赫鲁晓夫曾向卡冈诺维奇坦白过他1923年与托洛茨基主义的关系。
卡冈诺维奇听到赫鲁晓夫的坦白后脸色苍白（知道赫鲁晓夫的所有罪行都是他自身记录中的污点），于是催促他向斯大林说出这些事情。斯大林在他的办公室里接待了赫鲁晓夫，只是简单劝告他在党员大会上不要提及这件事。但是莫洛托夫，当时就在斯大林的旁边，认为赫鲁晓夫最好还是在公开场合坦白，斯大林点了点头。“是的，”斯大林说：“最好还是说出发生的事情，因为如果你不这样做，他们可以用此事纠缠你，他们会不断地质问你，也会不断地给我们写来报告。”
赫鲁晓夫是多么的幸运啊！突然之间，一直痛苦地折磨着他的历史隐痛简单地化成了“纠缠”与“报告”。由于事先得到了一位握有实权者的保证，赫鲁晓夫在大会上供认了他的犯罪行为，并补充说斯大林同志、莫洛托夫同志、卡冈诺维奇同志以及政治局的其他成员已“知道我犯的错误”，但他认为有必要让“我们的莫斯科党组织也知道这件事”。不出所料，他的“坦白”赢得了大家的掌声，并立即被重新选入党委，这一结果“进一步增强了我对斯大林的信任，让我进一步相信那些被逮捕的人真的是人民的敌人”[29]。
不过，斯大林给他的东西同样还可以拿走。有一次在克里姆林宫内散步的时候，斯大林告诉赫鲁晓夫，最近被捕的邮电与电报人民委员尼古拉·安季波夫（Nikolai Antipov）告发了他。斯大林看着赫鲁晓夫的眼睛，等待他做出反应。“我想，刚好当时我的眼睛里没有流露出任何与安季波夫有关联的神色。如果他从我的眼睛里看出有什么问题的话，那我就会在当时当地成为又一个新的人民的敌人。”
保护自己是容许的，但为其他人就不一样了。拒绝签署死刑命令意味着赫鲁晓夫和他的家人的迅速消亡。就像后来问到赫鲁晓夫是否签署过死刑名单时莫洛托夫所说的那样：“他当然签了。否则他就不可能得到提升。任何明白人都能看出来。”