教化立而奸邪皆止者，其堤防完也；教化废而奸邪并出，刑罚不能胜者，其堤防坏也。古之王者明于此，是故南面而治天下，莫不以教化为大务。
—董仲舒
董仲舒之后的神学目的论，把天说成是有意志的人格神，把自然界万物说成是天有意创造的。对于这种说法以及人世间传说的鬼神，王充一针见血地指出，这是人们自己“思念存想”的产物，不是神创造了人，而是人创造了神。
王充强调，董仲舒的“天人感应”抹杀了天和人的差别。他认为，天是客观存在着的自然界，是没有意志的；而人是动物中最具有智慧的，是有感情欲望的，所以才能进行有意志、有目的的活动。他说：只有有口有眼的东西，才是有意志作为的。口要吃东西，眼要看东西，这是因为他内心有欲望，欲望要表达出来，口眼就去寻找了，找到了，才会满足，这些都是欲望的所作所为。所以，福和祸都是人们自己招来的，祭祀不过是“主人自尽思勤”而已，并不能真正因此而避祸得福。推之于鬼神，是蠢人的行为，乱世的现象。那些灾异和人生病一样，都是自然现象，与政治、皇帝无关。
同时，王充还认为，如果只根据感觉来认识事物，那就会被外在的虚像迷惑，以假为真。所以，要分辨是非曲直，必须“不徒耳目，必开心意”。
这也从另一方面表明，王充是重视实际经验对于认识的作用的。他提出只有通过实际经验才能熟能生巧，并举例说：“齐都世刺绣，恒女无不能。襄邑俗织锦，钝妇无不巧。日见之，日为之，手狎也。”相反，如果没有实际经验，不去实践，那么即使再聪明也不会达到的。
王充擅长辩论，他的话开始看上去很诡异，最后的结论却又很实在。他力主“为世用者，百篇无害；不为用者，一章无补”，反对将儒家经典变为教条，所以，他的文章强调内容，提倡通俗，反对崇古、模拟和“浮华虚伪之语”。王充认为庸俗的读书人去做学问，大多会失去儒家的本质，于是，他选择闭门思考，谢绝了一切庆贺、吊丧等礼节性的事宜，潜心著述。
《论衡》是王充的代表作品，有八十五篇，二十万字左右，书中解释了万物的异同，纠正了当时人们的疑惑，也更正了社会上流行的对鬼神的认识，是中国历史上一部不朽的无神论著作。他还写了《儒增》、《书虚》、《问孔》和《刺孟》等篇，对传统的儒学，特别是汉代经学，进行了论难。在书中，他甚至怀疑古经、上问孔孟，公然向神圣的经典挑战，后人对其多存质疑。
近七十岁的时候，王充被好朋友推荐出去做官。汉肃宗特诏派公车去聘请，但他终因体力、脑力都衰弱了，还生着病，未能去，在家创作了《养性书》十六篇，倡导要节制欲望，守住原神等观念。