徐阶正焦头烂额之时，户部主事海瑞不合时宜地上了道奏本《治安疏》，指斥嘉靖“一意修真（斋天），竭民脂膏，滥兴土木，不上朝，法纪松弛，不见儿子，父子情薄，不见群臣，君臣情薄，不住内宫，夫妇情薄，吏贪将横，民不聊生……”总之，“陛下之误多矣”，希望“幡然悔悟”，否则“劳苦终身而无成也”。同时稍带指责徐阶“严嵩罢官之后，仍未看到力挽弊政的执政大臣”。
嘉靖阅后怒发冲冠，浑身发抖，竭尽全力把《治安疏》掷在地上，在万寿宫满地乱走，大呼：“快快抓来，别让这畜生逃了！”
说海瑞的《治安疏》不合时宜，怎的不合时宜了？
严嵩在内阁凡二十一年，到晚年弊端丛生，一片乱象。其时前后弹劾严嵩的不下三十余人，最为著名的有“越中四谏”、“戊午三子”，还有杨继盛等，可谓前仆后继，壮烈异常。试问此时的海瑞何以不呈上《治安疏》，而偏要待到严嵩倒台？嘉靖四十一年（公元1562年）严嵩倒台之后，四年之间徐阶实施“三语新政”，跑官要官买官之风已杀，严氏党羽大部罢斥，正人君子破格提拔，劝谏嘉靖放宽舆论，言官议政不拘不杀，东南倭平，盐税降低，朱衡、潘季驯治河大展拳脚，良好的政治局面初步形成。海瑞为甚在此时此刻来个《治安疏》引起轩然大波，分散内阁精力，得个直谏之名，于事却丝毫无补，此中原因，耐人寻味。
此次览疏，嘉靖暴怒，下旨说：“海瑞，畜生，辱骂皇上有悖为人臣的道理，着锦衣卫捕获交给镇抚司，严厉查处幕后主使和他的同谋。”
如果海瑞被论死，宽松的舆论又被扼杀，对建言者的杀戒重开，后果不堪设想，徐阶不得不集中精力应对。
法司审讯议罪，刑部尚书黄光升进退维谷。不定海瑞死罪，嘉靖定然不依，弄不好三法司也被一锅端掉；论海瑞死罪吧，自己名节难保。束手无策之际，他又约同张守直、张永亮，同去徐府求救。
徐阶正为此事发愁，见三位法家到，立即延请入府，共商良策。坐停之后，三人大叹苦经。四个人都想保住海瑞，但无计可施。危急关头，徐阶一反谨慎之态，直截了当授计，说：“与圣上的独处，我比诸君多，圣上的性格，我也比诸君了解为多。欲救海瑞，为今之计，劳驾三位，先论死。”三人大吃一惊：“论死？”徐阶立即解释：“圣上性疑，凡论拟轻罪，必怒而重处，海瑞必死无疑。拟重罪，反倒冷静，未必马上听从。”于是，三法司议拟海瑞“子骂父律”处死。
当嘉靖从太监黄锦那儿得知海瑞已备好棺材，诀别妻子时，沉默了；又看到三法司“论死”的奏本，觉得法司还是能体会圣心，维护帝王权威的，怒气稍稍平息。嘉靖反复取读《治安疏》，说：“此人可比比干，但朕非纣王。”于是海瑞奏疏“留中”达数月之久，不拟旨批红就不杀，不杀就有救。徐阶赢得了喘息之机。
一波未平，一波又起。因袁炜告病，徐阶不愿独自擅政，阁臣又增三人，他们是李春芳、郭朴、高拱。嘉靖有天突然召见阁臣，说想宣布退位，把皇位让给儿子。此时景王已死，嘉靖膝下唯独裕王一个儿子。他说：“海瑞说我不上朝的话没错，可朕病得久了，怎能上朝？朕想专事玄修，传位于裕王，卿等票拟施行。”嘉靖内心剧痛，心力交瘁，撂挑子了！风云突变。
四位阁臣紧急商议，由徐阶拟本呈上：“臣等捧读圣谕，不胜惊悚！不胜惊悚！海瑞就是孟子所谓的禽兽，《治安疏》不必放在心上，传位一事，臣等不敢闻。谨将圣谕封还。”
封还当天，嘉靖又下谕旨说：“不依朕的传位，海瑞带头，将来指斥联不理朝政的大臣会更多。”徐阶接第二道谕旨后回家，张氏一见大惊：“老爷斑白的头发怎么全白了？”
几天之内，徐阶须发皆白。郭朴、高拱经徐阶荐举三月份才入阁，内阁的运转尚不熟谙，李春芳又是个好好先生，如此棘手的大事，只能是徐阶全力承担，加上嘉靖、裕王父子关系疏远，迄今尚未将裕王册立为太子。此番嘉靖撂挑子，朝中大臣不明所以，如果上表拥立裕王，一旦嘉靖震怒，连得裕王的地位也难保。所以徐阶不得不全力周旋。
徐阶再次复奏，针对嘉靖恐怕今后更多的大臣指斥自己不理朝政的担心开导说：“海瑞的话，凡是有见识的人，都认为是狂妄错误的，自然不会有人跟着来指斥。”徐阶又批海瑞“沽名钓誉”、“不足与他计较”，又称“主圣则臣直”，结论还是将嘉靖圣谕退了回去。
嘉靖执拗之性大发，第三道谕旨下达，依然要传位。徐阶再次封还，并第三次上奏称：“臣等捧读，不胜惊惧！不胜惊惧！”拒绝了嘉靖要求传位的要求，并恳请嘉靖“勿生疑”。嘉靖三次传谕，徐阶三次复奏，处死海瑞的时间就被延宕下来。对此，嘉靖稍有不满，曾说：“徐相国庇护海瑞。”
徐阶三复疏，终于安定了大局。嘉靖继续做他的皇帝，海瑞仍然被关押牢中，死亡的威胁远去了。
这一年，大明军队抵御鞑靼的能力得到了提高，俺答进犯，被徐阶破格提拔的总兵官马芳击退。流窜福建广东的海寇吴平基本剿平。蓟辽总督赵炳然击败锡林阿部。但固原、偏头关两战，明军还是败北。给事中沈束，拘押十八年，终于释放。而张居正多了一职，掌翰林院事。
时光荏苒，转眼到了十一月，嘉靖病重。
擅权代帝拟诏否极泰来内阁纷乱徐阶急流勇退
病危的原因很蹊跷。嘉靖派遣御史王大任等求方术之书，招得方士王金等人。王金等人吹嘘能炼丹药，服之长生不老。嘉靖深信不疑，欣然服药，就此一病不起。延至十二月，病势垂危，便从西苑移居乾清宫，移居当天，驾崩。
自从嘉靖三十一年（公元1552年）徐阶进入内阁，到嘉靖去世，已十五年。嘉靖四十一年（公元1562年）徐阶担任首辅至今，也已五年，徐阶对嘉靖已有感情。特别是担任首辅这几年，徐阶与嘉靖接触更多，嘉靖对徐阶越来越倚重，君臣之情，日趋融洽。徐阶寄希望于嘉靖政弦更张，成一代明君，却不料嘉靖突然薨逝，心中的悲伤，自不待言。
皇帝驾崩，国之大事，办丧事，迎新君，一大堆的礼仪，有待理清，疏忽不得。而眼前最重要的是撰写皇帝的遗诏，遗诏应总结皇帝的一生，继往开来，开一代新局。徐阶思以嘉靖遗诏的名义革除弊政，所以草拟遗诏之事非同小可。
徐阶主张票拟由内阁共拟，嘉靖遗诏自然也应内阁共拟。可此时徐阶已经发现，自己看错人了，引荐的郭朴、高拱都不是善茬，一旦意见不统一，争论起来，革故鼎新的力度会受到影响。
说白了，嘉靖并没有什么遗嘱，嘉靖遗诏倒是徐阶本人总结旧朝，迎接新朝的政策思路。这一次，徐阶擅权了，他不与阁僚商议，却与尚未进入内阁的学生张居正密议。此举目的是希望张居正明白自己的良苦用心，以后接过自己手中首辅之棒，把政策延续下去。但也得罪了高拱、郭朴，埋下了内阁纷争的祸根，致仕之后，又几乎为自己招来了灭顶之灾。
嘉靖遗诏的颁布，使徐阶的仕途登上了辉煌的顶峰。
徐阶、张居正起草的遗诏，其立足点是以嘉靖的口吻，对嘉靖四十五年的统治作深刻的反思，并做出最后的评估。
遗诏称自己“本应敬天勤民是务”，但“只缘多病，过求长生，遂致奸人乘机诳惑，祷词日举，土木颇兴”，这种做法“既违成宪，亦负初心”，以悔过之态度，否定了斋醮求长生的荒唐之举。
接着，遗诏确定皇位的继承人裕王朱载垕，肯定了裕王的继承权。
然后嘱咐丧葬事宜的安排。这安排也很具革新精神，丧礼以日代月，二十七天就脱下丧服。藩王、各部长官不许擅离职守，各在本处早晚哭灵，民间音乐嫁娶勿禁。
最后一段是平反昭雪。四十五年中被惩处的言官“存者召用，殁者抚恤，关押的释放复职”，方士人等“照查情罪，各正刑章”。斋醮、工程等加重百姓负担之事“悉皆停止”，“诏告中外，咸使知闻”。
当徐阶率内阁大臣进入皇极殿之时，只见朝堂已一片素白，宫灯上也蒙上白布，两百余文武大臣披麻戴孝，面北列成两行，内阁大臣面南排成一行。皇极殿内寂静肃穆。徐阶从身旁的李春芳手中捧过遗诏，跨前一步，以带着哭声的嘶哑的嗓子说：“颁遗诏！”只见大小臣工齐刷刷一齐跪倒。
“奉天承运，皇帝诏曰：朕以宗人入继大统，获奉宗庙四十五载……”这是嘉靖皇帝的最后一道圣旨，内容悉是国之大事，全场屏息，侧耳细听，恐怕漏听一个字，恨不能耳朵里伸出手来，抓住每句话。嘉靖帝对斋天求长生的忏悔和否定，命皇子朱载垕承继大统的旨令，丧礼的嘱咐，尤其是对登基四十五年来因敢于直言而杖死、贬斥、革职、囚禁的臣子一体同仁，予以平反昭雪，并要求继承者“子以继志、述事，兼善为孝；臣以顺将、匡救，两尽为忠”的遗命时，大臣们终于松了口气。
舆论宽松的一代新政开始了。遗诏颁布完毕，大小臣工叩头，响起了一片哭声。徐阶将遗诏正本收起交与礼部尚书高仪，由礼部安排誊抄复制，驿站五百里加急，分送全国十三道（省）、布政司，十三道各衙门宣读后，再行誊抄，令各府州、县于各城门口张挂。就这样，嘉靖遗诏从上到下宣读、公布，不出一月，神州大地家喻户晓：新皇帝坐龙庭了。嘉靖遗诏的颁布，使徐阶的声望达到了极致。嘉靖遗诏徐阶以嘉靖的口吻为四十五年的统治，画上了圆满的句号；徐阶以嘉靖的口吻为裕王朱载垕的登基，铺好了红地毯；徐阶以嘉靖的口吻为从大礼议始的直言得罪之臣，昭雪平反，扶正祛邪，倡导了舆论的宽松；徐阶以嘉靖的口吻指斥斋醮、大兴土木、珠宝采集，为天下百姓减轻了负担。大明王朝也由此开启了政治渐清，民困渐苏的崭新局面。只是这新局面维持的时间太短，终因经自己力荐而入阁的郭朴、高拱的杯葛，日后高拱的倒行逆施夭折了。
裕王朱载垕遵嘉靖遗诏之命登上了皇位，徐阶和张居正又起草了登极诏。这登极诏的内容都“遵奉遗诏”，它的意义在于革除弊政，布新政，收拾人心，整顿纪律诸多政纲，以新皇帝诏书的名义宣告中外，开一代新局。