说起倭寇的成分，徐阶已上书嘉靖做过分析。徐阶说倭寇由两部分人员组成，十分之三是真倭，也就是日本武士或浪人，十分之七倒是国人。日本国多年战乱，有不少破产农民和武士逃亡海上，无以谋生，便以海上贸易求生。贸易不成，就沿海抢劫。而大明王朝建立以后，原本割据江浙一带的张士诚、方国珍旧部的残余势力，就流窜海上或从事贸易，或劫掠为生，再加上日本、大明两国的不法商人，因无法开展贸易，也聚集海上干起了劫掠的勾当。三股势力合成庞大的海盗集团，在中国沿海地区实行疯狂的侵扰和劫掠，这就是倭患的成因。倭患到嘉靖中期形成两大派系：一派以王直为首。王是安徽歙县（今属安徽）人，他以海上贸易起家，违反禁令用巨舰运大量违禁品到日本、西洋等国贸易，获得巨额利润，后又招集大量亡命之徒，并和日本倭寇勾结，成了倭寇首领和中坚。另一支就是徐海。此人与王直同乡，而且有几分传奇色彩。徐海始为杭州虎跑寺僧人，法名善净，又称名山（或明山）和尚，后随其叔徐惟孚、王直从事海上贸易。一次贸易中，徐惟孚向倭寇贷得大批银两，把徐海留下作人质，但徐惟孚贸易失利，无法偿还被杀，徐海被迫加入倭寇集团成了海盗。徐海羽翼渐丰，组织了几万人，成了东南沿海的大患。
胡宗宪决定先拿下王直，他命令把王直的母亲妻儿从金华府的狱中放出，并予以妥善安置。嘉靖三十四年（公元1555年），胡宗宪又派密使蒋洲、陈可愿前往日本，侦察王直动静。在日本，蒋、陈巧遇王直义子王滶，通过王滶见到王直，游说王直主动赎罪，保全家人。王直原以为家人都遭杀戮，死心塌地与朝廷为敌。当他知晓家人安然无恙，不免心动，就向蒋、陈透露了徐海准备进犯的情报。王直很谨慎，遣返陈可愿，留下蒋洲为人质。
一晃两年，王直亲自送蒋洲回国，乘巨舰数艘，率精兵数千，携枪械火炮，停泊舟山岑港。胡宗宪一边部署防务，一边派员登舰与王直接洽。然后胡宗宪接见王直，礼遇隆重，王直防范之心放松，但一直未同意投诚。
王直不降，胡宗宪不安。一日，在总督府中，胡宗宪招集将领议事，谈及王直至今未透口风，降是不降难以把握，不免蹙眉，诸将或言一战，或言稍待，见解也不统一。其时不拘小节的徐文长葛衣乌巾，姗姗来迟。胡宗宪对部下十分严厉，对这个秀才却是破格礼遇。但见徐文长仅是揖了一揖，昂然入座，坐听商议，时不时微露笑意。见此情状，胡宗宪便问：“文长有何高见？”徐文长说：“此易事耳，督帅熟读经典，岂忘却蒋干盗书乎？”胡宗宪是何等样人，顿时舒开眉结，笑对众将说：“吾已有计，诸将可退。”
胡宗宪热情邀请王直义子王滶来府赴宴，宴毕邀王滶同眠，后假意半夜有要事出门。王滶见胡宗宪外出，便从床上一跃而起，去书案前翻阅公文，没料想翻到了胡宗宪上奏朝廷要求赦免王直的奏疏、诸将请战的军令状。这王滶远无蒋干过目不忘的才能，只能抄录奏疏。
第二天，胡宗宪归来，王滶便告辞。听了义子的禀报，读了抄录的奏本，王直疑虑消了大半。
王直心想，胡宗宪待己不错，诸将要求决战并立下军令状，大战难免。但胡宗宪压下军令状，上奏朝廷赦免自己，且礼遇自己家属，诚意可掬，便决计投诚，亲自登门拜访胡宗宪。胡宗宪好言抚慰后，请他去杭州城中见一见巡抚御史王本固。谁知王本固不吃胡宗宪那一套，竟将王直逮捕入狱。
胡宗宪的计划全被打乱。本来想利用王直一举歼灭舟山岑港的王直余部，王本固横路里插上一脚，而且上奏朝廷坚决主张处决王直，朝廷上又传出胡宗宪受王直重贿，对王直网开一面的流言。胡宗宪乱了方寸，不得已重新上奏，违心同意处死王直，并在嘉靖三十七年（公元1558年）调集重兵，围歼岑港王部，而王直也于一年后在杭州处决。
在王直被诱杀的过程中，胡宗宪分出一半精力对付徐海。徐海可是胡宗宪的老对手了，双方在陆上海上兵戎相见多次，互有胜负。胡宗宪深感难度很大，就另图他谋。又是徐文长，建议使用离间计，分化瓦解徐海和他的亲信陈东、麻叶的关系，来一个各个击破。徐文长向胡宗宪推荐了太学生罗龙文。正是这个罗龙文，后来成了诛杀严世蕃、扳倒严嵩的突破口。
罗龙文是徐海的歙县同乡，胡宗宪就利用罗龙文，以同乡的关系接近徐海，晓谕招抚之意。没想到，徐海的回书言词得体，很有分寸，很具文采。倭寇群中，竟有如此一等一的文人，胡宗宪十分诧异，就厚待送信之人，询问徐海身边有何谋士，信写得如此之好。没料想这一问，却问出了徐海的一位红粉知己，一段情史。
原来徐海身边有个心爱的女人，姓王，芳名翠翘。这王翠翘本是官府千金，因父亲获罪，她卖身救父，流落青楼，成了秦淮名妓，容貌才情冠群芳。徐海慕名前访，居然一见钟情，便一掷千金，为她赎身，明媒正娶，王翠翘由此成了徐海的如夫人，过上了锦衣玉食的生活。徐海不仅敬重她，而且诸多文书和事务多由王翠翘代劳。
听此情况，胡宗宪如获至宝，他心头一亮，招抚徐海，可从王翠翘那儿找到突破口，便向徐海送上厚礼，同时又派遣一个能言善语的老妪，备了珠宝、发簪、耳环等金银玉器，恭送王翠翘。闲话中，那送礼的妇人对王翠翘说：“总督对徐海将军慕名已久，极力建议朝廷招抚，圣上也同意了。如徐将军早晨归顺，晚上就是朝廷命官。夫人也可得到皇封，强如在海上流窜，朝不保夕。”王翠翘本是官府千金，能蒙圣上诰封，岂不喜出望外，当下就心动了。
与此同时，胡宗宪又招抚陈东、麻叶，故意将给陈东的信误传给徐海，将给徐海的信误送给陈东，引起了双方的猜疑。而王翠翘日复一日，在与徐海耳鬓厮磨、颠倒鸾凤之时，不住地吹枕边风。徐海心狠手辣，双手沾满了血腥，但对温柔乡中的王翠翘倒是呵护备至，言听计从。
下定归顺决心之后，嘉靖三十五年（公元1556年）八月，徐海将手下部众部署在平湖城外梁庄以备不测，只身到平湖向胡宗宪投诚。徐海虽已归顺，但数千倭寇进驻平湖城外梁庄作观望之计，胡宗宪还是不尽放心。胡宗宪等到时机成熟，便举兵进剿梁庄倭寇，命令已经投诚的陈东戴罪立功，徐海见事不妙出逃被围。徐海见大势已去，高呼“翠翘误我”，投水身亡，王翠翘自然束手就擒。
徐海的尸首从水中捞出，王翠翘恳请予以埋葬，胡宗宪不从，下令枭首示众。王翠翘抚着无头的徐海尸首放声大哭，呼天抢地，大喊：“名山，妾有眼无珠，使你死于非命！”然后回过头来，冷冷地笑对胡宗宪说：“自古以来，杀降大不祥；言而无信，天地不容，你决无善终！”说罢跃身跳入大海，片刻间香消玉殒。不曾料想，胡宗宪的下场，竟被王翠翘说了个正着。
两大海盗集团大部分被歼，东南沿海安定下来。天天纸醉金迷的赵文华身价倍增，晋升少保，荣耀回朝；胡宗宪提为右都御史。这是嘉靖三十五年（公元1556年）十一月的事。
九个月后，春风得意的赵文华被罢官了，革职为民。赵文华气急败坏，躺在归舟中，以手扪腹，居然腹部迸裂，脏腑弹出而死。
嘉靖想罢黜赵文华由来已久。还在赵文华任工部尚书时，受命建造西苑新阁，久拖不成，嘉靖不乐。一日，嘉靖登高远眺，见西长安街上耸起高楼，便问左右：“这是谁家宅第？”左右回答说：“尚书赵文华新建的府第。”另一太监从旁补了一句：“工部的大木，有一半用来造他的新宅了。他哪有工夫营造西苑新阁。”于是，嘉靖多留了一颗心。
嘉靖三十六年（公元1557年）八月，雷击奉天殿，引燃奉天、华盖、谨身三殿，需要重建。赵文华又说不能急着重建，嘉靖更加不悦。
近又听得赵文华督师江南，索取大量贿赂，贪天之功为己有，嘉靖就愈发的恼怒。他召来严嵩，问道：“着赵文华重建三大殿，何以进展缓慢？”此时严嵩已是高龄七十有七，思维迟钝了。严嵩急切间惶恐无计，便回答说：“文华冒暑南方督师，中暑未愈，请陛下加派侍郎一员协助赵文华。”满以为说赵文华冒暑督师，勤于王事而中暑可博取嘉靖的欢心。谁知嘉靖不予理会，只是说：“大工程刚动工，赵文华不该称病自便。”拒绝了严嵩的请求。严嵩觉得自己的话嘉靖不像以前那样爱听了，加上中暑之说又是严嵩的杜撰，恐怕露了马脚，赶忙告知赵文华上奏本，禀明中暑未愈，请求宽限工期。
令严嵩和赵文华不曾想到的是，嘉靖未让严嵩票拟，亲自批复赵文华的奏章，让赵文华“回籍休养”。严嵩、赵文华一时傻了眼，赵文华只得卷铺盖回乡。
赵文华罢官，嘉靖希望言官们弹劾赵文华，然后再加以严惩，谁知嘉靖的期望落空了。赵文华是严嵩的义子，以前凡弹劾严嵩的言官都没有好下场，吏部尚书李默不理赵文华的茬，不是被害死了吗？不是你嘉靖批的吗？谁还来多事，反正天下是你嘉靖的天下，肉烂在肉锅里，不管了。
说来也怪，过去埋怨言官多事，横看不顺眼，竖看不顺眼。今次言官不吭声了，嘉靖也觉得不顺眼，就大发雷霆，赵文华贪黩贪功，言官们为什么不敢弹劾？嘉靖把一批言官杖责以后，都革职为民。
文华之子、锦衣卫千户赵怿思，在嘉靖因三大殿火灾斋醮五天，各部奏章不得上奏的期限里，上奏本请假送父回乡。这不是明知故犯吗？嘉靖怒不可遏说：“赵文华斋醮期内称病，赵怿思停封章期间上书，不敬之罪大矣！”便将赵文华革职为民，赵怿思充军边卫。
戊午三子以卵击石命忧小知也僧雪中送炭灾消
赵文华之罢黜，朝臣们互邀痛饮，天下百姓无不额手相庆，严嵩却好几天不思茶饭。他感到诧异，赵文华两次督师江南，得胡宗宪之力，荡平两大倭寇集团，晋升少保，如日中天，怎么一年不到，竟落得如此下场，不免有些兔死狐悲。然而七十七岁高龄的严嵩，并不从自身的作为找原因，依然我行我素，其恶子又下毒手，用移花接木之计，杀了前锦衣卫经历沈鍊。
这沈鍊是绍兴人，史称“越中四谏”之一。他在继薛廷宠、戴景等十二位言官弹劾严嵩而获罪之后，先于杨继盛舍命弹劾严嵩，本欲处死，经徐阶力救才免死，贬官保安（今陕西志丹县）。那沈鍊到达保安，连住处也无，十分狼狈。可巧有个富商，听说沈鍊是弹劾严嵩被贬官，大为敬佩，将一处别宅相赠，供沈鍊居住。当地里长及耆老，也每天轮流供给沈鍊饮食，而且让青年们拜沈鍊为师，读书诵经，学做人之道。而沈鍊呢，脾气不改，向学生讲授的都是忠义之道，博得了保安百姓的爱戴。当地民风戆直，又山高皇帝远，听说严嵩是个恶人，所以争相痛骂严嵩，宽慰沈鍊。青年们练习射箭，缚三个草人，写上李林甫、秦桧、严嵩的名头，作为靶子。日子长了，严嵩就有些风闻，就更加恨之入骨。严嵩虽恨还忍得住气，他的恶子严世蕃就受不了，秘密派人到当地，找到党羽宣大总督杨顺、巡按路楷，嘱他们设法弄死沈鍊，许以厚报。这两个严家狗腿日思夜想，无从下手。恰巧蔚州人阎浩聚众造反被捕，审讯下来，牵连的人很多。阎浩等人是必死无疑的，杨顺、路楷便商议说：“把沈鍊的名字混在叛人之中，便可处死。这样就可以获得严公子的提拔。”于是，案子报上朝廷，说阎浩等都拜沈鍊为师，听沈鍊的指挥。镇压叛乱是兵部的事，此案就发兵部治罪。那兵部尚书许论是严嵩党羽，总督宣大时，曾杀百姓以报功，受到沈鍊的揭发。现在案子到了许论的手上，自然是“论死”。沈鍊被斩首于宣府，其子沈襄充边。
严嵩父子欣喜之余，便把杨顺的儿子提拔为锦衣卫千户，路楷呢，说是等待时机安排为五品官。
杨顺、路楷建了如此大功，就这么点厚报吗？莫非严公子还不满意？于是，升官心切的杨顺、路楷又逮捕了沈鍊的两个儿子，一顿棍棒将他们打死，又把已充边的沈襄抓回，进行拷打。幸好此时，刑部给事中吴时来上奏朝廷，弹劾许论、杨顺、路楷贪污受贿、守边无策，以致“寇势猖狂，城堡尽破”，百姓“死者以三千计”。这一次，严嵩又救不了，杨顺、路楷被逮，许论削职为民。沈襄逃过一死。
沈鍊无辜被斩，二子酷刑致死，引起了朝中大臣共愤。但是，自从李本受严嵩唆使，借考察为名，罢黜了三十八名科道官以后，不肯依附严嵩的言官几乎被排斥一空，谁还敢挺身而出主张正义呢？此时跳出了三个人，史称“戊午三子”，向虎口探脑袋过来。
说起“戊午三子”，那就是吴时来、张翀、董传策三位。三人几乎同时于嘉靖三十七年（公元1558年）弹劾严嵩，这年是戊午年，所以史称吴、张、董三位为“戊午三子”。