在不到一个月内，美国海军连续在珊瑚海和中途岛给日本海军以沉重打击，使之元气大伤，日军再也不能在太平洋地区随心所欲了。太平洋的风开始转向了。对此，麦克阿瑟兴高采烈地说道：“从此，敌人的作战行动只能集中在太平洋南部和西南太平洋地区了，该我们披挂上阵了。”
太平洋的风向变了
巴布亚新几内亚，位于伊里安岛东半部，西邻印度尼西亚的伊里安查亚，南隔托雷斯海峡与澳大利亚相望。包括附近的俾斯麦群岛、布干维尔群岛、路易西亚德群岛等岛屿，总面积为46万多平方公里，有人口300万左右。巴布亚新几内亚境内大都为陡峭的山地，其中以马勒山为主要山脉的高度均在海拔4000米以上，最高峰威廉山海拔4694米，高耸云端的山峰，在辽阔的南太平洋上异峰突起，俯瞅着四周的汪洋大海，似一道天然的屏障，阻挡着日本人南下的步伐，护卫着澳大利亚北方的安全。
日本人要向南扩张，就得拔去这个横在前进路上的钉子。澳大利亚要免遭侵略，也必须依托这道天然屏障进行抵抗。
两支大军都在悄然无声地向着南太平洋上的这个岛屿云集，万里辽阔的大洋正酝酿着一场空前规模的大厮杀。当麦克阿瑟忙于在澳大利亚重建军队时，日军大本营已提前动手，开始实施向南推进的新一轮的战略进攻计划了。日军的计划是，出动庞大规模的飞机，加上一支巡洋舰队、三艘航空母舰和20多支陆军部队，于5月3日或5月5日左右，在新几内亚、新不列颠、所罗门群岛登陆。首先将他们控制下的新几内亚的莱城和萨拉莫阿基地，扩展到巴市亚半岛南端的莫尔兹比港，然后，再接着进军所罗门群岛，控制珊瑚海至澳大利亚的通道，并且提供一个空军基地，以便南进占领新喀里多尼亚的努美阿，继而占领斐济，造成切断美国海上通道的威胁。
4月28日，麦克阿瑟接到澳大利亚海岸警卫队的报告，一艘日本运兵船和一些水上飞机在所罗门群岛上游肖特岛新建立了一个前进基地。麦克阿瑟马上来到地图前，从这里可以清楚地看出，肖特岛紧靠巴布亚新几内亚的东岸。无疑战斗已经打响了。麦克阿瑟不敢怠慢，他立即拿起电话机，摇通了蒙特雷大楼的澳大利亚皇家海军情报处，命令“卡斯特”密码破译队迅速核实海岸警卫队发回的报告。
4月29日凌晨，孟席斯饭店三层临时作战室里响起了一阵急促的电话铃声。值班军官一把抓起听筒。话筒里传出“卡斯特”队长费比恩上尉焦急的声音：“请马上叫醒萨特兰将军，我有紧急情况报告。”
原来在几分钟前，“卡斯持”分队破获了一份重要的日军作战命令。只匆匆地看过两行，费比恩心头一阵紧张，未等最后抄写完毕，就赶忙给萨特兰打来电话。萨待兰简要地了解情况后，立即要费比恩将副本送到孟席斯饭店来。
上午8点30分，麦克阿瑟准时走进了他的办公室。萨特兰手拿情报夹子向他汇报了“卡斯特”分队刚刚送来的重要情报：“将军，准确地说我们认为这是一份日军将在最近发起攻势的作战命令。它所提供的日军下一步的作战意图，基本上是可信的。他们将在5月初，兵分两路，发动一次两栖作战的钳形攻击，以大部兵力首先从我们北部顶端的巴布亚的莫尔兹比港动手，一股较小的兵力将在所罗门群岛的图拉吉岛登陆，在那里建立水上飞机场，以支援莫尔兹比港作战。”
麦克阿瑟一边听着报告，一边仔细地察看地图，分析着日军的战略企图：位于巴布亚西南角的莫尔兹比港，离澳大利亚最北端的昆士兰海滩只有400多公里水路，如果日军夺取了这个港口，日本轰炸机就可以在不到2小时内飞临澳大利亚上空，轻而易举地向澳大利亚本土发起攻击。占领澳大利亚也就只是个时间问题了。
整个一上午，由澳大利亚海岸警卫部队发回的情报源源不断：
日本海军大型编队经过了布干维尔岛；
日本海军南下舰队驶向新乔治亚岛；
发现日本海军的主力“翔鹤号”“瑞鹤号”重型航空母舰；
又有3架零式战斗机返回了“祥凤号”轻型航母……
几乎所有的情报都在向麦克阿瑟传达着一个明确的信息：“发现敌情”。
一条看不见的电波，在墨尔本一珍珠港一华盛顿之间来回不停地传送着，美军上下忙成一片，正在制定挫败日军进攻莫尔兹比港的作战方案和计划。5月2日，华盛顿批准由麦克阿瑟和尼米兹联合采取反击行动。
5月3日，日军兵不血刃攻占了佛罗里达岛。
麦克阿瑟决定反击，他向弗里曼特尔基地和布里斯班基地的潜艇部队下达了攻击日军舰队的命令。并指示空军司令派出轰炸机对莱城、腊包尔、布干维尔的日军基地进行轰炸，侦察机严密监视日军舰队的动向。
5月4日拂晓，瓜达尔卡纳尔岛西南100英里的珊瑚海海面上，阴云密布。美国太平洋舰队的“约克城号”航空母舰，首先向图拉吉海面的日军舰队发起了攻击，海战史上航空母舰的第一次大较量就此拉开了序幕。其后的几天当中，美、日两国海军在珊瑚海开展了激烈战斗，波光粼粼的海面被冲天的大火和浓雾所遮掩。麦克阿瑟命令轰炸机编队投入战斗，支援海军作战。经过3天的战斗，7日下午，侦察机向麦克阿瑟发回报告，原本驶向莫尔兹比港的日本海军编队全部调转了航向，朝珊瑚海驶去。麦克阿瑟长吁了一口气。司令部里，立即出现了一种轻松的气氛。3天来，压在每个参谋人员心里的石头放了下来。澳大利亚总算又躲过了一关，至少现在安全了。
战斗在8日结束。双方都付出了惨重的代价。日本海军的“祥凤号”轻型航母被击沉，77架飞机被毁坏，伤亡1074人。美国海军42000吨的重型航母“列克星敦号”被击沉，“约克城号”航母被击伤，损失了66架飞机，543人阵亡。尽管美国海军的损失比日本海军的损失大，但日军入侵莫尔兹比港的意图却没有达到，这是日本人自太平洋战场开战以来碰到的头一回厄运。
珊瑚海海战后，日军又制定了新的行动计划：“AL行动计划”和“AR行动计划”，即动用全部海军在中途岛海域一带一举歼灭美国海军。
5月21日，尼米兹召集太平洋舰队司令部成员研究对策。24日，罗斯福总统亲自主持召开海军作战会议，当场批准海军拟订的作战方案。
6月1日，日本联合舰队的全部力量约145艘舰只，按照预定计划，启程出海，驶向中途岛。美国海军沉着迎战，一支大型编队，其中包括“企业号”“大黄蜂号”，以及从南太平洋匆匆忙忙抽调来的“约克城号”3艘航母在内，也向珍珠港驶来。
远在数千里之外的墨尔本，麦克阿瑟密切注视着这场即将发生的大海战。根据他的命令，作战室里专门设置了标有中途岛附近海面的地图。“卡斯特”分队所搜集到的信息，也向往常一样，源源不断地送到这里。麦克阿瑟心里清楚，这一战至关重要，无论战果的好坏，都将给他带来影响。惟一使他不安的是，由于他手里没有海军力量，不能亲自去指挥这场重大的海战。
6月3日上午，在中途岛上空执行侦察任务的一架美国海军“卡塔利娜式”水上飞机，透过厚厚的云层发现了日本海军的庞大舰队。早已集结待命的美军B-17轰炸机，接到警报后，紧急升空，开始了这场大海战。此役较量的结果，日本海军遭到毁灭性的打击，损失4艘航空母舰、1艘重型巡洋舰、340架作战飞机、2400名水兵和最好的海军飞行员。中途岛海战使日军损失了一半的航母和许多技术熟练的飞行员，开始丧失它在战争初期掌握的海空控制权和战略主动权。
在不到一个月内，美国海军连续在珊瑚海和中途岛给日本海军以沉重打击，使之元气大伤，日军再也不能在太平洋地区随心所欲了。太平洋的风开始转向了。对此，麦克阿瑟兴高采烈地说道：“从此，敌人的作战行动只能集中在太平洋南部和西南太平洋地区了，该我们披挂上阵了。”
“巴丹的死鬼今晚可以安眠了。”
日军在中途岛遭到惨败后，被迫修订在太平洋地区第二阶段作战目标，集中兵力南下太平洋，重新夺取因珊瑚海海战耽搁了的巴布亚新几内亚境内的莫尔兹比港，其矛头直指米恩湾。日本参谋本部于6月12日颁发一道新命令，任命天皇侍从长的弟弟百武秦吉中将担任执行南进战略先头部队第17集团军的指挥官。
由于丧失了海上控制权，南下计划将首次不再依赖海军提供支援，而由陆军单独完成任务。因此，日军陆军部决定，先将位于新不列颠岛腊包尔附近的第17集团军，西运至巴布亚北部的布纳和戈登，从那里登陆后，再翻越欧文斯坦尼山脉，攻占莫尔兹比港。7月11日，日军大本营下达了进攻莫尔兹比港的命令。7月14日，联合舰队在拉包尔组建第8舰队，协同第17集团军进攻莫尔兹比港。
对于日军的动向，麦克阿瑟虽有觉察但却未予以足够的重视。实际上，早在5月18日，即日军大本营决定再次进攻莫尔兹比港的当天，美军情报部门就已获悉了上述消息。但对日军越过崎岖不平、几乎难以逾越的欧文斯坦尼山，不论是麦克阿瑟本人还是情报处长查尔斯·威洛比，都认为是不可想像的。威洛比认为：“日军经由陆上的军事行动，从后勤保障困难、通信联络不顺畅和地形复杂的观点看，都是值得怀疑的。”在他看来，如果日军在布纳登陆，其目的只不过是在那里修建机场而已。这一观点影响了麦克阿瑟。早在中途岛海战前，麦克阿瑟就断言，如果日军再次进攻莫尔兹比港，将与第一次一样，是一次在航母和陆上飞机支援下的两栖登陆作战。而中途岛海战后，由于日本人损失了一半的航母，在麦克阿瑟看来，他们对莫尔兹比港实施两栖登陆作战的可能性变得十分渺茫了。
基于以上判断，新几内亚的防务受到了一定的影响。直到7月中旬，麦克阿瑟才命令参谋人员制定防止日军进攻的计划，向布纳增派了一个旅由于远离战线，麦克阿瑟虽然能从战略高度洞察到日本帝国的战略企图，但身边主要助手的不同意见，也增加了他定出正确决定的难度。一方面，麦克阿瑟发布命令，在米恩湾上方的布纳秘密修建一处前进基地，用来袭击北面被日军占领的莱城港和萨拉莫阿港，从而牢牢地控制巴布亚半岛。另一方面，他似乎又忽视了对莫尔兹比港的防守，只放了一个由多数是毫无作战经验的士兵组成的澳大利亚旅，以及少量的美国工兵和防空部队。
7月初，日军开始在巴布亚新几内亚东边的新不列颠岛集结兵力，大批满载兵员和物资的运输舰和补给船，涌进了新不列颠岛的腊包尔。7月18日，百武秦吉在腊包尔码头，为他派出的南海分队送行。这个支队由掘井富太郎少将指挥，全部由马来西亚参加过战斗的老兵组成，具有丰富的热带丛林地作战的经验。
当麦克阿瑟接到澳大利亚侦察机发出的这一情况时，马上命令美、澳空军从空中进行拦截，迟滞掘井南下支队的行动。美、澳空军马上派出B-17轰炸机，从离新几内亚最近的敦斯维尔基地起飞，轰炸日军南下支队的船队。但是，由于航程太远，这些被称为“飞行堡垒”的轰炸机，在海上连日军船队的影子都未能见到，就折回了敦斯维尔，未能阻止日军船队的前进。
经过海上5天的航程，日军按预定计划于7月22日来到了新几内亚的布纳海面。经过几次短暂的炮火袭击，首批3000名日军突击队员蜂拥上岸，驱散在那里负责警卫的少数澳大利亚民兵，只付出了轻微的伤亡，就一举登陆成功。
麦克阿瑟又命令空军采取行动，待B-17轰炸机改变航向，飞到布纳为时已晚，日军大批人马已经登陆，尽管轰炸机炸沉了一艘运输船和一艘登陆舰，但也是杯水车薪，改变不了大的气候了。
布纳是百武秦吉中将为掘井支队选定的穿越巴布亚山间小道的出发基地。几天内，1．3万多名日军和1000多名随军担架手，全部登陆完毕，做好了进攻前的一切准备。