从5月到9月，张良起、汪浩和陈启智分头带领专业调查组到各个系进行为期5个月的调查研究，对全校专业再进行调整，最终确定国防科大建立9个系、25个本科生专业，并设立研究生院。至此，国防科大基本上完成了按学科设系和专业的过程。
9月下旬，秋色初露。校党委召开领导班子调整后的第一次党委扩大会议，“两个中心”成为会议的中心议题之一。
回顾哈军工创建之初，陈赓的教育思想中已有把哈军工办成全军的教学和科研中心的内涵，但是在当时的历史条件下，哈军工的主要任务是培养军事工程技术干部，提高教学质量是压倒一切的迫切任务，因此哈军工党委提出“以教学为中心，积极开展科学研究”的方针是完全正确的。南迁之后，面对被“文革”动乱严重破坏的教育体系，人才培养处于青黄不接的断档状态，校领导继续沿用哈军工的办学方略，千万百计提高教学质量，无疑也是正确的。20世纪70年代的10年困难期，学校号召教员积极开展科学研究，在七机部的大力支持下，国防科大科研成果硕果累累，“银河精神”大放光芒。
在改革开放的新形势下，国防科大已经具备科研大发展的条件，要更好地提高教学质量必须大力加强科学研究，不把学校办成“两个中心”，就谈不上把学校办成“一流大学”。
尽管会议上也有不同的意见，如有的同志提出“以教育为中心”，以提醒全校人员对自己在“育人”方面的责任感。校党委最后采纳大多数人的意见，明确国防科大“既是教育中心，又是科研中心”的办学方针。张良起对大家说：“科研本身也是育人。”
国防科大在“两个中心”的指导思想下采取一系列措施，开展学术研究，活跃学术空气，拓宽科研渠道，加强国内外的学术交流；同时推动研究生和高年级学生成为科研的重要力量，并成立跨系、跨学科的研究中心。几年下来，国防科大的教学和科研取得令人惊讶的业绩，教学和科研形成相辅相成的良性循环。仅看1984年一年就喜讯不断：国务院下达的第二批博士、硕士学位授予单位中，国防科大就获得11个；国务院批准全国22所重点高校试办研究生院，国防科大作为唯一的军校名列其内；国务院批准包括国防科大在内的四所大学列为国家重点建设项目；电子系、精密机械系、计算机研究所的科研成果，特别是高伯龙教授的激光陀螺，先后通过了技术鉴定，后来均获得国防科工委科技进步一等奖。而邓小平发布的授予计算机研究所集体一等功的命令，把国防科大的科研丰收庆功活动推向了高潮。
作为一个教育家，张良起不仅尊师重教，广开言路，从善如流，大力倡导学术民主和自由，更是以人为本，把博大的爱心献给他的学生们。张良起就像当年的陈赓，须臾离不开年轻学子。新生入学军训两周后，学生队拉至东郊某靶场实弹射击，他亲临靶场，并与学生一起持枪卧地射击。他常找学生谈话，把握学生的思想脉络。一次在系里调研，听到少部分学生生活困难，有的学生常常只吃馒头和咸菜，他的眼睛湿润了，迅速指示要做好助学金和困难补助的发放工作，不能扔下一个学生。
1985年夏，中国的五所交通大学商定在美国旧金山联合举行北美校友会，以期扩大与海外交大校友的联系。张良起、曹鹤荪和王正志三位国防科大教授应邀赴会。
北美交大校友会之后，张良起等三人从西到东，考察了美国多所着名的大学，会见了美国科技界和工程界的华裔精英林家翘、田长霖、王安、林同炎、施振荣等。在结束访美行程前，他们又从纽约沿哈德森河北上，访问在美国最负盛名的陆军军官学校——西点军校。
西点军校的校长邀请张良起等三人到家里做客，宾主双方进行了友好的交谈。
这是中美两国最着名军校的领导人第一次历史性的会面。
国防科大是否从此就一片坦途了呢？也不尽然。张良起、汪浩任内，发生了学校领导体制的危机，国防科工委对国防科大毕业生大多去了国防工业部门深表不快，准备把这个“儿媳妇”当女儿嫁出去，航天部也巴不得收国防科大于自己的旗下。国防科大刚刚穿军装没几年，难道又要脱军装？这对哈军工人的感情将是一大打击。张良起、汪浩等几位校领导忧心忡忡，为了学校的生存而四处奔波。他们到北京找老校长张衍商量，请老将军帮助国防科大讲话。1984年底，中央军委顾问李志民老将军来国防科大视察，张良起和汪浩专门为学校的体制问题向老将军汇报，请求支援。李志民态度明确：“国防科大再不能转业了，你们写报告，我往上送。”
在哈军工的办学历史上，最大的教训就是一个“左”字，来自上面过多的强力干扰而使学校处于动荡不稳的状态，这实在是办教育的大忌。自1986年到1987年，为了落实全军第13次院校会议精神，多为军队输送人才，学校组织力量到99个用人单位对600多名83届、84届毕业生进行质量追踪调查。张良起和汪浩分别带队，三次到国防科工委下属的各个试验基地、各军兵种对学校的办学方向、专业设置、毕业生的质量进行广泛的调查。他们走遍了祖国的山山水水，为的是把国防科大办成全军满意的人才库。
全军各单位及核工业部九院等国防科研单位对国防科大一片赞扬声，他们认为，国防科大按学科设置专业的方向和保持专业门类较多的特点是正确的，学校现行专业的设置与部队所需要的人才基本符合，有些专业毕业生供不应求。国防科大毕业生的特点是：政治表现好，遵守组织纪律，事业心强；基础理论和知识扎实，业务上适应性强，许多毕业生刻苦钻研，参加工作不久就出了成绩。
张良起和汪浩是在国防科大特殊转型的历史时期里上任的，治校6年半，他们传承哈军工的光荣传统，堪称一代师表。
他们为了国防科大的发展兢兢业业，临深履薄，呕心沥血。特别是在1989年夏天那场惊心动魄的政治风波中，湖南省所有高校中唯国防科大最稳定，张良起和汪浩带领全校干部、教员度过许多个忧心忡忡的昼夜，保护自己的学生平安无事。
早在1989年初，中央军委副主席杨尚昆曾做出过重要指示：“国防科大这所学校就是要办好，要办成原来哈军工那个样子。”
不久，彭真来国防科大视察，他说：“学校在培养人才和科研方面为党和国家做出了很大的贡献。我的秘书就是哈军工的学生，党和人民感谢你们，希望学校有更大的发展。”
是年6月30日，中央军委常务会议决定，为适应我军现代化建设的需要，决定将国防科大列入军队院校编制序列。
盼这一天盼了10年，以后从地方招收的学生也可以参军了。这个时候，张良起和汪浩才长舒了一口气。
1988年7月，张良起和汪浩被授予少将军衔；1990年6月，学校领导班子换届，带着人们的交口称赞，张良起和汪浩同时卸任，又恢复了学者的身份。
九、无瑕人品清如玉
从哈军工到国防科技大学的历届领导人里，若论口碑之好，张良起应该名列前茅。
即使他被历史推上高位，仍然保持着一位学者的严谨、谦和、善良、正直的品格。他淡泊名利，律己甚严，公而忘私，助人为乐。
在哈军工电工教研室的时候，他任劳任怨的敬业精神和敦厚宽容的长者风度，赢得上上下下的一片赞誉。教研室里的女教员生孩子，每天上下午要赶回宿舍为孩子喂奶，为保证时间，他就把自己新买的自行车借给这位女教员；等到孩子大了还车的时候，已经是辆旧车了。助人于困境的事情张良起不知做了多少。
说起自行车，那是张良起几十年不离身的座驾。南迁长沙后，他一直是骑车上班；当了校长，依然如故。当年张校长不论酷暑严寒骑着旧自行车穿行于校园的身影，一直铭刻在国防科大师生的记忆里。儿子张恂上大学，公交站挤满了人，他怕儿子误了火车，竟然骑着自行车驮着儿子飞奔火车站。幸好碰到国防科大的一位教授，他通知了校长秘书，才派小车追上来。
张良起是将军校长，国内外着名的科学家，位居大军区副职，一生不知道立了多少功，受过多少奖，但他功高不居，始终把自己当成一名普通的布衣教员。
有一次，他去武汉参加学术会议，返程没有买到火车坐票，按他的级别可以乘坐软卧包厢，可是他竟然买站票站到长沙。平时出差，他常自备面包、果酱、方便面，从来不去餐车就餐。
南迁后，张良起一直住在面积不大的房子里。学校条件改善后，他首先给几位哈军工的元老级教授调大房子，自己跟其他教授一样排队，由营房处按政策分配。每年春节，他必定要去拜访哈军工时期的老教师，嘘寒问暖，一直到他晚年走不动为止。
他把群众的疾苦放在心头，为了解决18名退休干部交地方安排的问题，他前后开过8次常委会，直到大家都满意。他特别制定周四校长接待日制度，倾听群众的呼声。有的女职工心里有气，激动起来高声喊叫，他也从不计较，耐心地记录和劝解，指示有关部门具体解决职工的困难。
做人，他一身正气；做官，他一尘不染；做事，他一丝不苟。
不要奖金或者迫不得已时只拿最低的奖金，是张良起一贯的行为准则。有一年，沙钰教授申报一个科研课题，上边说没有钱。沙钰找张良起帮助，最后以张校长的名义申请到经费。课题完成后，沙钰送来80元劳务费，张良起给退了回去。沙钰把钱换成宣纸，心想张校长是书法家，总不会拒之门外吧，可张良起仍然退回。沙钰生气了，买了一个几块钱的粗瓷老寿星送给他，张良起只好笑纳。他向沙钰解释说，我帮助你们申请课题，领你们开会，那是校长的职责，不能收奖金呀。
在生活上，张良起一家从来没有提过任何特殊要求。九十年代学校要为几户退休首长家的阳台安装封闭式玻璃窗，只有他家自费安装了北阳台。后来大修，他家仅更换早已不管用的暖气系统，其他全部未动。按张良起的职务，可以配一名公务员或一名厨师，但他和夫人不要，也极少麻烦秘书。有人劝他们请个保姆，夫人刘杜珍说：“我就是保姆。”在专车使用上，他限制很严，有一次老伴想用车，他说：“你这个星期不是用过一次了吗？”硬是不同意。看老伴买的东西偏少时，他说更是，买这点东西，还顶不过汽油费呢。
张良起是在中华传统教育浸润中成长的老一代学人，具有深厚的国学底蕴和艺术修养，是军内外着名的书法家。2003年7月，经中央军委批准退休后，书法成为他晚年唯一的爱好。当他静气运笔在文字挥洒中，似乎回到了痴迷艺术的青少年时代，千余字的蝇头小楷他一气呵成，一字不错。凡是校友、学生向他讨要墨宝，他有求必应；甚至全国各地素不相识的书法爱好者来函索要，他也尽量满足，还亲自到邮局用挂号寄出。2007年5月，笔者在长沙修订拙着《哈军工传》，特登门求字，请张校长题写书名。这距我第一次采访他已时过七年，他明显地衰老了，当时他正在病中，慢声细语地与我交谈，欣然应允我的请求，第二天就托杨昂岳教授将题字送给了我。张良起曾书写过一张条幅，那是陶行知先生的一句话：“捧着一颗心来，不带半根草去。”这也正是他的人生写照。
晚年的张良起心境如何？儿子张恂在进清华博士后流动站前6天突发大便血，诊断为晚期直肠癌，四个月后，儿子永远离开了他们。老年丧子的沉重打击长期折磨着老两口的心灵，一生宅心仁厚，他很少吐露自己内心的痛楚，他的眉宇间常常透出一丝忧郁。当年在哈军工，他的乒乓球打得很好，到长沙后身体一直不错，当校长那六年半超负荷的工作，硬是把他的身体累垮了。他一般不去评论国防科大后来的工作，当后来有人以权谋私，致使学校学术腐败、校风混沌、道德滑坡，他心情郁郁，只能无奈地叹息而已。
尽管如此，在原则问题上，他还是要讲话。据高伯龙院士回忆，有一次在讨论某个重要问题时，他义正词严地发表了意见，全场顿时鸦雀无声。当时恐怕不少人有同感，只是由于某种原因无人敢就此发言罢了。高院士为张校长的正直和勇气深表敬佩。
2009年夏初，医生发现张良起身患癌症，紧急送北京301医院救治。但医生回天乏术，张良起终告不治，于7月9日12时55分在北京与世长辞，享年86岁。
张良起的追悼会在北京八宝山举行，哈军工——国防科大的校友闻讯，蜂拥赶来，共同追思张校长平凡而伟大的一生。追悼会后，夫人刘杜珍老师把他的骨灰盒带回长沙，暂存家中。张良起生前的同仁挚友高伯龙院士夫妇、汪浩教授夫妇、张金槐教授夫妇等以及学生数十人前来吊唁，面对张良起遗像三鞠躬。大家谈及张良起的高风亮节，刘杜珍老师谦虚地说：“评价过高了，张良起不要什么，只要‘老老实实工作，清清白白做人’这十二个字。”
他成长于黄浦江畔，奋斗在松花江边，在湘江之滨达到人生事业的辉煌之峰。虽然张良起的肉身离开了尘世，但他的品德和精神化为一面镜子，将长久地留在人们的心间。